src/jalview/commands/RemoveGapColCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 /*
  24  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  25  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  26  *
  27  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  28  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  29  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  30  * version.
  31  *
  32  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  33  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  34  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  35  * details.
  36  *
  37  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  38  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  39  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  40  */
  41
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.util.Comparison;
  45
  46 public class RemoveGapColCommand extends EditCommand
  47 {
  48   int columnsDeleted;
  49
  50   public RemoveGapColCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  51           int start, int end, AlignmentI al)
  52   {
  53     this.description = description;
  54
  55     int j, jSize = seqs.length;
  56
  57     int startCol = -1, endCol = -1;
  58     columnsDeleted = 0;
  59
  60     clearEdits();
  61
  62     boolean delete = true;
  63     for (int i = start; i <= end; i++)
  64     {
  65       delete = true;
  66
  67       for (j = 0; j < jSize; j++)
  68       {
  69         if (seqs[j].getLength() > i)
  70         {
  71           if (!Comparison.isGap(seqs[j].getCharAt(i)))
  72           {
  73             if (delete)
  74             {
  75               endCol = i;
  76             }
  77
  78             delete = false;
  79             break;
  80           }
  81         }
  82       }
  83
  84       if (delete && startCol == -1)
  85       {
  86         startCol = i;
  87       }
  88
  89       if (!delete && startCol > -1)
  90       {
  91         this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
  92                 endCol
  93                 - startCol, al, false, null);
  94
  95         columnsDeleted += (endCol - startCol);
  96         startCol = -1;
  97         endCol = -1;
  98       }
  99     }
 100
 101     if (delete && startCol > -1)
 102     {
 103       // This is for empty columns at the
 104       // end of the alignment
 105
 106       this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, seqs, startCol - columnsDeleted,
 107               end
 108               - startCol + 1, al, false, null);
 109
 110       columnsDeleted += (end - startCol + 1);
 111     }
 112
 113     performEdit(0, null);
 114   }
 115
 116   public int getSize()
 117   {
 118     // We're interested in the number of columns deleted,
 119     // Not the number of sequence edits.
 120     return columnsDeleted;
 121   }
 122
 123 }