unused/appletgui/APopupMenu.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AAFrequency;
  24 import jalview.analysis.AlignmentAnnotationUtils;
  25 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  26 import jalview.analysis.Conservation;
  27 import jalview.bin.JalviewLite;
  28 import jalview.commands.ChangeCaseCommand;
  29 import jalview.commands.EditCommand;
  30 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  31 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  32 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  33 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  34 import jalview.datamodel.PDBEntry;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.AppletFormatAdapter;
  39 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  40 import jalview.schemes.Blosum62ColourScheme;
  41 import jalview.schemes.BuriedColourScheme;
  42 import jalview.schemes.ClustalxColourScheme;
  43 import jalview.schemes.HelixColourScheme;
  44 import jalview.schemes.HydrophobicColourScheme;
  45 import jalview.schemes.NucleotideColourScheme;
  46 import jalview.schemes.PIDColourScheme;
  47 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  48 import jalview.schemes.StrandColourScheme;
  49 import jalview.schemes.TaylorColourScheme;
  50 import jalview.schemes.TurnColourScheme;
  51 import jalview.schemes.ZappoColourScheme;
  52 import jalview.util.DBRefUtils;
  53 import jalview.util.MessageManager;
  54 import jalview.util.UrlLink;
  55
  56 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  57 import javax.swing.JFrame;
  58 import javax.swing.JMenu;
  59 import javax.swing.JMenuItem;
  60 import java.awt.event.ActionEvent;
  61 import java.awt.event.ActionListener;
  62 import java.awt.event.ItemEvent;
  63 import java.awt.event.ItemListener;
  64 import java.util.Arrays;
  65 import java.util.Collections;
  66 import java.util.LinkedHashMap;
  67 import java.util.List;
  68 import java.util.Map;
  69 import java.util.TreeMap;
  70 import java.util.Vector;
  71
  72 import javax.swing.JPopupMenu;
  73
  74 public class APopupMenu extends JPopupMenu implements
  75         ActionListener, ItemListener
  76 {
  77   private static final String ALL_ANNOTATIONS = "All";
  78
  79   JMenu groupMenu = new JMenu();
  80
  81   JMenuItem editGroupName = new JMenuItem();
  82
  83   protected JMenuItem clustalColour = new JMenuItem();
  84
  85   protected JMenuItem zappoColour = new JMenuItem();
  86
  87   protected JMenuItem taylorColour = new JMenuItem();
  88
  89   protected JMenuItem hydrophobicityColour = new JMenuItem();
  90
  91   protected JMenuItem helixColour = new JMenuItem();
  92
  93   protected JMenuItem strandColour = new JMenuItem();
  94
  95   protected JMenuItem turnColour = new JMenuItem();
  96
  97   protected JMenuItem buriedColour = new JMenuItem();
  98
  99   protected JCheckBoxMenuItem abovePIDColour = new JCheckBoxMenuItem();
 100
 101   protected JMenuItem userDefinedColour = new JMenuItem();
 102
 103   protected JMenuItem PIDColour = new JMenuItem();
 104
 105   protected JMenuItem BLOSUM62Colour = new JMenuItem();
 106
 107   JMenuItem noColourmenuItem = new JMenuItem();
 108
 109   protected JCheckBoxMenuItem conservationMenuItem = new JCheckBoxMenuItem();
 110
 111   final AlignmentPanel ap;
 112
 113   JMenuItem unGroupMenuItem = new JMenuItem();
 114
 115   JMenuItem createGroupMenuItem = new JMenuItem();
 116
 117   JMenuItem nucleotideMenuItem = new JMenuItem();
 118
 119   JMenu colourMenu = new JMenu();
 120
 121   JCheckBoxMenuItem showBoxes = new JCheckBoxMenuItem();
 122
 123   JCheckBoxMenuItem showText = new JCheckBoxMenuItem();
 124
 125   JCheckBoxMenuItem showColourText = new JCheckBoxMenuItem();
 126
 127   JCheckBoxMenuItem displayNonconserved = new JCheckBoxMenuItem();
 128
 129   JMenu seqShowAnnotationsMenu = new JMenu(
 130           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 131
 132   JMenu seqHideAnnotationsMenu = new JMenu(
 133           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 134
 135   JMenuItem seqAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 136           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 137
 138   JMenu groupShowAnnotationsMenu = new JMenu(
 139           MessageManager.getString("label.show_annotations"));
 140
 141   JMenu groupHideAnnotationsMenu = new JMenu(
 142           MessageManager.getString("label.hide_annotations"));
 143
 144   JMenuItem groupAddReferenceAnnotations = new JMenuItem(
 145           MessageManager.getString("label.add_reference_annotations"));
 146
 147   JMenu editMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.edit"));
 148
 149   JMenuItem copy = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.copy"));
 150
 151   JMenuItem cut = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.cut"));
 152
 153   JMenuItem toUpper = new JMenuItem(
 154           MessageManager.getString("label.to_upper_case"));
 155
 156   JMenuItem toLower = new JMenuItem(
 157           MessageManager.getString("label.to_lower_case"));
 158
 159   JMenuItem toggleCase = new JMenuItem(
 160           MessageManager.getString("label.toggle_case"));
 161
 162   JMenu outputmenu = new JMenu();
 163
 164   JMenu seqMenu = new JMenu();
 165
 166   JMenuItem pdb = new JMenuItem();
 167
 168   JMenuItem hideSeqs = new JMenuItem();
 169
 170   JMenuItem repGroup = new JMenuItem();
 171
 172   JMenuItem sequenceName = new JMenuItem(
 173           MessageManager.getString("label.edit_name_description"));
 174
 175   JMenuItem sequenceFeature = new JMenuItem(
 176           MessageManager.getString("label.create_sequence_feature"));
 177
 178   JMenuItem editSequence = new JMenuItem(
 179           MessageManager.getString("label.edit_sequence"));
 180
 181   JMenuItem sequenceDetails = new JMenuItem(
 182           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 183
 184   JMenuItem selSeqDetails = new JMenuItem(
 185           MessageManager.getString("label.sequence_details") + "...");
 186
 187   JMenuItem makeReferenceSeq = new JMenuItem();
 188
 189   SequenceI seq;
 190
 191   JMenuItem revealAll = new JMenuItem();
 192
 193   JMenuItem revealSeq = new JMenuItem();
 194
 195   /**
 196    * index of sequence to be revealed
 197    */
 198   int revealSeq_index = -1;
 199
 200   JMenu menu1 = new JMenu();
 201
 202   public APopupMenu(AlignmentPanel apanel, final SequenceI seq,
 203           Vector<String> links)
 204   {
 205     // /////////////////////////////////////////////////////////
 206     // If this is activated from the sequence panel, the user may want to
 207     // edit or annotate a particular residue. Therefore display the residue menu
 208     //
 209     // If from the IDPanel, we must display the sequence menu
 210     // ////////////////////////////////////////////////////////
 211
 212     this.ap = apanel;
 213     this.seq = seq;
 214
 215     try
 216     {
 217       jbInit();
 218     } catch (Exception e)
 219     {
 220       e.printStackTrace();
 221     }
 222
 223     for (int i = 0; i < AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS.length; i++)
 224     {
 225       JMenuItem item = new JMenuItem(
 226 AppletFormatAdapter.WRITEABLE_FORMATS[i]);
 227
 228       item.addActionListener(this);
 229       outputmenu.add(item);
 230     }
 231
 232     buildAnnotationSubmenus();
 233
 234     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 235     if (sg != null && sg.getSize() > 0)
 236     {
 237       editGroupName.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 238               "label.name_param", new Object[]
 239               { sg.getName() }));
 240       showText.setState(sg.getDisplayText());
 241       showColourText.setState(sg.getColourText());
 242       showBoxes.setState(sg.getDisplayBoxes());
 243       displayNonconserved.setState(sg.getShowNonconserved());
 244       if (!ap.av.getAlignment().getGroups().contains(sg))
 245       {
 246         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_new_group"));
 247         groupMenu.remove(unGroupMenuItem);
 248       }
 249       else
 250       {
 251         menu1.setLabel(MessageManager.getString("action.edit_group"));
 252         groupMenu.remove(createGroupMenuItem);
 253       }
 254
 255     }
 256     else
 257     {
 258       remove(hideSeqs);
 259       remove(groupMenu);
 260     }
 261
 262     if (links != null && links.size() > 0)
 263     {
 264       JMenu linkMenu = new JMenu(MessageManager.getString("action.link"));
 265       for (int i = 0; i < links.size(); i++)
 266       {
 267         String link = links.elementAt(i);
 268         UrlLink urlLink = new UrlLink(link);
 269         if (!urlLink.isValid())
 270         {
 271           System.err.println(urlLink.getInvalidMessage());
 272           continue;
 273         }
 274         final String target = urlLink.getTarget(); // link.substring(0,
 275         // link.indexOf("|"));
 276         final String label = urlLink.getLabel();
 277         if (seq != null && urlLink.isDynamic())
 278         {
 279
 280           // collect matching db-refs
 281           DBRefEntry[] dbr = DBRefUtils.selectRefs(
 282                   seq.getDBRef(), new String[]
 283                   { target });
 284           // collect id string too
 285           String id = seq.getName();
 286           String descr = seq.getDescription();
 287           if (descr != null && descr.length() < 1)
 288           {
 289             descr = null;
 290           }
 291           if (dbr != null)
 292           {
 293             for (int r = 0; r < dbr.length; r++)
 294             {
 295               if (id != null && dbr[r].getAccessionId().equals(id))
 296               {
 297                 // suppress duplicate link creation for the bare sequence ID
 298                 // string with this link
 299                 id = null;
 300               }
 301               // create Bare ID link for this RUL
 302               String[] urls = urlLink.makeUrls(dbr[r].getAccessionId(),
 303                       true);
 304               if (urls != null)
 305               {
 306                 for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 307                 {
 308                   addshowLink(linkMenu, label + "|" + urls[u], urls[u + 1]);
 309                 }
 310               }
 311             }
 312           }
 313           if (id != null)
 314           {
 315             // create Bare ID link for this RUL
 316             String[] urls = urlLink.makeUrls(id, true);
 317             if (urls != null)
 318             {
 319               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 320               {
 321                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 322               }
 323             }
 324             // addshowLink(linkMenu, target, url_pref + id + url_suff);
 325           }
 326           // Now construct URLs from description but only try to do it for regex
 327           // URL links
 328           if (descr != null && urlLink.getRegexReplace() != null)
 329           {
 330             // create link for this URL from description only if regex matches
 331             String[] urls = urlLink.makeUrls(descr, true);
 332             if (urls != null)
 333             {
 334               for (int u = 0; u < urls.length; u += 2)
 335               {
 336                 addshowLink(linkMenu, label, urls[u + 1]);
 337               }
 338             }
 339           }
 340         }
 341         else
 342         {
 343           addshowLink(linkMenu, target, urlLink.getUrl_prefix()); // link.substring(link.lastIndexOf("|")+1));
 344         }
 345         /*
 346          * final String url;
 347          *
 348          * if (link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") > -1) { // Substitute SEQUENCE_ID
 349          * string and any matching database reference accessions String url_pref
 350          * = link.substring(link.indexOf("|") + 1,
 351          * link.indexOf("$SEQUENCE_ID$"));
 352          *
 353          * String url_suff = link.substring(link.indexOf("$SEQUENCE_ID$") + 13);
 354          * // collect matching db-refs DBRefEntry[] dbr =
 355          * DBRefUtils.selectRefs(seq.getDBRef(), new String[]{target}); //
 356          * collect id string too String id = seq.getName(); if (id.indexOf("|")
 357          * > -1) { id = id.substring(id.lastIndexOf("|") + 1); } if (dbr!=null)
 358          * { for (int r=0;r<dbr.length; r++) { if
 359          * (dbr[r].getAccessionId().equals(id)) { // suppress duplicate link
 360          * creation for the bare sequence ID string with this link id = null; }
 361          * addshowLink(linkMenu, dbr[r].getSource()+"|"+dbr[r].getAccessionId(),
 362          * target, url_pref+dbr[r].getAccessionId()+url_suff); } } if (id!=null)
 363          * { // create Bare ID link for this RUL addshowLink(linkMenu, target,
 364          * url_pref + id + url_suff); } } else { addshowLink(linkMenu, target,
 365          * link.substring(link.lastIndexOf("|")+1)); }
 366          */
 367       }
 368       if (linkMenu.getItemCount() > 0)
 369       {
 370         if (seq != null)
 371         {
 372           seqMenu.add(linkMenu);
 373         }
 374         else
 375         {
 376           add(linkMenu);
 377         }
 378       }
 379     }
 380     // TODO: add group link menu entry here
 381     if (seq != null)
 382     {
 383       seqMenu.setLabel(seq.getName());
 384       if (seq == ap.av.getAlignment().getSeqrep())
 385       {
 386         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 387                 .getString("action.unmark_as_reference"));// Unmark
 388                                                           // representative");
 389       }
 390       else
 391       {
 392         makeReferenceSeq.setLabel(MessageManager
 393                 .getString("action.set_as_reference")); // );
 394       }
 395       repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 396               "label.represent_group_with", new Object[]
 397               { seq.getName() }));
 398     }
 399     else
 400     {
 401       remove(seqMenu);
 402     }
 403
 404     if (!ap.av.hasHiddenRows())
 405     {
 406       remove(revealAll);
 407       remove(revealSeq);
 408     }
 409     else
 410     {
 411       final int index = ap.av.getAlignment().findIndex(seq);
 412
 413       if (ap.av.adjustForHiddenSeqs(index)
 414               - ap.av.adjustForHiddenSeqs(index - 1) > 1)
 415       {
 416         revealSeq_index = index;
 417       }
 418       else
 419       {
 420         remove(revealSeq);
 421       }
 422     }
 423   }
 424
 425   /**
 426    * Build menus for annotation types that may be shown or hidden, and for
 427    * 'reference annotations' that may be added to the alignment.
 428    */
 429   private void buildAnnotationSubmenus()
 430   {
 431     /*
 432      * First for the currently selected sequence (if there is one):
 433      */
 434     final List<SequenceI> selectedSequence = (seq == null ? Collections
 435             .<SequenceI> emptyList() : Arrays.asList(seq));
 436     buildAnnotationTypesMenus(seqShowAnnotationsMenu,
 437             seqHideAnnotationsMenu, selectedSequence);
 438     configureReferenceAnnotationsMenu(seqAddReferenceAnnotations,
 439             selectedSequence);
 440
 441     /*
 442      * and repeat for the current selection group (if there is one):
 443      */
 444     final List<SequenceI> selectedGroup = (ap.av.getSelectionGroup() == null ? Collections
 445             .<SequenceI> emptyList() : ap.av.getSelectionGroup()
 446             .getSequences());
 447     buildAnnotationTypesMenus(groupShowAnnotationsMenu,
 448             groupHideAnnotationsMenu, selectedGroup);
 449     configureReferenceAnnotationsMenu(groupAddReferenceAnnotations,
 450             selectedGroup);
 451   }
 452
 453   /**
 454    * Determine whether or not to enable 'add reference annotations' menu item.
 455    * It is enable if there are any annotations, on any of the selected
 456    * sequences, which are not yet on the alignment (visible or not).
 457    *
 458    * @param menu
 459    * @param forSequences
 460    */
 461   private void configureReferenceAnnotationsMenu(JMenuItem menuItem,
 462           List<SequenceI> forSequences)
 463   {
 464     menuItem.setEnabled(false);
 465
 466     /*
 467      * Temporary store to hold distinct calcId / type pairs for the tooltip.
 468      * Using TreeMap means calcIds are shown in alphabetical order.
 469      */
 470     Map<String, String> tipEntries = new TreeMap<String, String>();
 471     final Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates = new LinkedHashMap<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>>();
 472     AlignmentI al = this.ap.av.getAlignment();
 473     AlignmentUtils.findAddableReferenceAnnotations(forSequences,
 474             tipEntries, candidates, al);
 475     if (!candidates.isEmpty())
 476     {
 477       StringBuilder tooltip = new StringBuilder(64);
 478       tooltip.append(MessageManager.getString("label.add_annotations_for"));
 479
 480       /*
 481        * Found annotations that could be added. Enable the menu item, and
 482        * configure its action.
 483        */
 484       menuItem.setEnabled(true);
 485
 486       menuItem.addActionListener(new ActionListener()
 487       {
 488         @Override
 489         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 490         {
 491           addReferenceAnnotations_actionPerformed(candidates);
 492         }
 493       });
 494     }
 495   }
 496
 497   /**
 498    * Add annotations to the sequences and to the alignment.
 499    *
 500    * @param candidates
 501    *          a map whose keys are sequences on the alignment, and values a list
 502    *          of annotations to add to each sequence
 503    */
 504   protected void addReferenceAnnotations_actionPerformed(
 505           Map<SequenceI, List<AlignmentAnnotation>> candidates)
 506   {
 507     final SequenceGroup selectionGroup = this.ap.av.getSelectionGroup();
 508     final AlignmentI alignment = this.ap.getAlignment();
 509     AlignmentUtils.addReferenceAnnotations(candidates, alignment,
 510             selectionGroup);
 511     refresh();
 512   }
 513
 514   /**
 515    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 516    *
 517    * @param linkMenu
 518    * @param target
 519    *          - menu label string
 520    * @param url
 521    *          - url to open
 522    */
 523   private void addshowLink(JMenu linkMenu, final String target,
 524           final String url)
 525   {
 526     addshowLink(linkMenu, target, target, url);
 527   }
 528
 529   /**
 530    * add a show URL menu item to the given linkMenu
 531    *
 532    * @param linkMenu
 533    * @param target
 534    *          - URL target window
 535    * @param label
 536    *          - menu label string
 537    * @param url
 538    *          - url to open
 539    */
 540   private void addshowLink(JMenu linkMenu, final String target,
 541           final String label, final String url)
 542   {
 543     JMenuItem item = new JMenuItem(label);
 544     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
 545     {
 546       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 547       {
 548         ap.alignFrame.showURL(url, target);
 549       }
 550     });
 551     linkMenu.add(item);
 552   }
 553
 554   public void itemStateChanged(ItemEvent evt)
 555   {
 556     if (evt.getSource() == abovePIDColour)
 557     {
 558       abovePIDColour_itemStateChanged();
 559     }
 560     else if (evt.getSource() == showColourText)
 561     {
 562       showColourText_itemStateChanged();
 563     }
 564     else if (evt.getSource() == showText)
 565     {
 566       showText_itemStateChanged();
 567     }
 568     else if (evt.getSource() == showBoxes)
 569     {
 570       showBoxes_itemStateChanged();
 571     }
 572     else if (evt.getSource() == displayNonconserved)
 573     {
 574       this.showNonconserved_itemStateChanged();
 575     }
 576   }
 577
 578   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 579   {
 580     Object source = evt.getSource();
 581     if (source == clustalColour)
 582     {
 583       clustalColour_actionPerformed();
 584     }
 585     else if (source == zappoColour)
 586     {
 587       zappoColour_actionPerformed();
 588     }
 589     else if (source == taylorColour)
 590     {
 591       taylorColour_actionPerformed();
 592     }
 593     else if (source == hydrophobicityColour)
 594     {
 595       hydrophobicityColour_actionPerformed();
 596     }
 597     else if (source == helixColour)
 598     {
 599       helixColour_actionPerformed();
 600     }
 601     else if (source == strandColour)
 602     {
 603       strandColour_actionPerformed();
 604     }
 605     else if (source == turnColour)
 606     {
 607       turnColour_actionPerformed();
 608     }
 609     else if (source == buriedColour)
 610     {
 611       buriedColour_actionPerformed();
 612     }
 613     else if (source == nucleotideMenuItem)
 614     {
 615       nucleotideMenuItem_actionPerformed();
 616     }
 617
 618     else if (source == userDefinedColour)
 619     {
 620       userDefinedColour_actionPerformed();
 621     }
 622     else if (source == PIDColour)
 623     {
 624       PIDColour_actionPerformed();
 625     }
 626     else if (source == BLOSUM62Colour)
 627     {
 628       BLOSUM62Colour_actionPerformed();
 629     }
 630     else if (source == noColourmenuItem)
 631     {
 632       noColourmenuItem_actionPerformed();
 633     }
 634     else if (source == conservationMenuItem)
 635     {
 636       conservationMenuItem_itemStateChanged();
 637     }
 638     else if (source == unGroupMenuItem)
 639     {
 640       unGroupMenuItem_actionPerformed();
 641     }
 642
 643     else if (source == createGroupMenuItem)
 644     {
 645       createGroupMenuItem_actionPerformed();
 646     }
 647
 648     else if (source == sequenceName)
 649     {
 650       editName();
 651     }
 652     else if (source == makeReferenceSeq)
 653     {
 654       makeReferenceSeq_actionPerformed();
 655     }
 656     else if (source == sequenceDetails)
 657     {
 658       showSequenceDetails();
 659     }
 660     else if (source == selSeqDetails)
 661     {
 662       showSequenceSelectionDetails();
 663     }
 664     else if (source == pdb)
 665     {
 666       addPDB();
 667     }
 668     else if (source == hideSeqs)
 669     {
 670       hideSequences(false);
 671     }
 672     else if (source == repGroup)
 673     {
 674       hideSequences(true);
 675     }
 676     else if (source == revealSeq)
 677     {
 678       ap.av.showSequence(revealSeq_index);
 679     }
 680     else if (source == revealAll)
 681     {
 682       ap.av.showAllHiddenSeqs();
 683     }
 684
 685     else if (source == editGroupName)
 686     {
 687       EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(getGroup().getName(),
 688               getGroup().getDescription(), "       Group Name",
 689               "Group Description", ap.alignFrame,
 690               "Edit Group Name / Description", 500, 100, true);
 691
 692       if (dialog.accept)
 693       {
 694         getGroup().setName(dialog.getName().replace(' ', '_'));
 695         getGroup().setDescription(dialog.getDescription());
 696       }
 697
 698     }
 699     else if (source == copy)
 700     {
 701       ap.alignFrame.copy_actionPerformed();
 702     }
 703     else if (source == cut)
 704     {
 705       ap.alignFrame.cut_actionPerformed();
 706     }
 707     else if (source == editSequence)
 708     {
 709       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 710
 711       if (sg != null)
 712       {
 713         if (seq == null)
 714         {
 715           seq = sg.getSequenceAt(0);
 716         }
 717
 718         EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getSequenceAsString(
 719                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1), null,
 720                 "Edit Sequence ", null,
 721
 722                 ap.alignFrame, "Edit Sequence", 500, 100, true);
 723
 724         if (dialog.accept)
 725         {
 726           EditCommand editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("label.edit_sequences"),
 727                   Action.REPLACE, dialog.getName().replace(' ',
 728                           ap.av.getGapCharacter()),
 729                   sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 730                   sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1,
 731                   ap.av.getAlignment());
 732
 733           ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 734
 735           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 736                   .getSequences());
 737         }
 738       }
 739     }
 740     else if (source == toUpper || source == toLower || source == toggleCase)
 741     {
 742       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 743       if (sg != null)
 744       {
 745         List<int[]> startEnd = ap.av.getVisibleRegionBoundaries(
 746                 sg.getStartRes(), sg.getEndRes() + 1);
 747
 748         String description;
 749         int caseChange;
 750
 751         if (source == toggleCase)
 752         {
 753           description = "Toggle Case";
 754           caseChange = ChangeCaseCommand.TOGGLE_CASE;
 755         }
 756         else if (source == toUpper)
 757         {
 758           description = "To Upper Case";
 759           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_UPPER;
 760         }
 761         else
 762         {
 763           description = "To Lower Case";
 764           caseChange = ChangeCaseCommand.TO_LOWER;
 765         }
 766
 767         ChangeCaseCommand caseCommand = new ChangeCaseCommand(description,
 768                 sg.getSequencesAsArray(ap.av.getHiddenRepSequences()),
 769                 startEnd, caseChange);
 770
 771         ap.alignFrame.addHistoryItem(caseCommand);
 772
 773         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 774                 .getSequences());
 775
 776       }
 777     }
 778     else if (source == sequenceFeature)
 779     {
 780       SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 781       if (sg == null)
 782       {
 783         return;
 784       }
 785
 786       int rsize = 0, gSize = sg.getSize();
 787       SequenceI[] rseqs, seqs = new SequenceI[gSize];
 788       SequenceFeature[] tfeatures, features = new SequenceFeature[gSize];
 789
 790       for (int i = 0; i < gSize; i++)
 791       {
 792         int start = sg.getSequenceAt(i).findPosition(sg.getStartRes());
 793         int end = sg.findEndRes(sg.getSequenceAt(i));
 794         if (start <= end)
 795         {
 796           seqs[rsize] = sg.getSequenceAt(i);
 797           features[rsize] = new SequenceFeature(null, null, null, start,
 798                   end, "Jalview");
 799           rsize++;
 800         }
 801       }
 802       rseqs = new SequenceI[rsize];
 803       tfeatures = new SequenceFeature[rsize];
 804       System.arraycopy(seqs, 0, rseqs, 0, rsize);
 805       System.arraycopy(features, 0, tfeatures, 0, rsize);
 806       features = tfeatures;
 807       seqs = rseqs;
 808
 809       if (ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs,
 810               features, true, ap))
 811       {
 812         ap.alignFrame.sequenceFeatures.setState(true);
 813         ap.av.setShowSequenceFeatures(true);;
 814         ap.highlightSearchResults(null);
 815       }
 816     }
 817     else
 818     {
 819       outputText(evt);
 820     }
 821
 822   }
 823
 824   void outputText(ActionEvent e)
 825   {
 826     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 827
 828     JFrame frame = new JFrame();
 829     frame.add(cap);
 830     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 831             "label.selection_output_command", new Object[]
 832             { e.getActionCommand() }), 600, 500);
 833     // JBPNote: getSelectionAsNewSequence behaviour has changed - this method
 834     // now returns a full copy of sequence data
 835     // TODO consider using getSequenceSelection instead here
 836
 837     cap.setText(new AppletFormatAdapter().formatSequences(
 838             e.getActionCommand(), ap.av.getShowJVSuffix(), ap, true));
 839
 840   }
 841
 842   protected void showSequenceSelectionDetails()
 843   {
 844     createSequenceDetailsReport(ap.av.getSequenceSelection());
 845   }
 846
 847   protected void showSequenceDetails()
 848   {
 849     createSequenceDetailsReport(new SequenceI[]
 850     { seq });
 851   }
 852
 853   public void createSequenceDetailsReport(SequenceI[] sequences)
 854   {
 855
 856     CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false, ap.alignFrame);
 857
 858     StringBuffer contents = new StringBuffer();
 859     for (SequenceI seq : sequences)
 860     {
 861       contents.append(MessageManager.formatMessage(
 862               "label.annotation_for_displayid", new Object[]
 863               { seq.getDisplayId(true) }));
 864       new SequenceAnnotationReport(null)
 865               .createSequenceAnnotationReport(
 866                       contents,
 867                       seq,
 868                       true,
 869                       true,
 870                       false,
 871                       (ap.seqPanel.seqCanvas.fr != null) ? ap.seqPanel.seqCanvas.fr.getMinMax()
 872                               : null);
 873       contents.append("</p>");
 874     }
 875     JFrame frame = new JFrame();
 876     frame.add(cap);
 877     JalviewLite.addFrame(frame, "Sequence Details for "
 878             + (sequences.length == 1 ? sequences[0].getDisplayId(true)
 879                     : "Selection"), 600, 500);
 880     cap.setText(MessageManager.formatMessage("label.html_content",
 881             new Object[]
 882             { contents.toString() }));
 883   }
 884
 885   void editName()
 886   {
 887     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(seq.getName(),
 888             seq.getDescription(), "       Sequence Name",
 889             "Sequence Description", ap.alignFrame,
 890             "Edit Sequence Name / Description", 500, 100, true);
 891
 892     if (dialog.accept)
 893     {
 894       seq.setName(dialog.getName());
 895       seq.setDescription(dialog.getDescription());
 896       ap.paintAlignment(false);
 897     }
 898   }
 899
 900   void addPDB()
 901   {
 902     if (seq.getPDBId() != null)
 903     {
 904       PDBEntry entry = seq.getPDBId().firstElement();
 905
 906 //      if (ap.av.applet.jmolAvailable)
 907 //      {
 908         new AppletJmol(entry, new SequenceI[]
 909         { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 910 //      }
 911 //      else
 912 //      {
 913 //        new MCview.AppletPDBViewer(entry, new SequenceI[]
 914 //        { seq }, null, ap, AppletFormatAdapter.URL);
 915 //      }
 916
 917     }
 918     else
 919     {
 920       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(true, ap.alignFrame);
 921       cap.setText(MessageManager.getString("label.paste_pdb_file"));
 922       cap.setPDBImport(seq);
 923       JFrame frame = new JFrame();
 924       frame.add(cap);
 925       JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager.formatMessage(
 926               "label.paste_pdb_file_for_sequence", new Object[]
 927               { seq.getName() }), 400, 300);
 928     }
 929   }
 930
 931   private void jbInit() throws Exception
 932   {
 933     groupMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.selection"));
 934     sequenceFeature.addActionListener(this);
 935
 936     editGroupName.addActionListener(this);
 937     unGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 938             .getString("action.remove_group"));
 939     unGroupMenuItem.addActionListener(this);
 940
 941     createGroupMenuItem.setLabel(MessageManager
 942             .getString("action.create_group"));
 943     createGroupMenuItem.addActionListener(this);
 944
 945     nucleotideMenuItem.setLabel(MessageManager
 946             .getString("label.nucleotide"));
 947     nucleotideMenuItem.addActionListener(this);
 948     conservationMenuItem.addItemListener(this);
 949     abovePIDColour.addItemListener(this);
 950     colourMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.group_colour"));
 951     showBoxes.setLabel(MessageManager.getString("action.boxes"));
 952     showBoxes.setState(true);
 953     showBoxes.addItemListener(this);
 954     sequenceName.addActionListener(this);
 955     sequenceDetails.addActionListener(this);
 956     selSeqDetails.addActionListener(this);
 957     displayNonconserved.setLabel(MessageManager
 958             .getString("label.show_non_conversed"));
 959     displayNonconserved.setState(false);
 960     displayNonconserved.addItemListener(this);
 961     showText.setLabel(MessageManager.getString("action.text"));
 962     showText.addItemListener(this);
 963     showColourText.setLabel(MessageManager.getString("label.colour_text"));
 964     showColourText.addItemListener(this);
 965     outputmenu.setLabel(MessageManager.getString("label.out_to_textbox"));
 966     seqMenu.setLabel(MessageManager.getString("label.sequence"));
 967     pdb.setLabel(MessageManager.getString("label.view_pdb_structure"));
 968     hideSeqs.setLabel(MessageManager.getString("action.hide_sequences"));
 969     repGroup.setLabel(MessageManager.formatMessage(
 970             "label.represent_group_with", new Object[]
 971             { "" }));
 972     revealAll.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 973     revealSeq.setLabel(MessageManager.getString("action.reveal_sequences"));
 974     menu1.setLabel(MessageManager.getString("label.group") + ":");
 975     add(groupMenu);
 976     this.add(seqMenu);
 977     this.add(hideSeqs);
 978     this.add(revealSeq);
 979     this.add(revealAll);
 980     // groupMenu.add(selSeqDetails);
 981     groupMenu.add(groupShowAnnotationsMenu);
 982     groupMenu.add(groupHideAnnotationsMenu);
 983     groupMenu.add(groupAddReferenceAnnotations);
 984     groupMenu.add(editMenu);
 985     groupMenu.add(outputmenu);
 986     groupMenu.add(sequenceFeature);
 987     groupMenu.add(createGroupMenuItem);
 988     groupMenu.add(unGroupMenuItem);
 989     groupMenu.add(menu1);
 990
 991     colourMenu.add(noColourmenuItem);
 992     colourMenu.add(clustalColour);
 993     colourMenu.add(BLOSUM62Colour);
 994     colourMenu.add(PIDColour);
 995     colourMenu.add(zappoColour);
 996     colourMenu.add(taylorColour);
 997     colourMenu.add(hydrophobicityColour);
 998     colourMenu.add(helixColour);
 999     colourMenu.add(strandColour);
1000     colourMenu.add(turnColour);
1001     colourMenu.add(buriedColour);
1002     colourMenu.add(nucleotideMenuItem);
1003     colourMenu.add(userDefinedColour);
1004     colourMenu.addSeparator();
1005     colourMenu.add(abovePIDColour);
1006     colourMenu.add(conservationMenuItem);
1007
1008     noColourmenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.none"));
1009     noColourmenuItem.addActionListener(this);
1010
1011     clustalColour.setLabel(MessageManager.getString("label.clustalx_colours"));
1012     clustalColour.addActionListener(this);
1013     zappoColour.setLabel(MessageManager.getString("label.zappo"));
1014     zappoColour.addActionListener(this);
1015     taylorColour.setLabel(MessageManager.getString("label.taylor"));
1016     taylorColour.addActionListener(this);
1017     hydrophobicityColour.setLabel(MessageManager.getString("label.hydrophobicity"));
1018     hydrophobicityColour.addActionListener(this);
1019     helixColour.setLabel(MessageManager.getString("label.helix_propensity"));
1020     helixColour.addActionListener(this);
1021     strandColour.setLabel(MessageManager.getString("label.strand_propensity"));
1022     strandColour.addActionListener(this);
1023     turnColour.setLabel(MessageManager.getString("label.turn_propensity"));
1024     turnColour.addActionListener(this);
1025     buriedColour.setLabel(MessageManager.getString("label.buried_index"));
1026     buriedColour.addActionListener(this);
1027     abovePIDColour.setLabel(MessageManager.getString("label.above_identity_percentage"));
1028
1029     userDefinedColour.setLabel(MessageManager.getString("action.user_defined"));
1030     userDefinedColour.addActionListener(this);
1031     PIDColour.setLabel(MessageManager.getString("action.percentage_identity"));
1032     PIDColour.addActionListener(this);
1033     BLOSUM62Colour.setLabel("BLOSUM62");
1034     BLOSUM62Colour.addActionListener(this);
1035     conservationMenuItem.setLabel(MessageManager.getString("label.conservation"));
1036
1037     editMenu.add(copy);
1038     copy.addActionListener(this);
1039     editMenu.add(cut);
1040     cut.addActionListener(this);
1041
1042     editMenu.add(editSequence);
1043     editSequence.addActionListener(this);
1044
1045     editMenu.add(toUpper);
1046     toUpper.addActionListener(this);
1047     editMenu.add(toLower);
1048     toLower.addActionListener(this);
1049     editMenu.add(toggleCase);
1050     seqMenu.add(seqShowAnnotationsMenu);
1051     seqMenu.add(seqHideAnnotationsMenu);
1052     seqMenu.add(seqAddReferenceAnnotations);
1053     seqMenu.add(sequenceName);
1054     seqMenu.add(makeReferenceSeq);
1055     // seqMenu.add(sequenceDetails);
1056
1057     if (!ap.av.applet.useXtrnalSviewer)
1058     {
1059       seqMenu.add(pdb);
1060     }
1061     seqMenu.add(repGroup);
1062     menu1.add(editGroupName);
1063     menu1.add(colourMenu);
1064     menu1.add(showBoxes);
1065     menu1.add(showText);
1066     menu1.add(showColourText);
1067     menu1.add(displayNonconserved);
1068     toggleCase.addActionListener(this);
1069     pdb.addActionListener(this);
1070     hideSeqs.addActionListener(this);
1071     repGroup.addActionListener(this);
1072     revealAll.addActionListener(this);
1073     revealSeq.addActionListener(this);
1074     makeReferenceSeq.addActionListener(this);
1075   }
1076
1077   void refresh()
1078   {
1079     ap.paintAlignment(true);
1080   }
1081
1082   protected void clustalColour_actionPerformed()
1083   {
1084     SequenceGroup sg = getGroup();
1085     sg.cs = new ClustalxColourScheme(sg, ap.av.getHiddenRepSequences());
1086     refresh();
1087   }
1088
1089   protected void zappoColour_actionPerformed()
1090   {
1091     getGroup().cs = new ZappoColourScheme();
1092     refresh();
1093   }
1094
1095   protected void taylorColour_actionPerformed()
1096   {
1097     getGroup().cs = new TaylorColourScheme();
1098     refresh();
1099   }
1100
1101   protected void hydrophobicityColour_actionPerformed()
1102   {
1103     getGroup().cs = new HydrophobicColourScheme();
1104     refresh();
1105   }
1106
1107   protected void helixColour_actionPerformed()
1108   {
1109     getGroup().cs = new HelixColourScheme();
1110     refresh();
1111   }
1112
1113   protected void strandColour_actionPerformed()
1114   {
1115     getGroup().cs = new StrandColourScheme();
1116     refresh();
1117   }
1118
1119   protected void turnColour_actionPerformed()
1120   {
1121     getGroup().cs = new TurnColourScheme();
1122     refresh();
1123   }
1124
1125   protected void buriedColour_actionPerformed()
1126   {
1127     getGroup().cs = new BuriedColourScheme();
1128     refresh();
1129   }
1130
1131   public void nucleotideMenuItem_actionPerformed()
1132   {
1133     getGroup().cs = new NucleotideColourScheme();
1134     refresh();
1135   }
1136
1137   protected void abovePIDColour_itemStateChanged()
1138   {
1139     SequenceGroup sg = getGroup();
1140     if (sg.cs == null)
1141     {
1142       return;
1143     }
1144
1145     if (abovePIDColour.getState())
1146     {
1147       sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1148               .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1149       int threshold = SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, sg.cs, getGroup()
1150               .getName());
1151
1152       sg.cs.setThreshold(threshold, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1153
1154       SliderPanel.showPIDSlider();
1155
1156     }
1157     else
1158     // remove PIDColouring
1159     {
1160       sg.cs.setThreshold(0, ap.av.isIgnoreGapsConsensus());
1161     }
1162
1163     refresh();
1164
1165   }
1166
1167   protected void userDefinedColour_actionPerformed()
1168   {
1169     new UserDefinedColours(ap, getGroup());
1170   }
1171
1172   protected void PIDColour_actionPerformed()
1173   {
1174     SequenceGroup sg = getGroup();
1175     sg.cs = new PIDColourScheme();
1176     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1177             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1178     refresh();
1179   }
1180
1181   protected void BLOSUM62Colour_actionPerformed()
1182   {
1183     SequenceGroup sg = getGroup();
1184
1185     sg.cs = new Blosum62ColourScheme();
1186
1187     sg.cs.setConsensus(AAFrequency.calculate(sg.getSequences(ap.av
1188             .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment().getWidth()));
1189
1190     refresh();
1191   }
1192
1193   protected void noColourmenuItem_actionPerformed()
1194   {
1195     getGroup().cs = null;
1196     refresh();
1197   }
1198
1199   protected void conservationMenuItem_itemStateChanged()
1200   {
1201     SequenceGroup sg = getGroup();
1202     if (sg.cs == null)
1203     {
1204       return;
1205     }
1206
1207     if (conservationMenuItem.getState())
1208     {
1209
1210       sg.cs.setConservation(Conservation.calculateConservation("Group",
1211               ResidueProperties.propHash, 3, sg.getSequences(ap.av
1212                       .getHiddenRepSequences()), 0, ap.av.getAlignment()
1213                       .getWidth(), false, ap.av.getConsPercGaps(), false));
1214       SliderPanel.setConservationSlider(ap, sg.cs, sg.getName());
1215       SliderPanel.showConservationSlider();
1216     }
1217     else
1218     // remove ConservationColouring
1219     {
1220       sg.cs.setConservation(null);
1221     }
1222
1223     refresh();
1224   }
1225
1226   SequenceGroup getGroup()
1227   {
1228     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1229
1230     // this method won't add a new group if it already exists
1231     if (sg != null)
1232     {
1233       ap.av.getAlignment().addGroup(sg);
1234     }
1235
1236     return sg;
1237   }
1238
1239   void unGroupMenuItem_actionPerformed()
1240   {
1241     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1242     ap.av.getAlignment().deleteGroup(sg);
1243     ap.av.setSelectionGroup(null);
1244     ap.paintAlignment(true);
1245   }
1246
1247   void createGroupMenuItem_actionPerformed()
1248   {
1249     getGroup(); // implicitly create group
1250     refresh();
1251   }
1252
1253   public void showColourText_itemStateChanged()
1254   {
1255     getGroup().setColourText(showColourText.getState());
1256     refresh();
1257   }
1258
1259   public void showText_itemStateChanged()
1260   {
1261     getGroup().setDisplayText(showText.getState());
1262     refresh();
1263   }
1264   public void makeReferenceSeq_actionPerformed()
1265   {
1266     if (!ap.av.getAlignment().hasSeqrep())
1267     {
1268       // initialise the display flags so the user sees something happen
1269       ap.av.setDisplayReferenceSeq(true);
1270       ap.av.setColourByReferenceSeq(true);
1271       ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1272     }
1273     else
1274     {
1275       if (ap.av.getAlignment().getSeqrep() == seq)
1276       {
1277         ap.av.getAlignment().setSeqrep(null);
1278       }
1279       else
1280       {
1281         ap.av.getAlignment().setSeqrep(seq);
1282       }
1283     }
1284     refresh();
1285   }
1286
1287   public void showNonconserved_itemStateChanged()
1288   {
1289     getGroup().setShowNonconserved(this.displayNonconserved.getState());
1290     refresh();
1291   }
1292
1293   public void showBoxes_itemStateChanged()
1294   {
1295     getGroup().setDisplayBoxes(showBoxes.getState());
1296     refresh();
1297   }
1298
1299   void hideSequences(boolean representGroup)
1300   {
1301     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
1302     if (sg == null || sg.getSize() < 1)
1303     {
1304       ap.av.hideSequence(new SequenceI[]
1305       { seq });
1306       return;
1307     }
1308
1309     ap.av.setSelectionGroup(null);
1310
1311     if (representGroup)
1312     {
1313       ap.av.hideRepSequences(seq, sg);
1314
1315       return;
1316     }
1317
1318     int gsize = sg.getSize();
1319     SequenceI[] hseqs;
1320
1321     hseqs = new SequenceI[gsize];
1322
1323     int index = 0;
1324     for (int i = 0; i < gsize; i++)
1325     {
1326       hseqs[index++] = sg.getSequenceAt(i);
1327     }
1328
1329     ap.av.hideSequence(hseqs);
1330     ap.av.sendSelection();
1331   }
1332
1333   /**
1334    * Add annotation types to 'Show annotations' and/or 'Hide annotations' menus.
1335    * "All" is added first, followed by a separator. Then add any annotation
1336    * types associated with the current selection. Separate menus are built for
1337    * the selected sequence group (if any), and the selected sequence.
1338    * <p>
1339    * Some annotation rows are always rendered together - these can be identified
1340    * by a common graphGroup property > -1. Only one of each group will be marked
1341    * as visible (to avoid duplication of the display). For such groups we add a
1342    * composite type name, e.g.
1343    * <p>
1344    * IUPredWS (Long), IUPredWS (Short)
1345    *
1346    * @param seq
1347    */
1348   protected void buildAnnotationTypesMenus(JMenu showMenu, JMenu hideMenu,
1349           List<SequenceI> forSequences)
1350   {
1351     showMenu.removeAll();
1352     hideMenu.removeAll();
1353
1354     final List<String> all = Arrays.asList(ALL_ANNOTATIONS);
1355     addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences, "", all, true, true);
1356     addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences, "", all, true,
1357             false);
1358     showMenu.addSeparator();
1359     hideMenu.addSeparator();
1360
1361     final AlignmentAnnotation[] annotations = ap.getAlignment()
1362             .getAlignmentAnnotation();
1363
1364     /*
1365      * Find shown/hidden annotations types, distinguished by source (calcId),
1366      * and grouped by graphGroup. Using LinkedHashMap means we will retrieve in
1367      * the insertion order, which is the order of the annotations on the
1368      * alignment.
1369      */
1370     Map<String, List<List<String>>> shownTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1371     Map<String, List<List<String>>> hiddenTypes = new LinkedHashMap<String, List<List<String>>>();
1372     AlignmentAnnotationUtils.getShownHiddenTypes(shownTypes,
1373             hiddenTypes,
1374             AlignmentAnnotationUtils.asList(annotations),
1375             forSequences);
1376
1377     for (String calcId : hiddenTypes.keySet())
1378     {
1379       for (List<String> type : hiddenTypes.get(calcId))
1380       {
1381         addAnnotationTypeToShowHide(showMenu, forSequences,
1382                 calcId, type, false, true);
1383       }
1384     }
1385     // grey out 'show annotations' if none are hidden
1386     showMenu.setEnabled(!hiddenTypes.isEmpty());
1387
1388     for (String calcId : shownTypes.keySet())
1389     {
1390       for (List<String> type : shownTypes.get(calcId))
1391       {
1392         addAnnotationTypeToShowHide(hideMenu, forSequences,
1393                 calcId, type, false, false);
1394       }
1395     }
1396     // grey out 'hide annotations' if none are shown
1397     hideMenu.setEnabled(!shownTypes.isEmpty());
1398   }
1399
1400   /**
1401    * Add one annotation type to the 'Show Annotations' or 'Hide Annotations'
1402    * menus.
1403    *
1404    * @param showOrHideMenu
1405    *          the menu to add to
1406    * @param forSequences
1407    *          the sequences whose annotations may be shown or hidden
1408    * @param calcId
1409    * @param types
1410    *          the label to add
1411    * @param allTypes
1412    *          if true this is a special label meaning 'All'
1413    * @param actionIsShow
1414    *          if true, the select menu item action is to show the annotation
1415    *          type, else hide
1416    */
1417   protected void addAnnotationTypeToShowHide(JMenu showOrHideMenu,
1418           final List<SequenceI> forSequences, String calcId,
1419           final List<String> types, final boolean allTypes,
1420           final boolean actionIsShow)
1421   {
1422     String label = types.toString(); // [a, b, c]
1423     label = label.substring(1, label.length() - 1);
1424     final JMenuItem item = new JMenuItem(label);
1425     item.addActionListener(new java.awt.event.ActionListener()
1426     {
1427       @Override
1428       public void actionPerformed(ActionEvent e)
1429       {
1430         AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(ap.getAlignment(), types,
1431                 forSequences, allTypes, actionIsShow);
1432         refresh();
1433       }
1434     });
1435     showOrHideMenu.add(item);
1436   }
1437
1438 }