src/jalview/io/JnetAnnotationMaker.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.io;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  25 import jalview.datamodel.Annotation;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.MessageManager;
  28
  29 public class JnetAnnotationMaker
  30 {
  31   public static void add_annotation(AlignFile prediction, AlignmentI al,
  32           int firstSeq, boolean noMsa) throws Exception
  33   {
  34     add_annotation(prediction, al, firstSeq, noMsa,
  35             (int[]) null);
  36   }
  37
  38   /**
  39    * adds the annotation parsed by prediction to al.
  40    *
  41    * @param prediction
  42    *          JPredFile
  43    * @param al
  44    *          AlignmentI
  45    * @param firstSeq
  46    *          int the index of the sequence to attach the annotation to (usually
  47    *          zero)
  48    * @param noMsa
  49    *          boolean
  50    * @param delMap
  51    *          mapping from columns in JPredFile prediction to residue number in
  52    *          al.getSequence(firstSeq)
  53    */
  54   public static void add_annotation(AlignFile prediction, AlignmentI al,
  55           int firstSeq, boolean noMsa, int[] delMap) throws Exception
  56   {
  57     int i = 0;
  58     SequenceI[] preds = prediction.getSeqsAsArray();
  59     // in the future we could search for the query
  60     // sequence in the alignment before calling this function.
  61     SequenceI seqRef = al.getSequenceAt(firstSeq);
  62     int width = preds[0].getSequence().length;
  63     int[] gapmap = al.getSequenceAt(firstSeq).gapMap();
  64     if ((delMap != null && delMap.length > width)
  65             || (delMap == null && gapmap.length != width))
  66     {
  67       throw (new Exception(
  68               MessageManager
  69                       .formatMessage(
  70                               "exception.number_of_residues_in_query_sequence_differ_from_prediction",
  71                               new String[]
  72                               {
  73                                   (delMap == null ? "" : MessageManager
  74                                           .getString("label.mapped")),
  75                                   al.getSequenceAt(firstSeq).getName(),
  76                                   al.getSequenceAt(firstSeq)
  77                                           .getSequenceAsString(),
  78                                   Integer.valueOf(width).toString() })));
  79     }
  80
  81     AlignmentAnnotation annot;
  82     Annotation[] annotations = null;
  83
  84     int existingAnnotations = 0;
  85     if (al.getAlignmentAnnotation() != null)
  86     {
  87       existingAnnotations = al.getAlignmentAnnotation().length;
  88     }
  89
  90     Annotation[] sol = new Annotation[al.getWidth()];
  91     boolean firstsol = true;
  92
  93     while (i < preds.length)
  94     {
  95       String id = preds[i].getName().toUpperCase();
  96
  97       if (id.startsWith("LUPAS") || id.startsWith("JNET")
  98               || id.startsWith("JPRED"))
  99       {
 100         if (id.startsWith("JNETSOL"))
 101         {
 102           float amnt = (id.endsWith("25") ? 3f : id.endsWith("5") ? 6f : 9f);
 103           for (int spos = 0; spos < width; spos++)
 104           {
 105             int sposw = (delMap == null) ? gapmap[spos]
 106                     : gapmap[delMap[spos]];
 107             if (firstsol)
 108             {
 109               sol[sposw] = new Annotation(0f);
 110             }
 111             if (preds[i].getCharAt(spos) == 'B'
 112                     && (sol[sposw].value == 0f || sol[sposw].value < amnt))
 113             {
 114               sol[sposw].value = amnt;
 115             }
 116           }
 117           firstsol = false;
 118         }
 119         else
 120         {
 121           // some other kind of annotation
 122           annotations = new Annotation[al.getWidth()];
 123           /*
 124            * if (delMap!=null) { for (int j=0; j<annotations.length; j++)
 125            * annotations[j] = new Annotation("","",'',0); }
 126            */
 127           if (id.equals("JNETPRED") || id.equals("JNETPSSM")
 128                   || id.equals("JNETFREQ") || id.equals("JNETHMM")
 129                   || id.equals("JNETALIGN") || id.equals("JPRED"))
 130           {
 131             if (delMap == null)
 132             {
 133               for (int j = 0; j < width; j++)
 134               {
 135                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation("", "",
 136                         preds[i].getCharAt(j), 0);
 137               }
 138             }
 139             else
 140             {
 141               for (int j = 0; j < width; j++)
 142               {
 143                 annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation("", "",
 144                         preds[i].getCharAt(j), 0);
 145               }
 146             }
 147           }
 148           else if (id.equals("JNETCONF"))
 149           {
 150             if (delMap == null)
 151             {
 152               for (int j = 0; j < width; j++)
 153               {
 154                 float value = new Float(preds[i].getCharAt(j) + "")
 155                         .floatValue();
 156                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(
 157                         preds[i].getCharAt(j) + "", "",
 158                         preds[i].getCharAt(j), value);
 159               }
 160             }
 161             else
 162             {
 163               for (int j = 0; j < width; j++)
 164               {
 165                 float value = new Float(preds[i].getCharAt(j) + "")
 166                         .floatValue();
 167                 annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(
 168                         preds[i].getCharAt(j) + "", "",
 169                         preds[i].getCharAt(j), value);
 170               }
 171             }
 172           }
 173           else
 174           {
 175             if (delMap == null)
 176             {
 177               for (int j = 0; j < width; j++)
 178               {
 179                 annotations[gapmap[j]] = new Annotation(
 180                         preds[i].getCharAt(j) + "", "", ' ', 0);
 181               }
 182             }
 183             else
 184             {
 185               for (int j = 0; j < width; j++)
 186               {
 187                 annotations[gapmap[delMap[j]]] = new Annotation(
 188                         preds[i].getCharAt(j) + "", "", ' ', 0);
 189               }
 190             }
 191           }
 192
 193           if (id.equals("JNETCONF"))
 194           {
 195             annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 196                     "JNet Output", annotations, 0f, 10f,
 197                     AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 198           }
 199           else
 200           {
 201             annot = new AlignmentAnnotation(preds[i].getName(),
 202                     "JNet Output", annotations);
 203           }
 204
 205           if (seqRef != null)
 206           {
 207             annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);
 208             seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);
 209           }
 210
 211           al.addAnnotation(annot);
 212           al.setAnnotationIndex(annot, al.getAlignmentAnnotation().length
 213                   - existingAnnotations - 1);
 214         }
 215         if (noMsa)
 216         {
 217           al.deleteSequence(preds[i]);
 218         }
 219       }
 220
 221       i++;
 222     }
 223     if (!firstsol)
 224     {
 225       // add the solvent accessibility
 226       annot = new AlignmentAnnotation(
 227               "Jnet Burial",
 228               "<html>Prediction of Solvent Accessibility<br/>levels are<ul><li>0 - Exposed</li><li>3 - 25% or more S.A. accessible</li><li>6 - 5% or more S.A. accessible</li><li>9 - Buried (<5% exposed)</li></ul>",
 229               sol, 0f, 9f, AlignmentAnnotation.BAR_GRAPH);
 230
 231       annot.validateRangeAndDisplay();
 232       if (seqRef != null)
 233       {
 234         annot.createSequenceMapping(seqRef, 1, true);
 235         seqRef.addAlignmentAnnotation(annot);
 236       }
 237       al.addAnnotation(annot);
 238       al.setAnnotationIndex(annot, al.getAlignmentAnnotation().length
 239               - existingAnnotations - 1);
 240     }
 241     // Hashtable scores = prediction.getScores();
 242
 243     /*
 244      * addFloatAnnotations(al, gapmap, (Vector)scores.get("JNETPROPH"),
 245      * "JnetpropH", "Jnet Helix Propensity", 0f,1f,1);
 246      *
 247      * addFloatAnnotations(al, gapmap, (Vector)scores.get("JNETPROPB"),
 248      * "JnetpropB", "Jnet Beta Sheet Propensity", 0f,1f,1);
 249      *
 250      * addFloatAnnotations(al, gapmap, (Vector)scores.get("JNETPROPC"),
 251      * "JnetpropC", "Jnet Coil Propensity", 0f,1f,1);
 252      */
 253
 254   }
 255 }