src/jalview/schemes/CovariationColourScheme.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.schemes;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  24 import jalview.util.ColorUtils;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.util.Hashtable;
  28
  29 /**
  30  * Became RNAHelicesColour.java. Placeholder for true covariation color scheme
  31  *
  32  * @author Lauren Michelle Lui
  33  * @version 2.5
  34  */
  35 public class CovariationColourScheme extends ResidueColourScheme
  36 {
  37   public Hashtable helixcolorhash = new Hashtable();
  38
  39   public Hashtable positionsToHelix = new Hashtable();
  40
  41   int numHelix = 0;
  42
  43   public AlignmentAnnotation annotation;
  44
  45   /**
  46    * Creates a new CovariationColourScheme object.
  47    */
  48   public CovariationColourScheme(AlignmentAnnotation annotation)
  49   {
  50     this.annotation = annotation;
  51
  52     for (int x = 0; x < this.annotation._rnasecstr.length; x++)
  53     {
  54       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x] + " Begin" +
  55       // this.annotation._rnasecstr[x].getBegin());
  56       // System.out.println(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  57       // pairs.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  58       // this.annotation._rnasecstr[x].getEnd());
  59
  60       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getBegin(),
  61               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  62       positionsToHelix.put(this.annotation._rnasecstr[x].getEnd(),
  63               this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup());
  64
  65       if (Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x].getFeatureGroup()) > numHelix)
  66       {
  67         numHelix = Integer.parseInt(this.annotation._rnasecstr[x]
  68                 .getFeatureGroup());
  69       }
  70
  71     }
  72
  73     for (int j = 0; j <= numHelix; j++)
  74     {
  75       helixcolorhash.put(Integer.toString(j),
  76               ColorUtils.generateRandomColor(Color.white));
  77     }
  78
  79   }
  80
  81   /**
  82    * DOCUMENT ME!
  83    *
  84    * @param n
  85    *          DOCUMENT ME!
  86    *
  87    * @return DOCUMENT ME!
  88    */
  89   public Color findColour(char c)
  90   {
  91     // System.out.println("called"); log.debug
  92     // Generate a random pastel color
  93
  94     return ResidueProperties.purinepyrimidine[ResidueProperties.purinepyrimidineIndex[c]];// jalview.util.ColorUtils.generateRandomColor(Color.white);
  95   }
  96
  97   /**
  98    * DOCUMENT ME!
  99    *
 100    * @param n
 101    *          DOCUMENT ME!
 102    * @param j
 103    *          DOCUMENT ME!
 104    *
 105    * @return DOCUMENT ME!
 106    */
 107   public Color findColour(char c, int j)
 108   {
 109     Color currentColour = Color.white;
 110     String currentHelix = null;
 111     // System.out.println(c + " " + j);
 112     currentHelix = (String) positionsToHelix.get(j);
 113     // System.out.println(positionsToHelix.get(j));
 114
 115     if (currentHelix != null)
 116     {
 117       currentColour = (Color) helixcolorhash.get(currentHelix);
 118     }
 119
 120     // System.out.println(c + " " + j + " helix " + currentHelix + " " +
 121     // currentColour);
 122     return currentColour;
 123   }
 124
 125 }