binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/MEA_8h.tex

   1 \hypertarget{MEA_8h}{\section{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/\-H/\-M\-E\-A.h File Reference}
   2 \label{MEA_8h}\index{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.\-projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/\-H/\-M\-E\-A.\-h@{/home/asherstnev/\-Projects/\-Java.\-projects/jabaws/secure-\/git/develop/binaries/src/\-Vienna\-R\-N\-A/\-H/\-M\-E\-A.\-h}}
   3 }
   4
   5
   6 Computes a M\-E\-A (maximum expected accuracy) structure.
   7
   8
   9 Include dependency graph for M\-E\-A.\-h\-:
  10 \nopagebreak
  11 \begin{figure}[H]
  12 \begin{center}
  13 \leavevmode
  14 \includegraphics[width=252pt]{MEA_8h__incl}
  15 \end{center}
  16 \end{figure}
  17 \subsection*{Functions}
  18 \begin{DoxyCompactItemize}
  19 \item
  20 float \hyperlink{MEA_8h_a396ec6144c6a74fcbab4cea6b42d76c3}{M\-E\-A} (\hyperlink{structplist}{plist} $\ast$p, char $\ast$structure, double gamma)
  21 \begin{DoxyCompactList}\small\item\em Computes a M\-E\-A (maximum expected accuracy) structure. \end{DoxyCompactList}\end{DoxyCompactItemize}
  22
  23
  24 \subsection{Detailed Description}
  25 Computes a M\-E\-A (maximum expected accuracy) structure.
  26
  27 \subsection{Function Documentation}
  28 \hypertarget{MEA_8h_a396ec6144c6a74fcbab4cea6b42d76c3}{\index{M\-E\-A.\-h@{M\-E\-A.\-h}!M\-E\-A@{M\-E\-A}}
  29 \index{M\-E\-A@{M\-E\-A}!MEA.h@{M\-E\-A.\-h}}
  30 \subsubsection[{M\-E\-A}]{\setlength{\rightskip}{0pt plus 5cm}float M\-E\-A (
  31 \begin{DoxyParamCaption}
  32 \item[{{\bf plist} $\ast$}]{p, }
  33 \item[{char $\ast$}]{structure, }
  34 \item[{double}]{gamma}
  35 \end{DoxyParamCaption}
  36 )}}\label{MEA_8h_a396ec6144c6a74fcbab4cea6b42d76c3}
  37
  38
  39 Computes a M\-E\-A (maximum expected accuracy) structure.
  40
  41 The algorithm maximizes the expected accuracy \[ A(S) = \sum_{(i,j) \in S} 2 \gamma p_{ij} + \sum_{i \notin S} p^u_i \] Higher values of $\gamma$ result in more base pairs of lower probability and thus higher sensitivity. Low values of $\gamma$ result in structures containing only highly likely pairs (high specificity). The code of the M\-E\-A function also demonstrates the use of sparse dynamic programming scheme to reduce the time and memory complexity of folding.