binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/group__subopt__zuker.tex

   1 \hypertarget{group__subopt__zuker}{\section{Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989}
   2 \label{group__subopt__zuker}\index{Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989@{Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989}}
   3 }
   4 Collaboration diagram for Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989\-:
   5 \nopagebreak
   6 \begin{figure}[H]
   7 \begin{center}
   8 \leavevmode
   9 \includegraphics[width=348pt]{group__subopt__zuker}
  10 \end{center}
  11 \end{figure}
  12 \subsection*{Functions}
  13 \begin{DoxyCompactItemize}
  14 \item
  15 \hyperlink{structSOLUTION}{S\-O\-L\-U\-T\-I\-O\-N} $\ast$ \hyperlink{group__subopt__zuker_ga0d5104e3ecf119d8eabd40aa5fe47f90}{zukersubopt} (const char $\ast$string)
  16 \begin{DoxyCompactList}\small\item\em Compute Zuker type suboptimal structures. \end{DoxyCompactList}\item
  17 \hypertarget{group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c}{\hyperlink{structSOLUTION}{S\-O\-L\-U\-T\-I\-O\-N} $\ast$ \hyperlink{group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c}{zukersubopt\-\_\-par} (const char $\ast$string, \hyperlink{structparamT}{param\-T} $\ast$parameters)}\label{group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c}
  18
  19 \begin{DoxyCompactList}\small\item\em Compute Zuker type suboptimal structures. \end{DoxyCompactList}\end{DoxyCompactItemize}
  20
  21
  22 \subsection{Detailed Description}
  23
  24
  25 \subsection{Function Documentation}
  26 \hypertarget{group__subopt__zuker_ga0d5104e3ecf119d8eabd40aa5fe47f90}{\index{Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989@{Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989}!zukersubopt@{zukersubopt}}
  27 \index{zukersubopt@{zukersubopt}!Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989@{Suboptimal structures according to Zuker et al. 1989}}
  28 \subsubsection[{zukersubopt}]{\setlength{\rightskip}{0pt plus 5cm}{\bf S\-O\-L\-U\-T\-I\-O\-N}$\ast$ zukersubopt (
  29 \begin{DoxyParamCaption}
  30 \item[{const char $\ast$}]{string}
  31 \end{DoxyParamCaption}
  32 )}}\label{group__subopt__zuker_ga0d5104e3ecf119d8eabd40aa5fe47f90}
  33
  34
  35 Compute Zuker type suboptimal structures.
  36
  37 Compute Suboptimal structures according to M. Zuker, i.\-e. for every possible base pair the minimum energy structure containing the resp. base pair. Returns a list of these structures and their energies.
  38
  39
  40 \begin{DoxyParams}{Parameters}
  41 {\em string} & R\-N\-A sequence \\
  42 \hline
  43 \end{DoxyParams}
  44 \begin{DoxyReturn}{Returns}
  45 List of zuker suboptimal structures
  46 \end{DoxyReturn}