site/j2s/jalview/analysis/PCA.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.analysis");\r
   2 Clazz.load (["java.lang.StringBuffer"], "jalview.analysis.PCA", ["jalview.datamodel.BinarySequence", "jalview.math.Matrix", "jalview.schemes.ResidueProperties"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.m = null;\r
   5 this.symm = null;\r
   6 this.m2 = null;\r
   7 this.eigenvalue = null;\r
   8 this.eigenvector = null;\r
   9 this.details = null;\r
  10 this.jvCalcMode = true;\r
  11 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  12 }, jalview.analysis, "PCA", null, Runnable);\r
  13 Clazz.prepareFields (c$, function () {\r
  14 this.details =  new StringBuffer ();\r
  15 });\r
  16 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  17 function (s) {\r
  18 this.construct (s, false);\r
  19 }, "~A");\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (s, nucleotides) {\r
  22 this.construct (s, nucleotides, null);\r
  23 }, "~A,~B");\r
  24 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  25 function (s, nucleotides, s_m) {\r
  26 var bs =  new Array (s.length);\r
  27 var ii = 0;\r
  28 while ((ii < s.length) && (s[ii] != null)) {\r
  29 bs[ii] =  new jalview.datamodel.BinarySequence (s[ii], nucleotides);\r
  30 bs[ii].encode ();\r
  31 ii++;\r
  32 }\r
  33 var bs2 =  new Array (s.length);\r
  34 ii = 0;\r
  35 var smtrx = null;\r
  36 var sm = s_m;\r
  37 if (sm != null) {\r
  38 smtrx = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreMatrix (sm);\r
  39 }if (smtrx == null) {\r
  40 smtrx = jalview.schemes.ResidueProperties.getScoreMatrix (sm = (nucleotides ? "DNA" : "BLOSUM62"));\r
  41 }this.details.append ("PCA calculation using " + sm + " sequence similarity matrix\n========\n\n");\r
  42 while ((ii < s.length) && (s[ii] != null)) {\r
  43 bs2[ii] =  new jalview.datamodel.BinarySequence (s[ii], nucleotides);\r
  44 if (smtrx != null) {\r
  45 try {\r
  46 bs2[ii].matrixEncode (smtrx);\r
  47 } catch (x) {\r
  48 if (Clazz.exceptionOf (x, jalview.datamodel.BinarySequence.InvalidSequenceTypeException)) {\r
  49 this.details.append ("Unexpected mismatch of sequence type and score matrix. Calculation will not be valid!\n\n");\r
  50 } else {\r
  51 throw x;\r
  52 }\r
  53 }\r
  54 }ii++;\r
  55 }\r
  56 var count = 0;\r
  57 while ((count < bs.length) && (bs[count] != null)) {\r
  58 count++;\r
  59 }\r
  60 var seqmat =  Clazz.newDoubleArray (count, bs[0].getDBinary ().length, 0);\r
  61 var seqmat2 =  Clazz.newDoubleArray (count, bs2[0].getDBinary ().length, 0);\r
  62 var i = 0;\r
  63 while (i < count) {\r
  64 seqmat[i] = bs[i].getDBinary ();\r
  65 seqmat2[i] = bs2[i].getDBinary ();\r
  66 i++;\r
  67 }\r
  68 this.m =  new jalview.math.Matrix (seqmat, count, bs[0].getDBinary ().length);\r
  69 this.m2 =  new jalview.math.Matrix (seqmat2, count, bs2[0].getDBinary ().length);\r
  70 }, "~A,~B,~S");\r
  71 Clazz.defineMethod (c$, "getM", \r
  72 function () {\r
  73 return this.m;\r
  74 });\r
  75 Clazz.defineMethod (c$, "getEigenvalue", \r
  76 function (i) {\r
  77 return this.eigenvector.d[i];\r
  78 }, "~N");\r
  79 Clazz.defineMethod (c$, "getComponents", \r
  80 function (l, n, mm, factor) {\r
  81 var out =  Clazz.newFloatArray (this.m.rows, 3, 0);\r
  82 for (var i = 0; i < this.m.rows; i++) {\r
  83 out[i][0] = this.component (i, l) * factor;\r
  84 out[i][1] = this.component (i, n) * factor;\r
  85 out[i][2] = this.component (i, mm) * factor;\r
  86 }\r
  87 return out;\r
  88 }, "~N,~N,~N,~N");\r
  89 Clazz.defineMethod (c$, "component", \r
  90 function (n) {\r
  91 var out =  Clazz.newDoubleArray (this.m.rows, 0);\r
  92 for (var i = 0; i < this.m.rows; i++) {\r
  93 out[i] = this.component (i, n);\r
  94 }\r
  95 return out;\r
  96 }, "~N");\r
  97 Clazz.defineMethod (c$, "component", \r
  98 function (row, n) {\r
  99 var out = 0.0;\r
 100 for (var i = 0; i < this.symm.cols; i++) {\r
 101 out += (this.symm.value[row][i] * this.eigenvector.value[i][n]);\r
 102 }\r
 103 return out / this.eigenvector.d[n];\r
 104 }, "~N,~N");\r
 105 Clazz.defineMethod (c$, "getDetails", \r
 106 function () {\r
 107 return this.details.toString ();\r
 108 });\r
 109 Clazz.overrideMethod (c$, "run", \r
 110 function () {\r
 111 var ps = ((Clazz.isClassDefined ("jalview.analysis.PCA$1") ? 0 : jalview.analysis.PCA.$PCA$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.analysis.PCA$1, this, null, System.out));\r
 112 try {\r
 113 this.details.append ("PCA Calculation Mode is " + (this.jvCalcMode ? "Jalview variant" : "Original SeqSpace") + "\n");\r
 114 var mt = this.m.transpose ();\r
 115 this.details.append (" --- OrigT * Orig ---- \n");\r
 116 if (!this.jvCalcMode) {\r
 117 this.eigenvector = mt.preMultiply (this.m);\r
 118 } else {\r
 119 this.eigenvector = mt.preMultiply (this.m2);\r
 120 }this.eigenvector.print (ps);\r
 121 this.symm = this.eigenvector.copy ();\r
 122 this.eigenvector.tred ();\r
 123 this.details.append (" ---Tridiag transform matrix ---\n");\r
 124 this.details.append (" --- D vector ---\n");\r
 125 this.eigenvector.printD (ps);\r
 126 ps.println ();\r
 127 this.details.append ("--- E vector ---\n");\r
 128 this.eigenvector.printE (ps);\r
 129 ps.println ();\r
 130 this.eigenvector.tqli ();\r
 131 } catch (q) {\r
 132 if (Clazz.exceptionOf (q, Exception)) {\r
 133 q.printStackTrace ();\r
 134 this.details.append ("\n*** Unexpected exception when performing PCA ***\n" + q.getLocalizedMessage ());\r
 135 this.details.append ("*** Matrices below may not be fully diagonalised. ***\n");\r
 136 } else {\r
 137 throw q;\r
 138 }\r
 139 }\r
 140 this.details.append (" --- New diagonalization matrix ---\n");\r
 141 this.eigenvector.print (ps);\r
 142 this.details.append (" --- Eigenvalues ---\n");\r
 143 this.eigenvector.printD (ps);\r
 144 ps.println ();\r
 145 });\r
 146 Clazz.defineMethod (c$, "setJvCalcMode", \r
 147 function (calcMode) {\r
 148 this.jvCalcMode = calcMode;\r
 149 }, "~B");\r
 150 c$.$PCA$1$ = function () {\r
 151 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 152 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.analysis, "PCA$1", java.io.PrintStream);\r
 153 Clazz.defineMethod (c$, "print", \r
 154 function (x) {\r
 155 this.b$["jalview.analysis.PCA"].details.append (x);\r
 156 }, "~S");\r
 157 Clazz.defineMethod (c$, "println", \r
 158 function () {\r
 159 this.b$["jalview.analysis.PCA"].details.append ("\n");\r
 160 });\r
 161 c$ = Clazz.p0p ();\r
 162 };\r
 163 });\r