unused/appletgui/PairwiseAlignPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.datamodel.Alignment;
  25 import jalview.datamodel.Sequence;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.util.Format;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29
  30 import java.awt.BorderLayout;
  31 import javax.swing.JButton;
  32 import javax.swing.JPanel;
  33 import javax.swing.JScrollPane;
  34 import javax.swing.JTextArea;
  35 import java.awt.event.ActionEvent;
  36 import java.awt.event.ActionListener;
  37 import java.util.Vector;
  38
  39 public class PairwiseAlignPanel extends JPanel implements ActionListener
  40 {
  41   Vector sequences = new Vector();
  42
  43   AlignmentPanel ap;
  44
  45   public PairwiseAlignPanel(AlignmentPanel ap)
  46   {
  47     try
  48     {
  49       jbInit();
  50     } catch (Exception e)
  51     {
  52       e.printStackTrace();
  53     }
  54     this.ap = ap;
  55     sequences = new Vector();
  56
  57     SequenceI[] seqs;
  58     String[] seqStrings = ap.av.getViewAsString(true);
  59
  60     if (ap.av.getSelectionGroup() == null)
  61     {
  62       seqs = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
  63     }
  64     else
  65     {
  66       seqs = ap.av.getSelectionGroup().getSequencesInOrder(
  67               ap.av.getAlignment());
  68     }
  69
  70     float scores[][] = new float[seqs.length][seqs.length];
  71     double totscore = 0;
  72     int count = ap.av.getSelectionGroup().getSize();
  73     String type = (ap.av.getAlignment().isNucleotide()) ? AlignSeq.DNA
  74             : AlignSeq.PEP;
  75     Sequence seq;
  76
  77     for (int i = 1; i < count; i++)
  78     {
  79       for (int j = 0; j < i; j++)
  80       {
  81
  82         AlignSeq as = new AlignSeq(seqs[i], seqStrings[i], seqs[j],
  83                 seqStrings[j], type);
  84
  85         if (as.s1str.length() == 0 || as.s2str.length() == 0)
  86         {
  87           continue;
  88         }
  89
  90         as.calcScoreMatrix();
  91         as.traceAlignment();
  92
  93         as.printAlignment(System.out);
  94         scores[i][j] = (float) as.getMaxScore()
  95                 / (float) as.getASeq1().length;
  96         totscore = totscore + scores[i][j];
  97
  98         textarea.append(as.getOutput());
  99         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 100         sequences.add(as.getAlignedSeq1());
 101       }
 102     }
 103
 104     if (count > 2)
 105     {
 106       System.out
 107               .println("Pairwise alignment scaled similarity score matrix\n");
 108
 109       for (int i = 0; i < count; i++)
 110       {
 111         Format.print(System.out, "%s \n",
 112                 ("" + i) + " "
 113                 + seqs[i].getName());
 114       }
 115
 116       System.out.println("\n");
 117
 118       for (int i = 0; i < count; i++)
 119       {
 120         for (int j = 0; j < i; j++)
 121         {
 122           Format.printDouble(System.out, "%7.3f", scores[i][j]
 123                   / totscore);
 124         }
 125       }
 126
 127       System.out.println("\n");
 128     }
 129   }
 130
 131   public void actionPerformed(ActionEvent evt)
 132   {
 133     if (evt.getSource() == viewInEditorButton)
 134     {
 135       viewInEditorButton_actionPerformed();
 136     }
 137   }
 138
 139   protected void viewInEditorButton_actionPerformed()
 140   {
 141
 142     Sequence[] seq = new Sequence[sequences.size()];
 143
 144     for (int i = 0; i < sequences.size(); i++)
 145     {
 146       seq[i] = (Sequence) sequences.elementAt(i);
 147     }
 148
 149     new AlignFrame(new Alignment(seq), ap.av.applet,
 150             "Pairwise Aligned Sequences", false);
 151
 152   }
 153
 154   protected JScrollPane scrollPane = new JScrollPane();
 155
 156   protected JTextArea textarea = new JTextArea();
 157
 158   protected JButton viewInEditorButton = new JButton();
 159
 160   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 161
 162   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 163
 164   private void jbInit() throws Exception
 165   {
 166     this.setLayout(borderLayout1);
 167     textarea.setFont(new java.awt.Font("Monospaced", 0, 12));
 168     textarea.setText("");
 169     viewInEditorButton.setFont(new java.awt.Font("Verdana", 0, 12));
 170     viewInEditorButton.setLabel(MessageManager
 171             .getString("label.view_alignment_editor"));
 172     viewInEditorButton.addActionListener(this);
 173     this.add(scrollPane, BorderLayout.CENTER);
 174     scrollPane.add(textarea);
 175     this.add(jPanel1, BorderLayout.SOUTH);
 176     jPanel1.add(viewInEditorButton, null);
 177   }
 178
 179 }