unused/appletgui/OverviewPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25
  26 import java.awt.Color;
  27 import java.awt.Dimension;
  28 import java.awt.Frame;
  29 import java.awt.Graphics;
  30 import java.awt.Image;
  31 import java.awt.Panel;
  32 import java.awt.event.ComponentAdapter;
  33 import java.awt.event.ComponentEvent;
  34 import java.awt.event.MouseEvent;
  35 import java.awt.event.MouseListener;
  36 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  37
  38 public class OverviewPanel extends Panel implements Runnable,
  39         MouseMotionListener, MouseListener
  40 {
  41   Image miniMe;
  42
  43   Image offscreen;
  44
  45   AlignViewport av;
  46
  47   AlignmentPanel ap;
  48
  49   float scalew = 1f;
  50
  51   float scaleh = 1f;
  52
  53   public int width, sequencesHeight;
  54
  55   int graphHeight = 20;
  56
  57   int boxX = -1, boxY = -1, boxWidth = -1, boxHeight = -1;
  58
  59   boolean resizing = false;
  60
  61   // Can set different properties in this seqCanvas than
  62   // main visible SeqCanvas
  63   SequenceRenderer sr;
  64
  65   FeatureRenderer fr;
  66
  67   Frame nullFrame;
  68
  69   public OverviewPanel(AlignmentPanel ap)
  70   {
  71     this.av = ap.av;
  72     this.ap = ap;
  73     setLayout(null);
  74     nullFrame = new Frame();
  75     nullFrame.addNotify();
  76
  77     sr = new SequenceRenderer(av);
  78     sr.graphics = nullFrame.getGraphics();
  79     sr.renderGaps = false;
  80     sr.forOverview = true;
  81     fr = new FeatureRenderer(av);
  82
  83     // scale the initial size of overviewpanel to shape of alignment
  84     float initialScale = (float) av.getAlignment().getWidth()
  85             / (float) av.getAlignment().getHeight();
  86
  87     if (av.getSequenceConsensusHash() == null)
  88     {
  89       graphHeight = 0;
  90     }
  91
  92     if (av.getAlignment().getWidth() > av.getAlignment().getHeight())
  93     {
  94       // wider
  95       width = 400;
  96       sequencesHeight = (int) (400f / initialScale);
  97       if (sequencesHeight < 40)
  98       {
  99         sequencesHeight = 40;
 100       }
 101     }
 102     else
 103     {
 104       // taller
 105       width = (int) (400f * initialScale);
 106       sequencesHeight = 300;
 107       if (width < 120)
 108       {
 109         width = 120;
 110       }
 111     }
 112
 113     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 114     addComponentListener(new ComponentAdapter()
 115     {
 116
 117       @Override
 118       public void componentResized(ComponentEvent evt)
 119       {
 120         if (getSize().width != width
 121                 || getSize().height != sequencesHeight + graphHeight)
 122         {
 123           updateOverviewImage();
 124         }
 125       }
 126     });
 127
 128     addMouseMotionListener(this);
 129
 130     addMouseListener(this);
 131
 132     updateOverviewImage();
 133
 134   }
 135
 136   @Override
 137   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 138   {
 139   }
 140
 141   @Override
 142   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 143   {
 144   }
 145
 146   @Override
 147   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 148   {
 149   }
 150
 151   @Override
 152   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 153   {
 154   }
 155
 156   @Override
 157   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 158   {
 159     boxX = evt.getX();
 160     boxY = evt.getY();
 161     checkValid();
 162   }
 163
 164   @Override
 165   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 166   {
 167     boxX = evt.getX();
 168     boxY = evt.getY();
 169     checkValid();
 170   }
 171
 172   @Override
 173   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 174   {
 175     boxX = evt.getX();
 176     boxY = evt.getY();
 177     checkValid();
 178   }
 179
 180   void checkValid()
 181   {
 182     if (boxY < 0)
 183     {
 184       boxY = 0;
 185     }
 186
 187     if (boxY > (sequencesHeight - boxHeight))
 188     {
 189       boxY = sequencesHeight - boxHeight + 1;
 190     }
 191
 192     if (boxX < 0)
 193     {
 194       boxX = 0;
 195     }
 196
 197     if (boxX > (width - boxWidth))
 198     {
 199       if (av.hasHiddenColumns())
 200       {
 201         // Try smallest possible box
 202         boxWidth = (int) ((av.endRes - av.startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 203       }
 204       boxX = width - boxWidth;
 205     }
 206
 207     int col = (int) (boxX / scalew / av.getCharWidth());
 208     int row = (int) (boxY / scaleh / av.getCharHeight());
 209
 210     if (av.hasHiddenColumns())
 211     {
 212       if (!av.getColumnSelection().isVisible(col))
 213       {
 214         return;
 215       }
 216
 217       col = av.getColumnSelection().findColumnPosition(col);
 218     }
 219
 220     if (av.hasHiddenRows())
 221     {
 222       row = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 223               .findIndexWithoutHiddenSeqs(row);
 224     }
 225
 226     ap.setScrollValues(col, row);
 227     ap.paintAlignment(false);
 228   }
 229
 230   /**
 231    * DOCUMENT ME!
 232    */
 233   public void updateOverviewImage()
 234   {
 235     if (resizing)
 236     {
 237       resizeAgain = true;
 238       return;
 239     }
 240
 241     if (av.isShowSequenceFeatures())
 242     {
 243       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.fr);
 244     }
 245
 246     resizing = true;
 247
 248     if ((getSize().width > 0) && (getSize().height > 0))
 249     {
 250       width = getSize().width;
 251       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;
 252     }
 253     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 254
 255     Thread thread = new Thread(this);
 256     thread.start();
 257     repaint();
 258   }
 259
 260   // This is set true if the user resizes whilst
 261   // the overview is being calculated
 262   boolean resizeAgain = false;
 263
 264   @Override
 265   public void run()
 266   {
 267     miniMe = null;
 268     int alwidth = av.getAlignment().getWidth();
 269     int alheight = av.getAlignment().getHeight();
 270
 271     if (av.isShowSequenceFeatures())
 272     {
 273       fr.transferSettings(ap.seqPanel.seqCanvas.getFeatureRenderer());
 274     }
 275
 276     if (getSize().width > 0 && getSize().height > 0)
 277     {
 278       width = getSize().width;
 279       sequencesHeight = getSize().height - graphHeight;
 280     }
 281
 282     setSize(new Dimension(width, sequencesHeight + graphHeight));
 283
 284     int fullsizeWidth = alwidth * av.getCharWidth();
 285     int fullsizeHeight = alheight * av.getCharHeight();
 286
 287     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 288     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 289
 290     miniMe = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);
 291     offscreen = nullFrame.createImage(width, sequencesHeight + graphHeight);
 292
 293     Graphics mg = miniMe.getGraphics();
 294     float sampleCol = (float) alwidth / (float) width;
 295     float sampleRow = (float) alheight / (float) sequencesHeight;
 296
 297     int lastcol = 0, lastrow = 0;
 298     int xstart = 0, ystart = 0;
 299     Color color = Color.yellow;
 300     int row, col, sameRow = 0, sameCol = 0;
 301     SequenceI seq;
 302     final boolean hasHiddenRows = av.hasHiddenRows(), hasHiddenCols = av
 303             .hasHiddenColumns();
 304     boolean hiddenRow = false;
 305     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 306     for (row = 0; row <= sequencesHeight; row++)
 307     {
 308       if ((int) (row * sampleRow) == lastrow)
 309       {
 310         sameRow++;
 311         continue;
 312       }
 313
 314       hiddenRow = false;
 315       if (hasHiddenRows)
 316       {
 317         seq = alignment.getHiddenSequences().getHiddenSequence(lastrow);
 318         if (seq == null)
 319         {
 320           int index = alignment.getHiddenSequences()
 321                   .findIndexWithoutHiddenSeqs(lastrow);
 322
 323           seq = alignment.getSequenceAt(index);
 324         }
 325         else
 326         {
 327           hiddenRow = true;
 328         }
 329       }
 330       else
 331       {
 332         seq = alignment.getSequenceAt(lastrow);
 333       }
 334
 335       for (col = 0; col < width; col++)
 336       {
 337         if ((int) (col * sampleCol) == lastcol
 338                 && (int) (row * sampleRow) == lastrow)
 339         {
 340           sameCol++;
 341           continue;
 342         }
 343
 344         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 345
 346         if (seq.getLength() > lastcol)
 347         {
 348           color = sr.getResidueBoxColour(seq, lastcol);
 349
 350           if (av.isShowSequenceFeatures())
 351           {
 352             color = fr.findFeatureColour(color, seq, lastcol);
 353           }
 354         }
 355         else
 356         {
 357           color = Color.white; // White
 358         }
 359
 360         if (hiddenRow
 361                 || (hasHiddenCols && !av.getColumnSelection()
 362                         .isVisible(lastcol)))
 363         {
 364           color = color.darker().darker();
 365         }
 366
 367         mg.setColor(color);
 368         if (sameCol == 1 && sameRow == 1)
 369         {
 370           mg.drawLine(xstart, ystart, xstart, ystart);
 371         }
 372         else
 373         {
 374           mg.fillRect(xstart, ystart, sameCol, sameRow);
 375         }
 376
 377         xstart = col;
 378         sameCol = 1;
 379       }
 380       lastrow = (int) (row * sampleRow);
 381       ystart = row;
 382       sameRow = 1;
 383     }
 384
 385     if (av.getAlignmentConservationAnnotation() != null)
 386     {
 387       for (col = 0; col < width; col++)
 388       {
 389         lastcol = (int) (col * sampleCol);
 390         {
 391           mg.translate(col, sequencesHeight);
 392           ap.annotationPanel.renderer.drawGraph(mg,
 393                   av.getAlignmentConservationAnnotation(),
 394                   av.getAlignmentConservationAnnotation().annotations,
 395                   (int) (sampleCol) + 1, graphHeight,
 396                   (int) (col * sampleCol), (int) (col * sampleCol) + 1);
 397           mg.translate(-col, -sequencesHeight);
 398         }
 399       }
 400     }
 401     System.gc();
 402
 403     resizing = false;
 404
 405     setBoxPosition();
 406
 407     if (resizeAgain)
 408     {
 409       resizeAgain = false;
 410       updateOverviewImage();
 411     }
 412   }
 413
 414   public void setBoxPosition()
 415   {
 416     int fullsizeWidth = av.getAlignment().getWidth() * av.getCharWidth();
 417     int fullsizeHeight = (av.getAlignment().getHeight() + av.getAlignment()
 418             .getHiddenSequences().getSize())
 419             * av.getCharHeight();
 420
 421     int startRes = av.getStartRes();
 422     int endRes = av.getEndRes();
 423
 424     if (av.hasHiddenColumns())
 425     {
 426       startRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startRes);
 427       endRes = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endRes);
 428     }
 429
 430     int startSeq = av.startSeq;
 431     int endSeq = av.endSeq;
 432
 433     if (av.hasHiddenRows())
 434     {
 435       startSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 436               .adjustForHiddenSeqs(startSeq);
 437
 438       endSeq = av.getAlignment().getHiddenSequences()
 439               .adjustForHiddenSeqs(endSeq);
 440
 441     }
 442
 443     scalew = (float) width / (float) fullsizeWidth;
 444     scaleh = (float) sequencesHeight / (float) fullsizeHeight;
 445
 446     boxX = (int) (startRes * av.getCharWidth() * scalew);
 447     boxY = (int) (startSeq * av.getCharHeight() * scaleh);
 448
 449     if (av.hasHiddenColumns())
 450     {
 451       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 452     }
 453     else
 454     {
 455       boxWidth = (int) ((endRes - startRes + 1) * av.getCharWidth() * scalew);
 456     }
 457
 458     boxHeight = (int) ((endSeq - startSeq) * av.getCharHeight() * scaleh);
 459
 460     repaint();
 461   }
 462
 463   @Override
 464   public void update(Graphics g)
 465   {
 466     paint(g);
 467   }
 468
 469   @Override
 470   public void paint(Graphics g)
 471   {
 472     Graphics og = offscreen.getGraphics();
 473     if (miniMe != null)
 474     {
 475       og.drawImage(miniMe, 0, 0, this);
 476       og.setColor(Color.red);
 477       og.drawRect(boxX, boxY, boxWidth, boxHeight);
 478       og.drawRect(boxX + 1, boxY + 1, boxWidth - 2, boxHeight - 2);
 479       g.drawImage(offscreen, 0, 0, this);
 480     }
 481   }
 482
 483 }