unused/appletgui/AnnotationLabels.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
  24 import jalview.bin.JalviewLite;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  26 import jalview.datamodel.Annotation;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.ParseHtmlBodyAndLinks;
  31
  32 import java.awt.Color;
  33 import java.awt.Dimension;
  34 import java.awt.FlowLayout;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Image;
  38 import java.awt.event.ActionEvent;
  39 import java.awt.event.ActionListener;
  40 import java.awt.event.InputEvent;
  41 import java.awt.event.ItemEvent;
  42 import java.awt.event.ItemListener;
  43 import java.awt.event.MouseEvent;
  44 import java.awt.event.MouseListener;
  45 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  46 import java.util.Arrays;
  47 import java.util.Collections;
  48 import java.util.Vector;
  49
  50 import javax.swing.JCheckBox;
  51 import javax.swing.JCheckBoxMenuItem;
  52 import javax.swing.JFrame;
  53 import javax.swing.JMenuItem;
  54 import javax.swing.JPanel;
  55 import javax.swing.JPopupMenu;
  56
  57 public class AnnotationLabels extends JPanel implements ActionListener,
  58         MouseListener, MouseMotionListener
  59 {
  60   Image image;
  61
  62   boolean active = false;
  63
  64   AlignmentPanel ap;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean resizing = false;
  69
  70   int oldY, mouseX;
  71
  72   static String ADDNEW = "Add New Row";
  73
  74   static String EDITNAME = "Edit Label/Description";
  75
  76   static String HIDE = "Hide This Row";
  77
  78   static String SHOWALL = "Show All Hidden Rows";
  79
  80   static String OUTPUT_TEXT = "Show Values In Textbox";
  81
  82   static String COPYCONS_SEQ = "Copy Consensus Sequence";
  83
  84   int scrollOffset = 0;
  85
  86   int selectedRow = -1;
  87
  88   Tooltip tooltip;
  89
  90   private boolean hasHiddenRows;
  91
  92   public AnnotationLabels(AlignmentPanel ap)
  93   {
  94     this.ap = ap;
  95     this.av = ap.av;
  96     setLayout(null);
  97
  98     /**
  99      * this retrieves the adjustable height glyph from resources. we don't use
 100      * it at the moment. java.net.URL url =
 101      * getClass().getResource("/images/idwidth.gif"); Image temp = null;
 102      *
 103      * if (url != null) { temp =
 104      * java.awt.Toolkit.getDefaultToolkit().createImage(url); }
 105      *
 106      * try { MediaTracker mt = new MediaTracker(this); mt.addImage(temp, 0);
 107      * mt.waitForID(0); } catch (Exception ex) { }
 108      *
 109      * BufferedImage bi = new BufferedImage(temp.getHeight(this),
 110      * temp.getWidth(this), BufferedImage.TYPE_INT_RGB); Graphics2D g =
 111      * (Graphics2D) bi.getGraphics(); g.rotate(Math.toRadians(90));
 112      * g.drawImage(temp, 0, -bi.getWidth(this), this); image = (Image) bi;
 113      */
 114     addMouseListener(this);
 115     addMouseMotionListener(this);
 116   }
 117
 118   public AnnotationLabels(AlignViewport av)
 119   {
 120     this.av = av;
 121   }
 122
 123   public void setScrollOffset(int y, boolean repaint)
 124   {
 125     scrollOffset = y;
 126     if (repaint)
 127     {
 128       repaint();
 129     }
 130   }
 131
 132   /**
 133    *
 134    * @param y
 135    * @return -2 if no rows are visible at all, -1 if no visible rows were
 136    *         selected
 137    */
 138   int getSelectedRow(int y)
 139   {
 140     int row = -2;
 141     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 142             .getAlignmentAnnotation();
 143
 144     if (aa == null)
 145     {
 146       return row;
 147     }
 148     int height = 0;
 149     for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 150     {
 151       row = -1;
 152       if (!aa[i].visible)
 153       {
 154         continue;
 155       }
 156       height += aa[i].height;
 157       if (y < height)
 158       {
 159         row = i;
 160         break;
 161       }
 162     }
 163
 164     return row;
 165   }
 166
 167   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 168   {
 169     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 170
 171     if (evt.getActionCommand().equals(ADDNEW))
 172     {
 173       AlignmentAnnotation newAnnotation = new AlignmentAnnotation("", null,
 174               new Annotation[ap.av.getAlignment().getWidth()]);
 175
 176       if (!editLabelDescription(newAnnotation))
 177       {
 178         return;
 179       }
 180
 181       ap.av.getAlignment().addAnnotation(newAnnotation);
 182       ap.av.getAlignment().setAnnotationIndex(newAnnotation, 0);
 183     }
 184     else if (evt.getActionCommand().equals(EDITNAME))
 185     {
 186       editLabelDescription(aa[selectedRow]);
 187     }
 188     else if (evt.getActionCommand().equals(HIDE))
 189     {
 190       aa[selectedRow].visible = false;
 191     }
 192     else if (evt.getActionCommand().equals(SHOWALL))
 193     {
 194       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 195       {
 196         aa[i].visible = (aa[i].annotations == null) ? false : true;
 197       }
 198     }
 199     else if (evt.getActionCommand().equals(OUTPUT_TEXT))
 200     {
 201       CutAndPasteTransfer cap = new CutAndPasteTransfer(false,
 202               ap.alignFrame);
 203       JFrame frame = new JFrame();
 204       frame.add(cap);
 205       JalviewLite.addFrame(frame, ap.alignFrame.getTitle()
 206               + " - " + aa[selectedRow].label, 500, 100);
 207       cap.setText(aa[selectedRow].toString());
 208     }
 209     else if (evt.getActionCommand().equals(COPYCONS_SEQ))
 210     {
 211       SequenceI cons = av.getConsensusSeq();
 212       if (cons != null)
 213       {
 214         copy_annotseqtoclipboard(cons);
 215       }
 216
 217     }
 218     refresh();
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Adjust size and repaint
 223    */
 224   protected void refresh()
 225   {
 226     ap.annotationPanel.adjustPanelHeight();
 227     setSize(getSize().width, ap.annotationPanel.getSize().height);
 228     ap.validate();
 229     ap.paintAlignment(true);
 230   }
 231
 232   boolean editLabelDescription(AlignmentAnnotation annotation)
 233   {
 234     JCheckBox padGaps = new JCheckBox("Fill Empty Gaps With \""
 235             + ap.av.getGapCharacter() + "\"", annotation.padGaps);
 236
 237     EditNameDialog dialog = new EditNameDialog(annotation.label,
 238             annotation.description, "      Annotation Label",
 239             "Annotation Description", ap.alignFrame,
 240             "Edit Annotation Name / Description", 500, 180, false);
 241
 242     JPanel empty = new JPanel(new FlowLayout());
 243     empty.add(padGaps);
 244     dialog.add(empty);
 245     dialog.pack();
 246
 247     dialog.setVisible(true);
 248
 249     if (dialog.accept)
 250     {
 251       annotation.label = dialog.getName();
 252       annotation.description = dialog.getDescription();
 253       annotation.setPadGaps(padGaps.isSelected(), av.getGapCharacter());
 254       repaint();
 255       return true;
 256     }
 257     else
 258     {
 259       return false;
 260     }
 261
 262   }
 263
 264   boolean resizePanel = false;
 265
 266   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 267   {
 268     resizePanel = evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14;
 269     int row = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 270
 271     if (row > -1)
 272     {
 273       ParseHtmlBodyAndLinks phb = new ParseHtmlBodyAndLinks(
 274               av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[row]
 275                       .getDescription(true),
 276               true, "\n");
 277       if (tooltip == null)
 278       {
 279         tooltip = new Tooltip(phb.getNonHtmlContent(), this);
 280       }
 281       else
 282       {
 283         tooltip.setTip(phb.getNonHtmlContent());
 284       }
 285     }
 286     else if (tooltip != null)
 287     {
 288       tooltip.setTip("");
 289     }
 290   }
 291
 292   /**
 293    * curent drag position
 294    */
 295   MouseEvent dragEvent = null;
 296
 297   /**
 298    * flag to indicate drag events should be ignored
 299    */
 300   private boolean dragCancelled = false;
 301
 302   /**
 303    * clear any drag events in progress
 304    */
 305   public void cancelDrag()
 306   {
 307     dragEvent = null;
 308     dragCancelled = true;
 309   }
 310
 311   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 312   {
 313     if (dragCancelled)
 314     {
 315       return;
 316     }
 317     ;
 318     dragEvent = evt;
 319
 320     if (resizePanel)
 321     {
 322       Dimension d = ap.annotationPanelHolder.getSize(), e = ap.annotationSpaceFillerHolder
 323               .getSize(), f = ap.seqPanelHolder.getSize();
 324       int dif = evt.getY() - oldY;
 325
 326       dif /= ap.av.getCharHeight();
 327       dif *= ap.av.getCharHeight();
 328
 329       if ((d.height - dif) > 20 && (f.height + dif) > 20)
 330       {
 331         ap.annotationPanel.setSize(d.width, d.height - dif);
 332         setSize(new Dimension(e.width, d.height - dif));
 333         ap.annotationSpaceFillerHolder.setSize(new Dimension(e.width,
 334                 d.height - dif));
 335         ap.annotationPanelHolder.setSize(new Dimension(d.width, d.height
 336                 - dif));
 337         ap.apvscroll.setValues(ap.apvscroll.getValue(), d.height - dif, 0,
 338                 av.calcPanelHeight());
 339         f.height += dif;
 340         ap.seqPanelHolder.setPreferredSize(f);
 341         ap.setScrollValues(av.getStartRes(), av.getStartSeq());
 342         ap.validate();
 343         // ap.paintAlignment(true);
 344         ap.addNotify();
 345       }
 346
 347     }
 348     else
 349     {
 350       int diff;
 351       if ((diff = 6 - evt.getY()) > 0)
 352       {
 353         // nudge scroll up
 354         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() - diff);
 355         ap.adjustmentValueChanged(null);
 356
 357       }
 358       else if ((0 < (diff = 6
 359               - ap.annotationSpaceFillerHolder.getSize().height
 360               + evt.getY())))
 361       {
 362         // nudge scroll down
 363         ap.apvscroll.setValue(ap.apvscroll.getValue() + diff);
 364         ap.adjustmentValueChanged(null);
 365       }
 366       repaint();
 367     }
 368   }
 369
 370   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 371   {
 372   }
 373
 374   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 375   {
 376     if (!resizePanel && !dragCancelled)
 377     {
 378       int start = selectedRow;
 379
 380       int end = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 381
 382       if (start > -1 && start != end)
 383       {
 384         // Swap these annotations
 385         AlignmentAnnotation startAA = ap.av.getAlignment()
 386                 .getAlignmentAnnotation()[start];
 387         if (end == -1)
 388         {
 389           end = ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation().length - 1;
 390         }
 391         AlignmentAnnotation endAA = ap.av.getAlignment()
 392                 .getAlignmentAnnotation()[end];
 393
 394         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[end] = startAA;
 395         ap.av.getAlignment().getAlignmentAnnotation()[start] = endAA;
 396       }
 397     }
 398     resizePanel = false;
 399     dragEvent = null;
 400     dragCancelled = false;
 401     repaint();
 402     ap.annotationPanel.repaint();
 403   }
 404
 405   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 406   {
 407     if (evt.getY() < 10 && evt.getX() < 14)
 408     {
 409       resizePanel = true;
 410       repaint();
 411     }
 412   }
 413
 414   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 415   {
 416     dragCancelled = false;
 417
 418     if (dragEvent == null)
 419     {
 420       resizePanel = false;
 421     }
 422     else
 423     {
 424       if (!resizePanel)
 425       {
 426         dragEvent = null;
 427       }
 428     }
 429     repaint();
 430   }
 431
 432   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 433   {
 434     oldY = evt.getY();
 435     if (resizePanel)
 436     {
 437       return;
 438     }
 439     dragCancelled = false;
 440     // todo: move below to mouseClicked ?
 441     selectedRow = getSelectedRow(evt.getY() + scrollOffset);
 442
 443     AlignmentAnnotation[] aa = ap.av.getAlignment()
 444             .getAlignmentAnnotation();
 445
 446     // DETECT RIGHT MOUSE BUTTON IN AWT
 447     if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON3_MASK) == InputEvent.BUTTON3_MASK)
 448     {
 449
 450       JPopupMenu popup = new JPopupMenu(
 451               MessageManager.getString("label.annotations"));
 452
 453       JMenuItem item = new JMenuItem(ADDNEW);
 454       item.addActionListener(this);
 455       popup.add(item);
 456       if (selectedRow < 0)
 457       {
 458         // this never happens at moment: - see comment on JAL-563
 459         if (hasHiddenRows)
 460         {
 461           item = new JMenuItem(SHOWALL);
 462           item.addActionListener(this);
 463           popup.add(item);
 464         }
 465         this.add(popup);
 466         popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 467         return;
 468       }
 469       // add the rest if there are actually rows to show
 470       item = new JMenuItem(EDITNAME);
 471       item.addActionListener(this);
 472       popup.add(item);
 473       item = new JMenuItem(HIDE);
 474       item.addActionListener(this);
 475       popup.add(item);
 476
 477       /*
 478        * Hide all <label>:
 479        */
 480       if (selectedRow < aa.length)
 481       {
 482         if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 483         {
 484           final String label = aa[selectedRow].label;
 485           JMenuItem hideType = new JMenuItem(
 486                   MessageManager.getString("label.hide_all") + " " + label);
 487           hideType.addActionListener(new ActionListener()
 488           {
 489             @Override
 490             public void actionPerformed(ActionEvent e)
 491             {
 492               AlignmentUtils.showOrHideSequenceAnnotations(
 493                       ap.av.getAlignment(), Collections.singleton(label),
 494                       null, false, false);
 495               refresh();
 496             }
 497           });
 498           popup.add(hideType);
 499         }
 500       }
 501
 502       if (hasHiddenRows)
 503       {
 504         item = new JMenuItem(SHOWALL);
 505         item.addActionListener(this);
 506         popup.add(item);
 507       }
 508       this.add(popup);
 509       item = new JMenuItem(OUTPUT_TEXT);
 510       item.addActionListener(this);
 511       popup.add(item);
 512       if (selectedRow < aa.length)
 513       {
 514         if (aa[selectedRow].autoCalculated)
 515         {
 516           if (aa[selectedRow].label.indexOf("Consensus") > -1)
 517           {
 518             popup.addSeparator();
 519             final JCheckBoxMenuItem cbmi = new JCheckBoxMenuItem(
 520                     MessageManager.getString("label.ignore_gaps_consensus"),
 521                     (aa[selectedRow].groupRef != null) ? aa[selectedRow].groupRef
 522                             .getIgnoreGapsConsensus() : ap.av
 523                             .isIgnoreGapsConsensus());
 524             final AlignmentAnnotation aaa = aa[selectedRow];
 525             cbmi.addItemListener(new ItemListener()
 526             {
 527               public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 528               {
 529                 if (aaa.groupRef != null)
 530                 {
 531                   // TODO: pass on reference to ap so the view can be updated.
 532                   aaa.groupRef.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState());
 533                 }
 534                 else
 535                 {
 536                   ap.av.setIgnoreGapsConsensus(cbmi.getState(), ap);
 537                 }
 538                 ap.paintAlignment(true);
 539               }
 540             });
 541             popup.add(cbmi);
 542             if (aaa.groupRef != null)
 543             {
 544               final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 545                       MessageManager.getString("label.show_group_histogram"),
 546                       aa[selectedRow].groupRef.isShowConsensusHistogram());
 547               chist.addItemListener(new ItemListener()
 548               {
 549                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 550                 {
 551                   // TODO: pass on reference
 552                   // to ap
 553                   // so the
 554                   // view
 555                   // can be
 556                   // updated.
 557                   aaa.groupRef.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 558                   ap.repaint();
 559                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 560                 }
 561               });
 562               popup.add(chist);
 563               final JCheckBoxMenuItem cprofl = new JCheckBoxMenuItem(
 564                       MessageManager.getString("label.show_group_logo"),
 565                       aa[selectedRow].groupRef.isShowSequenceLogo());
 566               cprofl.addItemListener(new ItemListener()
 567               {
 568                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 569                 {
 570                   // TODO: pass on reference
 571                   // to ap
 572                   // so the
 573                   // view
 574                   // can be
 575                   // updated.
 576                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(cprofl.getState());
 577                   ap.repaint();
 578                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 579                 }
 580               });
 581
 582               popup.add(cprofl);
 583               final JCheckBoxMenuItem cprofn = new JCheckBoxMenuItem(
 584                       MessageManager.getString("label.normalise_group_logo"),
 585                       aa[selectedRow].groupRef.isNormaliseSequenceLogo());
 586               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 587               {
 588                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 589                 {
 590                   // TODO: pass on reference
 591                   // to ap
 592                   // so the
 593                   // view
 594                   // can be
 595                   // updated.
 596                   aaa.groupRef.setshowSequenceLogo(true);
 597                   aaa.groupRef.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 598                   ap.repaint();
 599                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 600                 }
 601               });
 602               popup.add(cprofn);
 603             }
 604             else
 605             {
 606               final JCheckBoxMenuItem chist = new JCheckBoxMenuItem(
 607                       MessageManager.getString("label.show_histogram"), av.isShowConsensusHistogram());
 608               chist.addItemListener(new ItemListener()
 609               {
 610                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 611                 {
 612                   // TODO: pass on reference
 613                   // to ap
 614                   // so the
 615                   // view
 616                   // can be
 617                   // updated.
 618                   av.setShowConsensusHistogram(chist.getState());
 619                   ap.alignFrame.showConsensusHistogram.setState(chist
 620                           .getState()); // TODO: implement
 621                                         // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 622                                         // for applet
 623                   ap.repaint();
 624                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 625                 }
 626               });
 627               popup.add(chist);
 628               final JCheckBoxMenuItem cprof = new JCheckBoxMenuItem(
 629                       MessageManager.getString("label.show_logo"), av.isShowSequenceLogo());
 630               cprof.addItemListener(new ItemListener()
 631               {
 632                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 633                 {
 634                   // TODO: pass on reference
 635                   // to ap
 636                   // so the
 637                   // view
 638                   // can be
 639                   // updated.
 640                   av.setShowSequenceLogo(cprof.getState());
 641                   ap.alignFrame.showSequenceLogo.setState(cprof.getState()); // TODO:
 642                                                                              // implement
 643                                                                              // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 644                                                                              // for
 645                                                                              // applet
 646                   ap.repaint();
 647                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 648                 }
 649               });
 650               popup.add(cprof);
 651               final JCheckBoxMenuItem cprofn = new JCheckBoxMenuItem(
 652                       MessageManager.getString("label.normalise_logo"), av.isNormaliseSequenceLogo());
 653               cprofn.addItemListener(new ItemListener()
 654               {
 655                 public void itemStateChanged(ItemEvent e)
 656                 {
 657                   // TODO: pass on reference
 658                   // to ap
 659                   // so the
 660                   // view
 661                   // can be
 662                   // updated.
 663                   av.setShowSequenceLogo(true);
 664                   ap.alignFrame.normSequenceLogo.setState(cprofn.getState()); // TODO:
 665                                                                               // implement
 666                                                                               // ap.updateGUI()/alignFrame.updateGUI
 667                                                                               // for
 668                                                                               // applet
 669                   av.setNormaliseSequenceLogo(cprofn.getState());
 670                   ap.repaint();
 671                   // ap.annotationPanel.paint(ap.annotationPanel.getGraphics());
 672                 }
 673               });
 674               popup.add(cprofn);
 675             }
 676
 677             item = new JMenuItem(COPYCONS_SEQ);
 678             item.addActionListener(this);
 679             popup.add(item);
 680           }
 681         }
 682       }
 683       popup.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 684     }
 685     else
 686     {
 687       // selection action.
 688       if (selectedRow > -1 && selectedRow < aa.length)
 689       {
 690         if (aa[selectedRow].groupRef != null)
 691         {
 692           if (evt.getClickCount() >= 2)
 693           {
 694             // todo: make the ap scroll to the selection - not necessary, first
 695             // click highlights/scrolls, second selects
 696             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 697             ap.av.setSelectionGroup(// new SequenceGroup(
 698             aa[selectedRow].groupRef); // );
 699             ap.av.sendSelection();
 700             ap.paintAlignment(false);
 701             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 702           }
 703           else
 704           {
 705             ap.seqPanel.ap.idPanel
 706                     .highlightSearchResults(aa[selectedRow].groupRef
 707                             .getSequences(null));
 708           }
 709           return;
 710         }
 711         else if (aa[selectedRow].sequenceRef != null)
 712         {
 713           if (evt.getClickCount() == 1)
 714           {
 715             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(Arrays
 716                     .asList(new SequenceI[]
 717                     { aa[selectedRow].sequenceRef }));
 718           }
 719           else if (evt.getClickCount() >= 2)
 720           {
 721             ap.seqPanel.ap.idPanel.highlightSearchResults(null);
 722             SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 723             if (sg!=null)
 724             {
 725               // we make a copy rather than edit the current selection if no modifiers pressed
 726               // see Enhancement JAL-1557
 727               if (!(evt.isControlDown() || evt.isShiftDown()))
 728               {
 729                 sg = new SequenceGroup(sg);
 730                 sg.clear();
 731                 sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 732               } else {
 733                 if (evt.isControlDown())
 734                 {
 735                   sg.addOrRemove(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 736                 } else {
 737                   // notionally, we should also add intermediate sequences from last added sequence ?
 738                   sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, true);
 739                 }
 740               }
 741             } else {
 742               sg = new SequenceGroup();
 743               sg.setStartRes(0);
 744               sg.setEndRes(ap.av.getAlignment().getWidth()-1);
 745               sg.addSequence(aa[selectedRow].sequenceRef, false);
 746             }
 747             ap.av.setSelectionGroup(sg);
 748             ap.paintAlignment(false);
 749             PaintRefresher.Refresh(ap, ap.av.getSequenceSetId());
 750             ap.av.sendSelection();
 751           }
 752
 753         }
 754       }
 755
 756     }
 757   }
 758
 759   /**
 760    * DOCUMENT ME!
 761    *
 762    * @param e
 763    *          DOCUMENT ME!
 764    */
 765   protected void copy_annotseqtoclipboard(SequenceI sq)
 766   {
 767     if (sq == null || sq.getLength() < 1)
 768     {
 769       return;
 770     }
 771     AlignFrame.copiedSequences = new StringBuffer();
 772     AlignFrame.copiedSequences.append(sq.getName() + "\t"
 773             + sq.getStart() + "\t" + sq.getEnd() + "\t"
 774             + sq.getSequenceAsString() + "\n");
 775     if (av.hasHiddenColumns())
 776     {
 777       AlignFrame.copiedHiddenColumns = new Vector();
 778       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 779       {
 780         AlignFrame.copiedHiddenColumns
 781                 .addElement(new int[]
 782                 { region[0], region[1] });
 783       }
 784     }
 785   }
 786
 787   public void update(Graphics g)
 788   {
 789     paint(g);
 790   }
 791
 792   public void paint(Graphics g)
 793   {
 794     int w = getSize().width;
 795     int h = getSize().height;
 796     if (image == null || w != image.getWidth(this)
 797             || h != image.getHeight(this))
 798     {
 799       image = createImage(w, ap.annotationPanel.getSize().height);
 800     }
 801
 802     drawComponent(image.getGraphics(), w);
 803     g.drawImage(image, 0, 0, this);
 804   }
 805
 806   public void drawComponent(Graphics g, int width)
 807   {
 808     g.setFont(av.getFont());
 809     FontMetrics fm = g.getFontMetrics(av.getFont());
 810     g.setColor(Color.white);
 811     g.fillRect(0, 0, getSize().width, getSize().height);
 812
 813     g.translate(0, -scrollOffset);
 814     g.setColor(Color.black);
 815
 816     AlignmentAnnotation[] aa = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
 817     int y = 0, fy = g.getFont().getSize();
 818     int x = 0, offset;
 819
 820     if (aa != null)
 821     {
 822       hasHiddenRows = false;
 823       for (int i = 0; i < aa.length; i++)
 824       {
 825         if (!aa[i].visible)
 826         {
 827           hasHiddenRows = true;
 828           continue;
 829         }
 830
 831         x = width - fm.stringWidth(aa[i].label) - 3;
 832
 833         y += aa[i].height;
 834         offset = -(aa[i].height - fy) / 2;
 835
 836         g.drawString(aa[i].label, x, y + offset);
 837       }
 838     }
 839     g.translate(0, +scrollOffset);
 840     if (resizePanel)
 841     {
 842       g.setColor(Color.red);
 843       g.setPaintMode();
 844       g.drawLine(2, 8, 5, 2);
 845       g.drawLine(5, 2, 8, 8);
 846     }
 847     else if (!dragCancelled && dragEvent != null && aa != null)
 848     {
 849       g.setColor(Color.lightGray);
 850       g.drawString(aa[selectedRow].label, dragEvent.getX(),
 851               dragEvent.getY());
 852     }
 853
 854     if (!av.getWrapAlignment() && ((aa == null) || (aa.length < 1)))
 855     {
 856       g.setColor(Color.black);
 857       g.drawString(MessageManager.getString("label.right_click"), 2, 8);
 858       g.drawString(MessageManager.getString("label.to_add_annotation"), 2,
 859               18);
 860     }
 861   }
 862 }