src/jalview/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6 import jalview.bin.JalviewLite;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   9 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  10
  11 import java.awt.BorderLayout;
  12 import java.awt.Dimension;
  13 import java.awt.GridLayout;
  14
  15 import awt2swing.MenuBar;
  16 import awt2swing.Panel;
  17
  18 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  19 {
  20   private static final long serialVersionUID = 1L;
  21
  22   private AlignFrame topFrame;
  23
  24   private AlignFrame bottomFrame;
  25
  26   private Panel outermost;
  27
  28   /**
  29    * Constructor
  30    */
  31   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  32   {
  33     topFrame = af1;
  34     bottomFrame = af2;
  35     init();
  36   }
  37
  38   /**
  39    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  40    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  41    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  42    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  43    */
  44   public void init()
  45   {
  46     constructSplit();
  47
  48     /*
  49      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  50      */
  51     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  52     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  53     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  54     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  55     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  56             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  57     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  58             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  59
  60     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  61             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  62     if (mapped)
  63     {
  64       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  65               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  66       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  67       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  68       ssm.addCommandListener(cdna);
  69       ssm.addCommandListener(protein);
  70     }
  71
  72     /*
  73      * Now mappings exist, can compute cDNA consensus on protein alignment
  74      */
  75     protein.initComplementConsensus();
  76     AlignmentViewPanel ap = topAlignment.isNucleotide() ? bottomFrame.alignPanel
  77             : topFrame.alignPanel;
  78     protein.updateConsensus(ap);
  79
  80     adjustLayout();
  81   }
  82
  83   /**
  84    *
  85    */
  86   protected void constructSplit()
  87   {
  88     unsetMenuBar();
  89     outermost = new Panel(new GridLayout(2, 1));
  90
  91     Panel topPanel = new Panel();
  92     Panel bottomPanel = new Panel();
  93     outermost.add(topPanel);
  94     outermost.add(bottomPanel);
  95
  96     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  97     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  98   }
  99
 100         /**
 101    * Make any adjustments to the layout
 102    */
 103   protected void adjustLayout()
 104   {
 105     AlignmentViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
 106             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
 107     AlignmentViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
 108             : topFrame.viewport;
 109
 110     /*
 111      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 112      */
 113     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 114     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 115     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 116     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 117     int w3 = Math.max(w1, w2);
 118     if (w1 != w3)
 119     {
 120       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 121       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 122               d.height));
 123     }
 124     if (w2 != w3)
 125     {
 126       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 127       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 128               d.height));
 129     }
 130
 131     /*
 132      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 133      */
 134     if (protein != null && cdna != null)
 135     {
 136       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 137       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 138       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 139       protein.setViewStyle(vs);
 140     }
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 145    * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 146    * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 147    *
 148    * @param af
 149    * @param panel
 150    */
 151   private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, Panel panel)
 152   {
 153     panel.setLayout(new BorderLayout());
 154     Panel menuPanel = af
 155             .makeEmbeddedPopupMenu((MenuBar) af.getJMenuBar(), true, false);
 156     panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 157     panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 158     panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 159
 160     af.setSplitFrame(this);
 161   }
 162
 163   /**
 164    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 165    *
 166    * @param embedded
 167    * @param applet
 168    */
 169   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 170   {
 171     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 172     validate();
 173     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 174     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 175     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 176     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 177   }
 178
 179   /**
 180    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 181    * embed=true) add it to the applet container instead.
 182    *
 183    * @param embed
 184    * @param applet
 185    */
 186   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 187   {
 188     if (embed)
 189     {
 190       applet.add(outermost);
 191       applet.validate();
 192     }
 193     else
 194     {
 195       this.add(outermost);
 196       int width = Math.max(topFrame.frameWidth, bottomFrame.frameWidth);
 197       int height = topFrame.frameHeight + bottomFrame.frameHeight;
 198       JalviewLite.addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 199     }
 200   }
 201
 202   /**
 203    * Returns the contained AlignFrame complementary to the one given (or null if
 204    * no match to top or bottom component).
 205    *
 206    * @param af
 207    * @return
 208    */
 209   public AlignFrame getComplement(AlignFrame af)
 210   {
 211     if (topFrame == af)
 212     {
 213       return bottomFrame;
 214     }
 215     else if (bottomFrame == af)
 216     {
 217       return topFrame;
 218     }
 219     return null;
 220   }
 221 }