src/jalview/viewmodel/annotationfilter/AnnotationFilterParameter.java

   1 package jalview.viewmodel.annotationfilter;
   2
   3 import java.util.ArrayList;
   4 import java.util.List;
   5
   6 public class AnnotationFilterParameter
   7 {
   8   public enum ThresholdType
   9   {
  10     NO_THRESHOLD, BELOW_THRESHOLD, ABOVE_THRESHOLD;
  11   }
  12
  13   public enum SearchableAnnotationField
  14   {
  15     DISPLAY_STRING, DESCRIPTION;
  16   }
  17   private ThresholdType thresholdType;
  18
  19   private float thresholdValue;
  20
  21   private boolean filterAlphaHelix = false;
  22
  23   private boolean filterBetaSheet = false;
  24
  25   private boolean filterTurn = false;
  26
  27   private String regexString;
  28
  29   private List<SearchableAnnotationField> regexSearchFields = new ArrayList<SearchableAnnotationField>();
  30
  31   public ThresholdType getThresholdType()
  32   {
  33     return thresholdType;
  34   }
  35
  36   public void setThresholdType(ThresholdType thresholdType)
  37   {
  38     this.thresholdType = thresholdType;
  39   }
  40
  41   public float getThresholdValue()
  42   {
  43     return thresholdValue;
  44   }
  45
  46   public void setThresholdValue(float thresholdValue)
  47   {
  48     this.thresholdValue = thresholdValue;
  49   }
  50
  51   public String getRegexString()
  52   {
  53     return regexString;
  54   }
  55
  56   public void setRegexString(String regexString)
  57   {
  58     this.regexString = regexString;
  59   }
  60
  61   public List<SearchableAnnotationField> getRegexSearchFields()
  62   {
  63     return regexSearchFields;
  64   }
  65
  66   public void addRegexSearchField(SearchableAnnotationField regexSearchField)
  67   {
  68     this.regexSearchFields.add(regexSearchField);
  69   }
  70
  71   public boolean isFilterAlphaHelix()
  72   {
  73     return filterAlphaHelix;
  74   }
  75
  76   public void setFilterAlphaHelix(boolean alphaHelix)
  77   {
  78     this.filterAlphaHelix = alphaHelix;
  79   }
  80
  81   public boolean isFilterBetaSheet()
  82   {
  83     return filterBetaSheet;
  84   }
  85
  86   public void setFilterBetaSheet(boolean betaSheet)
  87   {
  88     this.filterBetaSheet = betaSheet;
  89   }
  90
  91   public boolean isFilterTurn()
  92   {
  93     return filterTurn;
  94   }
  95
  96   public void setFilterTurn(boolean turn)
  97   {
  98     this.filterTurn = turn;
  99   }
 100
 101 }