src/jalview/api/ViewStyleI.java

   1 package jalview.api;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4
   5 public interface ViewStyleI
   6 {
   7
   8   void setColourAppliesToAllGroups(boolean b);
   9
  10   boolean getColourAppliesToAllGroups();
  11
  12   boolean getAbovePIDThreshold();
  13
  14   void setIncrement(int inc);
  15
  16   int getIncrement();
  17
  18   boolean getConservationSelected();
  19
  20   void setConservationSelected(boolean b);
  21
  22   void setShowHiddenMarkers(boolean show);
  23
  24   boolean getShowHiddenMarkers();
  25
  26   void setScaleRightWrapped(boolean b);
  27
  28   void setScaleLeftWrapped(boolean b);
  29
  30   void setScaleAboveWrapped(boolean b);
  31
  32   boolean getScaleLeftWrapped();
  33
  34   boolean getScaleAboveWrapped();
  35
  36   boolean getScaleRightWrapped();
  37
  38   void setAbovePIDThreshold(boolean b);
  39
  40   void setThreshold(int thresh);
  41
  42   int getThreshold();
  43
  44   boolean getShowJVSuffix();
  45
  46   void setShowJVSuffix(boolean b);
  47
  48   void setWrapAlignment(boolean state);
  49
  50   void setShowText(boolean state);
  51
  52   void setRenderGaps(boolean state);
  53
  54   boolean getColourText();
  55
  56   void setColourText(boolean state);
  57
  58   void setShowBoxes(boolean state);
  59
  60   boolean getWrapAlignment();
  61
  62   boolean getShowText();
  63
  64   int getWrappedWidth();
  65
  66   void setWrappedWidth(int w);
  67
  68   int getCharHeight();
  69
  70   void setCharHeight(int h);
  71
  72   int getCharWidth();
  73
  74   void setCharWidth(int w);
  75
  76   boolean getShowBoxes();
  77
  78   boolean getShowUnconserved();
  79
  80   void setShowUnconserved(boolean showunconserved);
  81
  82   /**
  83    * @return true if a reference sequence is set and should be displayed
  84    */
  85   boolean isDisplayReferenceSeq();
  86
  87   /**
  88    * @return set the flag for displaying reference sequences when they are
  89    *         available
  90    */
  91   void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq);
  92
  93   /**
  94    * @return true if colourschemes should render according to reference sequence
  95    *         rather than consensus if available
  96    */
  97   boolean isColourByReferenceSeq();
  98
  99   void setSeqNameItalics(boolean default1);
 100
 101   void setShowSequenceFeatures(boolean b);
 102
 103   boolean isShowSequenceFeatures();
 104
 105   boolean isRightAlignIds();
 106
 107   void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds);
 108
 109   /**
 110    * Returns true if annotation panel should be shown below alignment
 111    *
 112    * @return
 113    */
 114   boolean isShowAnnotation();
 115
 116   /**
 117    * Set flag for whether annotation panel should be shown below alignment
 118    *
 119    * @param b
 120    */
 121   void setShowAnnotation(boolean b);
 122
 123   void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected);
 124
 125   /**
 126    * @return true set flag for deciding if colourschemes should render according
 127    *         to reference sequence rather than consensus if available
 128    */
 129   void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq);
 130
 131   Color getTextColour();
 132
 133   Color getTextColour2();
 134
 135   int getThresholdTextColour();
 136
 137   boolean isConservationColourSelected();
 138
 139   boolean isRenderGaps();
 140
 141   boolean isShowColourText();
 142
 143   boolean isShowSequenceFeaturesHeight();
 144
 145   void setConservationColourSelected(boolean conservationColourSelected);
 146
 147   void setShowColourText(boolean showColourText);
 148
 149   void setTextColour(Color textColour);
 150
 151   void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour);
 152
 153   void setTextColour2(Color textColour2);
 154
 155   boolean isSeqNameItalics();
 156
 157   void setUpperCasebold(boolean upperCasebold);
 158
 159   boolean isUpperCasebold();
 160
 161   boolean sameStyle(ViewStyleI them);
 162
 163   void setFontName(String name);
 164
 165   void setFontStyle(int style);
 166
 167   void setFontSize(int size);
 168
 169   int getFontStyle();
 170
 171   String getFontName();
 172
 173   int getFontSize();
 174
 175   /**
 176    * @return width of Sequence and Annotation ID margin. If less than zero, then
 177    *         width will be autocalculated
 178    */
 179   int getIdWidth();
 180
 181   /**
 182    * Set width if
 183    *
 184    * @param i
 185    */
 186
 187   void setIdWidth(int i);
 188
 189   /**
 190    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
 191    */
 192   boolean isCentreColumnLabels();
 193
 194   /**
 195    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
 196    */
 197   void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels);
 198
 199   /**
 200    * enable or disable the display of Database Cross References in the sequence
 201    * ID tooltip
 202    */
 203   void setShowDBRefs(boolean showdbrefs);
 204
 205   /**
 206    *
 207    * @return true if Database References are to be displayed on tooltips.
 208    */
 209   boolean isShowDBRefs();
 210
 211   /**
 212    *
 213    * @return true if Non-positional features are to be displayed on tooltips.
 214    */
 215   boolean isShowNPFeats();
 216
 217   /**
 218    * enable or disable the display of Non-Positional sequence features in the
 219    * sequence ID tooltip
 220    *
 221    * @param show
 222    */
 223   void setShowNPFeats(boolean shownpfeats);
 224
 225   /**
 226    * Get flag to scale protein residues 3 times the width of cDNA bases (only
 227    * applicable in SplitFrame views)
 228    *
 229    * @return
 230    */
 231   boolean isScaleProteinAsCdna();
 232
 233   /**
 234    * Set flag to scale protein residues 3 times the width of cDNA bases (only
 235    * applicable in SplitFrame views)
 236    *
 237    * @return
 238    */
 239   void setScaleProteinAsCdna(boolean b);
 240 }