src/jalview/structure/AtomSpec.java

   1 package jalview.structure;
   2
   3 /**
   4  * Java bean representing an atom in a PDB (or similar) structure model or
   5  * viewer
   6  *
   7  * @author gmcarstairs
   8  *
   9  */
  10 public class AtomSpec
  11 {
  12   // TODO clarify do we want pdbFile here, or pdbId?
  13   // compare highlightAtom in 2.8.2 for JalviewJmolBinding and
  14   // javascript.MouseOverStructureListener
  15   private String pdbFile;
  16
  17   private String chain;
  18
  19   private int pdbResNum;
  20
  21   private int atomIndex;
  22
  23   /**
  24    * Constructor
  25    *
  26    * @param pdbFile
  27    * @param chain
  28    * @param resNo
  29    * @param atomNo
  30    */
  31   public AtomSpec(String pdbFile, String chain, int resNo, int atomNo)
  32   {
  33     this.pdbFile = pdbFile;
  34     this.chain = chain;
  35     this.pdbResNum = resNo;
  36     this.atomIndex = atomNo;
  37   }
  38
  39   public String getPdbFile()
  40   {
  41     return pdbFile;
  42   }
  43
  44   public String getChain()
  45   {
  46     return chain;
  47   }
  48
  49   public int getPdbResNum()
  50   {
  51     return pdbResNum;
  52   }
  53
  54   public int getAtomIndex()
  55   {
  56     return atomIndex;
  57   }
  58
  59   @Override
  60   public String toString()
  61   {
  62     return "pdbFile: " + pdbFile + ", chain: " + chain + ", res: "
  63             + pdbResNum + ", atom: " + atomIndex;
  64   }
  65 }