binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/1_88_84__epars_8h_source.tex

   1 \hypertarget{1_88_84__epars_8h}{\section{1.8.4\-\_\-epars.h}
   2 \label{1_88_84__epars_8h}\index{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.\-projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/lib/1.\-8.\-4\-\_\-epars.\-h@{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.\-projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/lib/1.\-8.\-4\-\_\-epars.\-h}}
   3 }
   4
   5 \begin{DoxyCode}
   6 00001 \textcolor{preprocessor}{#ifndef \_\_VIENNA\_RNA\_PACKAGE\_OLD\_EPARS\_\_}
   7 00002 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#define \_\_VIENNA\_RNA\_PACKAGE\_OLD\_EPARS\_\_}
   8 00003 \textcolor{preprocessor}{}
   9 00038 \textcolor{preprocessor}{#define K0        273.15}
  10 00039 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#ifdef INF}
  11 00040 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#undef INF}
  12 00041 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#endif}
  13 00042 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#define INF       1000000}
  14 00043 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#define NBPAIRS   7}
  15 00044 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#define NST       0     }\textcolor{comment}{/* Energy for nonstandard stacked pairs */}\textcolor{preprocessor}{}
  16 00045 \textcolor{preprocessor}{}\textcolor{preprocessor}{#define DEF       -50   }\textcolor{comment}{/* Default terminal mismatch, used for I */}\textcolor{preprocessor}{}
  17 00046 \textcolor{preprocessor}{}                        \textcolor{comment}{/* and any non\_pairing bases */}
  18 00047 \textcolor{preprocessor}{#define NSM       0     }\textcolor{comment}{/* terminal mismatch for non standard pairs */}\textcolor{preprocessor}{}
  19 00048 \textcolor{preprocessor}{}
  20 00049 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{double} Tmeasure\_184 = 37 + \hyperlink{energy__const_8h_a307c72605e3713972b4f4fb2d53ea20e}{K0};  \textcolor{comment}{/* temperature of param measurements */}
  21 00050 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{double} lxc37\_184    = 107.856;  \textcolor{comment}{/* parameter for logarithmic loop}
  22 00051 \textcolor{comment}{                                           energy extrapolation */}
  23 00052
  24 00053 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} stack37\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1] =
  25 00054 \textcolor{comment}{/*          CG     GC     GU     UG     AU     UA  */}
  26 00055 \{ \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, INF\},
  27 00056   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -240,  -330,  -210,  -140,  -210,  -210, NST\},
  28 00057   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -330,  -340,  -250,  -150,  -220,  -240, NST\},
  29 00058   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -210,  -250,   130,   -50,  -140,  -130, NST\},
  30 00059   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -140,  -150,   -50,    30,   -60,  -100, NST\},
  31 00060   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -210,  -220,  -140,   -60,  -110,   -90, NST\},
  32 00061   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -210,  -240,  -130,  -100,   -90,  -130, NST\},
  33 00062   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   NST,   NST,   NST,   NST,   NST,   NST, NST\}\};
  34 00063
  35 00064 \textcolor{comment}{/* enthalpies (0.01*kcal/mol at 37 C) for stacked pairs */}
  36 00065 \textcolor{comment}{/* different from mfold-2.3, which uses values from mfold-2.2 */}
  37 00066 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} enthalpies\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1] =
  38 00067 \textcolor{comment}{/*          CG     GC     GU     UG     AU     UA  */}
  39 00068 \{ \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, INF\},
  40 00069   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -1060, -1340, -1210,  -560, -1050, -1040, NST\},
  41 00070   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -1340, -1490, -1260,  -830, -1140, -1240, NST\},
  42 00071   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -1210, -1260, -1460, -1350,  -880, -1280, NST\},
  43 00072   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -560,  -830, -1350,  -930,  -320,  -700, NST\},
  44 00073   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -1050, -1140,  -880,  -320,  -940,  -680, NST\},
  45 00074   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -1040, -1240, -1280,  -700,  -680,  -770, NST\},
  46 00075   \{  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},   NST,   NST,   NST,   NST,   NST,   NST, NST\}\};
  47 00076
  48 00077
  49 00078 \textcolor{comment}{/* old values are here just for comparison */}
  50 00079 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} oldhairpin37\_184[31] = \{ \textcolor{comment}{/* from ViennaRNA 1.3 */}
  51 00080   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, 410, 490, 440, 470, 500, 510, 520, 531,
  52 00081        542, 551, 560, 568, 575, 582, 589, 595, 601, 606,
  53 00082        611, 616, 621, 626, 630, 634, 638, 642, 646, 650\};
  54 00083
  55 00084 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} hairpin37\_184[31] = \{
  56 00085   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, 570, 560, 560, 540, 590, 560, 640, 650,
  57 00086        660, 670, 678, 686, 694, 701, 707, 713, 719, 725,
  58 00087        730, 735, 740, 744, 749, 753, 757, 761, 765, 769\};
  59 00088
  60 00089 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} oldbulge37\_184[31] = \{
  61 00090   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, 390, 310, 350, 420, 480, 500, 516, 531, 543, 555,
  62 00091        565, 574, 583, 591, 598, 605, 612, 618, 624, 630,
  63 00092        635, 640, 645, 649, 654, 658, 662, 666, 670, 673\};
  64 00093
  65 00094 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} bulge37\_184[31] = \{
  66 00095   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, 380, 280, 320, 360, 400, 440, 459, 470, 480, 490,
  67 00096        500, 510, 519, 527, 534, 541, 548, 554, 560, 565,
  68 00097   571, 576, 580, 585, 589, 594, 598, 602, 605, 609\};
  69 00098
  70 00099 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} oldinternal\_loop37\_184[31] = \{
  71 00100   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, 410, 510, 490, 530, 570, 587, 601, 614, 625,
  72 00101        635, 645, 653, 661, 669, 676, 682, 688, 694, 700,
  73 00102        705, 710, 715, 720, 724, 728, 732, 736, 740, 744\};
  74 00103
  75 00104 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} internal\_loop37\_184[31] = \{
  76 00105   \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, 410, 510, 170, 180, 200, 220, 230, 240, 250,
  77 00106        260, 270, 278, 286, 294, 301, 307, 313, 319, 325,
  78 00107        330, 335, 340, 345, 349, 353, 357, 361, 365, 369\};
  79 00108
  80 00109 \textcolor{comment}{/* terminal mismatches */}
  81 00110 \textcolor{comment}{/* mismatch free energies for interior loops at 37C */}
  82 00111 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} mismatchI37\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5][5] =
  83 00112 \{ \textcolor{comment}{/* @@ */}
  84 00113   \{\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\}\},
  85 00114   \{ \textcolor{comment}{/* CG */}
  86 00115    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
  87 00116    \{   0,    0,    0, -110,    0\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
  88 00117    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
  89 00118    \{   0, -110,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
  90 00119    \{   0,    0,    0,    0,  -70\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
  91 00120   \{ \textcolor{comment}{/* GC */}
  92 00121    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
  93 00122    \{   0,    0,    0, -110,    0\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
  94 00123    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
  95 00124    \{   0, -110,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
  96 00125    \{   0,    0,    0,    0,  -70\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
  97 00126   \{ \textcolor{comment}{/* GU */}
  98 00127    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
  99 00128    \{   0,   70,   70,  -40,   70\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 100 00129    \{   0,   70,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 101 00130    \{   0,  -40,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 102 00131    \{   0,   70,   70,   70,    0\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 103 00132   \{ \textcolor{comment}{/* UG */}
 104 00133    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 105 00134    \{   0,   70,   70,  -40,   70\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 106 00135    \{   0,   70,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 107 00136    \{   0,  -40,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 108 00137    \{   0,   70,   70,   70,    0\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 109 00138   \{ \textcolor{comment}{/* AU */}
 110 00139    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 111 00140    \{   0,   70,   70,  -40,   70\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 112 00141    \{   0,   70,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 113 00142    \{   0,  -40,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 114 00143    \{   0,   70,   70,   70,    0\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 115 00144   \{ \textcolor{comment}{/* UA */}
 116 00145    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 117 00146    \{   0,   70,   70,  -40,   70\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 118 00147    \{   0,   70,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 119 00148    \{   0,  -40,   70,   70,   70\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 120 00149    \{   0,   70,   70,   70,    0\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 121 00150   \{ \textcolor{comment}{/* @@ */}
 122 00151    \{ 90, 90, 90, 90, 90\},\{ 90, 90, 90, 90,-20\},\{ 90, 90, 90, 90, 90\},
 123 00152    \{ 90,-20, 90, 90, 90\},\{ 90, 90, 90, 90, 20\}\}
 124 00153 \};
 125 00154
 126 00155 \textcolor{comment}{/* mismatch free energies for hairpins at 37C */}
 127 00156 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} mismatchH37\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5][5] =
 128 00157 \{ \textcolor{comment}{/* @@ */}
 129 00158   \{\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\}\},
 130 00159   \{ \textcolor{comment}{/* CG */}
 131 00160    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 132 00161    \{ -90, -150, -150, -140, -180\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 133 00162    \{ -90, -100,  -90, -290,  -80\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 134 00163    \{ -90, -220, -200, -160, -110\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 135 00164    \{ -90, -170, -140, -180, -200\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 136 00165   \{ \textcolor{comment}{/* GC */}
 137 00166    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 138 00167    \{ -70, -110, -150, -130, -210\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 139 00168    \{ -70, -110,  -70, -240,  -50\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 140 00169    \{ -70, -240, -290, -140, -120\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 141 00170    \{ -70, -190, -100, -220, -150\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 142 00171   \{ \textcolor{comment}{/* GU */}
 143 00172    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 144 00173    \{   0,   20,  -50,  -30,  -30\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 145 00174    \{   0,  -10,  -20, -150,  -20\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 146 00175    \{   0,  -90, -110,  -30,    0\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 147 00176    \{   0,  -30,  -30,  -40, -110\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 148 00177   \{ \textcolor{comment}{/* UG */}
 149 00178    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 150 00179    \{   0,  -50,  -30,  -60,  -50\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 151 00180    \{   0,  -20,  -10, -170,    0\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 152 00181    \{   0,  -80, -120,  -30,  -70\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 153 00182    \{   0,  -60,  -10,  -60,  -80\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 154 00183   \{ \textcolor{comment}{/* AU */}
 155 00184    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 156 00185    \{   0,  -30,  -50,  -30,  -30\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 157 00186    \{   0,  -10,  -20, -150,  -20\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 158 00187    \{   0, -110, -120,  -20,   20\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 159 00188    \{   0,  -30,  -30,  -60, -110\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 160 00189   \{ \textcolor{comment}{/* UA */}
 161 00190    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 162 00191    \{   0,  -50,  -30,  -60,  -50\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 163 00192    \{   0,  -20,  -10, -120,   -0\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 164 00193    \{   0, -140, -120,  -70,  -20\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 165 00194    \{   0,  -30,  -10,  -50,  -80\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 166 00195   \{ \textcolor{comment}{/* @@ */}
 167 00196    \{  0,  0,  0,  0,  0\},\{  0,  0,  0,  0,  0\},\{  0,  0,  0,  0,  0\},
 168 00197    \{  0,  0,  0,  0,  0\},\{  0,  0,  0,  0,  0\}\}
 169 00198 \};
 170 00199
 171 00200 \textcolor{comment}{/* mismatch energies in multiloops */}
 172 00201 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} mismatchM37\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5][5];
 173 00202
 174 00203 \textcolor{comment}{/* these are probably junk */}
 175 00204 \textcolor{comment}{/* mismatch enthalpies for temperature scaling */}
 176 00205 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} mism\_H\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5][5] =
 177 00206 \{ \textcolor{comment}{/* no pair */}
 178 00207   \{\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\},\{0,0,0,0,0\}\},
 179 00208   \{ \textcolor{comment}{/* CG */}
 180 00209    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 181 00210    \{ DEF,-1030, -950,-1030,-1030\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 182 00211    \{ DEF, -520, -450, -520, -670\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 183 00212    \{ DEF, -940, -940, -940, -940\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 184 00213    \{ DEF, -810, -740, -810, -860\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 185 00214   \{ \textcolor{comment}{/* GC */}
 186 00215    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 187 00216    \{ DEF, -520, -880, -560, -880\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 188 00217    \{ DEF, -720, -310, -310, -390\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 189 00218    \{ DEF, -710, -740, -620, -740\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 190 00219    \{ DEF, -500, -500, -500, -570\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 191 00220   \{ \textcolor{comment}{/* GU */}
 192 00221    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 193 00222    \{ DEF, -430, -600, -600, -600\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 194 00223    \{ DEF, -260, -240, -240, -240\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 195 00224    \{ DEF, -340, -690, -690, -690\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 196 00225    \{ DEF, -330, -330, -330, -330\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 197 00226   \{ \textcolor{comment}{/* UG */}
 198 00227    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 199 00228    \{ DEF, -720, -790, -960, -810\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 200 00229    \{ DEF, -480, -480, -360, -480\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 201 00230    \{ DEF, -660, -810, -920, -810\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 202 00231    \{ DEF, -550, -440, -550, -360\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 203 00232   \{ \textcolor{comment}{/* AU */}
 204 00233    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 205 00234    \{ DEF, -430, -600, -600, -600\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 206 00235    \{ DEF, -260, -240, -240, -240\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 207 00236    \{ DEF, -340, -690, -690, -690\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 208 00237    \{ DEF, -330, -330, -330, -330\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 209 00238   \{ \textcolor{comment}{/* UA */}
 210 00239    \{   0,    0,    0,    0,    0\}, \textcolor{comment}{/* @@  @A  @C  @G  @U */}
 211 00240    \{ DEF, -400, -630, -890, -590\}, \textcolor{comment}{/* A@  AA  AC  AG  AU */}
 212 00241    \{ DEF, -430, -510, -200, -180\}, \textcolor{comment}{/* C@  CA  CC  CG  CU */}
 213 00242    \{ DEF, -380, -680, -890, -680\}, \textcolor{comment}{/* G@  GA  GC  GG  GU */}
 214 00243    \{ DEF, -280, -140, -280, -140\}\},\textcolor{comment}{/* U@  UA  UC  UG  UU */}
 215 00244   \{ \textcolor{comment}{/* nonstandard pair */}
 216 00245    \{DEF,DEF,DEF,DEF,DEF\},\{DEF,DEF,DEF,DEF,DEF\},\{DEF,DEF,DEF,DEF,DEF\},
 217 00246    \{DEF,DEF,DEF,DEF,DEF\},\{DEF,DEF,DEF,DEF,DEF\}\}
 218 00247 \};
 219 00248
 220 00249 \textcolor{comment}{/* 5' dangling ends (unpaird base stacks on first paired base) */}
 221 00250 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} dangle5\_37\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5]=
 222 00251 \{\textcolor{comment}{/*   @     A     C     G     U   */}
 223 00252    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  INF\}, \textcolor{comment}{/* no pair */}
 224 00253    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -50,  -30,  -20,  -10\}, \textcolor{comment}{/* CG  (stacks on C) */}
 225 00254    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -20,  -30,   -0,   -0\}, \textcolor{comment}{/* GC  (stacks on G) */}
 226 00255    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -30,  -30,  -40,  -20\}, \textcolor{comment}{/* GU */}
 227 00256    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -30,  -10,  -20,  -20\}, \textcolor{comment}{/* UG */}
 228 00257    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -30,  -30,  -40,  -20\}, \textcolor{comment}{/* AU */}
 229 00258    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -30,  -10,  -20,  -20\}, \textcolor{comment}{/* UA */}
 230 00259    \{   0,    0,     0,    0,   0\}  \textcolor{comment}{/*  @ */}
 231 00260 \};
 232 00261
 233 00262 \textcolor{comment}{/* 3' dangling ends (unpaired base stacks on second paired base */}
 234 00263 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} dangle3\_37\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5]=
 235 00264 \{\textcolor{comment}{/*   @     A     C     G     U   */}
 236 00265    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  INF\},  \textcolor{comment}{/* no pair */}
 237 00266    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -110,  -40, -130,  -60\},  \textcolor{comment}{/* CG  (stacks on G) */}
 238 00267    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF}, -170,  -80, -170, -120\},  \textcolor{comment}{/* GC */}
 239 00268    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -70,  -10,  -70,  -10\},  \textcolor{comment}{/* GU */}
 240 00269    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -80,  -50,  -80,  -60\},  \textcolor{comment}{/* UG */}
 241 00270    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -70,  -10,  -70,  -10\},  \textcolor{comment}{/* AU */}
 242 00271    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  -80,  -50,  -80,  -60\},  \textcolor{comment}{/* UA */}
 243 00272    \{   0,    0,     0,    0,   0\}   \textcolor{comment}{/*  @ */}
 244 00273 \};
 245 00274
 246 00275 \textcolor{comment}{/* enthalpies for temperature scaling */}
 247 00276 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} dangle3\_H\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5] =
 248 00277 \{\textcolor{comment}{/*   @     A     C     G     U   */}
 249 00278    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  INF\},  \textcolor{comment}{/* no pair */}
 250 00279    \{   0, -740, -280, -640, -360\},
 251 00280    \{   0, -900, -410, -860, -750\},
 252 00281    \{   0, -740, -240, -720, -490\},
 253 00282    \{   0, -490,  -90, -550, -230\},
 254 00283    \{   0, -570,  -70, -580, -220\},
 255 00284    \{   0, -490,  -90, -550, -230\},
 256 00285    \{   0,    0,    0,    0,   0\}
 257 00286 \};
 258 00287
 259 00288 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} dangle5\_H\_184[\hyperlink{energy__const_8h_a5e75221c779d618eab81e096f37e32ce}{NBPAIRS}+1][5] =
 260 00289 \{\textcolor{comment}{/*   @     A     C     G     U   */}
 261 00290    \{ \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  \hyperlink{energy__const_8h_a12c2040f25d8e3a7b9e1c2024c618cb6}{INF},  INF\},  \textcolor{comment}{/* no pair */}
 262 00291    \{   0, -240,  330,   80, -140\},
 263 00292    \{   0, -160,   70, -460,  -40\},
 264 00293    \{   0,  160,  220,   70,  310\},
 265 00294    \{   0, -150,  510,   10,  100\},
 266 00295    \{   0,  160,  220,   70,  310\},
 267 00296    \{   0,  -50,  690,  -60,  -60\},
 268 00297    \{   0,    0,    0,    0,   0\}
 269 00298 \};
 270 00299
 271 00300
 272 00301 \textcolor{comment}{/* constants for linearly destabilizing contributions for multi-loops}
 273 00302 \textcolor{comment}{   F = ML\_closing + ML\_intern*k + ML\_BASE*u  */}
 274 00303 \textcolor{comment}{/* old versions erroneously used ML\_intern*(k-1) */}
 275 00304 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} ML\_BASE37\_184 = 0;
 276 00305 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} ML\_closing37\_184 = 340;
 277 00306 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} ML\_intern37\_184 =  40;
 278 00307
 279 00308 \textcolor{comment}{/* Ninio-correction for asymmetric internal loops with branches n1 and n2 */}
 280 00309 \textcolor{comment}{/*    ninio\_energy = min\{max\_ninio, |n1-n2|*F\_ninio[min\{4.0, n1, n2\}] \} */}
 281 00310 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} MAX\_NINIO\_184 = 300;                   \textcolor{comment}{/* maximum correction */}
 282 00311 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} F\_ninio37\_184[5] = \{ 0, 40, 50, 20, 10 \};      \textcolor{comment}{/* only F[2] used */}
 283 00312
 284 00313 \textcolor{comment}{/* stabilizing contribution due to special hairpins of size 4 (tetraloops) */}
 285 00314
 286 00315 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{char} Tetraloops\_184[1400] =  \textcolor{comment}{/* place for up to 200 tetra loops */}
 287 00316   \textcolor{stringliteral}{"GGGGAC "}
 288 00317   \textcolor{stringliteral}{"GGUGAC "}
 289 00318   \textcolor{stringliteral}{"CGAAAG "}
 290 00319   \textcolor{stringliteral}{"GGAGAC "}
 291 00320   \textcolor{stringliteral}{"CGCAAG "}
 292 00321   \textcolor{stringliteral}{"GGAAAC "}
 293 00322   \textcolor{stringliteral}{"CGGAAG "}
 294 00323   \textcolor{stringliteral}{"CUUCGG "}
 295 00324   \textcolor{stringliteral}{"CGUGAG "}
 296 00325   \textcolor{stringliteral}{"CGAAGG "}
 297 00326   \textcolor{stringliteral}{"CUACGG "}
 298 00327   \textcolor{stringliteral}{"GGCAAC "}
 299 00328   \textcolor{stringliteral}{"CGCGAG "}
 300 00329   \textcolor{stringliteral}{"UGAGAG "}
 301 00330   \textcolor{stringliteral}{"CGAGAG "}
 302 00331   \textcolor{stringliteral}{"AGAAAU "}
 303 00332   \textcolor{stringliteral}{"CGUAAG "}
 304 00333   \textcolor{stringliteral}{"CUAACG "}
 305 00334   \textcolor{stringliteral}{"UGAAAG "}
 306 00335   \textcolor{stringliteral}{"GGAAGC "}
 307 00336   \textcolor{stringliteral}{"GGGAAC "}
 308 00337   \textcolor{stringliteral}{"UGAAAA "}
 309 00338   \textcolor{stringliteral}{"AGCAAU "}
 310 00339   \textcolor{stringliteral}{"AGUAAU "}
 311 00340   \textcolor{stringliteral}{"CGGGAG "}
 312 00341   \textcolor{stringliteral}{"AGUGAU "}
 313 00342   \textcolor{stringliteral}{"GGCGAC "}
 314 00343   \textcolor{stringliteral}{"GGGAGC "}
 315 00344   \textcolor{stringliteral}{"GUGAAC "}
 316 00345   \textcolor{stringliteral}{"UGGAAA "}
 317 00346 ;
 318 00347
 319 00348 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int}   TETRA\_ENERGY37\_184[200] = \{
 320 00349   -300, -300, -300, -300, -300, -300, -300, -300, -300, -250, -250, -250,
 321 00350   -250, -250, -200, -200, -200, -200, -200, -150, -150, -150, -150, -150,
 322 00351   -150, -150, -150, -150, -150, -150\};
 323 00352
 324 00353 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int}   TETRA\_ENTH37\_184   = -400;
 325 00354
 326 00355 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{char} Triloops\_184[241] = \textcolor{stringliteral}{""};
 327 00356
 328 00357 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} Triloop\_E37\_184[40];
 329 00358
 330 00359 \textcolor{comment}{/* penalty for AU (or GU) terminating helix) */}
 331 00360 \textcolor{comment}{/* mismatches already contain these */}
 332 00361 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} TerminalAU\_184 = 50;
 333 00362
 334 00363 \textcolor{comment}{/* penalty for forming a bi-molecular duplex */}
 335 00364 PRIVATE \textcolor{keywordtype}{int} DuplexInit\_184 = 410;
 336 00365
 337 00366 \textcolor{preprocessor}{#endif}
 338 \end{DoxyCode}