binaries/matrices/PAM220

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 220 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
   5 #
   6 # Expected score = -1.06, Entropy = 0.437 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -8, Highest score = 17
   9 #
  10    A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
  11 A  2 -2  0  0 -2 -1  0  1 -2 -1 -2 -1 -1 -4  1  1  1 -6 -4  0  0  0  0 -8
  12 R -2  7  0 -2 -4  1 -1 -3  2 -2 -3  4 -1 -5  0  0 -1  2 -5 -3 -1  0 -1 -8
  13 N  0  0  3  2 -4  1  2  0  2 -2 -3  1 -2 -4 -1  1  0 -4 -2 -2  2  1  0 -8
  14 D  0 -2  2  4 -6  2  4  0  1 -3 -5  0 -3 -6 -1  0  0 -8 -5 -3  4  3 -1 -8
  15 C -2 -4 -4 -6 12 -6 -6 -4 -4 -3 -7 -6 -6 -5 -3  0 -3 -8  0 -2 -5 -6 -3 -8
  16 Q -1  1  1  2 -6  5  3 -2  3 -2 -2  1 -1 -5  0 -1 -1 -5 -5 -2  1  4 -1 -8
  17 E  0 -1  2  4 -6  3  4  0  1 -2 -4  0 -2 -6 -1  0 -1 -8 -5 -2  3  4 -1 -8
  18 G  1 -3  0  0 -4 -2  0  5 -3 -3 -5 -2 -3 -5 -1  1  0 -8 -6 -2  0 -1 -1 -8
  19 H -2  2  2  1 -4  3  1 -3  7 -3 -2  0 -3 -2  0 -1 -2 -3  0 -3  1  2 -1 -8
  20 I -1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3  5  2 -2  2  1 -2 -2  0 -6 -1  4 -2 -2 -1 -8
  21 L -2 -3 -3 -5 -7 -2 -4 -5 -2  2  6 -3  4  2 -3 -3 -2 -2 -1  2 -4 -3 -2 -8
  22 K -1  4  1  0 -6  1  0 -2  0 -2 -3  5  1 -6 -1  0  0 -4 -5 -3  0  0 -1 -8
  23 M -1 -1 -2 -3 -6 -1 -2 -3 -3  2  4  1  8  0 -2 -2 -1 -5 -3  2 -3 -2 -1 -8
  24 F -4 -5 -4 -6 -5 -5 -6 -5 -2  1  2 -6  0 10 -5 -4 -4  0  7 -2 -5 -6 -3 -8
  25 P  1  0 -1 -1 -3  0 -1 -1  0 -2 -3 -1 -2 -5  7  1  0 -6 -6 -1 -1  0 -1 -8
  26 S  1  0  1  0  0 -1  0  1 -1 -2 -3  0 -2 -4  1  2  2 -3 -3 -1  0  0  0 -8
  27 T  1 -1  0  0 -3 -1 -1  0 -2  0 -2  0 -1 -4  0  2  3 -6 -3  0  0 -1  0 -8
  28 W -6  2 -4 -8 -8 -5 -8 -8 -3 -6 -2 -4 -5  0 -6 -3 -6 17  0 -7 -6 -7 -5 -8
  29 Y -4 -5 -2 -5  0 -5 -5 -6  0 -1 -1 -5 -3  7 -6 -3 -3  0 11 -3 -3 -5 -3 -8
  30 V  0 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3  4  2 -3  2 -2 -1 -1  0 -7 -3  5 -2 -2 -1 -8
  31 B  0 -1  2  4 -5  1  3  0  1 -2 -4  0 -3 -5 -1  0  0 -6 -3 -2  3  2 -1 -8
  32 Z  0  0  1  3 -6  4  4 -1  2 -2 -3  0 -2 -6  0  0 -1 -7 -5 -2  2  4 -1 -8
  33 X  0 -1  0 -1 -3 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -1 -3 -1  0  0 -5 -3 -1 -1 -1 -1 -8
  34 * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8  1