src/jalview/commands/SlideSequencesCommand.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.commands;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceI;
  24 import jalview.util.Comparison;
  25
  26 public class SlideSequencesCommand extends EditCommand
  27 {
  28   boolean gapsInsertedBegin = false;
  29
  30   public SlideSequencesCommand(String description, SequenceI[] seqsLeft,
  31           SequenceI[] seqsRight, int slideSize, char gapChar)
  32   {
  33     this.description = description;
  34
  35     int lSize = seqsLeft.length;
  36     gapsInsertedBegin = false;
  37     int i, j;
  38     for (i = 0; i < lSize; i++)
  39     {
  40       for (j = 0; j < slideSize; j++)
  41       {
  42         if (!Comparison.isGap(seqsLeft[i].getCharAt(j)))
  43         {
  44           gapsInsertedBegin = true;
  45           break;
  46         }
  47       }
  48     }
  49
  50     Edit e = null;
  51
  52     if (!gapsInsertedBegin)
  53     {
  54       e = new Edit(Action.DELETE_GAP, seqsLeft, 0, slideSize, gapChar);
  55       setEdit(e);
  56     }
  57     else
  58     {
  59       e = new Edit(Action.INSERT_GAP, seqsRight, 0, slideSize, gapChar);
  60       setEdit(e);
  61     }
  62
  63     performEdit(e, null);
  64   }
  65
  66   public boolean getGapsInsertedBegin()
  67   {
  68     return gapsInsertedBegin;
  69   }
  70
  71   public boolean appendSlideCommand(SlideSequencesCommand command)
  72   {
  73     boolean same = false;
  74
  75     if (command.getEdit(0).seqs.length == getEdit(0).seqs.length)
  76     {
  77       same = true;
  78       for (int i = 0; i < command.getEdit(0).seqs.length; i++)
  79       {
  80         if (getEdit(0).seqs[i] != command.getEdit(0).seqs[i])
  81         {
  82           same = false;
  83         }
  84       }
  85     }
  86
  87     if (same)
  88     {
  89       command.addEdit(getEdit(0));
  90     }
  91
  92     return same;
  93   }
  94 }