site/j2s/jalview/datamodel/BinarySequence.js

   1 Clazz.declarePackage ("jalview.datamodel");\r
   2 Clazz.load (["jalview.datamodel.Sequence", "java.lang.Exception"], "jalview.datamodel.BinarySequence", ["jalview.schemes.ResidueProperties"], function () {\r
   3 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
   4 if (!Clazz.isClassDefined ("jalview.datamodel.BinarySequence.InvalidSequenceTypeException")) {\r
   5 jalview.datamodel.BinarySequence.$BinarySequence$InvalidSequenceTypeException$ ();\r
   6 }\r
   7 this.binary = null;\r
   8 this.dbinary = null;\r
   9 this.isNa = false;\r
  10 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  11 }, jalview.datamodel, "BinarySequence", jalview.datamodel.Sequence);\r
  12 Clazz.makeConstructor (c$, \r
  13 function (s, isNa) {\r
  14 Clazz.superConstructor (this, jalview.datamodel.BinarySequence, ["", s, 0, s.length]);\r
  15 this.isNa = isNa;\r
  16 }, "~S,~B");\r
  17 Clazz.defineMethod (c$, "initMatrixGetNoRes", \r
  18  function () {\r
  19 var nores = (this.isNa) ? 10 : 23;\r
  20 this.dbinary =  Clazz.newDoubleArray (this.getSequence ().length * nores, 0);\r
  21 for (var i = 0; i < this.dbinary.length; i++) {\r
  22 this.dbinary[i] = 0.0;\r
  23 }\r
  24 return nores;\r
  25 });\r
  26 Clazz.defineMethod (c$, "getSymbolmatrix", \r
  27  function () {\r
  28 return (this.isNa) ? jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex : jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex;\r
  29 });\r
  30 Clazz.defineMethod (c$, "encode", \r
  31 function () {\r
  32 var nores = this.initMatrixGetNoRes ();\r
  33 var sindex = this.getSymbolmatrix ();\r
  34 for (var i = 0; i < this.getSequence ().length; i++) {\r
  35 var aanum = nores - 1;\r
  36 try {\r
  37 aanum = sindex[this.getCharAt (i).charCodeAt (0)];\r
  38 } catch (e) {\r
  39 if (Clazz.exceptionOf (e, NullPointerException)) {\r
  40 aanum = nores - 1;\r
  41 } else {\r
  42 throw e;\r
  43 }\r
  44 }\r
  45 if (aanum >= nores) {\r
  46 aanum = nores - 1;\r
  47 }this.dbinary[(i * nores) + aanum] = 1.0;\r
  48 }\r
  49 });\r
  50 Clazz.defineMethod (c$, "matrixEncode", \r
  51 function (matrix) {\r
  52 if (this.isNa != matrix.isDNA ()) {\r
  53 throw Clazz.innerTypeInstance (jalview.datamodel.BinarySequence.InvalidSequenceTypeException, this, null, "matrix " + matrix.getClass ().getCanonicalName () + " is not a valid matrix for " + (this.isNa ? "nucleotide" : "protein") + "sequences");\r
  54 }this.matrixEncode (matrix.isDNA () ? jalview.schemes.ResidueProperties.nucleotideIndex : jalview.schemes.ResidueProperties.aaIndex, matrix.getMatrix ());\r
  55 }, "jalview.schemes.ScoreMatrix");\r
  56 Clazz.defineMethod (c$, "matrixEncode", \r
  57  function (aaIndex, matrix) {\r
  58 var nores = this.initMatrixGetNoRes ();\r
  59 for (var i = 0, iSize = this.getSequence ().length; i < iSize; i++) {\r
  60 var aanum = nores - 1;\r
  61 try {\r
  62 aanum = aaIndex[this.getCharAt (i).charCodeAt (0)];\r
  63 } catch (e) {\r
  64 if (Clazz.exceptionOf (e, NullPointerException)) {\r
  65 aanum = nores - 1;\r
  66 } else {\r
  67 throw e;\r
  68 }\r
  69 }\r
  70 if (aanum >= nores) {\r
  71 aanum = nores - 1;\r
  72 }for (var j = 0; j < nores; j++) {\r
  73 this.dbinary[(i * nores) + j] = matrix[aanum][j];\r
  74 }\r
  75 }\r
  76 }, "~A,~A");\r
  77 Clazz.defineMethod (c$, "toBinaryString", \r
  78 function () {\r
  79 var out = "";\r
  80 for (var i = 0; i < this.binary.length; i++) {\r
  81 out += ( new Integer (this.binary[i])).toString ();\r
  82 if (i < (this.binary.length - 1)) {\r
  83 out += " ";\r
  84 }}\r
  85 return out;\r
  86 });\r
  87 Clazz.defineMethod (c$, "getDBinary", \r
  88 function () {\r
  89 return this.dbinary;\r
  90 });\r
  91 c$.$BinarySequence$InvalidSequenceTypeException$ = function () {\r
  92 Clazz.pu$h(self.c$);\r
  93 c$ = Clazz.decorateAsClass (function () {\r
  94 Clazz.prepareCallback (this, arguments);\r
  95 Clazz.instantialize (this, arguments);\r
  96 }, jalview.datamodel.BinarySequence, "InvalidSequenceTypeException", Exception);\r
  97 c$ = Clazz.p0p ();\r
  98 };\r
  99 });\r