site/j2s/jalview/appletgui/AnnotationLabels.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.appletgui");\r
   2 Clazz.load (["awt2swing.Panel", "java.awt.event.ActionListener", "$.MouseListener", "$.MouseMotionListener"], "jalview.appletgui.AnnotationLabels", ["awt2swing.Checkbox", "$.CheckboxMenuItem", "$.Frame", "$.MenuItem", "$.PopupMenu", "jalview.analysis.AlignmentUtils", "jalview.appletgui.AlignFrame", "$.CutAndPasteTransfer", "$.EditNameDialog", "$.PaintRefresher", "$.Tooltip", "jalview.bin.JalviewLite", "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation", "$.SequenceGroup", "jalview.util.MessageManager", "$.ParseHtmlBodyAndLinks", "java.awt.Color", "$.Dimension", "$.FlowLayout", "java.awt.event.ItemListener", "java.lang.StringBuffer", "java.util.Arrays", "$.Collections", "$.Vector"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 this.image = null;\r
   5 this.active = false;\r
   6 this.ap = null;\r
   7 this.av = null;\r
   8 this.resizing = false;\r
   9 this.oldY = 0;\r
  10 this.mouseX = 0;\r
  11 this.scrollOffset = 0;\r
  12 this.selectedRow = -1;\r
  13 this.tooltip = null;\r
  14 this.hasHiddenRows = false;\r
  15 this.resizePanel = false;\r
  16 this.dragEvent = null;\r
  17 this.dragCancelled = false;\r
  18 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  19 }, jalview.appletgui, "AnnotationLabels", awt2swing.Panel, [java.awt.event.ActionListener, java.awt.event.MouseListener, java.awt.event.MouseMotionListener]);\r
  20 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  21 function (ap) {\r
  22 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationLabels, []);\r
  23 this.ap = ap;\r
  24 this.av = ap.av;\r
  25 this.setLayout (null);\r
  26 this.addMouseListener (this);\r
  27 this.addMouseMotionListener (this);\r
  28 }, "jalview.appletgui.AlignmentPanel");\r
  29 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  30 function (av) {\r
  31 Clazz.superConstructor (this, jalview.appletgui.AnnotationLabels, []);\r
  32 this.av = av;\r
  33 }, "jalview.appletgui.AlignViewport");\r
  34 Clazz.defineMethod (c$, "setScrollOffset", \r
  35 function (y, repaint) {\r
  36 this.scrollOffset = y;\r
  37 if (repaint) {\r
  38 this.repaint ();\r
  39 }}, "~N,~B");\r
  40 Clazz.defineMethod (c$, "getSelectedRow", \r
  41 function (y) {\r
  42 var row = -2;\r
  43 var aa = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
  44 if (aa == null) {\r
  45 return row;\r
  46 }var height = 0;\r
  47 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
  48 row = -1;\r
  49 if (!aa[i].visible) {\r
  50 continue;\r
  51 }height += aa[i].height;\r
  52 if (y < height) {\r
  53 row = i;\r
  54 break;\r
  55 }}\r
  56 return row;\r
  57 }, "~N");\r
  58 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
  59 function (evt) {\r
  60 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
  61 if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.ADDNEW)) {\r
  62 var newAnnotation =  new jalview.datamodel.AlignmentAnnotation ("", null,  new Array (this.ap.av.getAlignment ().getWidth ()));\r
  63 if (!this.editLabelDescription (newAnnotation)) {\r
  64 return;\r
  65 }this.ap.av.getAlignment ().addAnnotation (newAnnotation);\r
  66 this.ap.av.getAlignment ().setAnnotationIndex (newAnnotation, 0);\r
  67 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.EDITNAME)) {\r
  68 this.editLabelDescription (aa[this.selectedRow]);\r
  69 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.HIDE)) {\r
  70 aa[this.selectedRow].visible = false;\r
  71 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.SHOWALL)) {\r
  72 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
  73 aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;\r
  74 }\r
  75 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.OUTPUT_TEXT)) {\r
  76 var cap =  new jalview.appletgui.CutAndPasteTransfer (false, this.ap.alignFrame);\r
  77 var frame =  new awt2swing.Frame ();\r
  78 frame.add (cap);\r
  79 jalview.bin.JalviewLite.addFrame (frame, this.ap.alignFrame.getTitle () + " - " + aa[this.selectedRow].label, 500, 100);\r
  80 cap.setText (aa[this.selectedRow].toString ());\r
  81 } else if (evt.getActionCommand ().equals (jalview.appletgui.AnnotationLabels.COPYCONS_SEQ)) {\r
  82 var cons = this.av.getConsensusSeq ();\r
  83 if (cons != null) {\r
  84 this.copy_annotseqtoclipboard (cons);\r
  85 }}this.refresh ();\r
  86 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "refresh", \r
  88 function () {\r
  89 this.ap.annotationPanel.adjustPanelHeight ();\r
  90 this.setSize (this.getSize ().width, this.ap.annotationPanel.getSize ().height);\r
  91 this.ap.validate ();\r
  92 this.ap.paintAlignment (true);\r
  93 });\r
  94 Clazz.defineMethod (c$, "editLabelDescription", \r
  95 function (annotation) {\r
  96 var padGaps =  new awt2swing.Checkbox ("Fill Empty Gaps With \"" + this.ap.av.getGapCharacter () + "\"", annotation.padGaps);\r
  97 var dialog =  new jalview.appletgui.EditNameDialog (annotation.label, annotation.description, "      Annotation Label", "Annotation Description", this.ap.alignFrame, "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);\r
  98 var empty =  new awt2swing.Panel ( new java.awt.FlowLayout ());\r
  99 empty.add (padGaps);\r
 100 dialog.add (empty);\r
 101 dialog.pack ();\r
 102 dialog.setVisible (true);\r
 103 if (dialog.accept) {\r
 104 annotation.label = dialog.getName ();\r
 105 annotation.description = dialog.getDescription ();\r
 106 annotation.setPadGaps (padGaps.getState (), this.av.getGapCharacter ());\r
 107 this.repaint ();\r
 108 return true;\r
 109 } else {\r
 110 return false;\r
 111 }}, "jalview.datamodel.AlignmentAnnotation");\r
 112 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseMoved", \r
 113 function (evt) {\r
 114 this.resizePanel = evt.getY () < 10 && evt.getX () < 14;\r
 115 var row = this.getSelectedRow (evt.getY () + this.scrollOffset);\r
 116 if (row > -1) {\r
 117 var phb =  new jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks (this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[row].getDescription (true), true, "\n");\r
 118 if (this.tooltip == null) {\r
 119 this.tooltip =  new jalview.appletgui.Tooltip (phb.getNonHtmlContent (), this);\r
 120 } else {\r
 121 this.tooltip.setTip (phb.getNonHtmlContent ());\r
 122 }} else if (this.tooltip != null) {\r
 123 this.tooltip.setTip ("");\r
 124 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 125 Clazz.defineMethod (c$, "cancelDrag", \r
 126 function () {\r
 127 this.dragEvent = null;\r
 128 this.dragCancelled = true;\r
 129 });\r
 130 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseDragged", \r
 131 function (evt) {\r
 132 if (this.dragCancelled) {\r
 133 return;\r
 134 };this.dragEvent = evt;\r
 135 if (this.resizePanel) {\r
 136 var d = this.ap.annotationPanelHolder.getSize ();\r
 137 var e = this.ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize ();\r
 138 var f = this.ap.seqPanelHolder.getSize ();\r
 139 var dif = evt.getY () - this.oldY;\r
 140 dif /= this.ap.av.getCharHeight ();\r
 141 dif *= this.ap.av.getCharHeight ();\r
 142 if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20) {\r
 143 this.ap.annotationPanel.setSize (d.width, d.height - dif);\r
 144 this.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, d.height - dif));\r
 145 this.ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (e.width, d.height - dif));\r
 146 this.ap.annotationPanelHolder.setSize ( new java.awt.Dimension (d.width, d.height - dif));\r
 147 this.ap.apvscroll.setValues (this.ap.apvscroll.getValue (), d.height - dif, 0, this.av.calcPanelHeight ());\r
 148 f.height += dif;\r
 149 this.ap.seqPanelHolder.setPreferredSize (f);\r
 150 this.ap.setScrollValues (this.av.getStartRes (), this.av.getStartSeq ());\r
 151 this.ap.validate ();\r
 152 this.ap.addNotify ();\r
 153 }} else {\r
 154 var diff;\r
 155 if ((diff = 6 - evt.getY ()) > 0) {\r
 156 this.ap.apvscroll.setValue (this.ap.apvscroll.getValue () - diff);\r
 157 this.ap.adjustmentValueChanged (null);\r
 158 } else if ((0 < (diff = 6 - this.ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize ().height + evt.getY ()))) {\r
 159 this.ap.apvscroll.setValue (this.ap.apvscroll.getValue () + diff);\r
 160 this.ap.adjustmentValueChanged (null);\r
 161 }this.repaint ();\r
 162 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 163 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseClicked", \r
 164 function (evt) {\r
 165 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 166 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseReleased", \r
 167 function (evt) {\r
 168 if (!this.resizePanel && !this.dragCancelled) {\r
 169 var start = this.selectedRow;\r
 170 var end = this.getSelectedRow (evt.getY () + this.scrollOffset);\r
 171 if (start > -1 && start != end) {\r
 172 var startAA = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[start];\r
 173 if (end == -1) {\r
 174 end = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ().length - 1;\r
 175 }var endAA = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[end];\r
 176 this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[end] = startAA;\r
 177 this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ()[start] = endAA;\r
 178 }}this.resizePanel = false;\r
 179 this.dragEvent = null;\r
 180 this.dragCancelled = false;\r
 181 this.repaint ();\r
 182 this.ap.annotationPanel.repaint ();\r
 183 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 184 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseEntered", \r
 185 function (evt) {\r
 186 if (evt.getY () < 10 && evt.getX () < 14) {\r
 187 this.resizePanel = true;\r
 188 this.repaint ();\r
 189 }}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 190 Clazz.overrideMethod (c$, "mouseExited", \r
 191 function (evt) {\r
 192 this.dragCancelled = false;\r
 193 if (this.dragEvent == null) {\r
 194 this.resizePanel = false;\r
 195 } else {\r
 196 if (!this.resizePanel) {\r
 197 this.dragEvent = null;\r
 198 }}this.repaint ();\r
 199 }, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 200 Clazz.overrideMethod (c$, "mousePressed", \r
 201 function (evt) {\r
 202 this.oldY = evt.getY ();\r
 203 if (this.resizePanel) {\r
 204 return;\r
 205 }this.dragCancelled = false;\r
 206 this.selectedRow = this.getSelectedRow (evt.getY () + this.scrollOffset);\r
 207 var aa = this.ap.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 208 if ((evt.getModifiers () & 4) == 4) {\r
 209 var popup =  new awt2swing.PopupMenu (jalview.util.MessageManager.getString ("label.annotations"));\r
 210 var item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.ADDNEW);\r
 211 item.addActionListener (this);\r
 212 popup.add (item);\r
 213 if (this.selectedRow < 0) {\r
 214 if (this.hasHiddenRows) {\r
 215 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.SHOWALL);\r
 216 item.addActionListener (this);\r
 217 popup.add (item);\r
 218 }this.add (popup);\r
 219 popup.show (this, evt.getX (), evt.getY ());\r
 220 return;\r
 221 }item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.EDITNAME);\r
 222 item.addActionListener (this);\r
 223 popup.add (item);\r
 224 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.HIDE);\r
 225 item.addActionListener (this);\r
 226 popup.add (item);\r
 227 if (this.selectedRow < aa.length) {\r
 228 if (aa[this.selectedRow].sequenceRef != null) {\r
 229 var label = aa[this.selectedRow].label;\r
 230 var hideType =  new awt2swing.MenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.hide_all") + " " + label);\r
 231 hideType.addActionListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$1") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$1$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$1, this, Clazz.cloneFinals ("label", label))));\r
 232 popup.add (hideType);\r
 233 }}if (this.hasHiddenRows) {\r
 234 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.SHOWALL);\r
 235 item.addActionListener (this);\r
 236 popup.add (item);\r
 237 }this.add (popup);\r
 238 item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.OUTPUT_TEXT);\r
 239 item.addActionListener (this);\r
 240 popup.add (item);\r
 241 if (this.selectedRow < aa.length) {\r
 242 if (aa[this.selectedRow].autoCalculated) {\r
 243 if (aa[this.selectedRow].label.indexOf ("Consensus") > -1) {\r
 244 popup.addSeparator ();\r
 245 var cbmi =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.ignore_gaps_consensus"), (aa[this.selectedRow].groupRef != null) ? aa[this.selectedRow].groupRef.getIgnoreGapsConsensus () : this.ap.av.isIgnoreGapsConsensus ());\r
 246 var aaa = aa[this.selectedRow];\r
 247 cbmi.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$2") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$2$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$2, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "cbmi", cbmi))));\r
 248 popup.add (cbmi);\r
 249 if (aaa.groupRef != null) {\r
 250 var chist =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_group_histogram"), aa[this.selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram ());\r
 251 chist.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$3") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$3$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$3, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "chist", chist))));\r
 252 popup.add (chist);\r
 253 var cprofl =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_group_logo"), aa[this.selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo ());\r
 254 cprofl.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$4") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$4$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$4, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "cprofl", cprofl))));\r
 255 popup.add (cprofl);\r
 256 var cprofn =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.normalise_group_logo"), aa[this.selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo ());\r
 257 cprofn.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$5") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$5$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$5, this, Clazz.cloneFinals ("aaa", aaa, "cprofn", cprofn))));\r
 258 popup.add (cprofn);\r
 259 } else {\r
 260 var chist =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_histogram"), this.av.isShowConsensusHistogram ());\r
 261 chist.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$6") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$6$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$6, this, Clazz.cloneFinals ("chist", chist))));\r
 262 popup.add (chist);\r
 263 var cprof =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.show_logo"), this.av.isShowSequenceLogo ());\r
 264 cprof.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$7") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$7$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$7, this, Clazz.cloneFinals ("cprof", cprof))));\r
 265 popup.add (cprof);\r
 266 var cprofn =  new awt2swing.CheckboxMenuItem (jalview.util.MessageManager.getString ("label.normalise_logo"), this.av.isNormaliseSequenceLogo ());\r
 267 cprofn.addItemListener (((Clazz.isClassDefined ("jalview.appletgui.AnnotationLabels$8") ? 0 : jalview.appletgui.AnnotationLabels.$AnnotationLabels$8$ ()), Clazz.innerTypeInstance (jalview.appletgui.AnnotationLabels$8, this, Clazz.cloneFinals ("cprofn", cprofn))));\r
 268 popup.add (cprofn);\r
 269 }item =  new awt2swing.MenuItem (jalview.appletgui.AnnotationLabels.COPYCONS_SEQ);\r
 270 item.addActionListener (this);\r
 271 popup.add (item);\r
 272 }}}popup.show (this, evt.getX (), evt.getY ());\r
 273 } else {\r
 274 if (this.selectedRow > -1 && this.selectedRow < aa.length) {\r
 275 if (aa[this.selectedRow].groupRef != null) {\r
 276 if (evt.getClickCount () >= 2) {\r
 277 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (null);\r
 278 this.ap.av.setSelectionGroup (aa[this.selectedRow].groupRef);\r
 279 this.ap.av.sendSelection ();\r
 280 this.ap.paintAlignment (false);\r
 281 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.ap, this.ap.av.getSequenceSetId ());\r
 282 } else {\r
 283 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (aa[this.selectedRow].groupRef.getSequences (null));\r
 284 }return;\r
 285 } else if (aa[this.selectedRow].sequenceRef != null) {\r
 286 if (evt.getClickCount () == 1) {\r
 287 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (java.util.Arrays.asList ( Clazz.newArray (-1, [aa[this.selectedRow].sequenceRef])));\r
 288 } else if (evt.getClickCount () >= 2) {\r
 289 this.ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults (null);\r
 290 var sg = this.ap.av.getSelectionGroup ();\r
 291 if (sg != null) {\r
 292 if (!(evt.isControlDown () || evt.isShiftDown ())) {\r
 293 sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup (sg);\r
 294 sg.clear ();\r
 295 sg.addSequence (aa[this.selectedRow].sequenceRef, false);\r
 296 } else {\r
 297 if (evt.isControlDown ()) {\r
 298 sg.addOrRemove (aa[this.selectedRow].sequenceRef, true);\r
 299 } else {\r
 300 sg.addSequence (aa[this.selectedRow].sequenceRef, true);\r
 301 }}} else {\r
 302 sg =  new jalview.datamodel.SequenceGroup ();\r
 303 sg.setStartRes (0);\r
 304 sg.setEndRes (this.ap.av.getAlignment ().getWidth () - 1);\r
 305 sg.addSequence (aa[this.selectedRow].sequenceRef, false);\r
 306 }this.ap.av.setSelectionGroup (sg);\r
 307 this.ap.paintAlignment (false);\r
 308 jalview.appletgui.PaintRefresher.Refresh (this.ap, this.ap.av.getSequenceSetId ());\r
 309 this.ap.av.sendSelection ();\r
 310 }}}}}, "java.awt.event.MouseEvent");\r
 311 Clazz.defineMethod (c$, "copy_annotseqtoclipboard", \r
 312 function (sq) {\r
 313 if (sq == null || sq.getLength () < 1) {\r
 314 return;\r
 315 }jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences =  new StringBuffer ();\r
 316 jalview.appletgui.AlignFrame.copiedSequences.append (sq.getName () + "\t" + sq.getStart () + "\t" + sq.getEnd () + "\t" + sq.getSequenceAsString () + "\n");\r
 317 if (this.av.hasHiddenColumns ()) {\r
 318 jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns =  new java.util.Vector ();\r
 319 for (var region, $region = this.av.getColumnSelection ().getHiddenColumns ().iterator (); $region.hasNext () && ((region = $region.next ()) || true);) {\r
 320 jalview.appletgui.AlignFrame.copiedHiddenColumns.addElement ( Clazz.newIntArray (-1, [region[0], region[1]]));\r
 321 }\r
 322 }}, "jalview.datamodel.SequenceI");\r
 323 Clazz.overrideMethod (c$, "paintComponent", \r
 324 function (g) {\r
 325 if (this.av.getWrapAlignment () || !this.av.isShowAnnotation ()) return;\r
 326 var w = this.getSize ().width;\r
 327 var h = this.getSize ().height;\r
 328 if (this.image == null || w != this.image.getWidth (this) || h != this.image.getHeight (this)) {\r
 329 this.image = this.createImage (w, this.ap.annotationPanel.getSize ().height);\r
 330 }this.drawComponent (this.image.getGraphics (), w);\r
 331 g.drawImage (this.image, 0, 0, this);\r
 332 }, "java.awt.Graphics");\r
 333 Clazz.defineMethod (c$, "drawComponent", \r
 334 function (g, width) {\r
 335 g.setFont (this.av.getFont ());\r
 336 var fm = g.getFontMetrics (this.av.getFont ());\r
 337 g.setColor (java.awt.Color.white);\r
 338 g.fillRect (0, 0, this.getSize ().width, this.getSize ().height);\r
 339 g.translate (0, -this.scrollOffset);\r
 340 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 341 var aa = this.av.getAlignment ().getAlignmentAnnotation ();\r
 342 var y = 0;\r
 343 var fy = g.getFont ().getSize ();\r
 344 var x = 0;\r
 345 var offset;\r
 346 if (aa != null) {\r
 347 this.hasHiddenRows = false;\r
 348 for (var i = 0; i < aa.length; i++) {\r
 349 if (!aa[i].visible) {\r
 350 this.hasHiddenRows = true;\r
 351 continue;\r
 352 }x = width - fm.stringWidth (aa[i].label) - 3;\r
 353 y += aa[i].height;\r
 354 offset = Clazz.doubleToInt (-(aa[i].height - fy) / 2);\r
 355 g.drawString (aa[i].label, x, y + offset);\r
 356 }\r
 357 }g.translate (0, +this.scrollOffset);\r
 358 if (this.resizePanel) {\r
 359 g.setColor (java.awt.Color.red);\r
 360 g.setPaintMode ();\r
 361 g.drawLine (2, 8, 5, 2);\r
 362 g.drawLine (5, 2, 8, 8);\r
 363 } else if (!this.dragCancelled && this.dragEvent != null && aa != null) {\r
 364 g.setColor (java.awt.Color.lightGray);\r
 365 g.drawString (aa[this.selectedRow].label, this.dragEvent.getX (), this.dragEvent.getY ());\r
 366 }if (!this.av.getWrapAlignment () && ((aa == null) || (aa.length < 1))) {\r
 367 g.setColor (java.awt.Color.black);\r
 368 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.right_click"), 2, 8);\r
 369 g.drawString (jalview.util.MessageManager.getString ("label.to_add_annotation"), 2, 18);\r
 370 }}, "java.awt.Graphics,~N");\r
 371 c$.$AnnotationLabels$1$ = function () {\r
 372 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 373 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$1", null, java.awt.event.ActionListener);\r
 374 Clazz.overrideMethod (c$, "actionPerformed", \r
 375 function (e) {\r
 376 jalview.analysis.AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations (this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.av.getAlignment (), java.util.Collections.singleton (this.f$.label), null, false, false);\r
 377 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].refresh ();\r
 378 }, "java.awt.event.ActionEvent");\r
 379 c$ = Clazz.p0p ();\r
 380 };\r
 381 c$.$AnnotationLabels$2$ = function () {\r
 382 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 383 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$2", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 384 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 385 function (e) {\r
 386 if (this.f$.aaa.groupRef != null) {\r
 387 this.f$.aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus (this.f$.cbmi.getState ());\r
 388 } else {\r
 389 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.av.setIgnoreGapsConsensus (this.f$.cbmi.getState (), this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap);\r
 390 }this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.paintAlignment (true);\r
 391 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 392 c$ = Clazz.p0p ();\r
 393 };\r
 394 c$.$AnnotationLabels$3$ = function () {\r
 395 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 396 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$3", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 397 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 398 function (e) {\r
 399 this.f$.aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram (this.f$.chist.getState ());\r
 400 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();\r
 401 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 402 c$ = Clazz.p0p ();\r
 403 };\r
 404 c$.$AnnotationLabels$4$ = function () {\r
 405 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 406 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$4", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 407 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 408 function (e) {\r
 409 this.f$.aaa.groupRef.setshowSequenceLogo (this.f$.cprofl.getState ());\r
 410 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();\r
 411 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 412 c$ = Clazz.p0p ();\r
 413 };\r
 414 c$.$AnnotationLabels$5$ = function () {\r
 415 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 416 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$5", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 417 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 418 function (e) {\r
 419 this.f$.aaa.groupRef.setshowSequenceLogo (true);\r
 420 this.f$.aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo (this.f$.cprofn.getState ());\r
 421 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();\r
 422 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 423 c$ = Clazz.p0p ();\r
 424 };\r
 425 c$.$AnnotationLabels$6$ = function () {\r
 426 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 427 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$6", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 428 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 429 function (e) {\r
 430 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setShowConsensusHistogram (this.f$.chist.getState ());\r
 431 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState (this.f$.chist.getState ());\r
 432 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();\r
 433 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 434 c$ = Clazz.p0p ();\r
 435 };\r
 436 c$.$AnnotationLabels$7$ = function () {\r
 437 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 438 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$7", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 439 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 440 function (e) {\r
 441 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setShowSequenceLogo (this.f$.cprof.getState ());\r
 442 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState (this.f$.cprof.getState ());\r
 443 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();\r
 444 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 445 c$ = Clazz.p0p ();\r
 446 };\r
 447 c$.$AnnotationLabels$8$ = function () {\r
 448 Clazz.pu$h(self.c$);\r
 449 c$ = Clazz.declareAnonymous (jalview.appletgui, "AnnotationLabels$8", null, java.awt.event.ItemListener);\r
 450 Clazz.overrideMethod (c$, "itemStateChanged", \r
 451 function (e) {\r
 452 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setShowSequenceLogo (true);\r
 453 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState (this.f$.cprofn.getState ());\r
 454 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].av.setNormaliseSequenceLogo (this.f$.cprofn.getState ());\r
 455 this.b$["jalview.appletgui.AnnotationLabels"].ap.repaint ();\r
 456 }, "java.awt.event.ItemEvent");\r
 457 c$ = Clazz.p0p ();\r
 458 };\r
 459 Clazz.defineStatics (c$,\r
 460 "ADDNEW", "Add New Row",\r
 461 "EDITNAME", "Edit Label/Description",\r
 462 "HIDE", "Hide This Row",\r
 463 "SHOWALL", "Show All Hidden Rows",\r
 464 "OUTPUT_TEXT", "Show Values In Textbox",\r
 465 "COPYCONS_SEQ", "Copy Consensus Sequence");\r
 466 });\r