unused/appletgui/SplitFrame.java

   1 package jalview.appletgui;
   2
   3 import jalview.analysis.AlignmentUtils;
   4 import jalview.api.AlignmentViewPanel;
   5 import jalview.api.ViewStyleI;
   6 import jalview.bin.JalviewLite;
   7 import jalview.datamodel.AlignmentI;
   8 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
   9 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  10
  11 import java.awt.BorderLayout;
  12 import java.awt.Dimension;
  13 import java.awt.GridLayout;
  14
  15 import javax.swing.JPanel;
  16
  17 public class SplitFrame extends EmbmenuFrame
  18 {
  19   private static final long serialVersionUID = 1L;
  20
  21   private AlignFrame topFrame;
  22
  23   private AlignFrame bottomFrame;
  24
  25   private JPanel outermost;
  26
  27
  28   /**
  29    * Constructor
  30    */
  31   public SplitFrame(AlignFrame af1, AlignFrame af2)
  32   {
  33     topFrame = af1;
  34     bottomFrame = af2;
  35     init();
  36   }
  37
  38   /**
  39    * Creates a Panel containing two Panels, and adds the first and second
  40    * AlignFrame's components to each. At this stage we have not yet committed to
  41    * whether the enclosing panel will be added to this frame, for display as a
  42    * separate frame, or added to the applet (embedded mode).
  43    */
  44   public void init()
  45   {
  46     constructSplit();
  47
  48     /*
  49      * Try to make and add dna/protein sequence mappings
  50      */
  51     final AlignViewport topViewport = topFrame.viewport;
  52     final AlignViewport bottomViewport = bottomFrame.viewport;
  53     final AlignmentI topAlignment = topViewport.getAlignment();
  54     final AlignmentI bottomAlignment = bottomViewport.getAlignment();
  55     AlignmentViewport cdna = topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  56             : (bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  57     AlignmentViewport protein = !topAlignment.isNucleotide() ? topViewport
  58             : (!bottomAlignment.isNucleotide() ? bottomViewport : null);
  59
  60     boolean mapped = AlignmentUtils.mapProteinToCdna(
  61             protein.getAlignment(), cdna.getAlignment());
  62     if (mapped)
  63     {
  64       final StructureSelectionManager ssm = StructureSelectionManager
  65               .getStructureSelectionManager(topViewport.applet);
  66       ssm.addMappings(protein.getAlignment().getCodonFrames());
  67       topViewport.setCodingComplement(bottomViewport);
  68       ssm.addCommandListener(cdna);
  69       ssm.addCommandListener(protein);
  70     }
  71
  72     /*
  73      * Now mappings exist, can compute cDNA consensus on protein alignment
  74      */
  75     protein.initComplementConsensus();
  76     AlignmentViewPanel ap = topAlignment.isNucleotide() ? bottomFrame.alignPanel
  77             : topFrame.alignPanel;
  78     protein.updateConsensus(ap);
  79
  80     adjustLayout();
  81   }
  82
  83   /**
  84    *
  85    */
  86   protected void constructSplit()
  87   {
  88     setMenuBar(null);
  89     outermost = new JPanel(new GridLayout(2, 1));
  90
  91     JPanel topPanel = new JPanel();
  92     JPanel bottomPanel = new JPanel();
  93     outermost.add(topPanel);
  94     outermost.add(bottomPanel);
  95
  96     addAlignFrameComponents(topFrame, topPanel);
  97     addAlignFrameComponents(bottomFrame, bottomPanel);
  98   }
  99
 100   /**
 101    * Make any adjustments to the layout
 102    */
 103   protected void adjustLayout()
 104   {
 105     AlignmentViewport cdna = topFrame.getAlignViewport().getAlignment()
 106             .isNucleotide() ? topFrame.viewport : bottomFrame.viewport;
 107     AlignmentViewport protein = cdna == topFrame.viewport ? bottomFrame.viewport
 108             : topFrame.viewport;
 109
 110     /*
 111      * Ensure sequence ids are the same width for good alignment.
 112      */
 113     // TODO should do this via av.getViewStyle/setViewStyle
 114     // however at present av.viewStyle is not set in IdPanel.fontChanged
 115     int w1 = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 116     int w2 = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getWidth();
 117     int w3 = Math.max(w1, w2);
 118     if (w1 != w3)
 119     {
 120       Dimension d = topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 121       topFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 122               d.height));
 123     }
 124     if (w2 != w3)
 125     {
 126       Dimension d = bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.getSize();
 127       bottomFrame.alignPanel.idPanel.idCanvas.setSize(new Dimension(w3,
 128               d.height));
 129     }
 130
 131     /*
 132      * Scale protein to either 1 or 3 times character width of dna
 133      */
 134     if (protein != null && cdna != null)
 135     {
 136       ViewStyleI vs = protein.getViewStyle();
 137       int scale = vs.isScaleProteinAsCdna() ? 3 : 1;
 138       vs.setCharWidth(scale * cdna.getViewStyle().getCharWidth());
 139       protein.setViewStyle(vs);
 140     }
 141   }
 142
 143         /**
 144          * Add the menu bar, alignment panel and status bar from the AlignFrame to the
 145          * panel. The menu bar is a panel 'reconstructed' from the AlignFrame's frame
 146          * menu bar. This allows each half of the SplitFrame to have its own menu bar.
 147          *
 148          * @param af
 149          * @param panel
 150          */
 151         private void addAlignFrameComponents(AlignFrame af, JPanel panel) {
 152                 panel.setLayout(new BorderLayout());
 153                 JPanel menuPanel = af.makeEmbeddedPopupMenu(af.getJMenuBar(), true, false);
 154                 panel.add(menuPanel, BorderLayout.NORTH);
 155                 panel.add(af.statusBar, BorderLayout.SOUTH);
 156                 panel.add(af.alignPanel, BorderLayout.CENTER);
 157
 158                 af.setSplitFrame(this);
 159         }
 160
 161   /**
 162    * Display the content panel either as a new frame or embedded in the applet.
 163    *
 164    * @param embedded
 165    * @param applet
 166    */
 167   public void addToDisplay(boolean embedded, JalviewLite applet)
 168   {
 169     createSplitFrameWindow(embedded, applet);
 170     validate();
 171     topFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 172     topFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 173     bottomFrame.alignPanel.adjustAnnotationHeight();
 174     bottomFrame.alignPanel.paintAlignment(true);
 175   }
 176
 177   /**
 178    * Either show the content panel in this frame as a new frame, or (if
 179    * embed=true) add it to the applet container instead.
 180    *
 181    * @param embed
 182    * @param applet
 183    */
 184   protected void createSplitFrameWindow(boolean embed, JalviewLite applet)
 185   {
 186     if (embed)
 187     {
 188       applet.add(outermost);
 189       applet.validate();
 190     }
 191     else
 192     {
 193       this.add(outermost);
 194       int width = Math.max(topFrame.frameWidth, bottomFrame.frameWidth);
 195       int height = topFrame.frameHeight + bottomFrame.frameHeight;
 196       JalviewLite.addFrame(this, this.getTitle(), width, height);
 197     }
 198   }
 199
 200   /**
 201    * Returns the contained AlignFrame complementary to the one given (or null if
 202    * no match to top or bottom component).
 203    *
 204    * @param af
 205    * @return
 206    */
 207   public AlignFrame getComplement(AlignFrame af)
 208   {
 209     if (topFrame == af)
 210     {
 211       return bottomFrame;
 212     }
 213     else if (bottomFrame == af)
 214     {
 215       return topFrame;
 216     }
 217     return null;
 218   }
 219 }