src/jalview/appletgui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.commands.EditCommand;
  25 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  26 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  27 import jalview.datamodel.SearchResults;
  28 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  29 import jalview.datamodel.Sequence;
  30 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  31 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  32 import jalview.datamodel.SequenceI;
  33 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  34 import jalview.structure.SelectionListener;
  35 import jalview.structure.SelectionSource;
  36 import jalview.structure.SequenceListener;
  37 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  38 import jalview.structure.VamsasSource;
  39 import jalview.util.Comparison;
  40 import jalview.util.MappingUtils;
  41 import jalview.util.MessageManager;
  42 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  43
  44 import java.awt.BorderLayout;
  45 import java.awt.Font;
  46 import java.awt.FontMetrics;
  47 import awt2swing.Panel;
  48 import java.awt.Point;
  49 import java.awt.event.InputEvent;
  50 import java.awt.event.MouseEvent;
  51 import java.awt.event.MouseListener;
  52 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  53 import java.util.List;
  54 import java.util.Vector;
  55
  56 public class SeqPanel extends Panel implements MouseMotionListener,
  57         MouseListener, SequenceListener, SelectionListener
  58 {
  59
  60   public SeqCanvas seqCanvas;
  61
  62   public AlignmentPanel ap;
  63
  64   protected int lastres;
  65
  66   protected int startseq;
  67
  68   protected AlignViewport av;
  69
  70   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the
  71   // conservation
  72   boolean seqEditOccurred = false;
  73
  74   ScrollThread scrollThread = null;
  75
  76   boolean mouseDragging = false;
  77
  78   boolean editingSeqs = false;
  79
  80   boolean groupEditing = false;
  81
  82   int oldSeq = -1;
  83
  84   boolean changeEndSeq = false;
  85
  86   boolean changeStartSeq = false;
  87
  88   boolean changeEndRes = false;
  89
  90   boolean changeStartRes = false;
  91
  92   SequenceGroup stretchGroup = null;
  93
  94   StringBuffer keyboardNo1;
  95
  96   StringBuffer keyboardNo2;
  97
  98   boolean mouseWheelPressed = false;
  99
 100   Point lastMousePress;
 101
 102   EditCommand editCommand;
 103
 104   StructureSelectionManager ssm;
 105
 106   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)
 107   {
 108     this.av = avp;
 109
 110     setName("seqPanel");
 111
 112     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);
 113     setLayout(new BorderLayout());
 114     add(seqCanvas);
 115
 116     ap = p;
 117
 118     seqCanvas.addMouseMotionListener(this);
 119     seqCanvas.addMouseListener(this);
 120     ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager(av.applet);
 121     ssm.addStructureViewerListener(this);
 122     ssm.addSelectionListener(this);
 123
 124     seqCanvas.repaint();
 125   }
 126
 127   void endEditing()
 128   {
 129     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 130     {
 131       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 132       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 133               .getSequences());
 134     }
 135
 136     startseq = -1;
 137     lastres = -1;
 138     editingSeqs = false;
 139     groupEditing = false;
 140     keyboardNo1 = null;
 141     keyboardNo2 = null;
 142     editCommand = null;
 143   }
 144
 145   void setCursorRow()
 146   {
 147     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 148     scrollToVisible();
 149   }
 150
 151   void setCursorColumn()
 152   {
 153     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 154     scrollToVisible();
 155   }
 156
 157   void setCursorRowAndColumn()
 158   {
 159     if (keyboardNo2 == null)
 160     {
 161       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 162     }
 163     else
 164     {
 165       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 166       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 167       scrollToVisible();
 168     }
 169   }
 170
 171   void setCursorPosition()
 172   {
 173     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 174
 175     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 176     scrollToVisible();
 177   }
 178
 179   void moveCursor(int dx, int dy)
 180   {
 181     seqCanvas.cursorX += dx;
 182     seqCanvas.cursorY += dy;
 183     if (av.hasHiddenColumns()
 184             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 185     {
 186       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 187       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 188
 189       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 190               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 191       {
 192         seqCanvas.cursorX += dx;
 193       }
 194
 195       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 196               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 197       {
 198         seqCanvas.cursorX = original;
 199       }
 200     }
 201     scrollToVisible();
 202   }
 203
 204   void scrollToVisible()
 205   {
 206     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 207     {
 208       seqCanvas.cursorX = 0;
 209     }
 210     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 211     {
 212       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 213     }
 214
 215     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 216     {
 217       seqCanvas.cursorY = 0;
 218     }
 219     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 220     {
 221       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 222     }
 223
 224     endEditing();
 225     if (av.getWrapAlignment())
 226     {
 227       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 228     }
 229     else
 230     {
 231       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 232       {
 233         ap.scrollUp(true);
 234       }
 235       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 236       {
 237         ap.scrollUp(false);
 238       }
 239       while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 240               .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 241       {
 242
 243         if (!ap.scrollRight(false))
 244         {
 245           break;
 246         }
 247       }
 248       while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 249               .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 250       {
 251         if (!ap.scrollRight(true))
 252         {
 253           break;
 254         }
 255       }
 256     }
 257     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 258             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 259
 260     seqCanvas.repaint();
 261   }
 262
 263   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 264   {
 265     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 266
 267     if (av.getSelectionGroup() != null)
 268     {
 269       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 270       // Find the top and bottom of this group
 271       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 272       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 273       {
 274         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 275         if (index > max)
 276         {
 277           max = index;
 278         }
 279         if (index < min)
 280         {
 281           min = index;
 282         }
 283       }
 284
 285       max++;
 286
 287       if (topLeft)
 288       {
 289         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 290         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 291         {
 292           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 293         }
 294
 295         min = seqCanvas.cursorY;
 296       }
 297       else
 298       {
 299         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 300         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 301         {
 302           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 303         }
 304
 305         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 306       }
 307
 308       if (min > max)
 309       {
 310         // Only the user can do this
 311         av.setSelectionGroup(null);
 312       }
 313       else
 314       {
 315         // Now add any sequences between min and max
 316         sg.clear();
 317         for (int i = min; i < max; i++)
 318         {
 319           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 320         }
 321       }
 322     }
 323
 324     if (av.getSelectionGroup() == null)
 325     {
 326       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 327       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 328       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 329       sg.addSequence(sequence, false);
 330       av.setSelectionGroup(sg);
 331     }
 332     ap.paintAlignment(false);
 333     av.sendSelection();
 334   }
 335
 336   void insertGapAtCursor(boolean group)
 337   {
 338     groupEditing = group;
 339     startseq = seqCanvas.cursorY;
 340     lastres = seqCanvas.cursorX;
 341     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 342     endEditing();
 343   }
 344
 345   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 346   {
 347     groupEditing = group;
 348     startseq = seqCanvas.cursorY;
 349     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 350     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 351     endEditing();
 352   }
 353
 354   void numberPressed(char value)
 355   {
 356     if (keyboardNo1 == null)
 357     {
 358       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 359     }
 360
 361     if (keyboardNo2 != null)
 362     {
 363       keyboardNo2.append(value);
 364     }
 365     else
 366     {
 367       keyboardNo1.append(value);
 368     }
 369   }
 370
 371   int getKeyboardNo1()
 372   {
 373     try
 374     {
 375       if (keyboardNo1 != null)
 376       {
 377         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 378         keyboardNo1 = null;
 379         return value;
 380       }
 381     } catch (Exception x)
 382     {
 383     }
 384     keyboardNo1 = null;
 385     return 1;
 386   }
 387
 388   int getKeyboardNo2()
 389   {
 390     try
 391     {
 392       if (keyboardNo2 != null)
 393       {
 394         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 395         keyboardNo2 = null;
 396         return value;
 397       }
 398     } catch (Exception x)
 399     {
 400     }
 401     keyboardNo2 = null;
 402     return 1;
 403   }
 404
 405   /**
 406    * Set status message in alignment panel
 407    *
 408    * @param sequence
 409    *          aligned sequence object
 410    * @param res
 411    *          alignment column
 412    * @param seq
 413    *          index of sequence in alignment
 414    * @return position of res in sequence
 415    */
 416   void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 417   {
 418     // TODO remove duplication of identical gui method
 419     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 420     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 421     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 422
 423     String residue = null;
 424     /*
 425      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 426      */
 427     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 428     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 429     {
 430       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 431       if (residue != null)
 432       {
 433         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 434       }
 435     }
 436     else
 437     {
 438       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 439               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
 440       if (residue != null)
 441       {
 442         text.append(" Residue: ").append(residue);
 443       }
 444     }
 445
 446     int pos = -1;
 447     if (residue != null)
 448     {
 449       pos = sequence.findPosition(res);
 450       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 451     }
 452     // Object obj = null;
 453     // if (av.getAlignment().isNucleotide())
 454     // {
 455     // obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 456     // + "");
 457     // if (obj != null)
 458     // {
 459     // text.append(" Nucleotide: ");
 460     // }
 461     // }
 462     // else
 463     // {
 464     // obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 465     // if (obj != null)
 466     // {
 467     // text.append("  Residue: ");
 468     // }
 469     // }
 470     //
 471     // if (obj != null)
 472     // {
 473     //
 474     // if (obj != "")
 475     // {
 476     // text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) + ")");
 477     // }
 478     // }
 479
 480     ap.alignFrame.setStatus(text.toString());
 481
 482   }
 483
 484   /**
 485    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 486    * search results.
 487    *
 488    * @param results
 489    */
 490   private void setStatusMessage(SearchResults results)
 491   {
 492     List<Match> matches = results.getResults();
 493     if (!matches.isEmpty())
 494     {
 495       Match m = matches.get(0);
 496       SequenceI seq = m.getSequence();
 497       int sequenceIndex = this.av.getAlignment().findIndex(seq);
 498
 499       /*
 500        * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array index
 501        * (base 0)
 502        */
 503       int start = m.getStart() - 1;
 504       setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 505     }
 506   }
 507
 508   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 509   {
 510     lastMousePress = evt.getPoint();
 511
 512     // For now, ignore the mouseWheel font resizing on Macs
 513     // As the Button2_mask always seems to be true
 514     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) == InputEvent.BUTTON2_MASK
 515             && !av.MAC)
 516     {
 517       mouseWheelPressed = true;
 518       return;
 519     }
 520
 521     if (evt.isShiftDown() || evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 522     {
 523       if (evt.isControlDown() || evt.isAltDown())
 524       {
 525         groupEditing = true;
 526       }
 527       editingSeqs = true;
 528     }
 529     else
 530     {
 531       doMousePressedDefineMode(evt);
 532       return;
 533     }
 534
 535     int seq = findSeq(evt);
 536     int res = findRes(evt);
 537
 538     if (seq < 0 || res < 0)
 539     {
 540       return;
 541     }
 542
 543     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 544             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 545     {
 546       startseq = seq;
 547       lastres = res;
 548     }
 549     else
 550     {
 551       startseq = -1;
 552       lastres = -1;
 553     }
 554
 555     return;
 556   }
 557
 558   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 559   {
 560     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
 561     if (evt.getClickCount() > 1)
 562     {
 563       if (av.getSelectionGroup() != null
 564               && av.getSelectionGroup().getSize() == 1
 565               && av.getSelectionGroup().getEndRes()
 566                       - av.getSelectionGroup().getStartRes() < 2)
 567       {
 568         av.setSelectionGroup(null);
 569       }
 570
 571       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(sequence,
 572               sequence.findPosition(findRes(evt)));
 573
 574       if (features != null && features.length > 0)
 575       {
 576         SearchResults highlight = new SearchResults();
 577         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
 578                 features[0].getEnd());
 579         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
 580       }
 581       if (features != null && features.length > 0)
 582       {
 583         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
 584         { sequence }, features, false, ap);
 585
 586         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
 587       }
 588     }
 589   }
 590
 591   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 592   {
 593     mouseDragging = false;
 594     mouseWheelPressed = false;
 595     ap.paintAlignment(true);
 596
 597     if (!editingSeqs)
 598     {
 599       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 600       return;
 601     }
 602
 603     endEditing();
 604
 605   }
 606
 607   int startWrapBlock = -1;
 608
 609   int wrappedBlock = -1;
 610
 611   int findRes(MouseEvent evt)
 612   {
 613     int res = 0;
 614     int x = evt.getX();
 615
 616     if (av.getWrapAlignment())
 617     {
 618
 619       int hgap = av.getCharHeight();
 620       if (av.getScaleAboveWrapped())
 621       {
 622         hgap += av.getCharHeight();
 623       }
 624
 625       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 626               + hgap
 627               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 628
 629       int y = evt.getY();
 630       y -= hgap;
 631       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 632
 633       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(getSize().width);
 634       if (cwidth < 1)
 635       {
 636         return 0;
 637       }
 638
 639       wrappedBlock = y / cHeight;
 640       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 641
 642       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 643
 644     }
 645     else
 646     {
 647       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 648     }
 649
 650     if (av.hasHiddenColumns())
 651     {
 652       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 653     }
 654
 655     return res;
 656
 657   }
 658
 659   int findSeq(MouseEvent evt)
 660   {
 661     final int sqnum = findAlRow(evt);
 662     return (sqnum < 0) ? 0 : sqnum;
 663   }
 664
 665   /**
 666    *
 667    * @param evt
 668    * @return row in alignment that was selected (or -1 for column selection)
 669    */
 670   private int findAlRow(MouseEvent evt)
 671   {
 672     int seq = 0;
 673     int y = evt.getY();
 674
 675     if (av.getWrapAlignment())
 676     {
 677       int hgap = av.getCharHeight();
 678       if (av.getScaleAboveWrapped())
 679       {
 680         hgap += av.getCharHeight();
 681       }
 682
 683       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 684               + hgap
 685               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 686
 687       y -= hgap;
 688
 689       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 690               .getHeight() - 1);
 691       if (seq < 0)
 692       {
 693         seq = -1;
 694       }
 695     }
 696     else
 697     {
 698       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 699               .getAlignment().getHeight() - 1);
 700       if (seq < 0)
 701       {
 702         seq = -1;
 703       }
 704     }
 705
 706     return seq;
 707   }
 708
 709   public void doMousePressed(MouseEvent evt)
 710   {
 711
 712     int seq = findSeq(evt);
 713     int res = findRes(evt);
 714
 715     if (seq < av.getAlignment().getHeight()
 716             && res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())
 717     {
 718       // char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);
 719       // Find the residue's position in the sequence (res is the position
 720       // in the alignment
 721
 722       startseq = seq;
 723       lastres = res;
 724     }
 725     else
 726     {
 727       startseq = -1;
 728       lastres = -1;
 729     }
 730
 731     return;
 732   }
 733
 734   String lastMessage;
 735
 736   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 737   {
 738     String tmp = sequence.hashCode() + index + "";
 739     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 740     {
 741       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 742     }
 743
 744     lastMessage = tmp;
 745   }
 746
 747   public void highlightSequence(SearchResults results)
 748   {
 749     if (av.isFollowHighlight())
 750     {
 751       if (ap.scrollToPosition(results, true))
 752       {
 753         ap.alignFrame.repaint();
 754       }
 755     }
 756     setStatusMessage(results);
 757     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 758
 759   }
 760
 761   @Override
 762   public VamsasSource getVamsasSource()
 763   {
 764     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 765   }
 766
 767   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 768   {
 769     System.out.println("update the seqPanel colours");
 770     // repaint();
 771   }
 772
 773   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 774   {
 775     int res = findRes(evt);
 776     int seq = findSeq(evt);
 777
 778     if (seq >= av.getAlignment().getHeight() || seq < 0 || res < 0)
 779     {
 780       if (tooltip != null)
 781       {
 782         tooltip.setTip("");
 783       }
 784       return;
 785     }
 786
 787     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 788     if (res > sequence.getLength())
 789     {
 790       if (tooltip != null)
 791       {
 792         tooltip.setTip("");
 793       }
 794       return;
 795     }
 796
 797     int respos = sequence.findPosition(res);
 798     if (ssm != null)
 799     {
 800       mouseOverSequence(sequence, res, respos);
 801     }
 802
 803     StringBuilder text = new StringBuilder();
 804     text.append("Sequence ").append(Integer.toString(seq + 1))
 805             .append(" ID: ").append(sequence.getName());
 806
 807     String obj = null;
 808     final String ch = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 809     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 810     {
 811       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(ch);
 812       if (obj != null)
 813       {
 814         text.append(" Nucleotide: ").append(obj);
 815       }
 816     }
 817     else
 818     {
 819       obj = "X".equalsIgnoreCase(ch) ? "X"
 820               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(ch);
 821       if (obj != null)
 822       {
 823         text.append(" Residue: ").append(obj);
 824       }
 825     }
 826
 827     if (obj != null)
 828     {
 829       text.append(" (").append(Integer.toString(respos)).append(")");
 830     }
 831
 832     ap.alignFrame.setStatus(text.toString());
 833
 834     StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 835     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 836     if (groups != null)
 837     {
 838       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 839       {
 840         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 841         {
 842           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 843                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 844           {
 845             tooltipText.append(groups[g].getName()).append(" ");
 846           }
 847           if (groups[g].getDescription() != null)
 848           {
 849             tooltipText.append(groups[g].getDescription());
 850           }
 851           tooltipText.append("\n");
 852         }
 853       }
 854     }
 855
 856     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 857     SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
 858             sequence.findPosition(res));
 859
 860     int index = 0;
 861     while (index < allFeatures.length)
 862     {
 863       SequenceFeature sf = allFeatures[index];
 864
 865       tooltipText.append(sf.getType() + " " + sf.begin + ":" + sf.end);
 866
 867       if (sf.getDescription() != null)
 868       {
 869         tooltipText.append(" " + sf.getDescription());
 870       }
 871
 872       if (sf.getValue("status") != null)
 873       {
 874         String status = sf.getValue("status").toString();
 875         if (status.length() > 0)
 876         {
 877           tooltipText.append(" (" + sf.getValue("status") + ")");
 878         }
 879       }
 880       tooltipText.append("\n");
 881
 882       index++;
 883     }
 884
 885     if (tooltip == null)
 886     {
 887       tooltip = new Tooltip(tooltipText.toString(), seqCanvas);
 888     }
 889     else
 890     {
 891       tooltip.setTip(tooltipText.toString());
 892     }
 893   }
 894
 895   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 896   {
 897     Vector tmp = new Vector();
 898     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 899     if (features != null)
 900     {
 901       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 902       {
 903         if (av.getFeaturesDisplayed() == null
 904                 || !av.getFeaturesDisplayed().isVisible(features[i].getType()))
 905         {
 906           continue;
 907         }
 908
 909         if (features[i].featureGroup != null
 910                 && !seqCanvas.fr.checkGroupVisibility(features[i].featureGroup,false))
 911         {
 912           continue;
 913         }
 914
 915         if ((features[i].getBegin() <= res)
 916                 && (features[i].getEnd() >= res))
 917         {
 918           tmp.addElement(features[i]);
 919         }
 920       }
 921     }
 922
 923     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 924     tmp.copyInto(features);
 925
 926     return features;
 927   }
 928
 929   Tooltip tooltip;
 930
 931   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 932   {
 933     if (mouseWheelPressed)
 934     {
 935       int oldWidth = av.getCharWidth();
 936
 937       // Which is bigger, left-right or up-down?
 938       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.y) > Math.abs(evt.getX()
 939               - lastMousePress.x))
 940       {
 941         int fontSize = av.font.getSize();
 942
 943         if (evt.getY() < lastMousePress.y && av.getCharHeight() > 1)
 944         {
 945           fontSize--;
 946         }
 947         else if (evt.getY() > lastMousePress.y)
 948         {
 949           fontSize++;
 950         }
 951
 952         if (fontSize < 1)
 953         {
 954           fontSize = 1;
 955         }
 956
 957         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 958         av.setCharWidth(oldWidth);
 959       }
 960       else
 961       {
 962         if (evt.getX() < lastMousePress.x && av.getCharWidth() > 1)
 963         {
 964           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 965         }
 966         else if (evt.getX() > lastMousePress.x)
 967         {
 968           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 969         }
 970
 971         if (av.getCharWidth() < 1)
 972         {
 973           av.setCharWidth(1);
 974         }
 975       }
 976
 977       ap.fontChanged();
 978
 979       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 980       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 981
 982       lastMousePress = evt.getPoint();
 983
 984       ap.paintAlignment(false);
 985       ap.annotationPanel.image = null;
 986       return;
 987     }
 988
 989     if (!editingSeqs)
 990     {
 991       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 992       return;
 993     }
 994
 995     int res = findRes(evt);
 996
 997     if (res < 0)
 998     {
 999       res = 0;
1000     }
1001
1002     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1003     {
1004       return;
1005     }
1006
1007     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1008     {
1009       // dragLeft, delete gap
1010       editSequence(false, res);
1011     }
1012     else
1013     {
1014       editSequence(true, res);
1015     }
1016
1017     mouseDragging = true;
1018     if (scrollThread != null)
1019     {
1020       scrollThread.setEvent(evt);
1021     }
1022
1023   }
1024
1025   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1026   {
1027     int fixedLeft = -1;
1028     int fixedRight = -1;
1029     boolean fixedColumns = false;
1030     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1031
1032     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1033
1034     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1035     {
1036       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1037       {
1038         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1039         groupEditing = true;
1040       }
1041     }
1042
1043     StringBuffer message = new StringBuffer();
1044     if (groupEditing)
1045     {
1046       message.append(MessageManager.getString("action.edit_group")).append(
1047               ":");
1048       if (editCommand == null)
1049       {
1050         editCommand = new EditCommand(
1051                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1052       }
1053     }
1054     else
1055     {
1056       message.append(MessageManager.getString("label.edit_sequence"))
1057               .append(" " + seq.getName());
1058       String label = seq.getName();
1059       if (label.length() > 10)
1060       {
1061         label = label.substring(0, 10);
1062       }
1063       if (editCommand == null)
1064       {
1065         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1066                 "label.edit_params", new String[]
1067                 { label }));
1068       }
1069     }
1070
1071     if (insertGap)
1072     {
1073       message.append(" insert ");
1074     }
1075     else
1076     {
1077       message.append(" delete ");
1078     }
1079
1080     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1081     ap.alignFrame.setStatus(message.toString());
1082
1083     // Are we editing within a selection group?
1084     if (groupEditing
1085             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1086                     .contains(seq)))
1087     {
1088       fixedColumns = true;
1089
1090       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1091       // but the sequence represents a group
1092       if (sg == null)
1093       {
1094         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1095         {
1096           endEditing();
1097           return;
1098         }
1099
1100         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1101       }
1102
1103       fixedLeft = sg.getStartRes();
1104       fixedRight = sg.getEndRes();
1105
1106       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1107               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1108               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1109               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1110       {
1111         endEditing();
1112         return;
1113       }
1114
1115       if (fixedLeft > startres)
1116       {
1117         fixedRight = fixedLeft - 1;
1118         fixedLeft = 0;
1119       }
1120       else if (fixedRight < startres)
1121       {
1122         fixedLeft = fixedRight;
1123         fixedRight = -1;
1124       }
1125     }
1126
1127     if (av.hasHiddenColumns())
1128     {
1129       fixedColumns = true;
1130       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1131       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1132
1133       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1134               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1135       {
1136         endEditing();
1137         return;
1138       }
1139
1140       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1141       // Selection spans a hidden region
1142       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1143       {
1144         if (startres >= y2)
1145         {
1146           fixedLeft = y2;
1147         }
1148         else
1149         {
1150           fixedRight = y2 - 1;
1151         }
1152       }
1153     }
1154
1155     if (groupEditing)
1156     {
1157       SequenceI[] groupSeqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1158               .toArray(new SequenceI[0]);
1159
1160       // drag to right
1161       if (insertGap)
1162       {
1163         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1164         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1165         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1166                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1167         {
1168           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1169           fixedRight = sg.getEndRes();
1170         }
1171
1172         // Is it valid with fixed columns??
1173         // Find the next gap before the end
1174         // of the visible region boundary
1175         boolean blank = false;
1176         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1177         {
1178           blank = true;
1179
1180           for (SequenceI gs : groupSeqs)
1181           {
1182             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1183             {
1184               if (!Comparison.isGap(gs.getCharAt(fixedRight
1185                       - j)))
1186               {
1187                 blank = false;
1188                 break;
1189               }
1190             }
1191           }
1192           if (blank)
1193           {
1194             break;
1195           }
1196         }
1197
1198         if (!blank)
1199         {
1200           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1201           {
1202             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1203                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1204             {
1205               endEditing();
1206               return;
1207             }
1208
1209             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1210             if (av.hasHiddenRows())
1211             {
1212               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1213                       .getWidth();
1214               if (hwidth > alWidth)
1215               {
1216                 alWidth = hwidth;
1217               }
1218             }
1219             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1220             // contains all the sequences
1221             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1222             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1223           }
1224           else
1225           {
1226             endEditing();
1227             return;
1228           }
1229         }
1230       }
1231
1232       // drag to left
1233       else if (!insertGap)
1234       {
1235         // / Are we able to delete?
1236         // ie are all columns blank?
1237
1238         for (SequenceI gs : groupSeqs)
1239         {
1240           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1241           {
1242             if (gs.getLength() <= j)
1243             {
1244               continue;
1245             }
1246
1247             if (!Comparison.isGap(gs.getCharAt(j)))
1248             {
1249               // Not a gap, block edit not valid
1250               endEditing();
1251               return;
1252             }
1253           }
1254         }
1255       }
1256
1257       if (insertGap)
1258       {
1259         // dragging to the right
1260         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1261         {
1262           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1263           {
1264             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1265           }
1266         }
1267         else
1268         {
1269           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1270                   startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1271         }
1272       }
1273       else
1274       {
1275         // dragging to the left
1276         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1277         {
1278           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1279           {
1280             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1281           }
1282         }
1283         else
1284         {
1285           editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1286                   lastres - startres, av.getAlignment(), true);
1287         }
1288
1289       }
1290     }
1291     else
1292     // ///Editing a single sequence///////////
1293     {
1294       if (insertGap)
1295       {
1296         // dragging to the right
1297         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1298         {
1299           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1300           {
1301             insertChar(j, new SequenceI[]
1302             { seq }, fixedRight);
1303           }
1304         }
1305         else
1306         {
1307           editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1308           { seq }, lastres, startres - lastres, av.getAlignment(), true);
1309         }
1310       }
1311       else
1312       {
1313         // dragging to the left
1314         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1315         {
1316           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1317           {
1318             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1319             {
1320               endEditing();
1321               break;
1322             }
1323             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1324             { seq }, fixedRight);
1325           }
1326         }
1327         else
1328         {
1329           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1330           int max = 0;
1331           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1332           {
1333             if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1334             {
1335               break;
1336             }
1337             max++;
1338           }
1339
1340           if (max > 0)
1341           {
1342             editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1343             { seq }, startres, max, av.getAlignment(), true);
1344           }
1345         }
1346       }
1347     }
1348
1349     lastres = startres;
1350     seqCanvas.repaint();
1351   }
1352
1353   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1354   {
1355     int blankColumn = fixedColumn;
1356     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1357     {
1358       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1359       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1360
1361       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1362       {
1363         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1364         {
1365           // Theres a space, so break and insert the gap
1366           break;
1367         }
1368       }
1369
1370       if (blankColumn <= j)
1371       {
1372         blankColumn = fixedColumn;
1373         endEditing();
1374         return;
1375       }
1376     }
1377
1378     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1379             av.getAlignment(), true);
1380
1381     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1382             true);
1383
1384   }
1385
1386   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1387   {
1388
1389     editCommand.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.getAlignment(),
1390             true);
1391
1392     editCommand.appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1393             av.getAlignment(), true);
1394   }
1395
1396   // ////////////////////////////////////////
1397   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
1398   // ////////////////////////////////////////
1399   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1400   {
1401     if (scrollThread != null)
1402     {
1403       scrollThread.running = false;
1404       scrollThread = null;
1405     }
1406
1407     int res = findRes(evt);
1408     int seq = findSeq(evt);
1409     oldSeq = seq;
1410     startWrapBlock = wrappedBlock;
1411
1412     if (seq == -1)
1413     {
1414       return;
1415     }
1416
1417     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1418
1419     if (sequence == null || res > sequence.getLength())
1420     {
1421       return;
1422     }
1423
1424     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1425
1426     if (stretchGroup == null)
1427     {
1428       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1429       if (stretchGroup != null && res > stretchGroup.getStartRes()
1430               && res < stretchGroup.getEndRes())
1431       {
1432         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1433       }
1434       else
1435       {
1436         stretchGroup = null;
1437       }
1438     }
1439
1440     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1441             || stretchGroup.getStartRes() > res
1442             || stretchGroup.getEndRes() < res)
1443     {
1444       stretchGroup = null;
1445
1446       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1447
1448       if (allGroups != null)
1449       {
1450         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1451         {
1452           if (allGroups[i].getStartRes() <= res
1453                   && allGroups[i].getEndRes() >= res)
1454           {
1455             stretchGroup = allGroups[i];
1456             break;
1457           }
1458         }
1459       }
1460       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1461     }
1462
1463     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
1464     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
1465     {
1466       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(sequence,
1467               sequence.findPosition(res));
1468
1469       Vector<String> links = null;
1470       if (allFeatures != null)
1471       {
1472         for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1473         {
1474           if (allFeatures[i].links != null)
1475           {
1476             if (links == null)
1477             {
1478               links = new Vector<String>();
1479             }
1480             for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1481             {
1482               links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1483             }
1484           }
1485         }
1486       }
1487       APopupMenu popup = new APopupMenu(ap, null, links);
1488       this.add(popup);
1489       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1490       return;
1491     }
1492
1493     if (av.cursorMode)
1494     {
1495       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1496       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1497       seqCanvas.repaint();
1498       return;
1499     }
1500
1501     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1502
1503     if (stretchGroup == null)
1504     {
1505       // define a new group here
1506       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1507       sg.setStartRes(res);
1508       sg.setEndRes(res);
1509       sg.addSequence(sequence, false);
1510       av.setSelectionGroup(sg);
1511       stretchGroup = sg;
1512
1513       if (av.getConservationSelected())
1514       {
1515         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1516                 "Background");
1517       }
1518       if (av.getAbovePIDThreshold())
1519       {
1520         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1521                 "Background");
1522       }
1523
1524     }
1525   }
1526
1527   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1528   {
1529     if (stretchGroup == null)
1530     {
1531       return;
1532     }
1533
1534     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1535                                        // state
1536     if (stretchGroup.cs != null)
1537     {
1538       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1539               av.getHiddenRepSequences());
1540
1541       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1542       {
1543         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1544                 stretchGroup.getName());
1545       }
1546       else
1547       {
1548         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1549                 stretchGroup.getName());
1550       }
1551     }
1552     changeEndRes = false;
1553     changeStartRes = false;
1554     stretchGroup = null;
1555     PaintRefresher.Refresh(ap, av.getSequenceSetId());
1556     ap.paintAlignment(true);
1557     av.sendSelection();
1558   }
1559
1560   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1561   {
1562     int res = findRes(evt);
1563     int y = findSeq(evt);
1564
1565     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1566     {
1567       return;
1568     }
1569
1570     if (stretchGroup == null)
1571     {
1572       return;
1573     }
1574
1575     mouseDragging = true;
1576
1577     if (y > av.getAlignment().getHeight())
1578     {
1579       y = av.getAlignment().getHeight() - 1;
1580     }
1581
1582     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1583     {
1584       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1585     }
1586
1587     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1588     {
1589       // Edit end res position of selected group
1590       changeEndRes = true;
1591     }
1592     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1593     {
1594       // Edit start res position of selected group
1595       changeStartRes = true;
1596     }
1597
1598     if (res < 0)
1599     {
1600       res = 0;
1601     }
1602
1603     if (changeEndRes)
1604     {
1605       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1606       {
1607         stretchGroup.setEndRes(res);
1608       }
1609     }
1610     else if (changeStartRes)
1611     {
1612       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1613       {
1614         stretchGroup.setStartRes(res);
1615       }
1616     }
1617
1618     int dragDirection = 0;
1619
1620     if (y > oldSeq)
1621     {
1622       dragDirection = 1;
1623     }
1624     else if (y < oldSeq)
1625     {
1626       dragDirection = -1;
1627     }
1628
1629     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1630             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1631     {
1632       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1633       // selection is quite slow.
1634       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1635
1636       oldSeq += dragDirection;
1637
1638       if (oldSeq < 0)
1639       {
1640         break;
1641       }
1642
1643       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1644
1645       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1646       {
1647         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1648       }
1649       else
1650       {
1651         if (seq != null)
1652         {
1653           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1654         }
1655
1656         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1657       }
1658     }
1659
1660     if (oldSeq < 0)
1661     {
1662       oldSeq = -1;
1663     }
1664
1665     if (res > av.endRes || res < av.startRes || y < av.startSeq
1666             || y > av.endSeq)
1667     {
1668       mouseExited(evt);
1669     }
1670
1671     if (scrollThread != null)
1672     {
1673       scrollThread.setEvent(evt);
1674     }
1675
1676     seqCanvas.repaint();
1677   }
1678
1679   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1680   {
1681     if (oldSeq < 0)
1682     {
1683       oldSeq = 0;
1684     }
1685
1686     if (scrollThread != null)
1687     {
1688       scrollThread.running = false;
1689       scrollThread = null;
1690     }
1691   }
1692
1693   public void mouseExited(MouseEvent e)
1694   {
1695     if (av.getWrapAlignment())
1696     {
1697       return;
1698     }
1699
1700     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1701     {
1702       scrollThread = new ScrollThread();
1703     }
1704   }
1705
1706   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1707   {
1708     if (evt == null)
1709     {
1710       if (scrollThread != null)
1711       {
1712         scrollThread.running = false;
1713         scrollThread = null;
1714       }
1715       mouseDragging = false;
1716     }
1717     else
1718     {
1719       if (scrollThread == null)
1720       {
1721         scrollThread = new ScrollThread();
1722       }
1723
1724       mouseDragging = true;
1725       scrollThread.setEvent(evt);
1726     }
1727
1728   }
1729
1730   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1731   class ScrollThread extends Thread
1732   {
1733     MouseEvent evt;
1734
1735     boolean running = false;
1736
1737     public ScrollThread()
1738     {
1739       start();
1740     }
1741
1742     public void setEvent(MouseEvent e)
1743     {
1744       evt = e;
1745     }
1746
1747     public void stopScrolling()
1748     {
1749       running = false;
1750     }
1751
1752     public void run()
1753     {
1754       running = true;
1755       while (running)
1756       {
1757
1758         if (evt != null)
1759         {
1760
1761           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)
1762           {
1763             running = ap.scrollUp(true);
1764           }
1765
1766           if (mouseDragging && evt.getY() >= getSize().height
1767                   && av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq())
1768           {
1769             running = ap.scrollUp(false);
1770           }
1771
1772           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)
1773           {
1774             running = ap.scrollRight(false);
1775           }
1776
1777           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getSize().width)
1778           {
1779             running = ap.scrollRight(true);
1780           }
1781         }
1782
1783         try
1784         {
1785           Thread.sleep(75);
1786         } catch (Exception ex)
1787         {
1788         }
1789       }
1790     }
1791   }
1792
1793   /**
1794    * modify current selection according to a received message.
1795    */
1796   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1797           SelectionSource source)
1798   {
1799     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1800     // handles selection messages...
1801     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1802     // shared between viewports.
1803     if (av != null
1804             && (av == source || !av.followSelection || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1805                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId()))))
1806     {
1807       return;
1808     }
1809
1810     /*
1811      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1812      * complement.
1813      */
1814     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1815     {
1816       return;
1817     }
1818
1819     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1820     // suspect)
1821     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1822     // sequence selection
1823     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1824     if (av.getSelectionGroup() == null || !av.isSelectionGroupChanged(true))
1825     {
1826       SequenceGroup sgroup = null;
1827       if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1828       {
1829         if (av.getAlignment() == null)
1830         {
1831           System.out
1832                   .println("Selection message: alignviewport av SeqSetId="
1833                           + av.getSequenceSetId() + " ViewId="
1834                           + av.getViewId()
1835                           + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1836           return;
1837         }
1838         sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1839                 (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1840         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1841                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1842         {
1843           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1844           copycolsel = false;
1845         }
1846       }
1847       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1848       {
1849         av.setSelectionGroup(sgroup);
1850       }
1851       else
1852       {
1853         av.setSelectionGroup(null);
1854       }
1855       repaint = av.isSelectionGroupChanged(true);
1856     }
1857     if (copycolsel
1858             && (av.getColumnSelection() == null || !av
1859                     .isColSelChanged(true)))
1860     {
1861       // the current selection is unset or from a previous message
1862       // so import the new colsel.
1863       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1864       {
1865         if (av.getColumnSelection() != null)
1866         {
1867           av.getColumnSelection().clear();
1868         }
1869       }
1870       else
1871       {
1872         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1873         if (av.getColumnSelection() == null)
1874         {
1875           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1876         }
1877         else
1878         {
1879           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1880         }
1881       }
1882       repaint |= av.isColSelChanged(true);
1883     }
1884     if (copycolsel
1885             && av.hasHiddenColumns()
1886             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1887                     .getHiddenColumns() == null))
1888     {
1889       System.err.println("Bad things");
1890     }
1891     if (repaint)
1892     {
1893       ap.scalePanelHolder.repaint();
1894       ap.repaint();
1895     }
1896   }
1897
1898   /**
1899    * scroll to the given row/column - or nearest visible location
1900    *
1901    * @param row
1902    * @param column
1903    */
1904   public void scrollTo(int row, int column)
1905   {
1906
1907     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1908     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1909     ap.scrollTo(column, column, row, true, true);
1910   }
1911
1912   /**
1913    * scroll to the given row - or nearest visible location
1914    *
1915    * @param row
1916    */
1917   public void scrollToRow(int row)
1918   {
1919
1920     row = row < 0 ? ap.av.startSeq : row;
1921     ap.scrollTo(ap.av.startRes, ap.av.startRes, row, true, true);
1922   }
1923
1924   /**
1925    * scroll to the given column - or nearest visible location
1926    *
1927    * @param column
1928    */
1929   public void scrollToColumn(int column)
1930   {
1931
1932     column = column < 0 ? ap.av.startRes : column;
1933     ap.scrollTo(column, column, ap.av.startSeq, true, true);
1934   }
1935
1936   /**
1937    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
1938    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
1939    * returns false.
1940    *
1941    * @param seqsel
1942    * @param colsel
1943    * @param source
1944    */
1945   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
1946           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
1947   {
1948     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
1949       return false;
1950     }
1951     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
1952     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
1953     {
1954       return false;
1955     }
1956
1957     /*
1958      * Map sequence selection
1959      */
1960     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
1961     av.setSelectionGroup(sg);
1962     av.isSelectionGroupChanged(true);
1963
1964     /*
1965      * Map column selection
1966      */
1967     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
1968             av);
1969     av.setColumnSelection(cs);
1970     av.isColSelChanged(true);
1971
1972     ap.scalePanelHolder.repaint();
1973     ap.repaint();
1974
1975     return true;
1976   }
1977
1978 }