src/jalview/appletgui/AnnotationRowFilter.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
   4 import jalview.schemes.AnnotationColourGradient;
   5 import jalview.util.MessageManager;
   6
   7 import awt2swing.Button;
   8 import awt2swing.Checkbox;
   9 import awt2swing.Choice;
  10 import awt2swing.Frame;
  11 import awt2swing.Panel;
  12 import awt2swing.Scrollbar;
  13 import awt2swing.TextField;
  14 import java.awt.event.ActionEvent;
  15 import java.util.Vector;
  16
  17
  18
  19 @SuppressWarnings("serial")
  20 public abstract class AnnotationRowFilter extends Panel
  21 {
  22   protected AlignViewport av;
  23
  24   protected AlignmentPanel ap;
  25
  26   protected int[] annmap;
  27
  28   protected boolean enableSeqAss = false;
  29
  30   private AlignmentAnnotation currentAnnotation;
  31
  32   protected boolean adjusting = false;
  33
  34   protected Checkbox currentColours = new Checkbox();
  35
  36   protected Panel minColour = new Panel();
  37
  38   protected Panel maxColour = new Panel();
  39
  40   protected Checkbox seqAssociated = new Checkbox();
  41
  42   protected Checkbox thresholdIsMin = new Checkbox();
  43
  44   protected Scrollbar slider = new Scrollbar(Scrollbar.HORIZONTAL);
  45
  46   protected TextField thresholdValue = new TextField(20);
  47
  48   protected Frame frame;
  49
  50   protected Button ok = new Button();
  51
  52   protected Button cancel = new Button();
  53
  54   /**
  55    * enabled if the user is dragging the slider - try to keep updates to a
  56    * minimun
  57    */
  58   protected boolean sliderDragging = false;
  59
  60
  61   public AnnotationRowFilter(AlignViewport av, final AlignmentPanel ap)
  62   {
  63     this.av = av;
  64     this.ap = ap;
  65   }
  66
  67   public AnnotationRowFilter()
  68   {
  69
  70   }
  71
  72
  73   public Vector getAnnotationItems(boolean isSeqAssociated)
  74   {
  75     Vector list = new Vector();
  76     int index = 1;
  77     int[] anmap = new int[av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length];
  78     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length; i++)
  79     {
  80       if (av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].sequenceRef == null)
  81       {
  82         if (isSeqAssociated)
  83         {
  84           continue;
  85         }
  86       }
  87       else
  88       {
  89         enableSeqAss = true;
  90       }
  91       String label = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[i].label;
  92       if (!list.contains(label))
  93       {
  94         anmap[list.size()] = i;
  95         list.add(label);
  96
  97       }
  98       else
  99       {
 100         if (!isSeqAssociated)
 101         {
 102           anmap[list.size()] = i;
 103           list.add(label + "_" + (index++));
 104         }
 105       }
 106     }
 107     this.annmap = new int[list.size()];
 108     System.arraycopy(anmap, 0, this.annmap, 0, this.annmap.length);
 109     return list;
 110   }
 111
 112   protected int getSelectedThresholdItem(int indexValue)
 113   {
 114     int selectedThresholdItem = -1;
 115     if (indexValue == 1)
 116     {
 117       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.ABOVE_THRESHOLD;
 118     }
 119     else if (indexValue == 2)
 120     {
 121       selectedThresholdItem = AnnotationColourGradient.BELOW_THRESHOLD;
 122     }
 123     return selectedThresholdItem;
 124   }
 125
 126   public void modelChanged()
 127   {
 128     seqAssociated.setEnabled(enableSeqAss);
 129   }
 130
 131   public void ok_actionPerformed(ActionEvent e)
 132   {
 133     updateView();
 134     frame.setVisible(false);
 135   }
 136
 137   public void cancel_actionPerformed(ActionEvent e)
 138   {
 139     reset();
 140     ap.paintAlignment(true);
 141     frame.setVisible(false);
 142   }
 143
 144   public void thresholdCheck_actionPerformed(ActionEvent e)
 145   {
 146     updateView();
 147   }
 148
 149   public void annotations_actionPerformed(ActionEvent e)
 150   {
 151     updateView();
 152   }
 153
 154   public void threshold_actionPerformed(ActionEvent e)
 155   {
 156     updateView();
 157   }
 158
 159   public void thresholdValue_actionPerformed(ActionEvent e)
 160   {
 161     try
 162     {
 163       float f = Float.parseFloat(thresholdValue.getText());
 164       slider.setValue((int) (f * 1000));
 165       updateView();
 166     } catch (NumberFormatException ex)
 167     {
 168     }
 169   }
 170
 171
 172   protected void populateThresholdComboBox(Choice threshold)
 173   {
 174     threshold.addItem(MessageManager
 175             .getString("label.threshold_feature_no_thereshold"));
 176     threshold.addItem(MessageManager
 177             .getString("label.threshold_feature_above_thereshold"));
 178     threshold.addItem(MessageManager
 179             .getString("label.threshold_feature_below_thereshold"));
 180   }
 181
 182
 183   public AlignmentAnnotation getCurrentAnnotation()
 184   {
 185     return currentAnnotation;
 186   }
 187
 188   public void setCurrentAnnotation(AlignmentAnnotation currentAnnotation)
 189   {
 190     this.currentAnnotation = currentAnnotation;
 191   }
 192
 193   public abstract void valueChanged(boolean updateAllAnnotation);
 194
 195   public abstract void updateView();
 196
 197   public abstract void reset();
 198 }