src/jalview/appletgui/ExtJmol.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
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   6  *
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  11  *
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  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
  24 import jalview.api.FeatureRenderer;
  25 import jalview.api.SequenceRenderer;
  26 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 //import jalview.ext.jmol.JalviewJmolBinding;
  29 import jalview.structure.AtomSpec;
  30 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  31 import jalview.structures.models.AAStructureBindingModel;
  32
  33 import java.awt.Container;
  34 import java.util.ArrayList;
  35 import java.util.List;
  36 import java.util.Map;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 //import org.jmol.api.JmolAppConsoleInterface;
  40 //import org.jmol.java.BS;
  41 import org.jmol.viewer.Viewer;
  42
  43 /**
  44  * bind an alignment view to an external Jmol instance.
  45  *
  46  * @author JimP
  47  *
  48  */
  49 public class ExtJmol  extends AAStructureBindingModel //extends JalviewJmolBinding
  50 {
  51
  52         public ExtJmol(StructureSelectionManager ssm, PDBEntry[] pdbentry,
  53                         SequenceI[][] sequenceIs, String[][] chains, String protocol) {
  54                 super(ssm, pdbentry, sequenceIs, chains, protocol);
  55                 // TODO Auto-generated constructor stub
  56         }
  57
  58         @Override
  59         public String[] getPdbFile() {
  60                 // TODO Auto-generated method stub
  61                 return null;
  62         }
  63
  64         @Override
  65         public void updateColours(Object source) {
  66                 // TODO Auto-generated method stub
  67
  68         }
  69
  70         @Override
  71         public void releaseReferences(Object svl) {
  72                 // TODO Auto-generated method stub
  73
  74         }
  75
  76         @Override
  77         public void highlightAtoms(List<AtomSpec> atoms) {
  78                 // TODO Auto-generated method stub
  79
  80         }
  81
  82 //  private AlignmentPanel ap;
  83 //
  84 //  protected ExtJmol(jalview.appletgui.AlignFrame alframe,
  85 //          PDBEntry[] pdbentry, SequenceI[][] seq, String[][] chains,
  86 //          String protocol)
  87 //  {
  88 //    super(alframe.alignPanel.getStructureSelectionManager(), pdbentry, seq,
  89 //            chains, protocol);
  90 //  }
  91 //
  92 //  public ExtJmol(Viewer viewer, AlignmentPanel alignPanel,
  93 //          SequenceI[][] seqs)
  94 //  {
  95 //    super(alignPanel.getStructureSelectionManager(), seqs, viewer);
  96 //    ap = alignPanel;
  97 //    notifyFileLoaded(null, null, null, null, 0);
  98 //  }
  99 //
 100 //  public void updateColours(Object source)
 101 //  {
 102 //
 103 //    // TODO Auto-generated method stub
 104 //
 105 //  }
 106 //
 107 //  public void showUrl(String arg0)
 108 //  {
 109 //    showUrl(arg0, "jmol");
 110 //  }
 111 //
 112 //  @Override
 113 //  public FeatureRenderer getFeatureRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
 114 //  {
 115 //    AlignmentPanel ap = (AlignmentPanel) alignment;
 116 //    if (ap.av.isShowSequenceFeatures())
 117 //    {
 118 //      return ap.getFeatureRenderer();
 119 //    }
 120 //    else
 121 //    {
 122 //      return null;
 123 //    }
 124 //  }
 125 //
 126 //  @Override
 127 //  public SequenceRenderer getSequenceRenderer(AlignmentViewPanel alignment)
 128 //  {
 129 //    return ((AlignmentPanel) alignment).getSequenceRenderer();
 130 //  }
 131 //
 132 //  @Override
 133 //  public void notifyScriptTermination(String strStatus, int msWalltime)
 134 //  {
 135 //    // ignore
 136 //  }
 137 //
 138 //  @Override
 139 //  public void sendConsoleEcho(String strEcho)
 140 //  {
 141 //    // ignore
 142 //  }
 143 //
 144 //  @Override
 145 //  public void sendConsoleMessage(String strStatus)
 146 //  {
 147 //    // ignore
 148 //  }
 149 //
 150 //  @Override
 151 //  public void showUrl(String url, String target)
 152 //  {
 153 //    ap.alignFrame.showURL(url, target);
 154 //  }
 155 //
 156 //  @Override
 157 //  public void refreshGUI()
 158 //  {
 159 //    // ignore
 160 //  }
 161 //
 162 //  public void selectionChanged(BS arg0)
 163 //  {
 164 //    System.out.println(arg0);
 165 //  }
 166 //
 167 //  @Override
 168 //  public void refreshPdbEntries()
 169 //  {
 170 //    List<PDBEntry> pdbe = new ArrayList<PDBEntry>();
 171 //    List<String> fileids = new ArrayList<String>();
 172 //    SequenceI[] sq = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 173 //    for (int s = 0; s < sq.length; s++)
 174 //    {
 175 //      Vector<PDBEntry> pdbids = sq[s].getPDBId();
 176 //      if (pdbids != null)
 177 //      {
 178 //        for (int pe = 0, peSize = pdbids.size(); pe < peSize; pe++)
 179 //        {
 180 //          PDBEntry pentry = pdbids.elementAt(pe);
 181 //          if (!fileids.contains(pentry.getId()))
 182 //          {
 183 //            pdbe.add(pentry);
 184 //          }
 185 //          else
 186 //          {
 187 //            fileids.add(pentry.getId());
 188 //          }
 189 //        }
 190 //      }
 191 //    }
 192 //    PDBEntry[] newEntries = new PDBEntry[pdbe.size()];
 193 //    for (int pe = 0; pe < pdbe.size(); pe++)
 194 //    {
 195 //      newEntries[pe] = pdbe.get(pe);
 196 //    }
 197 //    setPdbentry(newEntries);
 198 //  }
 199 //
 200 //  @Override
 201 //  public void showConsole(boolean show)
 202 //  {
 203 //    // This never gets called because we haven't overriden the associated Jmol's
 204 //    // console
 205 //    System.err
 206 //            .println("WARNING: unexpected call to ExtJmol's showConsole method. (showConsole="
 207 //                    + show);
 208 //  }
 209 //
 210 //  @Override
 211 //  protected JmolAppConsoleInterface createJmolConsole(
 212 //          Container consolePanel, String buttonsToShow)
 213 //  {
 214 //    // TODO Auto-generated method stub
 215 //    return null;
 216 //  }
 217 //
 218 //  @Override
 219 //  protected void releaseUIResources()
 220 //  {
 221 //    ap = null;
 222 //    closeConsole();
 223 //
 224 //  }
 225 //
 226 //  @Override
 227 //  public void releaseReferences(Object svl)
 228 //  {
 229 //    // TODO Auto-generated method stub
 230 //
 231 //  }
 232 //
 233 //  @Override
 234 //  public Map<String, Object> getJSpecViewProperty(String arg0)
 235 //  {
 236 //    // TODO Auto-generated method stub
 237 //    return null;
 238 //  }
 239 //
 240 }