binaries/matrices/PAM260

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 260 substitution matrix, scale = ln(2)/3 = 0.231049
   5 #
   6 # Expected score = -0.794, Entropy = 0.330 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -7, Highest score = 17
   9 #
  10    A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
  11 A  2 -1  0  0 -2  0  0  1 -1  0 -2 -1 -1 -3  1  1  1 -6 -3  0  0  0  0 -7
  12 R -1  6  0 -1 -4  1 -1 -2  2 -2 -3  3  0 -4  0  0 -1  2 -4 -2 -1  0 -1 -7
  13 N  0  0  2  2 -3  1  1  0  2 -2 -3  1 -2 -3  0  1  0 -4 -2 -2  2  1  0 -7
  14 D  0 -1  2  4 -5  2  3  1  1 -2 -4  0 -2 -5 -1  0  0 -6 -4 -2  3  3 -1 -7
  15 C -2 -4 -3 -5 12 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -3  0 -2 -7  0 -2 -4 -5 -3 -7
  16 Q  0  1  1  2 -5  4  2 -1  3 -2 -2  1 -1 -4  0  0 -1 -5 -4 -2  1  3  0 -7
  17 E  0 -1  1  3 -5  2  4  0  1 -2 -3  0 -2 -5  0  0  0 -7 -4 -2  3  3 -1 -7
  18 G  1 -2  0  1 -3 -1  0  5 -2 -2 -4 -2 -3 -5  0  1  0 -7 -5 -1  1  0 -1 -7
  19 H -1  2  2  1 -3  3  1 -2  6 -2 -2  0 -2 -2  0 -1 -1 -3  0 -2  1  2 -1 -7
  20 I  0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2  4  2 -2  2  1 -2 -1  0 -5 -1  4 -2 -2 -1 -7
  21 L -2 -3 -3 -4 -6 -2 -3 -4 -2  2  6 -3  4  2 -2 -3 -2 -2 -1  2 -3 -2 -1 -7
  22 K -1  3  1  0 -5  1  0 -2  0 -2 -3  4  0 -5 -1  0  0 -3 -4 -2  1  0 -1 -7
  23 M -1  0 -2 -2 -5 -1 -2 -3 -2  2  4  0  6  0 -2 -1 -1 -4 -2  2 -2 -2 -1 -7
  24 F -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2  1  2 -5  0  9 -4 -3 -3  0  7 -1 -4 -5 -2 -7
  25 P  1  0  0 -1 -3  0  0  0  0 -2 -2 -1 -2 -4  6  1  0 -5 -5 -1 -1  0 -1 -7
  26 S  1  0  1  0  0  0  0  1 -1 -1 -3  0 -1 -3  1  1  1 -2 -3 -1  0  0  0 -7
  27 T  1 -1  0  0 -2 -1  0  0 -1  0 -2  0 -1 -3  0  1  2 -5 -3  0  0  0  0 -7
  28 W -6  2 -4 -6 -7 -5 -7 -7 -3 -5 -2 -3 -4  0 -5 -2 -5 17  0 -6 -5 -6 -4 -7
  29 Y -3 -4 -2 -4  0 -4 -4 -5  0 -1 -1 -4 -2  7 -5 -3 -3  0 10 -2 -3 -4 -2 -7
  30 V  0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -2  4  2 -2  2 -1 -1 -1  0 -6 -2  4 -2 -2 -1 -7
  31 B  0 -1  2  3 -4  1  3  1  1 -2 -3  1 -2 -4 -1  0  0 -5 -3 -2  3  2  0 -7
  32 Z  0  0  1  3 -5  3  3  0  2 -2 -2  0 -2 -5  0  0  0 -6 -4 -2  2  3 -1 -7
  33 X  0 -1  0 -1 -3  0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1  0  0 -4 -2 -1  0 -1 -1 -7
  34 * -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7 -7  1