src/jalview/commands/RemoveGapsCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 /*
  24  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer Copyright (C) 2007 AM
  25  * Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
  26  *
  27  * This program is free software; you can redistribute it and/or modify it under
  28  * the terms of the GNU General Public License as published by the Free Software
  29  * Foundation; either version 2 of the License, or (at your option) any later
  30  * version.
  31  *
  32  * This program is distributed in the hope that it will be useful, but WITHOUT
  33  * ANY WARRANTY; without even the implied warranty of MERCHANTABILITY or FITNESS
  34  * FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the GNU General Public License for more
  35  * details.
  36  *
  37  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with
  38  * this program; if not, write to the Free Software Foundation, Inc., 51
  39  * Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA 02110-1301, USA
  40  */
  41
  42 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  43 import jalview.datamodel.SequenceI;
  44 import jalview.util.Comparison;
  45
  46 public class RemoveGapsCommand extends EditCommand
  47 {
  48   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs,
  49           AlignmentI al)
  50   {
  51     this.description = description;
  52     int width = 0;
  53     for (int i = 0; i < seqs.length; i++)
  54     {
  55       if (seqs[i].getLength() > width)
  56       {
  57         width = seqs[i].getLength();
  58       }
  59     }
  60
  61     findGaps(seqs, 0, width, al);
  62   }
  63
  64   public RemoveGapsCommand(String description, SequenceI[] seqs, int start,
  65           int end, AlignmentI al)
  66   {
  67     this.description = description;
  68     findGaps(seqs, start, end, al);
  69   }
  70
  71   void findGaps(SequenceI[] seqs, int start, int end, AlignmentI al)
  72   {
  73
  74     int startCol = -1, endCol = -1;
  75     int deletedCols = 0;
  76
  77     int j, jSize;
  78
  79     clearEdits();
  80
  81     boolean delete = true;
  82     char[] sequence;
  83
  84     for (int s = 0; s < seqs.length; s++)
  85     {
  86       deletedCols = 0;
  87       startCol = -1;
  88       endCol = -1;
  89       sequence = seqs[s].getSequence(start, end + 1);
  90
  91       jSize = sequence.length;
  92       for (j = 0; j < jSize; j++)
  93       {
  94         delete = true;
  95
  96         if (!Comparison.isGap(sequence[j]))
  97         {
  98           if (delete)
  99           {
 100             endCol = j;
 101           }
 102
 103           delete = false;
 104         }
 105
 106         if (delete && startCol == -1)
 107         {
 108           startCol = j;
 109         }
 110
 111         if (!delete && startCol > -1)
 112         {
 113           this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
 114           { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, endCol - startCol,
 115                   al, false, null);
 116
 117           deletedCols += (endCol - startCol);
 118           startCol = -1;
 119           endCol = -1;
 120         }
 121       }
 122       if (delete && startCol > -1)
 123       {
 124         this.appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
 125         { seqs[s] }, start + startCol - deletedCols, jSize - startCol, al,
 126                 false, null);
 127       }
 128
 129     }
 130
 131     performEdit(0, null);
 132   }
 133
 134 }