binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/1_88_84__epars_8h.tex

   1 \hypertarget{1_88_84__epars_8h}{\section{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/lib/1.8.4\-\_\-epars.h File Reference}
   2 \label{1_88_84__epars_8h}\index{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.\-projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/lib/1.\-8.\-4\-\_\-epars.\-h@{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.\-projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/lib/1.\-8.\-4\-\_\-epars.\-h}}
   3 }
   4
   5
   6 Free energy parameters for parameter file conversion.
   7
   8
   9
  10
  11 \subsection{Detailed Description}
  12 Free energy parameters for parameter file conversion. This file contains the free energy parameters used in Vienna\-R\-N\-A\-Package 1.\-8.\-4. They are summarized in\-:
  13
  14 D.\-H.\-Mathews, J. Sabina, M. Z\-Uker, D.\-H. Turner \char`\"{}\-Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves
  15 prediction of R\-N\-A secondary structure\char`\"{} J\-M\-B, 288, pp 911-\/940, 1999
  16
  17 Enthalpies taken from\-:
  18
  19 A. Walter, D Turner, J Kim, M Lyttle, P M\char`\"{}uller, D Mathews, M Zuker
  20 \char`\"{}Coaxial stckaing of helices enhances binding of oligoribonucleotides.." P\-N\-A\-S, 91, pp 9218-\/9222, 1994
  21
  22 D.\-H. Turner, N. Sugimoto, and S.\-M. Freier. \char`\"{}\-R\-N\-A Structure Prediction\char`\"{}, Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 167-\/192, 1988.
  23
  24 John A.\-Jaeger, Douglas H.\-Turner, and Michael Zuker. \char`\"{}\-Improved predictions of secondary structures for R\-N\-A\char`\"{}, P\-N\-A\-S, 86, 7706-\/7710, October 1989.
  25
  26 L. He, R. Kierzek, J. Santa\-Lucia, A.\-E. Walter, D.\-H. Turner \char`\"{}\-Nearest-\/\-Neughbor Parameters for G\-U Mismatches....\char`\"{} Biochemistry 1991, 30 11124-\/11132
  27
  28 A.\-E. Peritz, R. Kierzek, N, Sugimoto, D.\-H. Turner \char`\"{}\-Thermodynamic Study of Internal Loops in Oligoribonucleotides...\char`\"{} Biochemistry 1991, 30, 6428--6435