src/jalview/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  39 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  40 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  41 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  42 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  44 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  45 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  46 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  47 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  50 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  51 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  52 import jalview.util.DBRefUtils;
  53 import jalview.util.MessageManager;
  54 import jalview.util.UrlLink;
  55
  56 import awt2swing.CheckboxMenuItem;
  57 import awt2swing.Frame;
  58 import awt2swing.Menu;
  59 import awt2swing.MenuItem;
  60 import java.awt.event.ActionEvent;
  61 import java.awt.event.ActionListener;
  62 import java.awt.event.ItemEvent;
  63 import java.awt.event.ItemListener;
  64 import java.util.Arrays;
  65 import java.util.Collections;
  66 import java.util.LinkedHashMap;
  67 import java.util.List;
  68 import java.util.Map;
  69 import java.util.TreeMap;
  70 import java.util.Vector;
  71
  72 public class APopupMenu extends awt2swing.PopupMenu implements
  73         ActionListener, ItemListener
  74 {
  75   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";
  76
  77   Menu groupMenu = new Menu();
  78
  79   MenuItem editGroupName = new MenuItem();
  80
  81   protected MenuItem clustalColour = new MenuItem();
  82
  83   protected MenuItem zappoColour = new MenuItem();
  84
  85   protected MenuItem taylorColour = new MenuItem();
  86
  87   protected MenuItem hydrophobicityColour = new MenuItem();
  88
  89   protected MenuItem helixColour = new MenuItem();
  90
  91   protected MenuItem strandColour = new MenuItem();
  92
  93   protected MenuItem turnColour = new MenuItem();
  94
  95   protected MenuItem buriedColour = new MenuItem();
  96
  97   protected CheckboxMenuItem abovePIDColour = new CheckboxMenuItem();
  98
  99   protected MenuItem userDefinedColour = new MenuItem();
 100
 101   protected MenuItem PIDColour = new MenuItem();
 102
 103   protected MenuItem BLOSUM62Colour = new MenuItem();
 104
 105   MenuItem noColourmenuItem = new MenuItem();
 106
 107   protected CheckboxMenuItem conservationMenuItem = new CheckboxMenuItem();
 108
 109   final AlignmentPanel ap;
 110
 111   MenuItem unGroupMenuItem = new MenuItem();
 112
 113   MenuItem createGroupMenuItem = new MenuItem();
 114
 115   MenuItem nucleotideMenuItem = new MenuItem();
 116
 117   Menu colourMenu = new Menu();
 118
 119   CheckboxMenuItem showBoxes = new CheckboxMenuItem();
 120
 121   CheckboxMenuItem showText = new CheckboxMenuItem();
 122
 123   CheckboxMenuItem showColourText = new CheckboxMenuItem();
 124
 125   CheckboxMenuItem displayNonconserved = new CheckboxMenuItem();
 126
 127   Menu seqShowAnnotationsMenu = new Menu(
 128           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 129
 130   Menu seqHideAnnotationsMenu = new Menu(
 131           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 132
 133   MenuItem seqAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 134           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 135
 136   Menu groupShowAnnotationsMenu = new Menu(
 137           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 138
 139   Menu groupHideAnnotationsMenu = new Menu(
 140           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 141
 142   MenuItem groupAddReferenceAnnotations = new MenuItem(
 143           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 144
 145   Menu editMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.edit"));
 146
 147   MenuItem copy = new MenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 148
 149   MenuItem cut = new MenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 150
 151   MenuItem toUpper = new MenuItem(
 152           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 153
 154   MenuItem toLower = new MenuItem(
 155           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 156
 157   MenuItem toggleCase = new MenuItem(
 158           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 159
 160   Menu outputmenu = new Menu();
 161
 162   Menu seqMenu = new Menu();
 163
 164   MenuItem pdb = new MenuItem();
 165
 166   MenuItem hideSeqs = new MenuItem();
 167
 168   MenuItem repGroup = new MenuItem();
 169
 170   MenuItem sequenceName = new MenuItem(
 171           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 172
 173   MenuItem sequenceFeature = new MenuItem(
 174           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 175
 176   MenuItem editSequence = new MenuItem(
 177           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 178
 179   MenuItem sequenceDetails = new MenuItem(
 180           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 181
 182   MenuItem selSeqDetails = new MenuItem(
 183           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 184
 185   MenuItem makeReferenceSeq = new MenuItem();
 186
 187   SequenceI seq;
 188
 189   MenuItem revealAll = new MenuItem();
 190
 191   MenuItem revealSeq = new MenuItem();
 192
 193   /**
 194    * index of sequence to be revealed
 195    */
 196   int revealSeq_index = -1;
 197
 198   Menu menu1 = new Menu();
 199
 200   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 201           Vector<String> links)
 202   {
 203     // /////////////////////////////////////////////////////////
 204     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 205     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 206     //
 207     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 208     // ////////////////////////////////////////////////////////
 209
 210     this.ap = apanel;
 211     this.seq = seq;
 212
 213     try
 214     {
 215       jbInit();
 216     } catch (Exception e)
 217     {
 218       e.printStackTrace();
 219     }
 220
 221     for (int i = 0; i < AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 222     {
 223       MenuItem item = new MenuItem(
 224 AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 225
 226       item.addActionListener(this);
 227       outputmenu.add(item);
 228     }
 229
 230     buildAnnotationSubmenus();
 231
 232     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 233     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 234     {
 235       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 236               "label.name_param", new Object[]
 237               { sg.getName() }));
 238       showText.setState(sg.getDisplayText());
 239       showColourText.setState(sg.getColourText());
 240       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 241       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 242       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 243       {
 244         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 245         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 246       }
 247       else
 248       {
 249         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 250         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 251       }
 252
 253     }
 254     else
 255     {
 256       remove(hideSeqs);
 257       remove(groupMenu);
 258     }
 259
 260     if (links != null && links.size() > 0)
 261     {
 262       Menu linkMenu = new Menu(MessageManager.getString("action.link"));
 263       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 264       {
 265         String link = links.elementAt(i);
 266         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 267         if (!urlLink.isValid())
 268         {
 269           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 270           continue;
 271         }
 272         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 273         // link.indexOf("|"));
 274         final String label = urlLink.getLabel();
 275         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 276         {
 277
 278           // collect matching db-refs
 279           DBRefEntry[] dbr = DBRefUtils.selectRefs(
 280                   seq.getDBRef(), new String[]
 281                   { target });
 282           // collect id string too
 283           String id = seq.getName();
 284           String descr = seq.getDescription();
 285           if (descr != null && descr.length() < 1)
 286           {
 287             descr = null;
 288           }
 289           if (dbr != null)
 290           {
 291             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 292             {
 293               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 294               {
 295                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 296                 // string with this link
 297                 id = null;
 298               }
 299               // create Bare ID link for this RUL
 300               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 301                       true);
 302               if (urls != null)
 303               {
 304                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 305                 {
 306                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 307                 }
 308               }
 309             }
 310           }
 311           if (id != null)
 312           {
 313             // create Bare ID link for this RUL
 314             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 315             if (urls != null)
 316             {
 317               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 318               {
 319                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 320               }
 321             }
 322             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 323           }
 324           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 325           // URL links
 326           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 327           {
 328             // create link for this URL from description only if regex matches
 329             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 330             if (urls != null)
 331             {
 332               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 333               {
 334                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 335               }
 336             }
 337           }
 338         }
 339         else
 340         {
 341           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 342         }
 343         /*
 344          * final String url;
 345          *
 346          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 347          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 348          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 349          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 350          *
 351          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 352          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 353          * DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target}); //
 354          * collect id string too String id = seq.getName(); if (id.indexOf("|")
 355          * > -1) { id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null)
 356          * { for (int r=0;r<dbr.length; r++) { if
 357          * (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { // suppress duplicate link
 358          * creation for the bare sequence ID string with this link id = null; }
 359          * addshowLink(linkMenu, dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(),
 360          * target, url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null)
 361          * { // create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 362          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 363          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 364          */
 365       }
 366       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 367       {
 368         if (seq != null)
 369         {
 370           seqMenu.add(linkMenu);
 371         }
 372         else
 373         {
 374           add(linkMenu);
 375         }
 376       }
 377     }
 378     // TODO: add group link menu entry here
 379     if (seq != null)
 380     {
 381       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 382       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 383       {
 384         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 385                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 386                                                           // representative");
 387       }
 388       else
 389       {
 390         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 391                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 392       }
 393       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 394               "label.represent_group_with", new Object[]
 395               { seq.getName() }));
 396     }
 397     else
 398     {
 399       remove(seqMenu);
 400     }
 401
 402     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 403     {
 404       remove(revealAll);
 405       remove(revealSeq);
 406     }
 407     else
 408     {
 409       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 410
 411       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 412               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 413       {
 414         revealSeq_index = index;
 415       }
 416       else
 417       {
 418         remove(revealSeq);
 419       }
 420     }
 421   }
 422
 423         /**
 424    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 425    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 426    */
 427   private void buildAnnotationSubmenus()
 428   {
 429     /*
 430      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 431      */
 432     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 433             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 434     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 435             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 436     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 437             selectedSequence);
 438
 439     /*
 440      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 441      */
 442     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 443             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 444             .getSequences());
 445     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 446             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 447     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 448             selectedGroup);
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 453    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 454    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 455    *
 456    * @param menu
 457    * @param forSequences
 458    */
 459   private void configureReferenceAnnotationsMenu(MenuItem menuItem,
 460           List<SequenceI> forSequences)
 461   {
 462     menuItem.setEnabled(false);
 463
 464     /*
 465      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 466      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 467      */
 468     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 469     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 470     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 471     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 472             tipEntries, candidates, al);
 473     if (!candidates.isEmpty())
 474     {
 475       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 476       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 477
 478       /*
 479        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 480        * configure its action.
 481        */
 482       menuItem.setEnabled(true);
 483
 484       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 485       {
 486         @Override
 487         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 488         {
 489           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 490         }
 491       });
 492     }
 493   }
 494
 495   /**
 496    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 497    *
 498    * @param candidates
 499    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 500    *          of annotations to add to each sequence
 501    */
 502   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 503           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 504   {
 505     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 506     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 507     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 508             selectionGroup);
 509     refresh();
 510   }
 511
 512   /**
 513    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 514    *
 515    * @param linkMenu
 516    * @param target
 517    *          - menu label string
 518    * @param url
 519    *          - url to open
 520    */
 521   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 522           final String url)
 523   {
 524     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 525   }
 526
 527   /**
 528    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 529    *
 530    * @param linkMenu
 531    * @param target
 532    *          - URL target window
 533    * @param label
 534    *          - menu label string
 535    * @param url
 536    *          - url to open
 537    */
 538   private void addshowLink(Menu linkMenu, final String target,
 539           final String label, final String url)
 540   {
 541     MenuItem item = new MenuItem(label);
 542     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 543     {
 544       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 545       {
 546         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 547       }
 548     });
 549     linkMenu.add(item);
 550   }
 551
 552   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 553   {
 554     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 555     {
 556       abovePIDColour_itemStateChanged();
 557     }
 558     else if (evt.getSource() == showColourText)
 559     {
 560       showColourText_itemStateChanged();
 561     }
 562     else if (evt.getSource() == showText)
 563     {
 564       showText_itemStateChanged();
 565     }
 566     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 567     {
 568       showBoxes_itemStateChanged();
 569     }
 570     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 571     {
 572       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 573     }
 574   }
 575
 576   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 577   {
 578     Object source = evt.getSource();
 579     if (source == clustalColour)
 580     {
 581       clustalColour_actionPerformed();
 582     }
 583     else if (source == zappoColour)
 584     {
 585       zappoColour_actionPerformed();
 586     }
 587     else if (source == taylorColour)
 588     {
 589       taylorColour_actionPerformed();
 590     }
 591     else if (source == hydrophobicityColour)
 592     {
 593       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 594     }
 595     else if (source == helixColour)
 596     {
 597       helixColour_actionPerformed();
 598     }
 599     else if (source == strandColour)
 600     {
 601       strandColour_actionPerformed();
 602     }
 603     else if (source == turnColour)
 604     {
 605       turnColour_actionPerformed();
 606     }
 607     else if (source == buriedColour)
 608     {
 609       buriedColour_actionPerformed();
 610     }
 611     else if (source == nucleotideMenuItem)
 612     {
 613       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 614     }
 615
 616     else if (source == userDefinedColour)
 617     {
 618       userDefinedColour_actionPerformed();
 619     }
 620     else if (source == PIDColour)
 621     {
 622       PIDColour_actionPerformed();
 623     }
 624     else if (source == BLOSUM62Colour)
 625     {
 626       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 627     }
 628     else if (source == noColourmenuItem)
 629     {
 630       noColourmenuItem_actionPerformed();
 631     }
 632     else if (source == conservationMenuItem)
 633     {
 634       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 635     }
 636     else if (source == unGroupMenuItem)
 637     {
 638       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 639     }
 640
 641     else if (source == createGroupMenuItem)
 642     {
 643       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 644     }
 645
 646     else if (source == sequenceName)
 647     {
 648       editName();
 649     }
 650     else if (source == makeReferenceSeq)
 651     {
 652       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 653     }
 654     else if (source == sequenceDetails)
 655     {
 656       showSequenceDetails();
 657     }
 658     else if (source == selSeqDetails)
 659     {
 660       showSequenceSelectionDetails();
 661     }
 662     else if (source == pdb)
 663     {
 664       addPDB();
 665     }
 666     else if (source == hideSeqs)
 667     {
 668       hideSequences(false);
 669     }
 670     else if (source == repGroup)
 671     {
 672       hideSequences(true);
 673     }
 674     else if (source == revealSeq)
 675     {
 676       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 677     }
 678     else if (source == revealAll)
 679     {
 680       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 681     }
 682
 683     else if (source == editGroupName)
 684     {
 685       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 686               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 687               "Group Description", ap.alignFrame,
 688               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 689
 690       if (dialog.accept)
 691       {
 692         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 693         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 694       }
 695
 696     }
 697     else if (source == copy)
 698     {
 699       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 700     }
 701     else if (source == cut)
 702     {
 703       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 704     }
 705     else if (source == editSequence)
 706     {
 707       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 708
 709       if (sg != null)
 710       {
 711         if (seq == null)
 712         {
 713           seq = sg.getSequenceAt(0);
 714         }
 715
 716         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 717                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 718                 "Edit Sequence ", null,
 719
 720                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 721
 722         if (dialog.accept)
 723         {
 724           EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 725                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 726                           ap.av.getGapCharacter()),
 727                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 728                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 729                   ap.av.getAlignment());
 730
 731           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 732
 733           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 734                   .getSequences());
 735         }
 736       }
 737     }
 738     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 739     {
 740       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 741       if (sg != null)
 742       {
 743         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 744                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 745
 746         String description;
 747         int caseChange;
 748
 749         if (source == toggleCase)
 750         {
 751           description = "Toggle Case";
 752           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 753         }
 754         else if (source == toUpper)
 755         {
 756           description = "To Upper Case";
 757           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 758         }
 759         else
 760         {
 761           description = "To Lower Case";
 762           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 763         }
 764
 765         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 766                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 767                 startEnd, caseChange);
 768
 769         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 770
 771         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 772                 .getSequences());
 773
 774       }
 775     }
 776     else if (source == sequenceFeature)
 777     {
 778       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 779       if (sg == null)
 780       {
 781         return;
 782       }
 783
 784       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 785       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 786       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 787
 788       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 789       {
 790         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 791         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 792         if (start <= end)
 793         {
 794           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 795           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 796                   end, "Jalview");
 797           rsize++;
 798         }
 799       }
 800       rseqs = new SequenceI[rsize];
 801       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 802       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 803       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 804       features = tfeatures;
 805       seqs = rseqs;
 806
 807       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 808               features, true, ap))
 809       {
 810         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 811         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);;
 812         ap.highlightSearchResults(null);
 813       }
 814     }
 815     else
 816     {
 817       outputText(evt);
 818     }
 819
 820   }
 821
 822   void outputText(ActionEvent e)
 823   {
 824     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 825
 826     Frame frame = new Frame();
 827     frame.add(cap);
 828     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 829             "label.selection_output_command", new Object[]
 830             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 831     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 832     // now returns a full copy of sequence data
 833     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 834
 835     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 836             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 837
 838   }
 839
 840   protected void showSequenceSelectionDetails()
 841   {
 842     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 843   }
 844
 845   protected void showSequenceDetails()
 846   {
 847     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 848     { seq });
 849   }
 850
 851   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 852   {
 853
 854     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 855
 856     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 857     for (SequenceI seq : sequences)
 858     {
 859       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 860               "label.annotation_for_displayid", new Object[]
 861               { seq.getDisplayId(true) }));
 862       new SequenceAnnotationReport(null)
 863               .createSequenceAnnotationReport(
 864                       contents,
 865                       seq,
 866                       true,
 867                       true,
 868                       false,
 869                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax()
 870                               : null);
 871       contents.append("</p>");
 872     }
 873     Frame frame = new Frame();
 874     frame.add(cap);
 875     JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 876             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 877                     : "Selection"), 600, 500);
 878     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 879             new Object[]
 880             { contents.toString() }));
 881   }
 882
 883   void editName()
 884   {
 885     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 886             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 887             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 888             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 889
 890     if (dialog.accept)
 891     {
 892       seq.setName(dialog.getName());
 893       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 894       ap.paintAlignment(false);
 895     }
 896   }
 897
 898   void addPDB()
 899   {
 900     if (seq.getPDBId() != null)
 901     {
 902       PDBEntry entry = seq.getPDBId().firstElement();
 903
 904       if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 905       {
 906         new AppletJmol(entry, new SequenceI[]
 907         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 908       }
 909 //      else
 910 //      {
 911 //        new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[]
 912 //        { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 913 //      }
 914
 915     }
 916     else
 917     {
 918       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 919       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 920       cap.setPDBImport(seq);
 921       Frame frame = new Frame();
 922       frame.add(cap);
 923       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 924               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new Object[]
 925               { seq.getName() }), 400, 300);
 926     }
 927   }
 928
 929   private void jbInit() throws Exception
 930   {
 931     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 932     sequenceFeature.addActionListener(this);
 933
 934     editGroupName.addActionListener(this);
 935     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 936             .getString("action.remove_group"));
 937     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 938
 939     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 940             .getString("action.create_group"));
 941     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 942
 943     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 944             .getString("label.nucleotide"));
 945     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 946     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 947     abovePIDColour.addItemListener(this);
 948     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 949     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 950     showBoxes.setState(true);
 951     showBoxes.addItemListener(this);
 952     sequenceName.addActionListener(this);
 953     sequenceDetails.addActionListener(this);
 954     selSeqDetails.addActionListener(this);
 955     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 956             .getString("label.show_non_conversed"));
 957     displayNonconserved.setState(false);
 958     displayNonconserved.addItemListener(this);
 959     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 960     showText.addItemListener(this);
 961     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 962     showColourText.addItemListener(this);
 963     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 964     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 965     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 966     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 967     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 968             "label.represent_group_with", new Object[]
 969             { "" }));
 970     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 971     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 972     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 973     add(groupMenu);
 974     this.add(seqMenu);
 975     this.add(hideSeqs);
 976     this.add(revealSeq);
 977     this.add(revealAll);
 978     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 979     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 980     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 981     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 982     groupMenu.add(editMenu);
 983     groupMenu.add(outputmenu);
 984     groupMenu.add(sequenceFeature);
 985     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 986     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 987     groupMenu.add(menu1);
 988
 989     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 990     colourMenu.add(clustalColour);
 991     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 992     colourMenu.add(PIDColour);
 993     colourMenu.add(zappoColour);
 994     colourMenu.add(taylorColour);
 995     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 996     colourMenu.add(helixColour);
 997     colourMenu.add(strandColour);
 998     colourMenu.add(turnColour);
 999     colourMenu.add(buriedColour);
1000     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1001     colourMenu.add(userDefinedColour);
1002     colourMenu.addSeparator();
1003     colourMenu.add(abovePIDColour);
1004     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1005
1006     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1007     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1008
1009     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));
1010     clustalColour.addActionListener(this);
1011     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1012     zappoColour.addActionListener(this);
1013     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1014     taylorColour.addActionListener(this);
1015     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
1016     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1017     helixColour.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1018     helixColour.addActionListener(this);
1019     strandColour.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
1020     strandColour.addActionListener(this);
1021     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1022     turnColour.addActionListener(this);
1023     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1024     buriedColour.addActionListener(this);
1025     abovePIDColour.setLabel(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));
1026
1027     userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
1028     userDefinedColour.addActionListener(this);
1029     PIDColour.setLabel(MessageManager.getString("action.percentage_identity"));
1030     PIDColour.addActionListener(this);
1031     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1032     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1033     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.conservation"));
1034
1035     editMenu.add(copy);
1036     copy.addActionListener(this);
1037     editMenu.add(cut);
1038     cut.addActionListener(this);
1039
1040     editMenu.add(editSequence);
1041     editSequence.addActionListener(this);
1042
1043     editMenu.add(toUpper);
1044     toUpper.addActionListener(this);
1045     editMenu.add(toLower);
1046     toLower.addActionListener(this);
1047     editMenu.add(toggleCase);
1048     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1049     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1050     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1051     seqMenu.add(sequenceName);
1052     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1053     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1054
1055     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1056     {
1057       seqMenu.add(pdb);
1058     }
1059     seqMenu.add(repGroup);
1060     menu1.add(editGroupName);
1061     menu1.add(colourMenu);
1062     menu1.add(showBoxes);
1063     menu1.add(showText);
1064     menu1.add(showColourText);
1065     menu1.add(displayNonconserved);
1066     toggleCase.addActionListener(this);
1067     pdb.addActionListener(this);
1068     hideSeqs.addActionListener(this);
1069     repGroup.addActionListener(this);
1070     revealAll.addActionListener(this);
1071     revealSeq.addActionListener(this);
1072     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1073   }
1074
1075   void refresh()
1076   {
1077     ap.paintAlignment(true);
1078   }
1079
1080   protected void clustalColour_actionPerformed()
1081   {
1082     SequenceGroup sg = getGroup();
1083     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1084     refresh();
1085   }
1086
1087   protected void zappoColour_actionPerformed()
1088   {
1089     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1090     refresh();
1091   }
1092
1093   protected void taylorColour_actionPerformed()
1094   {
1095     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1096     refresh();
1097   }
1098
1099   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1100   {
1101     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1102     refresh();
1103   }
1104
1105   protected void helixColour_actionPerformed()
1106   {
1107     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1108     refresh();
1109   }
1110
1111   protected void strandColour_actionPerformed()
1112   {
1113     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1114     refresh();
1115   }
1116
1117   protected void turnColour_actionPerformed()
1118   {
1119     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1120     refresh();
1121   }
1122
1123   protected void buriedColour_actionPerformed()
1124   {
1125     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1126     refresh();
1127   }
1128
1129   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1130   {
1131     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1132     refresh();
1133   }
1134
1135   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1136   {
1137     SequenceGroup sg = getGroup();
1138     if (sg.cs == null)
1139     {
1140       return;
1141     }
1142
1143     if (abovePIDColour.getState())
1144     {
1145       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1146               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1147       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1148               .getName());
1149
1150       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1151
1152       SliderPanel.showPIDSlider();
1153
1154     }
1155     else
1156     // remove PIDColouring
1157     {
1158       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1159     }
1160
1161     refresh();
1162
1163   }
1164
1165   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1166   {
1167     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1168   }
1169
1170   protected void PIDColour_actionPerformed()
1171   {
1172     SequenceGroup sg = getGroup();
1173     sg.cs = new PIDColourScheme();
1174     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1175             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1176     refresh();
1177   }
1178
1179   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1180   {
1181     SequenceGroup sg = getGroup();
1182
1183     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1184
1185     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1186             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1187
1188     refresh();
1189   }
1190
1191   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1192   {
1193     getGroup().cs = null;
1194     refresh();
1195   }
1196
1197   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1198   {
1199     SequenceGroup sg = getGroup();
1200     if (sg.cs == null)
1201     {
1202       return;
1203     }
1204
1205     if (conservationMenuItem.getState())
1206     {
1207
1208       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1209               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1210                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1211                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1212       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1213       SliderPanel.showConservationSlider();
1214     }
1215     else
1216     // remove ConservationColouring
1217     {
1218       sg.cs.setConservation(null);
1219     }
1220
1221     refresh();
1222   }
1223
1224   SequenceGroup getGroup()
1225   {
1226     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1227
1228     // this method won't add a new group if it already exists
1229     if (sg != null)
1230     {
1231       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1232     }
1233
1234     return sg;
1235   }
1236
1237   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1238   {
1239     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1240     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1241     ap.av.setSelectionGroup(null);
1242     ap.paintAlignment(true);
1243   }
1244
1245   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1246   {
1247     getGroup(); // implicitly create group
1248     refresh();
1249   }
1250
1251   public void showColourText_itemStateChanged()
1252   {
1253     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1254     refresh();
1255   }
1256
1257   public void showText_itemStateChanged()
1258   {
1259     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1260     refresh();
1261   }
1262   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1263   {
1264     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1265     {
1266       // initialise the display flags so the user sees something happen
1267       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1268       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1269       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1270     }
1271     else
1272     {
1273       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1274       {
1275         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1276       }
1277       else
1278       {
1279         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1280       }
1281     }
1282     refresh();
1283   }
1284
1285   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1286   {
1287     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1288     refresh();
1289   }
1290
1291   public void showBoxes_itemStateChanged()
1292   {
1293     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1294     refresh();
1295   }
1296
1297   void hideSequences(boolean representGroup)
1298   {
1299     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1300     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1301     {
1302       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1303       { seq });
1304       return;
1305     }
1306
1307     ap.av.setSelectionGroup(null);
1308
1309     if (representGroup)
1310     {
1311       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1312
1313       return;
1314     }
1315
1316     int gsize = sg.getSize();
1317     SequenceI[] hseqs;
1318
1319     hseqs = new SequenceI[gsize];
1320
1321     int index = 0;
1322     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1323     {
1324       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1325     }
1326
1327     ap.av.hideSequence(hseqs);
1328     ap.av.sendSelection();
1329   }
1330
1331   /**
1332    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1333    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1334    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1335    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1336    * <p>
1337    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1338    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1339    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1340    * composite type name, e.g.
1341    * <p>
1342    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1343    *
1344    * @param seq
1345    */
1346   protected void buildAnnotationTypesMenus(Menu showMenu, Menu hideMenu,
1347           List<SequenceI> forSequences)
1348   {
1349     showMenu.removeAll();
1350     hideMenu.removeAll();
1351
1352     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);
1353     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1354     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1355             false);
1356     showMenu.addSeparator();
1357     hideMenu.addSeparator();
1358
1359     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1360             .getAlignmentAnnotation();
1361
1362     /*
1363      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1364      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1365      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1366      * alignment.
1367      */
1368     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1369     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1370     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes,
1371             hiddenTypes,
1372             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations),
1373             forSequences);
1374
1375     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1376     {
1377       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1378       {
1379         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences,
1380                 calcId, type, false, true);
1381       }
1382     }
1383     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1384     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1385
1386     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1387     {
1388       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1389       {
1390         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences,
1391                 calcId, type, false, false);
1392       }
1393     }
1394     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1395     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1396   }
1397
1398   /**
1399    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1400    * menus.
1401    *
1402    * @param showOrHideMenu
1403    *          the menu to add to
1404    * @param forSequences
1405    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1406    * @param calcId
1407    * @param types
1408    *          the label to add
1409    * @param allTypes
1410    *          if true this is a special label meaning 'All'
1411    * @param actionIsShow
1412    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1413    *          type, else hide
1414    */
1415   protected void addAnnotationTypeToShowHide(Menu showOrHideMenu,
1416           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1417           final List<String> types, final boolean allTypes,
1418           final boolean actionIsShow)
1419   {
1420     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1421     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1422     final MenuItem item = new MenuItem(label);
1423     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1424     {
1425       @Override
1426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1427       {
1428         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(), types,
1429                 forSequences, allTypes, actionIsShow);
1430         refresh();
1431       }
1432     });
1433     showOrHideMenu.add(item);
1434   }
1435
1436 }