src/jalview/appletgui/AppletJmolBinding.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
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   4  *
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  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 //import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  27 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  28
  29 import java.awt.Container;
  30 import java.util.Map;
  31
  32 import javajs.awt.Dimension;
  33
  34 //import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  35 //import org.jmol.console.AppletConsole;
  36 //import org.jmol.java.BS;
  37
  38 class AppletJmolBinding //extends JalviewJmolBinding
  39 {
  40
  41 //  /**
  42 //   * Window that contains the bound Jmol instance
  43 //   */
  44 //  private AppletJmol appletJmolBinding;
  45 //
  46 //  public AppletJmolBinding(AppletJmol appletJmol,
  47 //          StructureSelectionManager sSm, PDBEntry[] pdbentry,
  48 //          SequenceI[][] seq, String[][] chains, String protocol)
  49 //  {
  50 //    super(sSm, pdbentry, seq, chains, protocol);
  51 //    appletJmolBinding = appletJmol;
  52 //  }
  53 //
  54 //  @Override
  55 //  public jalview.api.FeatureRenderer getFeatureRenderer(
  56 //          AlignmentViewPanel alignment)
  57 //  {
  58 //    AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
  59 //    if (appletJmolBinding.ap.av.isShowSequenceFeatures())
  60 //    {
  61 //      if (appletJmolBinding.fr == null)
  62 //      {
  63 //        appletJmolBinding.fr = new jalview.appletgui.FeatureRenderer(
  64 //                appletJmolBinding.ap.av);
  65 //      }
  66 //
  67 //      appletJmolBinding.fr
  68 //              .transferSettings(appletJmolBinding.ap.seqPanel.seqCanvas
  69 //                      .getFeatureRenderer());
  70 //    }
  71 //
  72 //    return appletJmolBinding.fr;
  73 //  }
  74 //
  75 //  @Override
  76 //  public jalview.api.SequenceRenderer getSequenceRenderer(
  77 //          AlignmentViewPanel alignment)
  78 //  {
  79 //    return new SequenceRenderer(((AlignmentPanel) alignment).av);
  80 //  }
  81 //
  82 //  @Override
  83 //  public void sendConsoleEcho(String strEcho)
  84 //  {
  85 //    if (appletJmolBinding.scriptWindow == null)
  86 //    {
  87 //      appletJmolBinding.showConsole(true);
  88 //    }
  89 //
  90 //    appletJmolBinding.history.append("\n" + strEcho);
  91 //  }
  92 //
  93 //  @Override
  94 //  public void sendConsoleMessage(String strStatus)
  95 //  {
  96 //    if (appletJmolBinding.history != null && strStatus != null
  97 //            && !strStatus.equals("Script completed"))
  98 //    {
  99 //      appletJmolBinding.history.append("\n" + strStatus);
 100 //    }
 101 //  }
 102 //
 103 //  @Override
 104 //  public void showUrl(String url, String target)
 105 //  {
 106 //    appletJmolBinding.ap.alignFrame.showURL(url, target);
 107 //
 108 //  }
 109 //
 110 //  @Override
 111 //  public void refreshGUI()
 112 //  {
 113 //    appletJmolBinding.updateTitleAndMenus();
 114 //  }
 115 //
 116 //  public void updateColours(Object source)
 117 //  {
 118 //    AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) source;
 119 //    colourBySequence(ap);
 120 //  }
 121 //
 122 //  public void showUrl(String url)
 123 //  {
 124 //    try
 125 //    {
 126 //      appletJmolBinding.ap.av.applet.getAppletContext().showDocument(
 127 //              new java.net.URL(url), "jmol");
 128 //    } catch (java.net.MalformedURLException ex)
 129 //    {
 130 //    }
 131 //  }
 132 //
 133 //  public void newJmolPopup(boolean translateLocale, String menuName,
 134 //          boolean asPopup)
 135 //  {
 136 //    // jmolpopup = new JmolAwtPopup(); // is this used?
 137 //    // jmolpopup.jpiInitialize((viewer), menuName);
 138 //  }
 139 //
 140 //  @Override
 141 //  public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 142 //  {
 143 //    // do nothing.
 144 //  }
 145 //
 146 //  public void selectionChanged(BS arg0)
 147 //  {
 148 //    // TODO Auto-generated method stub
 149 //
 150 //  }
 151 //
 152 //  @Override
 153 //  public void refreshPdbEntries()
 154 //  {
 155 //    // noop
 156 //  }
 157 //
 158 //  @Override
 159 //  public void showConsole(boolean show)
 160 //  {
 161 //    appletJmolBinding.showConsole(show);
 162 //  }
 163 //
 164 //  @Override
 165 //  protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 166 //          Container consolePanel, String buttonsToShow)
 167 //  {
 168 //    JmolAppConsoleInterface appc = new AppletConsole();
 169 //    appc.start(viewer);
 170 //    return appc;
 171 //  }
 172 //
 173 //  @Override
 174 //  protected void releaseUIResources()
 175 //  {
 176 //    appletJmolBinding = null;
 177 //    closeConsole();
 178 //  }
 179 //
 180 //  @Override
 181 //  public void releaseReferences(Object svl)
 182 //  {
 183 //  }
 184 //
 185 //  @Override
 186 //  public Dimension resizeInnerPanel(String data)
 187 //  {
 188 //    // TODO Auto-generated method stub
 189 //    return null;
 190 //  }
 191 //
 192 //  @Override
 193 //  public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 194 //  {
 195 //    // TODO Auto-generated method stub
 196 //    return null;
 197 //  }
 198 }