unused/appletgui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.appletgui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.bin.JalviewLite;
  25 import jalview.commands.CommandI;
  26 import jalview.commands.EditCommand;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  30 import jalview.datamodel.SequenceI;
  31 import jalview.util.MessageManager;
  32
  33 import javax.swing.JFrame;
  34 import java.awt.event.ActionEvent;
  35 import java.awt.event.AdjustmentEvent;
  36 import java.awt.event.AdjustmentListener;
  37 import java.awt.event.WindowEvent;
  38 import java.awt.event.WindowListener;
  39 import java.util.ArrayList;
  40 import java.util.List;
  41 import java.util.Stack;
  42 import java.util.Vector;
  43
  44 public class RedundancyPanel extends SliderPanel implements Runnable,
  45         WindowListener
  46 {
  47   Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.
  48
  49   float[] redundancy;
  50
  51   SequenceI[] originalSequences;
  52
  53   JFrame frame;
  54
  55   Vector redundantSeqs;
  56
  57   public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap)
  58   {
  59     super(ap, 0, false, null);
  60
  61     redundantSeqs = new Vector();
  62     this.ap = ap;
  63     undoButton.setVisible(true);
  64     applyButton.setVisible(true);
  65     allGroupsCheck.setVisible(false);
  66
  67     label.setText(MessageManager
  68             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
  69     valueField.setText("100");
  70
  71     slider.setVisibleAmount(1);
  72     slider.setMinimum(0);
  73     slider.setMaximum(100 + slider.getVisibleAmount());
  74     slider.setValue(100);
  75
  76     slider.addAdjustmentListener(new AdjustmentListener()
  77     {
  78       public void adjustmentValueChanged(AdjustmentEvent evt)
  79       {
  80         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  81         sliderValueChanged();
  82       }
  83     });
  84
  85     frame = new JFrame();
  86     frame.add(this);
  87     JalviewLite.addFrame(frame, MessageManager
  88             .getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100);
  89
  90     frame.addWindowListener(this);
  91
  92     Thread worker = new Thread(this);
  93     worker.start();
  94   }
  95
  96   /**
  97    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
  98    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
  99    * slider to dynamically hide redundant sequences
 100    *
 101    * @param threshold
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    * @param sel
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    *
 106    * @return DOCUMENT ME!
 107    */
 108   public void run()
 109   {
 110     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
 111
 112     slider.setVisible(false);
 113     applyButton.setEnabled(false);
 114     valueField.setVisible(false);
 115
 116     validate();
 117
 118     String[] omitHidden = null;
 119
 120     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 121     int height;
 122
 123     int start, end;
 124
 125     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 126     {
 127       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 128       start = sg.getStartRes();
 129       end = sg.getEndRes();
 130     }
 131     else
 132     {
 133       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 134       start = 0;
 135       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 136     }
 137
 138     height = originalSequences.length;
 139
 140     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 141             omitHidden, start, end, false);
 142     label.setText(MessageManager
 143             .getString("label.enter_redundancy_threshold"));
 144     slider.setVisible(true);
 145     applyButton.setEnabled(true);
 146     valueField.setVisible(true);
 147
 148     validate();
 149     sliderValueChanged();
 150     // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));
 151   }
 152
 153   void sliderValueChanged()
 154   {
 155     if (redundancy == null)
 156     {
 157       return;
 158     }
 159
 160     float value = slider.getValue();
 161
 162     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 163     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 164     {
 165       if (value <= redundancy[i])
 166       {
 167         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 168       }
 169     }
 170
 171     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSequences);
 172     PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 173
 174   }
 175
 176   public void applyButton_actionPerformed()
 177   {
 178     Vector del = new Vector();
 179
 180     undoButton.setEnabled(true);
 181
 182     float value = slider.getValue();
 183     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 184
 185     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 186     {
 187       if (value <= redundancy[i])
 188       {
 189         del.addElement(originalSequences[i]);
 190       }
 191     }
 192
 193     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 194     // will
 195     // actually restore these sequences.
 196     if (del.size() > 0)
 197     {
 198       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 199
 200       int width = 0;
 201       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 202       {
 203         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 204         if (deleted[i].getLength() > width)
 205         {
 206           width = deleted[i].getLength();
 207         }
 208       }
 209
 210       EditCommand cut = new EditCommand(MessageManager.getString("action.remove_redundancy"),
 211               Action.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 212       AlignmentI alignment = ap.av.getAlignment();
 213       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 214       {
 215         alignment.deleteSequence(deleted[i]);
 216         if (sg != null)
 217         {
 218           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 219         }
 220       }
 221
 222       historyList.push(cut);
 223
 224       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 225
 226       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 227        ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());
 228     }
 229
 230   }
 231
 232   public void undoButton_actionPerformed()
 233   {
 234     CommandI command = (CommandI) historyList.pop();
 235     command.undoCommand(null);
 236
 237     if (ap.av.getHistoryList().contains(command))
 238     {
 239       ap.av.getHistoryList().remove(command);
 240       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();
 241       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());
 242     }
 243
 244     ap.paintAlignment(true);
 245
 246     if (historyList.size() == 0)
 247     {
 248       undoButton.setEnabled(false);
 249     }
 250   }
 251
 252   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 253   {
 254     try
 255     {
 256       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 257       slider.setValue(i);
 258     } catch (Exception ex)
 259     {
 260       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 261     }
 262   }
 263
 264   public void windowOpened(WindowEvent evt)
 265   {
 266   }
 267
 268   public void windowClosing(WindowEvent evt)
 269   {
 270     ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);
 271   }
 272
 273   public void windowClosed(WindowEvent evt)
 274   {
 275   }
 276
 277   public void windowActivated(WindowEvent evt)
 278   {
 279   }
 280
 281   public void windowDeactivated(WindowEvent evt)
 282   {
 283   }
 284
 285   public void windowIconified(WindowEvent evt)
 286   {
 287   }
 288
 289   public void windowDeiconified(WindowEvent evt)
 290   {
 291   }
 292 }