binaries/src/ViennaRNA/doc/html/group__cofold.html

   1 <!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">
   2 <html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
   3 <head>
   4 <meta http-equiv="Content-Type" content="text/xhtml;charset=UTF-8"/>
   5 <title>RNAlib-2.1.2: Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization</title>
   6 <link href="tabs.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
   7 <link href="doxygen.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
   8 </head>
   9 <body>
  10 <!-- Generated by Doxygen 1.6.1 -->
  11 <script type="text/javascript">
  12 <!--
  13 function changeDisplayState (e){
  14   var num=this.id.replace(/[^[0-9]/g,'');
  15   var button=this.firstChild;
  16   var sectionDiv=document.getElementById('dynsection'+num);
  17   if (sectionDiv.style.display=='none'||sectionDiv.style.display==''){
  18     sectionDiv.style.display='block';
  19     button.src='open.gif';
  20   }else{
  21     sectionDiv.style.display='none';
  22     button.src='closed.gif';
  23   }
  24 }
  25 function initDynSections(){
  26   var divs=document.getElementsByTagName('div');
  27   var sectionCounter=1;
  28   for(var i=0;i<divs.length-1;i++){
  29     if(divs[i].className=='dynheader'&&divs[i+1].className=='dynsection'){
  30       var header=divs[i];
  31       var section=divs[i+1];
  32       var button=header.firstChild;
  33       if (button!='IMG'){
  34         divs[i].insertBefore(document.createTextNode(' '),divs[i].firstChild);
  35         button=document.createElement('img');
  36         divs[i].insertBefore(button,divs[i].firstChild);
  37       }
  38       header.style.cursor='pointer';
  39       header.onclick=changeDisplayState;
  40       header.id='dynheader'+sectionCounter;
  41       button.src='closed.gif';
  42       section.id='dynsection'+sectionCounter;
  43       section.style.display='none';
  44       section.style.marginLeft='14px';
  45       sectionCounter++;
  46     }
  47   }
  48 }
  49 window.onload = initDynSections;
  50 -->
  51 </script>
  52 <div class="navigation" id="top">
  53   <div class="tabs">
  54     <ul>
  55       <li><a href="main.html"><span>Main&nbsp;Page</span></a></li>
  56       <li><a href="pages.html"><span>Related&nbsp;Pages</span></a></li>
  57       <li><a href="modules.html"><span>Modules</span></a></li>
  58       <li><a href="annotated.html"><span>Data&nbsp;Structures</span></a></li>
  59       <li><a href="files.html"><span>Files</span></a></li>
  60     </ul>
  61   </div>
  62 </div>
  63 <div class="contents">
  64 <h1>Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization<br/>
  65 <small>
  66 [<a class="el" href="group__folding__routines.html">RNA Secondary Structure Folding</a>]</small>
  67 </h1>
  68 <p>Predict structures formed by two molecules upon hybridization.
  69 <a href="#_details">More...</a></p>
  70
  71 <p><div class="dynheader">
  72 Collaboration diagram for Calculate Secondary Structures of two RNAs upon Dimerization:</div>
  73 <div class="dynsection">
  74 <center><table><tr><td><img src="group__cofold.png" border="0" alt="" usemap="#group____cofold_map"/>
  75 <map name="group____cofold_map" id="group____cofold">
  76 <area shape="rect" id="node1" href="group__up__cofold.html" title="Partition Function Cofolding as a stepwise process." alt="" coords="729,5,1175,35"/><area shape="rect" id="node2" href="group__mfe__cofold.html" title="MFE Structures of two hybridized Sequences" alt="" coords="807,58,1097,89"/><area shape="rect" id="node3" href="group__folding__routines.html" title="This module contains all functions related to thermodynamic folding of RNAs." alt="" coords="5,58,229,89"/><area shape="rect" id="node5" href="group__pf__cofold.html" title="Partition Function Cofolding." alt="" coords="800,111,1104,142"/></map></td></tr></table></center>
  77 </div>
  78 </p>
  79 <table border="0" cellpadding="0" cellspacing="0">
  80 <tr><td colspan="2"><h2>Modules</h2></td></tr>
  81 <tr><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">&nbsp;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="group__mfe__cofold.html">MFE Structures of two hybridized Sequences</a></td></tr>
  82 <tr><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">&nbsp;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="group__pf__cofold.html">Partition Function for two hybridized Sequences</a></td></tr>
  83
  84 <p><tr><td class="mdescLeft">&nbsp;</td><td class="mdescRight"><p>Partition Function Cofolding. </p>
  85 <br/></td></tr>
  86 </p>
  87 <tr><td class="memItemLeft" align="right" valign="top">&nbsp;</td><td class="memItemRight" valign="bottom"><a class="el" href="group__up__cofold.html">Partition Function for two hybridized Sequences as a stepwise Process</a></td></tr>
  88
  89 <p><tr><td class="mdescLeft">&nbsp;</td><td class="mdescRight"><p>Partition Function Cofolding as a stepwise process. </p>
  90 <br/></td></tr>
  91 </p>
  92 </table>
  93 <hr/><a name="_details"></a><h2>Detailed Description</h2>
  94 <p>Predict structures formed by two molecules upon hybridization. </p>
  95 <p>The function of an RNA molecule often depends on its interaction with other RNAs. The following routines therefore allow to predict structures formed by two RNA molecules upon hybridization.<br/>
  96  One approach to co-folding two RNAs consists of concatenating the two sequences and keeping track of the concatenation point in all energy evaluations. Correspondingly, many of the <a class="el" href="group__mfe__cofold.html#gabc8517f22cfe70595ee81fc837910d52" title="Compute the minimum free energy of two interacting RNA molecules.">cofold()</a> and <a class="el" href="group__pf__cofold.html#gaa86a5f998789ed71813d23d7307a791b" title="Calculate partition function and base pair probabilities.">co_pf_fold()</a> routines below take one sequence string as argument and use the the global variable <a class="el" href="fold__vars_8h.html#ab9b2c3a37a5516614c06d0ab54b97cda" title="Marks the position (starting from 1) of the first nucleotide of the second molecule...">cut_point</a> to mark the concatenation point. Note that while the <em>RNAcofold</em> program uses the '&amp;' character to mark the chain break in its input, you should not use an '&amp;' when using the library routines (set <a class="el" href="fold__vars_8h.html#ab9b2c3a37a5516614c06d0ab54b97cda" title="Marks the position (starting from 1) of the first nucleotide of the second molecule...">cut_point</a> instead).<br/>
  97  In a second approach to co-folding two RNAs, cofolding is seen as a stepwise process. In the first step the probability of an unpaired region is calculated and in a second step this probability of an unpaired region is multiplied with the probability of an interaction between the two RNAs. This approach is implemented for the interaction between a long target sequence and a short ligand RNA. Function <a class="el" href="group__up__cofold.html#ga5b4ee40e190d2f633cd01cf0d2fe93cf" title="Calculate the partition function over all unpaired regions of a maximal length.">pf_unstru()</a> calculates the partition function over all unpaired regions in the input sequence. Function <a class="el" href="group__up__cofold.html#ga1aa0aa02bc3a724f87360c03097afd00" title="Calculates the probability of a local interaction between two sequences.">pf_interact()</a>, which calculates the partition function over all possible interactions between two sequences, needs both sequence as separate strings as input. </p>
  98 </div>
  99 <hr size="1"/><address style="text-align: right;"><small>Generated on 11 Apr 2017 for RNAlib-2.1.2 by&nbsp;
 100 <a href="http://www.doxygen.org/index.html">
 101 <img class="footer" src="doxygen.png" alt="doxygen"/></a> 1.6.1 </small></address>
 102 </body>
 103 </html>