binaries/matrices/PAM400

   1 #
   2 # This matrix was produced by "pam" Version 1.0.6 [28-Jul-93]
   3 #
   4 # PAM 400 substitution matrix, scale = ln(2)/5 = 0.138629
   5 #
   6 # Expected score = -0.521, Entropy = 0.139 bits
   7 #
   8 # Lowest score = -8, Highest score = 26
   9 #
  10    A  R  N  D  C  Q  E  G  H  I  L  K  M  F  P  S  T  W  Y  V  B  Z  X  *
  11 A  1 -1  0  1 -2  0  1  1 -1  0 -2 -1 -1 -3  1  1  1 -6 -3  0  1  0  0 -8
  12 R -1  5  1  0 -4  1  0 -2  2 -2 -3  4  0 -4  0  0  0  3 -4 -2  0  1  0 -8
  13 N  0  1  1  2 -3  1  2  1  1 -1 -3  1 -1 -3  0  1  0 -4 -3 -1  2  1  0 -8
  14 D  1  0  2  3 -5  2  3  1  1 -2 -3  1 -2 -5  0  1  0 -7 -4 -2  2  2  0 -8
  15 C -2 -4 -3 -5 17 -5 -5 -3 -3 -2 -6 -5 -5 -4 -2  0 -2 -8  1 -2 -4 -5 -3 -8
  16 Q  0  1  1  2 -5  3  2  0  3 -2 -2  1 -1 -4  0  0  0 -5 -4 -1  2  2  0 -8
  17 E  1  0  2  3 -5  2  3  1  1 -2 -3  1 -2 -5  0  0  0 -7 -4 -1  2  3  0 -8
  18 G  1 -2  1  1 -3  0  1  4 -1 -2 -3 -1 -2 -5  0  1  1 -7 -5 -1  1  0  0 -8
  19 H -1  2  1  1 -3  3  1 -1  5 -2 -2  1 -1 -2  0  0 -1 -2  0 -2  1  2  0 -8
  20 I  0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2  4  3 -2  2  2 -1 -1  0 -5  0  3 -2 -2  0 -8
  21 L -2 -3 -3 -3 -6 -2 -3 -3 -2  3  7 -2  4  3 -2 -2 -1 -2  0  3 -3 -2 -1 -8
  22 K -1  4  1  1 -5  1  1 -1  1 -2 -2  4  0 -5  0  0  0 -3 -4 -2  1  1  0 -8
  23 M -1  0 -1 -2 -5 -1 -2 -2 -1  2  4  0  5  1 -1 -1  0 -4 -1  2 -2 -1  0 -8
  24 F -3 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -5 -2  2  3 -5  1 11 -4 -3 -3  2 10  0 -4 -5 -2 -8
  25 P  1  0  0  0 -2  0  0  0  0 -1 -2  0 -1 -4  5  1  1 -6 -5 -1  0  0  0 -8
  26 S  1  0  1  1  0  0  0  1  0 -1 -2  0 -1 -3  1  1  1 -3 -3 -1  1  0  0 -8
  27 T  1  0  0  0 -2  0  0  1 -1  0 -1  0  0 -3  1  1  1 -5 -3  0  0  0  0 -8
  28 W -6  3 -4 -7 -8 -5 -7 -7 -2 -5 -2 -3 -4  2 -6 -3 -5 26  1 -6 -5 -6 -4 -8
  29 Y -3 -4 -3 -4  1 -4 -4 -5  0  0  0 -4 -1 10 -5 -3 -3  1 13 -2 -3 -4 -2 -8
  30 V  0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2  3  3 -2  2  0 -1 -1  0 -6 -2  4 -1 -1  0 -8
  31 B  1  0  2  2 -4  2  2  1  1 -2 -3  1 -2 -4  0  1  0 -5 -3 -1  2  2  0 -8
  32 Z  0  1  1  2 -5  2  3  0  2 -2 -2  1 -1 -5  0  0  0 -6 -4 -1  2  3  0 -8
  33 X  0  0  0  0 -3  0  0  0  0  0 -1  0  0 -2  0  0  0 -4 -2  0  0  0 -1 -8
  34 * -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8 -8  1