src/jalview/appletgui/SliderPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.bin.JalviewLite;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.schemes.ColourSchemeI;
  26 import jalview.util.MessageManager;
  27
  28 import java.awt.BorderLayout;
  29 import awt2swing.Button;
  30 import awt2swing.Checkbox;
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.FlowLayout;
  33 import awt2swing.Frame;
  34 import awt2swing.Label;
  35 import awt2swing.Panel;
  36 import awt2swing.Scrollbar;
  37 import awt2swing.TextField;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  41 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  42 import java.awt.event.MouseEvent;
  43 import java.awt.event.MouseListener;
  44 import java.awt.event.WindowAdapter;
  45 import java.awt.event.WindowEvent;
  46 import java.util.Iterator;
  47
  48 public class SliderPanel extends Panel implements ActionListener,
  49         AdjustmentListener, MouseListener
  50 {
  51   AlignmentPanel ap;
  52
  53   boolean forConservation = true;
  54
  55   ColourSchemeI cs;
  56
  57   static Frame conservationSlider;
  58
  59   static Frame PIDSlider;
  60
  61   public static int setConservationSlider(AlignmentPanel ap,
  62           ColourSchemeI cs, String source)
  63   {
  64     SliderPanel sp = null;
  65
  66     if (conservationSlider == null)
  67     {
  68       sp = new SliderPanel(ap, cs.getConservationInc(), true, cs);
  69       conservationSlider = new Frame();
  70       conservationSlider.add(sp);
  71     }
  72     else
  73     {
  74       sp = (SliderPanel) conservationSlider.getComponent(0);
  75       sp.cs = cs;
  76     }
  77
  78     conservationSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.conservation_colour_increment", new String[]{source}));
  79     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
  80     {
  81       sp.setAllGroupsCheckEnabled(true);
  82     }
  83     else
  84     {
  85       sp.setAllGroupsCheckEnabled(false);
  86     }
  87
  88     return sp.getValue();
  89   }
  90
  91   public static void showConservationSlider()
  92   {
  93     try
  94     {
  95       PIDSlider.setVisible(false);
  96       PIDSlider = null;
  97     } catch (Exception ex)
  98     {
  99     }
 100
 101     if (!conservationSlider.isVisible())
 102     {
 103       JalviewLite.addFrame(conservationSlider,
 104               conservationSlider.getTitle(), 420, 100);
 105       conservationSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 106       {
 107         public void windowClosing(WindowEvent e)
 108         {
 109           conservationSlider = null;
 110         }
 111       });
 112
 113     }
 114
 115   }
 116
 117   public static int setPIDSliderSource(AlignmentPanel ap, ColourSchemeI cs,
 118           String source)
 119   {
 120     SliderPanel pid = null;
 121     if (PIDSlider == null)
 122     {
 123       pid = new SliderPanel(ap, 50, false, cs);
 124       PIDSlider = new Frame();
 125       PIDSlider.add(pid);
 126     }
 127     else
 128     {
 129       pid = (SliderPanel) PIDSlider.getComponent(0);
 130       pid.cs = cs;
 131     }
 132     PIDSlider.setTitle(MessageManager.formatMessage("label.percentage_identity_thereshold", new String[]{source}));
 133
 134     if (ap.av.getAlignment().getGroups() != null)
 135     {
 136       pid.setAllGroupsCheckEnabled(true);
 137     }
 138     else
 139     {
 140       pid.setAllGroupsCheckEnabled(false);
 141     }
 142
 143     return pid.getValue();
 144
 145   }
 146
 147   public static void showPIDSlider()
 148   {
 149     try
 150     {
 151       conservationSlider.setVisible(false);
 152       conservationSlider = null;
 153     } catch (Exception ex)
 154     {
 155     }
 156
 157     if (!PIDSlider.isVisible())
 158     {
 159       JalviewLite.addFrame(PIDSlider, PIDSlider.getTitle(),
 160               420, 100);
 161       PIDSlider.addWindowListener(new WindowAdapter()
 162       {
 163         public void windowClosing(WindowEvent e)
 164         {
 165           PIDSlider = null;
 166         }
 167       });
 168     }
 169
 170   }
 171
 172   public SliderPanel(AlignmentPanel ap, int value, boolean forConserve,
 173           ColourSchemeI cs)
 174   {
 175     try
 176     {
 177       jbInit();
 178     } catch (Exception e)
 179     {
 180       e.printStackTrace();
 181     }
 182     this.ap = ap;
 183     this.cs = cs;
 184     forConservation = forConserve;
 185     undoButton.setVisible(false);
 186     applyButton.setVisible(false);
 187     if (forConservation)
 188     {
 189       label.setText(MessageManager
 190               .getString("label.modify_conservation_visibility"));
 191       slider.setMinimum(0);
 192       slider.setMaximum(50 + slider.getVisibleAmount());
 193       slider.setUnitIncrement(1);
 194     }
 195     else
 196     {
 197       label.setText(MessageManager
 198               .getString("label.colour_residues_above_occurence"));
 199       slider.setMinimum(0);
 200       slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
 201       slider.setBlockIncrement(1);
 202     }
 203
 204     slider.addAdjustmentListener(this);
 205     slider.addMouseListener(this);
 206
 207     slider.setValue(value);
 208     valueField.setText(value + "");
 209   }
 210
 211   public void valueChanged(int i)
 212   {
 213     if (cs == null)
 214     {
 215       return;
 216     }
 217
 218     ColourSchemeI toChange = cs;
 219     Iterator<SequenceGroup> allGroups = null;
 220
 221     if (allGroupsCheck.getState())
 222     {
 223       allGroups = ap.av.getAlignment().getGroups().listIterator();
 224     }
 225
 226     while (toChange != null)
 227     {
 228       if (forConservation)
 229       {
 230         toChange.setConservationInc(i);
 231       }
 232       else
 233       {
 234         toChange.setThreshold(i, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
 235       }
 236       if (allGroups != null && allGroups.hasNext())
 237       {
 238         while ((toChange = allGroups.next().cs) == null
 239                 && allGroups.hasNext())
 240         {
 241           ;
 242         }
 243       }
 244       else
 245       {
 246         toChange = null;
 247       }
 248     }
 249
 250     ap.seqPanel.seqCanvas.repaint();
 251
 252   }
 253
 254   public void setAllGroupsCheckEnabled(boolean b)
 255   {
 256     allGroupsCheck.setEnabled(b);
 257   }
 258
 259   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 260   {
 261     if (evt.getSource() == applyButton)
 262     {
 263       applyButton_actionPerformed();
 264     }
 265     else if (evt.getSource() == undoButton)
 266     {
 267       undoButton_actionPerformed();
 268     }
 269     else if (evt.getSource() == valueField)
 270     {
 271       valueField_actionPerformed();
 272     }
 273   }
 274
 275   public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
 276   {
 277     valueField.setText(slider.getValue() + "");
 278     valueChanged(slider.getValue());
 279   }
 280
 281   public void valueField_actionPerformed()
 282   {
 283     try
 284     {
 285       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 286       slider.setValue(i);
 287     } catch (Exception ex)
 288     {
 289       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 290     }
 291   }
 292
 293   public void setValue(int value)
 294   {
 295     slider.setValue(value);
 296   }
 297
 298   public int getValue()
 299   {
 300     return Integer.parseInt(valueField.getText());
 301   }
 302
 303   // this is used for conservation colours, PID colours and redundancy threshold
 304   protected Scrollbar slider = new Scrollbar();
 305
 306   protected TextField valueField = new TextField();
 307
 308   protected Label label = new Label();
 309
 310   Panel jPanel1 = new Panel();
 311
 312   Panel jPanel2 = new Panel();
 313
 314   protected Button applyButton = new Button();
 315
 316   protected Button undoButton = new Button();
 317
 318   FlowLayout flowLayout1 = new FlowLayout();
 319
 320   protected Checkbox allGroupsCheck = new Checkbox();
 321
 322   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 323
 324   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 325
 326   FlowLayout flowLayout2 = new FlowLayout();
 327
 328   private void jbInit() throws Exception
 329   {
 330     this.setLayout(borderLayout2);
 331
 332     // slider.setMajorTickSpacing(10);
 333     // slider.setMinorTickSpacing(1);
 334     // slider.setPaintTicks(true);
 335     slider.setBackground(Color.white);
 336     slider.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 337     slider.setOrientation(0);
 338     valueField.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 339     valueField.setText("   ");
 340     valueField.addActionListener(this);
 341     valueField.setColumns(3);
 342     label.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 343     label.setText(MessageManager.getString("label.set_this_label_text"));
 344     jPanel1.setLayout(borderLayout1);
 345     jPanel2.setLayout(flowLayout1);
 346     applyButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 347     applyButton.setLabel(MessageManager.getString("action.apply"));
 348     applyButton.addActionListener(this);
 349     undoButton.setEnabled(false);
 350     undoButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 351     undoButton.setLabel(MessageManager.getString("action.undo"));
 352     undoButton.addActionListener(this);
 353     allGroupsCheck.setEnabled(false);
 354     allGroupsCheck.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 11));
 355     allGroupsCheck.setLabel(MessageManager
 356             .getString("action.apply_threshold_all_groups"));
 357     allGroupsCheck.setName(MessageManager
 358             .getString("action.apply_all_groups"));
 359     this.setBackground(Color.white);
 360     this.setForeground(Color.black);
 361     jPanel2.add(label, null);
 362     jPanel2.add(applyButton, null);
 363     jPanel2.add(undoButton, null);
 364     jPanel2.add(allGroupsCheck);
 365     jPanel1.add(valueField, java.awt.BorderLayout.EAST);
 366     jPanel1.add(slider, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 367     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 368     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 369   }
 370
 371   protected void applyButton_actionPerformed()
 372   {
 373   }
 374
 375   protected void undoButton_actionPerformed()
 376   {
 377   }
 378
 379   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 380   {
 381   }
 382
 383   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 384   {
 385     ap.paintAlignment(true);
 386   }
 387
 388   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 389   {
 390   }
 391
 392   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 393   {
 394   }
 395
 396   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 397   {
 398   }
 399 }