src/jalview/viewmodel/styles/ViewStyle.java

   1 package jalview.viewmodel.styles;
   2
   3 import java.awt.Color;
   4
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6
   7 /**
   8  * A container for holding alignment view properties. View properties are
   9  * data-independent, which means they can be safely copied between views
  10  * involving different alignment data without causing exceptions in the
  11  * rendering system.
  12  *
  13  * @author jprocter
  14  *
  15  */
  16 public class ViewStyle implements ViewStyleI
  17 {
  18   private boolean abovePIDThreshold = false;
  19
  20   int charHeight;
  21
  22   int charWidth;
  23
  24   int idWidth = -1;
  25
  26   /**
  27    * gui state - changes to colour scheme propagated to all groups
  28    */
  29   private boolean colourAppliesToAllGroups;
  30
  31   /**
  32    * centre columnar annotation labels in displayed alignment annotation
  33    */
  34   boolean centreColumnLabels = false;
  35
  36   private boolean showdbrefs;
  37
  38   private boolean shownpfeats;
  39
  40   // --------END Structure Conservation
  41
  42   /**
  43    * colour according to the reference sequence defined on the alignment
  44    */
  45   private boolean colourByReferenceSeq = false;
  46
  47   boolean conservationColourSelected = false;
  48
  49   /**
  50    * show the reference sequence in the alignment view
  51    */
  52   private boolean displayReferenceSeq = false;
  53
  54   private int increment;
  55
  56   /**
  57    * display gap characters
  58    */
  59   boolean renderGaps = true;
  60
  61   private boolean rightAlignIds = false;
  62
  63   boolean scaleAboveWrapped = false;
  64
  65   boolean scaleLeftWrapped = true;
  66
  67   boolean scaleRightWrapped = true;
  68
  69   boolean seqNameItalics;
  70
  71   /**
  72    * show annotation tracks on the alignment
  73    */
  74   private boolean showAnnotation = true;
  75
  76   /**
  77    * render each residue in a coloured box
  78    */
  79   boolean showBoxes = true;
  80
  81   /**
  82    * Colour sequence text
  83    */
  84   boolean showColourText = false;
  85
  86   /**
  87    * show blue triangles
  88    */
  89   boolean showHiddenMarkers = true;
  90
  91   /**
  92    * show /start-end in ID panel
  93    */
  94   boolean showJVSuffix = true;
  95
  96   /**
  97    * scale features height according to score
  98    */
  99   boolean showSeqFeaturesHeight;
 100
 101   /**
 102    * display setting for showing/hiding sequence features on alignment view
 103    */
 104   boolean showSequenceFeatures = false;
 105
 106   /**
 107    * display sequence symbols
 108    */
 109   boolean showText = true;
 110
 111   /**
 112    * show non-conserved residues only
 113    */
 114   protected boolean showUnconserved = false;
 115
 116   Color textColour = Color.black;
 117
 118   Color textColour2 = Color.white;
 119
 120   /**
 121    * PID or consensus threshold
 122    */
 123   int threshold;
 124
 125   /**
 126    * threshold for switching between textColour & textColour2
 127    */
 128   int thresholdTextColour = 0;
 129
 130   /**
 131    * upper case characters in sequence are shown in bold
 132    */
 133   boolean upperCasebold = false;
 134
 135   /**
 136    * name of base font for view
 137    */
 138   private String fontName;
 139
 140   /**
 141    * size for base font
 142    */
 143   private int fontSize;
 144
 145   /*
 146    * If true, scale protein residues to 3 times width of cDNA bases (in
 147    * SplitFrame views only)
 148    */
 149   private boolean scaleProteinAsCdna = true;
 150
 151   /**
 152    * Copy constructor
 153    *
 154    * @param vs
 155    */
 156   public ViewStyle(ViewStyleI vs)
 157   {
 158     setAbovePIDThreshold(vs.getAbovePIDThreshold());
 159     setCentreColumnLabels(vs.isCentreColumnLabels());
 160     setCharHeight(vs.getCharHeight());
 161     setCharWidth(vs.getCharWidth());
 162     setColourAppliesToAllGroups(vs.getColourAppliesToAllGroups());
 163     setColourByReferenceSeq(vs.isColourByReferenceSeq());
 164     setColourText(vs.getColourText());
 165     setConservationColourSelected(vs.isConservationColourSelected());
 166     setConservationSelected(vs.getConservationSelected());
 167     setDisplayReferenceSeq(vs.isDisplayReferenceSeq());
 168     setFontName(vs.getFontName());
 169     setFontSize(vs.getFontSize());
 170     setFontStyle(vs.getFontStyle());
 171     setIdWidth(vs.getIdWidth());
 172     setIncrement(vs.getIncrement());
 173     setRenderGaps(vs.isRenderGaps());
 174     setRightAlignIds(vs.isRightAlignIds());
 175     setScaleAboveWrapped(vs.getScaleAboveWrapped());
 176     setScaleLeftWrapped(vs.getScaleLeftWrapped());
 177     setScaleProteinAsCdna(vs.isScaleProteinAsCdna());
 178     setScaleRightWrapped(vs.getScaleRightWrapped());
 179     setSeqNameItalics(vs.isSeqNameItalics());
 180     setShowAnnotation(vs.isShowAnnotation());
 181     setShowBoxes(vs.getShowBoxes());
 182     setShowColourText(vs.isShowColourText());
 183     setShowDBRefs(vs.isShowDBRefs());
 184     setShowHiddenMarkers(vs.getShowHiddenMarkers());
 185     setShowJVSuffix(vs.getShowJVSuffix());
 186     setShowNPFeats(vs.isShowNPFeats());
 187     setShowSequenceFeaturesHeight(vs.isShowSequenceFeaturesHeight());
 188     setShowSequenceFeatures(vs.isShowSequenceFeatures());
 189     setShowText(vs.getShowText());
 190     setShowUnconserved(vs.getShowUnconserved());
 191     setTextColour(vs.getTextColour());
 192     setTextColour2(vs.getTextColour2());
 193     setThreshold(vs.getThreshold());
 194     setThresholdTextColour(vs.getThresholdTextColour());
 195     setUpperCasebold(vs.isUpperCasebold());
 196     setWrapAlignment(vs.getWrapAlignment());
 197     setWrappedWidth(vs.getWrappedWidth());
 198     // ViewStyle.configureFrom(this, viewStyle);
 199   }
 200
 201   public ViewStyle()
 202   {
 203   }
 204
 205   /**
 206    * Returns true if all attributes of the ViewStyles have the same value
 207    */
 208   @Override
 209   public boolean equals(Object other)
 210   {
 211     if (other == null || !(other instanceof ViewStyle))
 212     {
 213       return false;
 214     }
 215     ViewStyle vs = (ViewStyle) other;
 216
 217     boolean match = (getAbovePIDThreshold() == vs.getAbovePIDThreshold()
 218             && isCentreColumnLabels() == vs.isCentreColumnLabels()
 219             && getCharHeight() == vs.getCharHeight()
 220             && getCharWidth() == vs.getCharWidth()
 221             && getColourAppliesToAllGroups() == vs
 222                     .getColourAppliesToAllGroups()
 223             && isColourByReferenceSeq() == vs.isColourByReferenceSeq()
 224             && getColourText() == vs.getColourText()
 225             && isConservationColourSelected() == vs
 226                     .isConservationColourSelected()
 227             && getConservationSelected() == vs.getConservationSelected()
 228             && isDisplayReferenceSeq() == vs.isDisplayReferenceSeq()
 229             && getFontSize() == vs.getFontSize()
 230             && getFontStyle() == vs.getFontStyle()
 231             && getIdWidth() == vs.getIdWidth()
 232             && getIncrement() == vs.getIncrement()
 233             && isRenderGaps() == vs.isRenderGaps()
 234             && isRightAlignIds() == vs.isRightAlignIds()
 235             && getScaleAboveWrapped() == vs.getScaleAboveWrapped()
 236             && getScaleLeftWrapped() == vs.getScaleLeftWrapped()
 237             && isScaleProteinAsCdna() == vs.isScaleProteinAsCdna()
 238             && getScaleRightWrapped() == vs.getScaleRightWrapped()
 239             && isSeqNameItalics() == vs.isSeqNameItalics()
 240             && isShowAnnotation() == vs.isShowAnnotation()
 241             && getShowBoxes() == vs.getShowBoxes()
 242             && isShowColourText() == vs.isShowColourText()
 243             && isShowDBRefs() == vs.isShowDBRefs()
 244             && getShowHiddenMarkers() == vs.getShowHiddenMarkers()
 245             && getShowJVSuffix() == vs.getShowJVSuffix()
 246             && isShowNPFeats() == vs.isShowNPFeats()
 247             && isShowSequenceFeaturesHeight() == vs
 248                     .isShowSequenceFeaturesHeight()
 249             && isShowSequenceFeatures() == vs.isShowSequenceFeatures()
 250             && getShowText() == vs.getShowText()
 251             && getShowUnconserved() == vs.getShowUnconserved()
 252             && getThreshold() == vs.getThreshold()
 253             && getThresholdTextColour() == vs.getThresholdTextColour()
 254             && isUpperCasebold() == vs.isUpperCasebold()
 255             && getWrapAlignment() == vs.getWrapAlignment() && getWrappedWidth() == vs
 256             .getWrappedWidth());
 257     /*
 258      * and compare non-primitive types; syntax below will match null with null values
 259      */
 260     match = match
 261             && String.valueOf(getFontName()).equals(
 262                     String.valueOf(vs.getFontName()));
 263     match = match
 264             && String.valueOf(getTextColour()).equals(
 265                     String.valueOf(vs.getTextColour()));
 266     match = match
 267             && String.valueOf(getTextColour2()).equals(
 268                     String.valueOf(vs.getTextColour2()));
 269     return match;
 270     // return equivalent(this, (ViewStyle) other);
 271   }
 272
 273   /**
 274    * Overridden to ensure that whenever vs1.equals(vs2) then vs1.hashCode() ==
 275    * vs2.hashCode()
 276    */
 277   @Override
 278   public int hashCode()
 279   {
 280     /*
 281      * No need to include all properties, just a selection...
 282      */
 283     int hash = 0;
 284     int m = 1;
 285     // Boolean.hashCode returns 1231 or 1237
 286     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.abovePIDThreshold).hashCode();
 287     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.centreColumnLabels).hashCode();
 288     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.colourAppliesToAllGroups).hashCode();
 289     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.displayReferenceSeq).hashCode();
 290     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.renderGaps).hashCode();
 291     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.rightAlignIds).hashCode();
 292     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleProteinAsCdna).hashCode();
 293     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.scaleRightWrapped).hashCode();
 294     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.seqNameItalics).hashCode();
 295     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showAnnotation).hashCode();
 296     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showBoxes).hashCode();
 297     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showdbrefs).hashCode();
 298     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showJVSuffix).hashCode();
 299     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showSequenceFeatures).hashCode();
 300     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.showUnconserved).hashCode();
 301     hash += m++ * Boolean.valueOf(this.wrapAlignment).hashCode();
 302     hash += m++ * this.charHeight;
 303     hash += m++ * this.charWidth;
 304     hash += m++ * fontSize;
 305     hash += m++ * fontStyle;
 306     hash += m++ * idWidth;
 307     hash += String.valueOf(this.fontName).hashCode();
 308     return hash;
 309   }
 310
 311   /**
 312    * @return the upperCasebold
 313    */
 314   @Override
 315   public boolean isUpperCasebold()
 316   {
 317     return upperCasebold;
 318   }
 319
 320   /**
 321    * @param upperCasebold
 322    *          the upperCasebold to set
 323    */
 324   @Override
 325   public void setUpperCasebold(boolean upperCasebold)
 326   {
 327     this.upperCasebold = upperCasebold;
 328   }
 329
 330   /**
 331    * flag for wrapping
 332    */
 333   boolean wrapAlignment = false;
 334
 335   /**
 336    * number columns in wrapped alignment
 337    */
 338   int wrappedWidth;
 339
 340   private int fontStyle;
 341
 342   /**
 343    * GUI state
 344    *
 345    * @return true if percent identity threshold is applied to shading
 346    */
 347   @Override
 348   public boolean getAbovePIDThreshold()
 349   {
 350     return abovePIDThreshold;
 351   }
 352
 353   /**
 354    * DOCUMENT ME!
 355    *
 356    * @return DOCUMENT ME!
 357    */
 358   @Override
 359   public int getCharHeight()
 360   {
 361     return charHeight;
 362   }
 363
 364   /**
 365    * DOCUMENT ME!
 366    *
 367    * @return DOCUMENT ME!
 368    */
 369   @Override
 370   public int getCharWidth()
 371   {
 372     return charWidth;
 373   }
 374
 375   /**
 376    *
 377    *
 378    * @return flag indicating if colourchanges propagated to all groups
 379    */
 380   @Override
 381   public boolean getColourAppliesToAllGroups()
 382   {
 383     return colourAppliesToAllGroups;
 384   }
 385
 386   /**
 387    * DOCUMENT ME!
 388    *
 389    * @return DOCUMENT ME!
 390    */
 391   @Override
 392   public boolean getColourText()
 393   {
 394     return showColourText;
 395   }
 396
 397   /**
 398    * GUI state
 399    *
 400    * @return true if conservation based shading is enabled
 401    */
 402   @Override
 403   public boolean getConservationSelected()
 404   {
 405     return conservationColourSelected;
 406   }
 407
 408   /**
 409    * GUI State
 410    *
 411    * @return get scalar for bleaching colourschemes by conservation
 412    */
 413   @Override
 414   public int getIncrement()
 415   {
 416     return increment;
 417   }
 418
 419   /**
 420    * DOCUMENT ME!
 421    *
 422    * @return DOCUMENT ME!
 423    */
 424   @Override
 425   public boolean getScaleAboveWrapped()
 426   {
 427     return scaleAboveWrapped;
 428   }
 429
 430   /**
 431    * DOCUMENT ME!
 432    *
 433    * @return DOCUMENT ME!
 434    */
 435   @Override
 436   public boolean getScaleLeftWrapped()
 437   {
 438     return scaleLeftWrapped;
 439   }
 440
 441   /**
 442    * DOCUMENT ME!
 443    *
 444    * @return DOCUMENT ME!
 445    */
 446   @Override
 447   public boolean getScaleRightWrapped()
 448   {
 449     return scaleRightWrapped;
 450   }
 451
 452   /**
 453    * DOCUMENT ME!
 454    *
 455    * @return DOCUMENT ME!
 456    */
 457   @Override
 458   public boolean getShowBoxes()
 459   {
 460     return showBoxes;
 461   }
 462
 463   @Override
 464   public boolean getShowHiddenMarkers()
 465   {
 466     return showHiddenMarkers;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * DOCUMENT ME!
 471    *
 472    * @return DOCUMENT ME!
 473    */
 474   @Override
 475   public boolean getShowJVSuffix()
 476   {
 477     return showJVSuffix;
 478   }
 479
 480   /**
 481    * DOCUMENT ME!
 482    *
 483    * @return DOCUMENT ME!
 484    */
 485   @Override
 486   public boolean getShowText()
 487   {
 488     return showText;
 489   }
 490
 491   @Override
 492   public boolean getShowUnconserved()
 493   {
 494     return showUnconserved;
 495   }
 496
 497   /**
 498    * @return the textColour
 499    */
 500   @Override
 501   public Color getTextColour()
 502   {
 503     return textColour;
 504   }
 505
 506   /**
 507    * @return the textColour2
 508    */
 509   @Override
 510   public Color getTextColour2()
 511   {
 512     return textColour2;
 513   }
 514
 515   /**
 516    * DOCUMENT ME!
 517    *
 518    * @return DOCUMENT ME!
 519    */
 520   @Override
 521   public int getThreshold()
 522   {
 523     return threshold;
 524   }
 525
 526   /**
 527    * @return the thresholdTextColour
 528    */
 529   @Override
 530   public int getThresholdTextColour()
 531   {
 532     return thresholdTextColour;
 533   }
 534
 535   /**
 536    * DOCUMENT ME!
 537    *
 538    * @return DOCUMENT ME!
 539    */
 540   @Override
 541   public boolean getWrapAlignment()
 542   {
 543     return wrapAlignment;
 544   }
 545
 546   /**
 547    * DOCUMENT ME!
 548    *
 549    * @return DOCUMENT ME!
 550    */
 551   @Override
 552   public int getWrappedWidth()
 553   {
 554     return wrappedWidth;
 555   }
 556
 557   @Override
 558   public boolean isColourByReferenceSeq()
 559   {
 560     return colourByReferenceSeq;
 561   }
 562
 563   /**
 564    * @return the conservationColourSelected
 565    */
 566   @Override
 567   public boolean isConservationColourSelected()
 568   {
 569     return conservationColourSelected;
 570   }
 571
 572   @Override
 573   public boolean isDisplayReferenceSeq()
 574   {
 575     return displayReferenceSeq;
 576   }
 577
 578   /**
 579    * @return the renderGaps
 580    */
 581   @Override
 582   public boolean isRenderGaps()
 583   {
 584     return renderGaps;
 585   }
 586
 587   @Override
 588   public boolean isRightAlignIds()
 589   {
 590     return rightAlignIds;
 591   }
 592
 593   /**
 594    * @return the seqNameItalics
 595    */
 596   @Override
 597   public boolean isSeqNameItalics()
 598   {
 599     return seqNameItalics;
 600   }
 601
 602   @Override
 603   public boolean isShowAnnotation()
 604   {
 605     return showAnnotation;
 606   }
 607
 608   /**
 609    * @return the showColourText
 610    */
 611   @Override
 612   public boolean isShowColourText()
 613   {
 614     return showColourText;
 615   }
 616
 617   /**
 618    * @return the showSeqFeaturesHeight
 619    */
 620   @Override
 621   public boolean isShowSequenceFeaturesHeight()
 622   {
 623     return showSeqFeaturesHeight;
 624   }
 625
 626   @Override
 627   public boolean isShowSequenceFeatures()
 628   {
 629     return showSequenceFeatures;
 630   }
 631
 632   /**
 633    * GUI state
 634    *
 635    *
 636    * @param b
 637    *          indicate if percent identity threshold is applied to shading
 638    */
 639   @Override
 640   public void setAbovePIDThreshold(boolean b)
 641   {
 642     abovePIDThreshold = b;
 643   }
 644
 645
 646   /**
 647    * DOCUMENT ME!
 648    *
 649    * @param h
 650    *          DOCUMENT ME!
 651    */
 652   @Override
 653   public void setCharHeight(int h)
 654   {
 655     this.charHeight = h;
 656   }
 657
 658   /**
 659    * DOCUMENT ME!
 660    *
 661    * @param w
 662    *          DOCUMENT ME!
 663    */
 664   @Override
 665   public void setCharWidth(int w)
 666   {
 667     this.charWidth = w;
 668   }
 669
 670
 671   /**
 672    * @param value
 673    *          indicating if subsequent colourscheme changes will be propagated
 674    *          to all groups
 675    */
 676   @Override
 677   public void setColourAppliesToAllGroups(boolean b)
 678   {
 679     colourAppliesToAllGroups = b;
 680   }
 681
 682   @Override
 683   public void setColourByReferenceSeq(boolean colourByReferenceSeq)
 684   {
 685     this.colourByReferenceSeq = colourByReferenceSeq;
 686   }
 687
 688   /**
 689    * DOCUMENT ME!
 690    *
 691    * @param state
 692    *          DOCUMENT ME!
 693    */
 694   @Override
 695   public void setColourText(boolean state)
 696   {
 697     showColourText = state;
 698   }
 699
 700   /**
 701    * @param conservationColourSelected
 702    *          the conservationColourSelected to set
 703    */
 704   @Override
 705   public void setConservationColourSelected(
 706           boolean conservationColourSelected)
 707   {
 708     this.conservationColourSelected = conservationColourSelected;
 709   }
 710
 711   /**
 712    * GUI state
 713    *
 714    * @param b
 715    *          enable conservation based shading
 716    */
 717   @Override
 718   public void setConservationSelected(boolean b)
 719   {
 720     conservationColourSelected = b;
 721   }
 722
 723   @Override
 724   public void setDisplayReferenceSeq(boolean displayReferenceSeq)
 725   {
 726     this.displayReferenceSeq = displayReferenceSeq;
 727   }
 728
 729   /**
 730    *
 731    * @param inc
 732    *          set the scalar for bleaching colourschemes according to degree of
 733    *          conservation
 734    */
 735   @Override
 736   public void setIncrement(int inc)
 737   {
 738     increment = inc;
 739   }
 740
 741   /**
 742    * DOCUMENT ME!
 743    *
 744    * @param state
 745    *          DOCUMENT ME!
 746    */
 747   @Override
 748   public void setRenderGaps(boolean state)
 749   {
 750     renderGaps = state;
 751   }
 752
 753   @Override
 754   public void setRightAlignIds(boolean rightAlignIds)
 755   {
 756     this.rightAlignIds = rightAlignIds;
 757   }
 758
 759   /**
 760    * DOCUMENT ME!
 761    *
 762    * @param b
 763    *          DOCUMENT ME!
 764    */
 765   @Override
 766   public void setScaleAboveWrapped(boolean b)
 767   {
 768     scaleAboveWrapped = b;
 769   }
 770
 771   /**
 772    * DOCUMENT ME!
 773    *
 774    * @param b
 775    *          DOCUMENT ME!
 776    */
 777   @Override
 778   public void setScaleLeftWrapped(boolean b)
 779   {
 780     scaleLeftWrapped = b;
 781   }
 782
 783   /**
 784    *
 785    *
 786    * @param scaleRightWrapped
 787    *          - true or false
 788    */
 789
 790   @Override
 791   public void setScaleRightWrapped(boolean b)
 792   {
 793     scaleRightWrapped = b;
 794   }
 795
 796   @Override
 797   public void setSeqNameItalics(boolean italics)
 798   {
 799     seqNameItalics = italics;
 800   }
 801
 802   @Override
 803   public void setShowAnnotation(boolean b)
 804   {
 805     showAnnotation = b;
 806   }
 807
 808   /**
 809    * DOCUMENT ME!
 810    *
 811    * @param state
 812    *          DOCUMENT ME!
 813    */
 814   @Override
 815   public void setShowBoxes(boolean state)
 816   {
 817     showBoxes = state;
 818   }
 819
 820   /**
 821    * @param showColourText
 822    *          the showColourText to set
 823    */
 824   @Override
 825   public void setShowColourText(boolean showColourText)
 826   {
 827     this.showColourText = showColourText;
 828   }
 829
 830   @Override
 831   public void setShowHiddenMarkers(boolean show)
 832   {
 833     showHiddenMarkers = show;
 834   }
 835
 836   /**
 837    * DOCUMENT ME!
 838    *
 839    * @param b
 840    *          DOCUMENT ME!
 841    */
 842   @Override
 843   public void setShowJVSuffix(boolean b)
 844   {
 845     showJVSuffix = b;
 846   }
 847
 848   @Override
 849   public void setShowSequenceFeaturesHeight(boolean selected)
 850   {
 851     showSeqFeaturesHeight = selected;
 852
 853   }
 854
 855   /**
 856    * set the flag
 857    *
 858    * @param b
 859    *          features are displayed if true
 860    */
 861   @Override
 862   public void setShowSequenceFeatures(boolean b)
 863   {
 864     showSequenceFeatures = b;
 865   }
 866
 867   /**
 868    * DOCUMENT ME!
 869    *
 870    * @param state
 871    *          DOCUMENT ME!
 872    */
 873   @Override
 874   public void setShowText(boolean state)
 875   {
 876     showText = state;
 877   }
 878
 879   @Override
 880   public void setShowUnconserved(boolean showunconserved)
 881   {
 882     showUnconserved = showunconserved;
 883   }
 884
 885   /**
 886    * @param textColour
 887    *          the textColour to set
 888    */
 889   @Override
 890   public void setTextColour(Color textColour)
 891   {
 892     this.textColour = textColour;
 893   }
 894
 895   /**
 896    * @param textColour2
 897    *          the textColour2 to set
 898    */
 899   @Override
 900   public void setTextColour2(Color textColour2)
 901   {
 902     this.textColour2 = textColour2;
 903   }
 904
 905   /**
 906    * DOCUMENT ME!
 907    *
 908    * @param thresh
 909    *          DOCUMENT ME!
 910    */
 911   @Override
 912   public void setThreshold(int thresh)
 913   {
 914     threshold = thresh;
 915   }
 916
 917   /**
 918    * @param thresholdTextColour
 919    *          the thresholdTextColour to set
 920    */
 921   @Override
 922   public void setThresholdTextColour(int thresholdTextColour)
 923   {
 924     this.thresholdTextColour = thresholdTextColour;
 925   }
 926
 927   /**
 928    * DOCUMENT ME!
 929    *
 930    * @param state
 931    *          DOCUMENT ME!
 932    */
 933   @Override
 934   public void setWrapAlignment(boolean state)
 935   {
 936     wrapAlignment = state;
 937   }
 938
 939   /**
 940    * DOCUMENT ME!
 941    *
 942    * @param w
 943    *          DOCUMENT ME!
 944    */
 945   @Override
 946   public void setWrappedWidth(int w)
 947   {
 948     this.wrappedWidth = w;
 949   }
 950
 951   @Override
 952   public boolean sameStyle(ViewStyleI that)
 953   {
 954     return this.equals(that);
 955   }
 956
 957   @Override
 958   public String getFontName()
 959   {
 960     return fontName;
 961   }
 962
 963   @Override
 964   public int getFontSize()
 965   {
 966     return fontSize;
 967   }
 968
 969   @Override
 970   public int getFontStyle()
 971   {
 972     return fontStyle;
 973   }
 974
 975   @Override
 976   public void setFontName(String name)
 977   {
 978     fontName = name;
 979   }
 980
 981   @Override
 982   public void setFontSize(int size)
 983   {
 984     fontSize = size;
 985
 986   }
 987
 988   @Override
 989   public void setFontStyle(int style)
 990   {
 991     fontStyle = style;
 992   }
 993
 994   @Override
 995   public int getIdWidth()
 996   {
 997     return idWidth;
 998   }
 999
1000   /**
1001    * @param idWidth
1002    *          the idWidth to set
1003    */
1004   @Override
1005   public void setIdWidth(int idWidth)
1006   {
1007     this.idWidth = idWidth;
1008   }
1009
1010   /**
1011    * @return the centreColumnLabels
1012    */
1013   @Override
1014   public boolean isCentreColumnLabels()
1015   {
1016     return centreColumnLabels;
1017   }
1018
1019   /**
1020    * @param centreColumnLabels
1021    *          the centreColumnLabels to set
1022    */
1023   @Override
1024   public void setCentreColumnLabels(boolean centreColumnLabels)
1025   {
1026     this.centreColumnLabels = centreColumnLabels;
1027   }
1028
1029   /**
1030    * @return the showdbrefs
1031    */
1032   @Override
1033   public boolean isShowDBRefs()
1034   {
1035     return showdbrefs;
1036   }
1037
1038   /**
1039    * @param showdbrefs
1040    *          the showdbrefs to set
1041    */
1042   @Override
1043   public void setShowDBRefs(boolean showdbrefs)
1044   {
1045     this.showdbrefs = showdbrefs;
1046   }
1047
1048   /**
1049    * @return the shownpfeats
1050    */
1051   @Override
1052   public boolean isShowNPFeats()
1053   {
1054     return shownpfeats;
1055   }
1056
1057   /**
1058    * @param shownpfeats
1059    *          the shownpfeats to set
1060    */
1061   @Override
1062   public void setShowNPFeats(boolean shownpfeats)
1063   {
1064     this.shownpfeats = shownpfeats;
1065   }
1066
1067   @Override
1068   public boolean isScaleProteinAsCdna()
1069   {
1070     return this.scaleProteinAsCdna;
1071   }
1072
1073   @Override
1074   public void setScaleProteinAsCdna(boolean b)
1075   {
1076     this.scaleProteinAsCdna = b;
1077   }
1078 }