binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/refman.log

   1 This is pdfTeX, Version 3.1415926-2.4-1.40.13 (TeX Live 2012/Debian) (format=pdflatex 2013.6.7)  5 SEP 2013 11:51
   2 entering extended mode
   3  restricted \write18 enabled.
   4  %&-line parsing enabled.
   5 **refman
   6 (./refman.tex
   7 LaTeX2e <2011/06/27>
   8 Babel <v3.8m> and hyphenation patterns for english, dumylang, nohyphenation, lo
   9 aded.
  10
  11 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/book.cls
  12 Document Class: book 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX document class
  13 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/bk10.clo
  14 File: bk10.clo 2007/10/19 v1.4h Standard LaTeX file (size option)
  15 )
  16 \c@part=\count79
  17 \c@chapter=\count80
  18 \c@section=\count81
  19 \c@subsection=\count82
  20 \c@subsubsection=\count83
  21 \c@paragraph=\count84
  22 \c@subparagraph=\count85
  23 \c@figure=\count86
  24 \c@table=\count87
  25 \abovecaptionskip=\skip41
  26 \belowcaptionskip=\skip42
  27 \bibindent=\dimen102
  28 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/geometry/geometry.sty
  29 Package: geometry 2010/09/12 v5.6 Page Geometry
  30 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/keyval.sty
  31 Package: keyval 1999/03/16 v1.13 key=value parser (DPC)
  32 \KV@toks@=\toks14
  33 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifpdf.sty
  34 Package: ifpdf 2011/01/30 v2.3 Provides the ifpdf switch (HO)
  35 Package ifpdf Info: pdfTeX in PDF mode is detected.
  36 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ifvtex.sty
  37 Package: ifvtex 2010/03/01 v1.5 Detect VTeX and its facilities (HO)
  38 Package ifvtex Info: VTeX not detected.
  39 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/ifxetex/ifxetex.sty
  40 Package: ifxetex 2010/09/12 v0.6 Provides ifxetex conditional
  41 )
  42 \Gm@cnth=\count88
  43 \Gm@cntv=\count89
  44 \c@Gm@tempcnt=\count90
  45 \Gm@bindingoffset=\dimen103
  46 \Gm@wd@mp=\dimen104
  47 \Gm@odd@mp=\dimen105
  48 \Gm@even@mp=\dimen106
  49 \Gm@layoutwidth=\dimen107
  50 \Gm@layoutheight=\dimen108
  51 \Gm@layouthoffset=\dimen109
  52 \Gm@layoutvoffset=\dimen110
  53 \Gm@dimlist=\toks15
  54 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/makeidx.sty
  55 Package: makeidx 2000/03/29 v1.0m Standard LaTeX package
  56 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/natbib/natbib.sty
  57 Package: natbib 2010/09/13 8.31b (PWD, AO)
  58 \bibhang=\skip43
  59 \bibsep=\skip44
  60 LaTeX Info: Redefining \cite on input line 694.
  61 \c@NAT@ctr=\count91
  62 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphicx.sty
  63 Package: graphicx 1999/02/16 v1.0f Enhanced LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  64 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/graphics.sty
  65 Package: graphics 2009/02/05 v1.0o Standard LaTeX Graphics (DPC,SPQR)
  66 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/trig.sty
  67 Package: trig 1999/03/16 v1.09 sin cos tan (DPC)
  68 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/graphics.cfg
  69 File: graphics.cfg 2010/04/23 v1.9 graphics configuration of TeX Live
  70 )
  71 Package graphics Info: Driver file: pdftex.def on input line 91.
  72 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/pdftex-def/pdftex.def
  73 File: pdftex.def 2011/05/27 v0.06d Graphics/color for pdfTeX
  74 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/infwarerr.sty
  75 Package: infwarerr 2010/04/08 v1.3 Providing info/warning/error messages (HO)
  76 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/ltxcmds.sty
  77 Package: ltxcmds 2011/11/09 v1.22 LaTeX kernel commands for general use (HO)
  78 )
  79 \Gread@gobject=\count92
  80 ))
  81 \Gin@req@height=\dimen111
  82 \Gin@req@width=\dimen112
  83 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/multicol.sty
  84 Package: multicol 2011/06/27 v1.7a multicolumn formatting (FMi)
  85 \c@tracingmulticols=\count93
  86 \mult@box=\box26
  87 \multicol@leftmargin=\dimen113
  88 \c@unbalance=\count94
  89 \c@collectmore=\count95
  90 \doublecol@number=\count96
  91 \multicoltolerance=\count97
  92 \multicolpretolerance=\count98
  93 \full@width=\dimen114
  94 \page@free=\dimen115
  95 \premulticols=\dimen116
  96 \postmulticols=\dimen117
  97 \multicolsep=\skip45
  98 \multicolbaselineskip=\skip46
  99 \partial@page=\box27
 100 \last@line=\box28
 101 \mult@rightbox=\box29
 102 \mult@grightbox=\box30
 103 \mult@gfirstbox=\box31
 104 \mult@firstbox=\box32
 105 \@tempa=\box33
 106 \@tempa=\box34
 107 \@tempa=\box35
 108 \@tempa=\box36
 109 \@tempa=\box37
 110 \@tempa=\box38
 111 \@tempa=\box39
 112 \@tempa=\box40
 113 \@tempa=\box41
 114 \@tempa=\box42
 115 \@tempa=\box43
 116 \@tempa=\box44
 117 \@tempa=\box45
 118 \@tempa=\box46
 119 \@tempa=\box47
 120 \@tempa=\box48
 121 \@tempa=\box49
 122 \c@columnbadness=\count99
 123 \c@finalcolumnbadness=\count100
 124 \last@try=\dimen118
 125 \multicolovershoot=\dimen119
 126 \multicolundershoot=\dimen120
 127 \mult@nat@firstbox=\box50
 128 \colbreak@box=\box51
 129 \multicol@sort@counter=\count101
 130 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/float/float.sty
 131 Package: float 2001/11/08 v1.3d Float enhancements (AL)
 132 \c@float@type=\count102
 133 \float@exts=\toks16
 134 \float@box=\box52
 135 \@float@everytoks=\toks17
 136 \@floatcapt=\box53
 137 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.sty
 138 \lst@mode=\count103
 139 \lst@gtempboxa=\box54
 140 \lst@token=\toks18
 141 \lst@length=\count104
 142 \lst@currlwidth=\dimen121
 143 \lst@column=\count105
 144 \lst@pos=\count106
 145 \lst@lostspace=\dimen122
 146 \lst@width=\dimen123
 147 \lst@newlines=\count107
 148 \lst@lineno=\count108
 149 \lst@maxwidth=\dimen124
 150 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
 151 File: lstmisc.sty 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
 152 \c@lstnumber=\count109
 153 \lst@skipnumbers=\count110
 154 \lst@framebox=\box55
 155 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/listings.cfg
 156 File: listings.cfg 2007/02/22 1.4 listings configuration
 157 ))
 158 Package: listings 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
 159 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/graphics/color.sty
 160 Package: color 2005/11/14 v1.0j Standard LaTeX Color (DPC)
 161 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/color.cfg
 162 File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
 163 )
 164 Package color Info: Driver file: pdftex.def on input line 130.
 165 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ifthen.sty
 166 Package: ifthen 2001/05/26 v1.1c Standard LaTeX ifthen package (DPC)
 167 ) (/usr/share/texmf/tex/latex/xcolor/xcolor.sty
 168 Package: xcolor 2007/01/21 v2.11 LaTeX color extensions (UK)
 169 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/color.cfg
 170 File: color.cfg 2007/01/18 v1.5 color configuration of teTeX/TeXLive
 171 )
 172 Package xcolor Info: Driver file: pdftex.def on input line 225.
 173 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/colortbl/colortbl.sty
 174 Package: colortbl 2012/02/13 v1.0a Color table columns (DPC)
 175 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/array.sty
 176 Package: array 2008/09/09 v2.4c Tabular extension package (FMi)
 177 \col@sep=\dimen125
 178 \extrarowheight=\dimen126
 179 \NC@list=\toks19
 180 \extratabsurround=\skip47
 181 \backup@length=\skip48
 182 )
 183 \everycr=\toks20
 184 \minrowclearance=\skip49
 185 )
 186 LaTeX Info: Redefining \color on input line 702.
 187 \rownum=\count111
 188 Package xcolor Info: Model `cmy' substituted by `cmy0' on input line 1337.
 189 Package xcolor Info: Model `hsb' substituted by `rgb' on input line 1341.
 190 Package xcolor Info: Model `RGB' extended on input line 1353.
 191 Package xcolor Info: Model `HTML' substituted by `rgb' on input line 1355.
 192 Package xcolor Info: Model `Hsb' substituted by `hsb' on input line 1356.
 193 Package xcolor Info: Model `tHsb' substituted by `hsb' on input line 1357.
 194 Package xcolor Info: Model `HSB' substituted by `hsb' on input line 1358.
 195 Package xcolor Info: Model `Gray' substituted by `gray' on input line 1359.
 196 Package xcolor Info: Model `wave' substituted by `hsb' on input line 1360.
 197 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/textcomp.sty
 198 Package: textcomp 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
 199 Package textcomp Info: Sub-encoding information:
 200 (textcomp)               5 = only ISO-Adobe without \textcurrency
 201 (textcomp)               4 = 5 + \texteuro
 202 (textcomp)               3 = 4 + \textohm
 203 (textcomp)               2 = 3 + \textestimated + \textcurrency
 204 (textcomp)               1 = TS1 - \textcircled - \t
 205 (textcomp)               0 = TS1 (full)
 206 (textcomp)             Font families with sub-encoding setting implement
 207 (textcomp)             only a restricted character set as indicated.
 208 (textcomp)             Family '?' is the default used for unknown fonts.
 209 (textcomp)             See the documentation for details.
 210 Package textcomp Info: Setting ? sub-encoding to TS1/1 on input line 71.
 211 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1enc.def
 212 File: ts1enc.def 2001/06/05 v3.0e (jk/car/fm) Standard LaTeX file
 213 )
 214 LaTeX Info: Redefining \oldstylenums on input line 266.
 215 Package textcomp Info: Setting cmr sub-encoding to TS1/0 on input line 281.
 216 Package textcomp Info: Setting cmss sub-encoding to TS1/0 on input line 282.
 217 Package textcomp Info: Setting cmtt sub-encoding to TS1/0 on input line 283.
 218 Package textcomp Info: Setting cmvtt sub-encoding to TS1/0 on input line 284.
 219 Package textcomp Info: Setting cmbr sub-encoding to TS1/0 on input line 285.
 220 Package textcomp Info: Setting cmtl sub-encoding to TS1/0 on input line 286.
 221 Package textcomp Info: Setting ccr sub-encoding to TS1/0 on input line 287.
 222 Package textcomp Info: Setting ptm sub-encoding to TS1/4 on input line 288.
 223 Package textcomp Info: Setting pcr sub-encoding to TS1/4 on input line 289.
 224 Package textcomp Info: Setting phv sub-encoding to TS1/4 on input line 290.
 225 Package textcomp Info: Setting ppl sub-encoding to TS1/3 on input line 291.
 226 Package textcomp Info: Setting pag sub-encoding to TS1/4 on input line 292.
 227 Package textcomp Info: Setting pbk sub-encoding to TS1/4 on input line 293.
 228 Package textcomp Info: Setting pnc sub-encoding to TS1/4 on input line 294.
 229 Package textcomp Info: Setting pzc sub-encoding to TS1/4 on input line 295.
 230 Package textcomp Info: Setting bch sub-encoding to TS1/4 on input line 296.
 231 Package textcomp Info: Setting put sub-encoding to TS1/5 on input line 297.
 232 Package textcomp Info: Setting uag sub-encoding to TS1/5 on input line 298.
 233 Package textcomp Info: Setting ugq sub-encoding to TS1/5 on input line 299.
 234 Package textcomp Info: Setting ul8 sub-encoding to TS1/4 on input line 300.
 235 Package textcomp Info: Setting ul9 sub-encoding to TS1/4 on input line 301.
 236 Package textcomp Info: Setting augie sub-encoding to TS1/5 on input line 302.
 237 Package textcomp Info: Setting dayrom sub-encoding to TS1/3 on input line 303.
 238 Package textcomp Info: Setting dayroms sub-encoding to TS1/3 on input line 304.
 239
 240 Package textcomp Info: Setting pxr sub-encoding to TS1/0 on input line 305.
 241 Package textcomp Info: Setting pxss sub-encoding to TS1/0 on input line 306.
 242 Package textcomp Info: Setting pxtt sub-encoding to TS1/0 on input line 307.
 243 Package textcomp Info: Setting txr sub-encoding to TS1/0 on input line 308.
 244 Package textcomp Info: Setting txss sub-encoding to TS1/0 on input line 309.
 245 Package textcomp Info: Setting txtt sub-encoding to TS1/0 on input line 310.
 246 Package textcomp Info: Setting lmr sub-encoding to TS1/0 on input line 311.
 247 Package textcomp Info: Setting lmdh sub-encoding to TS1/0 on input line 312.
 248 Package textcomp Info: Setting lmss sub-encoding to TS1/0 on input line 313.
 249 Package textcomp Info: Setting lmssq sub-encoding to TS1/0 on input line 314.
 250 Package textcomp Info: Setting lmvtt sub-encoding to TS1/0 on input line 315.
 251 Package textcomp Info: Setting qhv sub-encoding to TS1/0 on input line 316.
 252 Package textcomp Info: Setting qag sub-encoding to TS1/0 on input line 317.
 253 Package textcomp Info: Setting qbk sub-encoding to TS1/0 on input line 318.
 254 Package textcomp Info: Setting qcr sub-encoding to TS1/0 on input line 319.
 255 Package textcomp Info: Setting qcs sub-encoding to TS1/0 on input line 320.
 256 Package textcomp Info: Setting qpl sub-encoding to TS1/0 on input line 321.
 257 Package textcomp Info: Setting qtm sub-encoding to TS1/0 on input line 322.
 258 Package textcomp Info: Setting qzc sub-encoding to TS1/0 on input line 323.
 259 Package textcomp Info: Setting qhvc sub-encoding to TS1/0 on input line 324.
 260 Package textcomp Info: Setting futs sub-encoding to TS1/4 on input line 325.
 261 Package textcomp Info: Setting futx sub-encoding to TS1/4 on input line 326.
 262 Package textcomp Info: Setting futj sub-encoding to TS1/4 on input line 327.
 263 Package textcomp Info: Setting hlh sub-encoding to TS1/3 on input line 328.
 264 Package textcomp Info: Setting hls sub-encoding to TS1/3 on input line 329.
 265 Package textcomp Info: Setting hlst sub-encoding to TS1/3 on input line 330.
 266 Package textcomp Info: Setting hlct sub-encoding to TS1/5 on input line 331.
 267 Package textcomp Info: Setting hlx sub-encoding to TS1/5 on input line 332.
 268 Package textcomp Info: Setting hlce sub-encoding to TS1/5 on input line 333.
 269 Package textcomp Info: Setting hlcn sub-encoding to TS1/5 on input line 334.
 270 Package textcomp Info: Setting hlcw sub-encoding to TS1/5 on input line 335.
 271 Package textcomp Info: Setting hlcf sub-encoding to TS1/5 on input line 336.
 272 Package textcomp Info: Setting pplx sub-encoding to TS1/3 on input line 337.
 273 Package textcomp Info: Setting pplj sub-encoding to TS1/3 on input line 338.
 274 Package textcomp Info: Setting ptmx sub-encoding to TS1/4 on input line 339.
 275 Package textcomp Info: Setting ptmj sub-encoding to TS1/4 on input line 340.
 276 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/alltt.sty
 277 Package: alltt 1997/06/16 v2.0g defines alltt environment
 278 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hyperref.sty
 279 Package: hyperref 2012/05/13 v6.82q Hypertext links for LaTeX
 280 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/hobsub-hyperref.sty
 281 Package: hobsub-hyperref 2012/05/28 v1.13 Bundle oberdiek, subset hyperref (HO)
 282
 283 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/hobsub-generic.sty
 284 Package: hobsub-generic 2012/05/28 v1.13 Bundle oberdiek, subset generic (HO)
 285 Package: hobsub 2012/05/28 v1.13 Construct package bundles (HO)
 286 Package hobsub Info: Skipping package `infwarerr' (already loaded).
 287 Package hobsub Info: Skipping package `ltxcmds' (already loaded).
 288 Package: ifluatex 2010/03/01 v1.3 Provides the ifluatex switch (HO)
 289 Package ifluatex Info: LuaTeX not detected.
 290 Package hobsub Info: Skipping package `ifvtex' (already loaded).
 291 Package: intcalc 2007/09/27 v1.1 Expandable calculations with integers (HO)
 292 Package hobsub Info: Skipping package `ifpdf' (already loaded).
 293 Package: etexcmds 2011/02/16 v1.5 Avoid name clashes with e-TeX commands (HO)
 294 Package etexcmds Info: Could not find \expanded.
 295 (etexcmds)             That can mean that you are not using pdfTeX 1.50 or
 296 (etexcmds)             that some package has redefined \expanded.
 297 (etexcmds)             In the latter case, load this package earlier.
 298 Package: kvsetkeys 2012/04/25 v1.16 Key value parser (HO)
 299 Package: kvdefinekeys 2011/04/07 v1.3 Define keys (HO)
 300 Package: pdftexcmds 2011/11/29 v0.20 Utility functions of pdfTeX for LuaTeX (HO
 301 )
 302 Package pdftexcmds Info: LuaTeX not detected.
 303 Package pdftexcmds Info: \pdf@primitive is available.
 304 Package pdftexcmds Info: \pdf@ifprimitive is available.
 305 Package pdftexcmds Info: \pdfdraftmode found.
 306 Package: pdfescape 2011/11/25 v1.13 Implements pdfTeX's escape features (HO)
 307 Package: bigintcalc 2012/04/08 v1.3 Expandable calculations on big integers (HO
 308 )
 309 Package: bitset 2011/01/30 v1.1 Handle bit-vector datatype (HO)
 310 Package: uniquecounter 2011/01/30 v1.2 Provide unlimited unique counter (HO)
 311 )
 312 Package hobsub Info: Skipping package `hobsub' (already loaded).
 313 Package: letltxmacro 2010/09/02 v1.4 Let assignment for LaTeX macros (HO)
 314 Package: hopatch 2012/05/28 v1.2 Wrapper for package hooks (HO)
 315 Package: xcolor-patch 2011/01/30 xcolor patch
 316 Package: atveryend 2011/06/30 v1.8 Hooks at the very end of document (HO)
 317 Package atveryend Info: \enddocument detected (standard20110627).
 318 Package: atbegshi 2011/10/05 v1.16 At begin shipout hook (HO)
 319 Package: refcount 2011/10/16 v3.4 Data extraction from label references (HO)
 320 Package: hycolor 2011/01/30 v1.7 Color options for hyperref/bookmark (HO)
 321 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/kvoptions.sty
 322 Package: kvoptions 2011/06/30 v3.11 Key value format for package options (HO)
 323 )
 324 \@linkdim=\dimen127
 325 \Hy@linkcounter=\count112
 326 \Hy@pagecounter=\count113
 327 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/pd1enc.def
 328 File: pd1enc.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref: PDFDocEncoding definition (HO)
 329 )
 330 \Hy@SavedSpaceFactor=\count114
 331 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/hyperref.cfg
 332 File: hyperref.cfg 2002/06/06 v1.2 hyperref configuration of TeXLive
 333 )
 334 Package hyperref Info: Option `colorlinks' set `true' on input line 3941.
 335 Package hyperref Info: Option `unicode' set `true' on input line 3941.
 336 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/puenc.def
 337 File: puenc.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref: PDF Unicode definition (HO)
 338 )
 339 Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 4062.
 340 Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 4067.
 341 Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 4070.
 342 Package hyperref Info: Plain pages OFF on input line 4077.
 343 Package hyperref Info: Backreferencing ON on input line 4080.
 344 Package hyperref Info: Implicit mode ON; LaTeX internals redefined.
 345 Package hyperref Info: Bookmarks ON on input line 4300.
 346 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/backref.sty
 347 Package: backref 2010/08/30 v1.36 Bibliographical back referencing
 348 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/rerunfilecheck.sty
 349 Package: rerunfilecheck 2011/04/15 v1.7 Rerun checks for auxiliary files (HO)
 350 Package uniquecounter Info: New unique counter `rerunfilecheck' on input line 2
 351 82.
 352 ))
 353 \c@Hy@tempcnt=\count115
 354 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/url/url.sty
 355 \Urlmuskip=\muskip10
 356 Package: url 2006/04/12  ver 3.3  Verb mode for urls, etc.
 357 )
 358 LaTeX Info: Redefining \url on input line 4653.
 359 \Fld@menulength=\count116
 360 \Field@Width=\dimen128
 361 \Fld@charsize=\dimen129
 362 Package hyperref Info: Hyper figures OFF on input line 5773.
 363 Package hyperref Info: Link nesting OFF on input line 5778.
 364 Package hyperref Info: Hyper index ON on input line 5781.
 365 Package hyperref Info: backreferencing ON on input line 5786.
 366 Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 5791.
 367 Package hyperref Info: Link coloring with OCG OFF on input line 5798.
 368 Package hyperref Info: PDF/A mode OFF on input line 5803.
 369 LaTeX Info: Redefining \ref on input line 5843.
 370 LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 5847.
 371 \Hy@abspage=\count117
 372 \c@Item=\count118
 373 \c@Hfootnote=\count119
 374 )
 375
 376 Package hyperref Message: Driver: hpdftex.
 377
 378 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/hpdftex.def
 379 File: hpdftex.def 2012/05/13 v6.82q Hyperref driver for pdfTeX
 380 \Fld@listcount=\count120
 381 \c@bookmark@seq@number=\count121
 382 \Hy@SectionHShift=\skip50
 383 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/inputenc.sty
 384 Package: inputenc 2008/03/30 v1.1d Input encoding file
 385 \inpenc@prehook=\toks21
 386 \inpenc@posthook=\toks22
 387 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/utf8.def
 388 File: utf8.def 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 389 Now handling font encoding OML ...
 390 ... no UTF-8 mapping file for font encoding OML
 391 Now handling font encoding T1 ...
 392 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding T1
 393 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1enc.dfu
 394 File: t1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 395    defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
 396    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
 397    defining Unicode char U+00AB (decimal 171)
 398    defining Unicode char U+00BB (decimal 187)
 399    defining Unicode char U+00BF (decimal 191)
 400    defining Unicode char U+00C0 (decimal 192)
 401    defining Unicode char U+00C1 (decimal 193)
 402    defining Unicode char U+00C2 (decimal 194)
 403    defining Unicode char U+00C3 (decimal 195)
 404    defining Unicode char U+00C4 (decimal 196)
 405    defining Unicode char U+00C5 (decimal 197)
 406    defining Unicode char U+00C6 (decimal 198)
 407    defining Unicode char U+00C7 (decimal 199)
 408    defining Unicode char U+00C8 (decimal 200)
 409    defining Unicode char U+00C9 (decimal 201)
 410    defining Unicode char U+00CA (decimal 202)
 411    defining Unicode char U+00CB (decimal 203)
 412    defining Unicode char U+00CC (decimal 204)
 413    defining Unicode char U+00CD (decimal 205)
 414    defining Unicode char U+00CE (decimal 206)
 415    defining Unicode char U+00CF (decimal 207)
 416    defining Unicode char U+00D0 (decimal 208)
 417    defining Unicode char U+00D1 (decimal 209)
 418    defining Unicode char U+00D2 (decimal 210)
 419    defining Unicode char U+00D3 (decimal 211)
 420    defining Unicode char U+00D4 (decimal 212)
 421    defining Unicode char U+00D5 (decimal 213)
 422    defining Unicode char U+00D6 (decimal 214)
 423    defining Unicode char U+00D8 (decimal 216)
 424    defining Unicode char U+00D9 (decimal 217)
 425    defining Unicode char U+00DA (decimal 218)
 426    defining Unicode char U+00DB (decimal 219)
 427    defining Unicode char U+00DC (decimal 220)
 428    defining Unicode char U+00DD (decimal 221)
 429    defining Unicode char U+00DE (decimal 222)
 430    defining Unicode char U+00DF (decimal 223)
 431    defining Unicode char U+00E0 (decimal 224)
 432    defining Unicode char U+00E1 (decimal 225)
 433    defining Unicode char U+00E2 (decimal 226)
 434    defining Unicode char U+00E3 (decimal 227)
 435    defining Unicode char U+00E4 (decimal 228)
 436    defining Unicode char U+00E5 (decimal 229)
 437    defining Unicode char U+00E6 (decimal 230)
 438    defining Unicode char U+00E7 (decimal 231)
 439    defining Unicode char U+00E8 (decimal 232)
 440    defining Unicode char U+00E9 (decimal 233)
 441    defining Unicode char U+00EA (decimal 234)
 442    defining Unicode char U+00EB (decimal 235)
 443    defining Unicode char U+00EC (decimal 236)
 444    defining Unicode char U+00ED (decimal 237)
 445    defining Unicode char U+00EE (decimal 238)
 446    defining Unicode char U+00EF (decimal 239)
 447    defining Unicode char U+00F0 (decimal 240)
 448    defining Unicode char U+00F1 (decimal 241)
 449    defining Unicode char U+00F2 (decimal 242)
 450    defining Unicode char U+00F3 (decimal 243)
 451    defining Unicode char U+00F4 (decimal 244)
 452    defining Unicode char U+00F5 (decimal 245)
 453    defining Unicode char U+00F6 (decimal 246)
 454    defining Unicode char U+00F8 (decimal 248)
 455    defining Unicode char U+00F9 (decimal 249)
 456    defining Unicode char U+00FA (decimal 250)
 457    defining Unicode char U+00FB (decimal 251)
 458    defining Unicode char U+00FC (decimal 252)
 459    defining Unicode char U+00FD (decimal 253)
 460    defining Unicode char U+00FE (decimal 254)
 461    defining Unicode char U+00FF (decimal 255)
 462    defining Unicode char U+0102 (decimal 258)
 463    defining Unicode char U+0103 (decimal 259)
 464    defining Unicode char U+0104 (decimal 260)
 465    defining Unicode char U+0105 (decimal 261)
 466    defining Unicode char U+0106 (decimal 262)
 467    defining Unicode char U+0107 (decimal 263)
 468    defining Unicode char U+010C (decimal 268)
 469    defining Unicode char U+010D (decimal 269)
 470    defining Unicode char U+010E (decimal 270)
 471    defining Unicode char U+010F (decimal 271)
 472    defining Unicode char U+0110 (decimal 272)
 473    defining Unicode char U+0111 (decimal 273)
 474    defining Unicode char U+0118 (decimal 280)
 475    defining Unicode char U+0119 (decimal 281)
 476    defining Unicode char U+011A (decimal 282)
 477    defining Unicode char U+011B (decimal 283)
 478    defining Unicode char U+011E (decimal 286)
 479    defining Unicode char U+011F (decimal 287)
 480    defining Unicode char U+0130 (decimal 304)
 481    defining Unicode char U+0131 (decimal 305)
 482    defining Unicode char U+0132 (decimal 306)
 483    defining Unicode char U+0133 (decimal 307)
 484    defining Unicode char U+0139 (decimal 313)
 485    defining Unicode char U+013A (decimal 314)
 486    defining Unicode char U+013D (decimal 317)
 487    defining Unicode char U+013E (decimal 318)
 488    defining Unicode char U+0141 (decimal 321)
 489    defining Unicode char U+0142 (decimal 322)
 490    defining Unicode char U+0143 (decimal 323)
 491    defining Unicode char U+0144 (decimal 324)
 492    defining Unicode char U+0147 (decimal 327)
 493    defining Unicode char U+0148 (decimal 328)
 494    defining Unicode char U+014A (decimal 330)
 495    defining Unicode char U+014B (decimal 331)
 496    defining Unicode char U+0150 (decimal 336)
 497    defining Unicode char U+0151 (decimal 337)
 498    defining Unicode char U+0152 (decimal 338)
 499    defining Unicode char U+0153 (decimal 339)
 500    defining Unicode char U+0154 (decimal 340)
 501    defining Unicode char U+0155 (decimal 341)
 502    defining Unicode char U+0158 (decimal 344)
 503    defining Unicode char U+0159 (decimal 345)
 504    defining Unicode char U+015A (decimal 346)
 505    defining Unicode char U+015B (decimal 347)
 506    defining Unicode char U+015E (decimal 350)
 507    defining Unicode char U+015F (decimal 351)
 508    defining Unicode char U+0160 (decimal 352)
 509    defining Unicode char U+0161 (decimal 353)
 510    defining Unicode char U+0162 (decimal 354)
 511    defining Unicode char U+0163 (decimal 355)
 512    defining Unicode char U+0164 (decimal 356)
 513    defining Unicode char U+0165 (decimal 357)
 514    defining Unicode char U+016E (decimal 366)
 515    defining Unicode char U+016F (decimal 367)
 516    defining Unicode char U+0170 (decimal 368)
 517    defining Unicode char U+0171 (decimal 369)
 518    defining Unicode char U+0178 (decimal 376)
 519    defining Unicode char U+0179 (decimal 377)
 520    defining Unicode char U+017A (decimal 378)
 521    defining Unicode char U+017B (decimal 379)
 522    defining Unicode char U+017C (decimal 380)
 523    defining Unicode char U+017D (decimal 381)
 524    defining Unicode char U+017E (decimal 382)
 525    defining Unicode char U+200C (decimal 8204)
 526    defining Unicode char U+2013 (decimal 8211)
 527    defining Unicode char U+2014 (decimal 8212)
 528    defining Unicode char U+2018 (decimal 8216)
 529    defining Unicode char U+2019 (decimal 8217)
 530    defining Unicode char U+201A (decimal 8218)
 531    defining Unicode char U+201C (decimal 8220)
 532    defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
 533    defining Unicode char U+201E (decimal 8222)
 534    defining Unicode char U+2030 (decimal 8240)
 535    defining Unicode char U+2031 (decimal 8241)
 536    defining Unicode char U+2039 (decimal 8249)
 537    defining Unicode char U+203A (decimal 8250)
 538    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
 539 )
 540 Now handling font encoding OT1 ...
 541 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding OT1
 542 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ot1enc.dfu
 543 File: ot1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 544    defining Unicode char U+00A1 (decimal 161)
 545    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
 546    defining Unicode char U+00B8 (decimal 184)
 547    defining Unicode char U+00BF (decimal 191)
 548    defining Unicode char U+00C5 (decimal 197)
 549    defining Unicode char U+00C6 (decimal 198)
 550    defining Unicode char U+00D8 (decimal 216)
 551    defining Unicode char U+00DF (decimal 223)
 552    defining Unicode char U+00E6 (decimal 230)
 553    defining Unicode char U+00EC (decimal 236)
 554    defining Unicode char U+00ED (decimal 237)
 555    defining Unicode char U+00EE (decimal 238)
 556    defining Unicode char U+00EF (decimal 239)
 557    defining Unicode char U+00F8 (decimal 248)
 558    defining Unicode char U+0131 (decimal 305)
 559    defining Unicode char U+0141 (decimal 321)
 560    defining Unicode char U+0142 (decimal 322)
 561    defining Unicode char U+0152 (decimal 338)
 562    defining Unicode char U+0153 (decimal 339)
 563    defining Unicode char U+2013 (decimal 8211)
 564    defining Unicode char U+2014 (decimal 8212)
 565    defining Unicode char U+2018 (decimal 8216)
 566    defining Unicode char U+2019 (decimal 8217)
 567    defining Unicode char U+201C (decimal 8220)
 568    defining Unicode char U+201D (decimal 8221)
 569 )
 570 Now handling font encoding OMS ...
 571 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding OMS
 572 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/omsenc.dfu
 573 File: omsenc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 574    defining Unicode char U+00A7 (decimal 167)
 575    defining Unicode char U+00B6 (decimal 182)
 576    defining Unicode char U+00B7 (decimal 183)
 577    defining Unicode char U+2020 (decimal 8224)
 578    defining Unicode char U+2021 (decimal 8225)
 579    defining Unicode char U+2022 (decimal 8226)
 580 )
 581 Now handling font encoding OMX ...
 582 ... no UTF-8 mapping file for font encoding OMX
 583 Now handling font encoding U ...
 584 ... no UTF-8 mapping file for font encoding U
 585 Now handling font encoding TS1 ...
 586 ... processing UTF-8 mapping file for font encoding TS1
 587 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1enc.dfu
 588 File: ts1enc.dfu 2008/04/05 v1.1m UTF-8 support for inputenc
 589    defining Unicode char U+00A2 (decimal 162)
 590    defining Unicode char U+00A3 (decimal 163)
 591    defining Unicode char U+00A4 (decimal 164)
 592    defining Unicode char U+00A5 (decimal 165)
 593    defining Unicode char U+00A6 (decimal 166)
 594    defining Unicode char U+00A7 (decimal 167)
 595    defining Unicode char U+00A8 (decimal 168)
 596    defining Unicode char U+00A9 (decimal 169)
 597    defining Unicode char U+00AA (decimal 170)
 598    defining Unicode char U+00AC (decimal 172)
 599    defining Unicode char U+00AE (decimal 174)
 600    defining Unicode char U+00AF (decimal 175)
 601    defining Unicode char U+00B0 (decimal 176)
 602    defining Unicode char U+00B1 (decimal 177)
 603    defining Unicode char U+00B2 (decimal 178)
 604    defining Unicode char U+00B3 (decimal 179)
 605    defining Unicode char U+00B4 (decimal 180)
 606    defining Unicode char U+00B5 (decimal 181)
 607    defining Unicode char U+00B6 (decimal 182)
 608    defining Unicode char U+00B7 (decimal 183)
 609    defining Unicode char U+00B9 (decimal 185)
 610    defining Unicode char U+00BA (decimal 186)
 611    defining Unicode char U+00BC (decimal 188)
 612    defining Unicode char U+00BD (decimal 189)
 613    defining Unicode char U+00BE (decimal 190)
 614    defining Unicode char U+00D7 (decimal 215)
 615    defining Unicode char U+00F7 (decimal 247)
 616    defining Unicode char U+0192 (decimal 402)
 617    defining Unicode char U+02C7 (decimal 711)
 618    defining Unicode char U+02D8 (decimal 728)
 619    defining Unicode char U+02DD (decimal 733)
 620    defining Unicode char U+0E3F (decimal 3647)
 621    defining Unicode char U+2016 (decimal 8214)
 622    defining Unicode char U+2020 (decimal 8224)
 623    defining Unicode char U+2021 (decimal 8225)
 624    defining Unicode char U+2022 (decimal 8226)
 625    defining Unicode char U+2030 (decimal 8240)
 626    defining Unicode char U+2031 (decimal 8241)
 627    defining Unicode char U+203B (decimal 8251)
 628    defining Unicode char U+203D (decimal 8253)
 629    defining Unicode char U+2044 (decimal 8260)
 630    defining Unicode char U+204E (decimal 8270)
 631    defining Unicode char U+2052 (decimal 8274)
 632    defining Unicode char U+20A1 (decimal 8353)
 633    defining Unicode char U+20A4 (decimal 8356)
 634    defining Unicode char U+20A6 (decimal 8358)
 635    defining Unicode char U+20A9 (decimal 8361)
 636    defining Unicode char U+20AB (decimal 8363)
 637    defining Unicode char U+20AC (decimal 8364)
 638    defining Unicode char U+20B1 (decimal 8369)
 639    defining Unicode char U+2103 (decimal 8451)
 640    defining Unicode char U+2116 (decimal 8470)
 641    defining Unicode char U+2117 (decimal 8471)
 642    defining Unicode char U+211E (decimal 8478)
 643    defining Unicode char U+2120 (decimal 8480)
 644    defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
 645    defining Unicode char U+2126 (decimal 8486)
 646    defining Unicode char U+2127 (decimal 8487)
 647    defining Unicode char U+212E (decimal 8494)
 648    defining Unicode char U+2190 (decimal 8592)
 649    defining Unicode char U+2191 (decimal 8593)
 650    defining Unicode char U+2192 (decimal 8594)
 651    defining Unicode char U+2193 (decimal 8595)
 652    defining Unicode char U+2329 (decimal 9001)
 653    defining Unicode char U+232A (decimal 9002)
 654    defining Unicode char U+2422 (decimal 9250)
 655    defining Unicode char U+25E6 (decimal 9702)
 656    defining Unicode char U+25EF (decimal 9711)
 657    defining Unicode char U+266A (decimal 9834)
 658 )
 659 Now handling font encoding PD1 ...
 660 ... no UTF-8 mapping file for font encoding PD1
 661 Now handling font encoding PU ...
 662 ... no UTF-8 mapping file for font encoding PU
 663    defining Unicode char U+00A9 (decimal 169)
 664    defining Unicode char U+00AA (decimal 170)
 665    defining Unicode char U+00AE (decimal 174)
 666    defining Unicode char U+00BA (decimal 186)
 667    defining Unicode char U+02C6 (decimal 710)
 668    defining Unicode char U+02DC (decimal 732)
 669    defining Unicode char U+200C (decimal 8204)
 670    defining Unicode char U+2026 (decimal 8230)
 671    defining Unicode char U+2122 (decimal 8482)
 672    defining Unicode char U+2423 (decimal 9251)
 673 )) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/mathptmx.sty
 674 Package: mathptmx 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a Times w/ Math, improved (SPQR, WaS)
 675 LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `operators' on input line 28.
 676 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `operators' in version `normal'
 677 (Font)                  OT1/cmr/m/n --> OT1/ztmcm/m/n on input line 28.
 678 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `operators' in version `bold'
 679 (Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ztmcm/m/n on input line 28.
 680 LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `letters' on input line 29.
 681 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `letters' in version `normal'
 682 (Font)                  OML/cmm/m/it --> OML/ztmcm/m/it on input line 29.
 683 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `letters' in version `bold'
 684 (Font)                  OML/cmm/b/it --> OML/ztmcm/m/it on input line 29.
 685 LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `symbols' on input line 30.
 686 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `symbols' in version `normal'
 687 (Font)                  OMS/cmsy/m/n --> OMS/ztmcm/m/n on input line 30.
 688 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `symbols' in version `bold'
 689 (Font)                  OMS/cmsy/b/n --> OMS/ztmcm/m/n on input line 30.
 690 LaTeX Font Info:    Redeclaring symbol font `largesymbols' on input line 31.
 691 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `largesymbols' in version `normal'
 692 (Font)                  OMX/cmex/m/n --> OMX/ztmcm/m/n on input line 31.
 693 LaTeX Font Info:    Overwriting symbol font `largesymbols' in version `bold'
 694 (Font)                  OMX/cmex/m/n --> OMX/ztmcm/m/n on input line 31.
 695 \symbold=\mathgroup4
 696 \symitalic=\mathgroup5
 697 LaTeX Font Info:    Redeclaring math alphabet \mathbf on input line 34.
 698 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `normal'
 699 (Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ptm/bx/n on input line 34.
 700 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathbf' in version `bold'
 701 (Font)                  OT1/cmr/bx/n --> OT1/ptm/bx/n on input line 34.
 702 LaTeX Font Info:    Redeclaring math alphabet \mathit on input line 35.
 703 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathit' in version `normal'
 704 (Font)                  OT1/cmr/m/it --> OT1/ptm/m/it on input line 35.
 705 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathit' in version `bold'
 706 (Font)                  OT1/cmr/bx/it --> OT1/ptm/m/it on input line 35.
 707 LaTeX Info: Redefining \hbar on input line 50.
 708 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/helvet.sty
 709 Package: helvet 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (WaS)
 710 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/courier.sty
 711 Package: courier 2005/04/12 PSNFSS-v9.2a (WaS)
 712 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/sectsty/sectsty.sty
 713 Package: sectsty 2002/02/25 v2.0.2 Commands to change all sectional heading sty
 714 les
 715 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amssymb.sty
 716 Package: amssymb 2009/06/22 v3.00
 717 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/amsfonts/amsfonts.sty
 718 Package: amsfonts 2009/06/22 v3.00 Basic AMSFonts support
 719 \@emptytoks=\toks23
 720 \symAMSa=\mathgroup6
 721 \symAMSb=\mathgroup7
 722 LaTeX Font Info:    Overwriting math alphabet `\mathfrak' in version `bold'
 723 (Font)                  U/euf/m/n --> U/euf/b/n on input line 96.
 724 )) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tocloft/tocloft.sty
 725 Package: tocloft 2010/10/13 v2.3e parameterised ToC, etc., typesetting
 726 Package tocloft Info: The document has chapter divisions on input line 43.
 727 \cftparskip=\skip51
 728 \cftbeforetoctitleskip=\skip52
 729 \cftaftertoctitleskip=\skip53
 730 \cftbeforepartskip=\skip54
 731 \cftpartnumwidth=\skip55
 732 \cftpartindent=\skip56
 733 \cftbeforechapskip=\skip57
 734 \cftchapindent=\skip58
 735 \cftchapnumwidth=\skip59
 736 \cftbeforesecskip=\skip60
 737 \cftsecindent=\skip61
 738 \cftsecnumwidth=\skip62
 739 \cftbeforesubsecskip=\skip63
 740 \cftsubsecindent=\skip64
 741 \cftsubsecnumwidth=\skip65
 742 \cftbeforesubsubsecskip=\skip66
 743 \cftsubsubsecindent=\skip67
 744 \cftsubsubsecnumwidth=\skip68
 745 \cftbeforeparaskip=\skip69
 746 \cftparaindent=\skip70
 747 \cftparanumwidth=\skip71
 748 \cftbeforesubparaskip=\skip72
 749 \cftsubparaindent=\skip73
 750 \cftsubparanumwidth=\skip74
 751 \cftbeforeloftitleskip=\skip75
 752 \cftafterloftitleskip=\skip76
 753 \cftbeforefigskip=\skip77
 754 \cftfigindent=\skip78
 755 \cftfignumwidth=\skip79
 756 \c@lofdepth=\count122
 757 \c@lotdepth=\count123
 758 \cftbeforelottitleskip=\skip80
 759 \cftafterlottitleskip=\skip81
 760 \cftbeforetabskip=\skip82
 761 \cfttabindent=\skip83
 762 \cfttabnumwidth=\skip84
 763 ) (./doxygen.sty
 764 Package: doxygen
 765 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/calc.sty
 766 Package: calc 2007/08/22 v4.3 Infix arithmetic (KKT,FJ)
 767 \calc@Acount=\count124
 768 \calc@Bcount=\count125
 769 \calc@Adimen=\dimen130
 770 \calc@Bdimen=\dimen131
 771 \calc@Askip=\skip85
 772 \calc@Bskip=\skip86
 773 LaTeX Info: Redefining \setlength on input line 76.
 774 LaTeX Info: Redefining \addtolength on input line 77.
 775 \calc@Ccount=\count126
 776 \calc@Cskip=\skip87
 777 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/fancyhdr/fancyhdr.sty
 778 \fancy@headwidth=\skip88
 779 \f@ncyO@elh=\skip89
 780 \f@ncyO@erh=\skip90
 781 \f@ncyO@olh=\skip91
 782 \f@ncyO@orh=\skip92
 783 \f@ncyO@elf=\skip93
 784 \f@ncyO@erf=\skip94
 785 \f@ncyO@olf=\skip95
 786 \f@ncyO@orf=\skip96
 787 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/longtable.sty
 788 Package: longtable 2004/02/01 v4.11 Multi-page Table package (DPC)
 789 \LTleft=\skip97
 790 \LTright=\skip98
 791 \LTpre=\skip99
 792 \LTpost=\skip100
 793 \LTchunksize=\count127
 794 \LTcapwidth=\dimen132
 795 \LT@head=\box56
 796 \LT@firsthead=\box57
 797 \LT@foot=\box58
 798 \LT@lastfoot=\box59
 799 \LT@cols=\count128
 800 \LT@rows=\count129
 801 \c@LT@tables=\count130
 802 \c@LT@chunks=\count131
 803 \LT@p@ftn=\toks24
 804 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/tools/verbatim.sty
 805 Package: verbatim 2003/08/22 v1.5q LaTeX2e package for verbatim enhancements
 806 \every@verbatim=\toks25
 807 \verbatim@line=\toks26
 808 \verbatim@in@stream=\read1
 809 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/xtab/xtab.sty
 810 Package: xtab 2011/07/31 v2.3f Extended supertabular package
 811 \c@tracingst=\count132
 812 \PWSTcapht=\dimen133
 813 \ST@wd=\dimen134
 814 \ST@rightskip=\skip101
 815 \ST@leftskip=\skip102
 816 \ST@parfillskip=\skip103
 817 \c@PWSTtable=\count133
 818 \PWSTlastpage=\count134
 819 \PWSTpenultimate=\count135
 820 \PWSTcurpage=\count136
 821 \PWSTtempc=\count137
 822 \PWSTlines=\count138
 823 \PWST@lastht=\dimen135
 824 \PWST@generalht=\dimen136
 825 \PWST@ht=\dimen137
 826 \ST@pageleft=\dimen138
 827 \ST@headht=\dimen139
 828 \ST@tailht=\dimen140
 829 \ST@pagesofar=\dimen141
 830 \ST@pboxht=\dimen142
 831 \ST@lineht=\dimen143
 832 \ST@stretchht=\dimen144
 833 \ST@prevht=\dimen145
 834 \ST@toadd=\dimen146
 835 \ST@dimen=\dimen147
 836 \ST@pbox=\box60
 837 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/multirow/multirow.sty
 838 \bigstrutjot=\dimen148
 839 )
 840 \tmplength=\skip104
 841 \xrefbox=\box61
 842 \xreflength=\skip105
 843 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/fontenc.sty
 844 Package: fontenc 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX package
 845 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/t1enc.def
 846 File: t1enc.def 2005/09/27 v1.99g Standard LaTeX file
 847 LaTeX Font Info:    Redeclaring font encoding T1 on input line 43.
 848 ))) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
 849 File: lstlang1.sty 2004/09/05 1.3 listings language file
 850 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstlang1.sty
 851 File: lstlang1.sty 2004/09/05 1.3 listings language file
 852 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/listings/lstmisc.sty
 853 File: lstmisc.sty 2007/02/22 1.4 (Carsten Heinz)
 854 )
 855 \@indexfile=\write3
 856 \openout3 = `refman.idx'.
 857
 858 Writing index file refman.idx
 859 (./refman.aux (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__f
 860 old.aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__su
 861 bopt__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (
 862 ./group__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./gr
 863 oup__up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__f
 864 old.aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (
 865 ./group__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__
 866 fold.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.au
 867 x) (./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.
 868 aux) (./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux
 869 ) (./group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group
 870 __kl__neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__
 871 dos.aux) (./group__parse.aux)
 872
 873 LaTeX Warning: Label `group__consensus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42a
 874 cc49e' multiply defined.
 875
 876
 877 LaTeX Warning: Label `group__consensus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e1559fe76f7289cc
 878 ' multiply defined.
 879
 880
 881 LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f' mu
 882 ltiply defined.
 883
 884
 885 LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_gaafb33d7473eb9af9d1b168ca8761c41a' mu
 886 ltiply defined.
 887
 888
 889 LaTeX Warning: Label `group__mfe__cofold_ga4fcbf34e77b99bfbb2333d2ab0c41a57' mu
 890 ltiply defined.
 891
 892
 893 LaTeX Warning: Label `group__subopt__zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c'
 894 multiply defined.
 895
 896
 897 LaTeX Warning: Label `group__mfe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7' mult
 898 iply defined.
 899
 900
 901 LaTeX Warning: Label `group__mfe__fold_ga41bf8f6fa15b94471f7095cad9f0ccf3' mult
 902 iply defined.
 903
 904
 905 LaTeX Warning: Label `group__eval_ga567530678f6260a1a649a5beca5da4c5' multiply
 906 defined.
 907
 908
 909 LaTeX Warning: Label `group__inverse__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9'
 910 multiply defined.
 911
 912
 913 LaTeX Warning: Label `group__local__pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8
 914 ' multiply defined.
 915
 916
 917 LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca186
 918 2a0' multiply defined.
 919
 920
 921 LaTeX Warning: Label `group__energy__parameters_gaaa049a8c9f1c2ed4398cb1b5a3d65
 922 a66' multiply defined.
 923
 924
 925 LaTeX Warning: Label `group__pf__fold_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc' multi
 926 ply defined.
 927
 928
 929 LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247' mul
 930 tiply defined.
 931
 932
 933 LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gaff27888c4088cc1f60fd59cbd589474c' mul
 934 tiply defined.
 935
 936
 937 LaTeX Warning: Label `group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861155ca988fe' mul
 938 tiply defined.
 939
 940
 941 LaTeX Warning: Label `group__up__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f' mul
 942 tiply defined.
 943
 944
 945 LaTeX Warning: Label `group__up__cofold_gac20bd61824981d45ce0dc9934aa56df8' mul
 946 tiply defined.
 947
 948
 949 LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d'
 950  multiply defined.
 951
 952
 953 LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga873cf8ed69e0437f8efa8b1fec854a0e'
 954  multiply defined.
 955
 956
 957 LaTeX Warning: Label `group__subopt__wuchty_ga5e57d914bcb5feeecdf520e25313fcfe'
 958  multiply defined.
 959
 960 )
 961 \openout1 = `refman.aux'.
 962
 963 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OML/cmm/m/it on input line 49.
 964 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 965 LaTeX Font Info:    Checking defaults for T1/cmr/m/n on input line 49.
 966 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 967 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OT1/cmr/m/n on input line 49.
 968 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 969 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMS/cmsy/m/n on input line 49.
 970 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 971 LaTeX Font Info:    Checking defaults for OMX/cmex/m/n on input line 49.
 972 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 973 LaTeX Font Info:    Checking defaults for U/cmr/m/n on input line 49.
 974 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 975 LaTeX Font Info:    Checking defaults for TS1/cmr/m/n on input line 49.
 976 LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+cmr on input line 49.
 977 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/base/ts1cmr.fd
 978 File: ts1cmr.fd 1999/05/25 v2.5h Standard LaTeX font definitions
 979 )
 980 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 981 LaTeX Font Info:    Checking defaults for PD1/pdf/m/n on input line 49.
 982 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 983 LaTeX Font Info:    Checking defaults for PU/pdf/m/n on input line 49.
 984 LaTeX Font Info:    ... okay on input line 49.
 985 LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+phv on input line 49.
 986 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/t1phv.fd
 987 File: t1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for T1/phv.
 988 )
 989 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
 990 (Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 49.
 991 *geometry* driver: auto-detecting
 992 *geometry* detected driver: pdftex
 993 *geometry* verbose mode - [ preamble ] result:
 994 * driver: pdftex
 995 * paper: a4paper
 996 * layout: <same size as paper>
 997 * layoutoffset:(h,v)=(0.0pt,0.0pt)
 998 * modes: twoside
 999 * h-part:(L,W,R)=(71.13188pt, 455.24411pt, 71.13188pt)
1000 * v-part:(T,H,B)=(71.13188pt, 702.78308pt, 71.13188pt)
1001 * \paperwidth=597.50787pt
1002 * \paperheight=845.04684pt
1003 * \textwidth=455.24411pt
1004 * \textheight=702.78308pt
1005 * \oddsidemargin=-1.1381pt
1006 * \evensidemargin=-1.1381pt
1007 * \topmargin=-31.2056pt
1008 * \headheight=12.0pt
1009 * \headsep=18.06749pt
1010 * \topskip=10.0pt
1011 * \footskip=25.29494pt
1012 * \marginparwidth=125.0pt
1013 * \marginparsep=7.0pt
1014 * \columnsep=10.0pt
1015 * \skip\footins=9.0pt plus 4.0pt minus 2.0pt
1016 * \hoffset=0.0pt
1017 * \voffset=0.0pt
1018 * \mag=1000
1019 * \@twocolumnfalse
1020 * \@twosidetrue
1021 * \@mparswitchtrue
1022 * \@reversemarginfalse
1023 * (1in=72.27pt=25.4mm, 1cm=28.453pt)
1024
1025 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/context/base/supp-pdf.mkii
1026 [Loading MPS to PDF converter (version 2006.09.02).]
1027 \scratchcounter=\count139
1028 \scratchdimen=\dimen149
1029 \scratchbox=\box62
1030 \nofMPsegments=\count140
1031 \nofMParguments=\count141
1032 \everyMPshowfont=\toks27
1033 \MPscratchCnt=\count142
1034 \MPscratchDim=\dimen150
1035 \MPnumerator=\count143
1036 \makeMPintoPDFobject=\count144
1037 \everyMPtoPDFconversion=\toks28
1038 ) (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/epstopdf-base.sty
1039 Package: epstopdf-base 2010/02/09 v2.5 Base part for package epstopdf
1040 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/oberdiek/grfext.sty
1041 Package: grfext 2010/08/19 v1.1 Manage graphics extensions (HO)
1042 )
1043 Package grfext Info: Graphics extension search list:
1044 (grfext)             [.png,.pdf,.jpg,.mps,.jpeg,.jbig2,.jb2,.PNG,.PDF,.JPG,.JPE
1045 G,.JBIG2,.JB2,.eps]
1046 (grfext)             \AppendGraphicsExtensions on input line 452.
1047 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/latexconfig/epstopdf-sys.cfg
1048 File: epstopdf-sys.cfg 2010/07/13 v1.3 Configuration of (r)epstopdf for TeX Liv
1049 e
1050 ))
1051 \c@lstlisting=\count145
1052 \AtBeginShipoutBox=\box63
1053 Package backref Info: ** backref set up for natbib ** on input line 49.
1054 Package hyperref Info: Link coloring ON on input line 49.
1055 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/hyperref/nameref.sty
1056 Package: nameref 2010/04/30 v2.40 Cross-referencing by name of section
1057 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/generic/oberdiek/gettitlestring.sty
1058 Package: gettitlestring 2010/12/03 v1.4 Cleanup title references (HO)
1059 )
1060 \c@section@level=\count146
1061 )
1062 LaTeX Info: Redefining \ref on input line 49.
1063 LaTeX Info: Redefining \pageref on input line 49.
1064 LaTeX Info: Redefining \nameref on input line 49.
1065 (./refman.out) (./refman.out)
1066 \@outlinefile=\write4
1067 \openout4 = `refman.out'.
1068
1069 \big@size=\dimen151
1070 Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `false' on input line 50.
1071 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1072 (Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 54.
1073 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1074 (Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 56.
1075 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1076 (Font)              scaled to size 8.09995pt on input line 58.
1077 [1
1078
1079
1080 {/var/lib/texmf/fonts/map/pdftex/updmap/pdftex.map}] [2
1081
1082 ]
1083 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1084 (Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
1085 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <24.88> not available
1086 (Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 63.
1087 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
1088 (Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
1089 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+phv on input line 63.
1090 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1phv.fd
1091 File: ot1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for OT1/phv.
1092 )
1093 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
1094 (Font)              scaled to size 22.39185pt on input line 63.
1095 (./refman.toc
1096 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <10> not available
1097 (Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 1.
1098 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
1099 (Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 1.
1100 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+ztmcm on input line 1.
1101
1102 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1ztmcm.fd
1103 File: ot1ztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OT1/ztmcm.
1104 )
1105 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OML+ztmcm on input line 1.
1106
1107 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omlztmcm.fd
1108 File: omlztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OML/ztmcm.
1109 )
1110 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMS+ztmcm on input line 1.
1111
1112 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omsztmcm.fd
1113 File: omsztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OMS/ztmcm.
1114 )
1115 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OMX+ztmcm on input line 1.
1116
1117 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/omxztmcm.fd
1118 File: omxztmcm.fd 2000/01/03 Fontinst v1.801 font definitions for OMX/ztmcm.
1119 )
1120 LaTeX Font Info:    Try loading font information for OT1+ptm on input line 1.
1121 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ot1ptm.fd
1122 File: ot1ptm.fd 2001/06/04 font definitions for OT1/ptm.
1123 )
1124 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <10> not available
1125 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
1126 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <7.4> not available
1127 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
1128 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <6> not available
1129 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 1.
1130 [1
1131
1132 ]
1133 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <7> not available
1134 (Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 68.
1135 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
1136 (Font)              scaled to size 6.29996pt on input line 68.
1137 [2] [3] [4] [5] [6] [7]
1138 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 279--279
1139  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1140 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
1141  []
1142
1143
1144 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 280--280
1145  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1146 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
1147  []
1148
1149
1150 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 281--281
1151  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1152 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1153  []
1154
1155
1156 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 285--285
1157  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1158 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1159  []
1160
1161
1162 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 290--290
1163  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1164 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1165  []
1166
1167
1168 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 292--292
1169  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1170 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1171  []
1172
1173
1174 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 294--294
1175  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1176 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/dist-
1177  []
1178
1179
1180 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 299--299
1181  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1182 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1183  []
1184
1185 [8]
1186 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 301--301
1187  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1188 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/edit-
1189  []
1190
1191
1192 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 303--303
1193  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1194 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1195  []
1196
1197
1198 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 314--314
1199  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1200 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1201  []
1202
1203
1204 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 320--320
1205  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1206 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1207  []
1208
1209
1210 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 335--335
1211  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1212 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold-
1213  []
1214
1215 [9]
1216 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 358--358
1217  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1218 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1219  []
1220
1221
1222 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 365--365
1223  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1224 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1225  []
1226
1227
1228 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 367--367
1229  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1230 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-
1231  []
1232
1233
1234 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 369--369
1235  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1236 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1237  []
1238
1239 [10]
1240 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 378--378
1241  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1242 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-L-
1243  []
1244
1245
1246 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 382--382
1247  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1248 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-M-E-
1249  []
1250
1251
1252 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 386--386
1253  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1254 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1255  []
1256
1257
1258 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 388--388
1259  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1260 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1261  []
1262
1263
1264 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 389--389
1265  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1266 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1267  []
1268
1269
1270 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 390--390
1271  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1272 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1273  []
1274
1275
1276 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 398--398
1277  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1278 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1279  []
1280
1281
1282 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 403--403
1283  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1284 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1285  []
1286
1287
1288 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 405--405
1289  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1290 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/plot-
1291  []
1292
1293 [11]
1294 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 416--416
1295  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1296 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1297  []
1298
1299
1300 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 422--422
1301  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1302 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-P-S-
1303  []
1304
1305
1306 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 434--434
1307  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1308 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1309  []
1310
1311
1312 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 435--435
1313  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1314 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-R-N-
1315  []
1316
1317 [12]
1318 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 448--448
1319  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1320 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1321  []
1322
1323
1324 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 453--453
1325  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1326 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1327  []
1328
1329
1330 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 455--455
1331  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1332 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1333  []
1334
1335
1336 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 461--461
1337  [][] [][][]\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/sec
1338 ure-git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-
1339  []
1340
1341 [13] [14]
1342 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <12> not available
1343 (Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 530.
1344 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
1345 (Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 530.
1346 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <12> not available
1347 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
1348 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <9> not available
1349 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
1350 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <7> not available
1351 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 530.
1352 )
1353 \tf@toc=\write5
1354 \openout5 = `refman.toc'.
1355
1356 [15] [16
1357
1358 ]
1359 Package hyperref Info: Option `pageanchor' set `true' on input line 66.
1360 Chapter 1.
1361 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1362 (Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
1363 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <20.74> not available
1364 (Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 67.
1365 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
1366 (Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
1367 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
1368 (Font)              scaled to size 18.66588pt on input line 67.
1369 (./index.tex
1370 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
1371 (Font)              scaled to size 10.79993pt on input line 6.
1372 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
1373 (Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 13.
1374 LaTeX Font Info:    Try loading font information for TS1+phv on input line 26.
1375 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/ts1phv.fd
1376 File: ts1phv.fd 2001/06/04 scalable font definitions for TS1/phv.
1377 )
1378 LaTeX Font Info:    Font shape `TS1/phv/m/n' will be
1379 (Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 26.
1380 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/bx/n' in size <14.4> not available
1381 (Font)              Font shape `T1/phv/b/n' tried instead on input line 29.
1382 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/b/n' will be
1383 (Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 29.
1384 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/n' will be
1385 (Font)              scaled to size 12.9599pt on input line 29.
1386 LaTeX Font Info:    Try loading font information for T1+pcr on input line 34.
1387 (/usr/share/texlive/texmf-dist/tex/latex/psnfss/t1pcr.fd
1388 File: t1pcr.fd 2001/06/04 font definitions for T1/pcr.
1389 )) [1
1390
1391 ] [2
1392
1393 ]
1394 Chapter 2.
1395 (./mp_parse.tex
1396 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/it' in size <10> not available
1397 (Font)              Font shape `T1/phv/m/sl' tried instead on input line 3.
1398 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/sl' will be
1399 (Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 3.
1400 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1401 (Font)              scaled to size 7.19995pt on input line 9.
1402 [3]) [4]
1403 Chapter 3.
1404 (./mp_utils.tex) [5
1405
1406 ] [6
1407
1408 ]
1409 Chapter 4.
1410 (./mp_example.tex
1411 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/n' will be
1412 (Font)              scaled to size 6.29996pt on input line 4.
1413 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/ptm/bx/n' in size <5> not available
1414 (Font)              Font shape `OT1/ptm/b/n' tried instead on input line 56.
1415 [7]) [8]
1416 Chapter 5.
1417 (./deprecated.tex [9
1418
1419 ]) [10]
1420 Chapter 6.
1421 (./modules.tex [11
1422
1423 ]) [12]
1424 Chapter 7.
1425 (./annotated.tex [13
1426
1427 ]) [14]
1428 Chapter 8.
1429 (./files.tex
1430
1431 LaTeX Warning: Reference `mainpage_8h' on page 15 undefined on input line 3.
1432
1433
1434 LaTeX Warning: Reference `ali__plex_8h' on page 15 undefined on input line 6.
1435
1436
1437 LaTeX Warning: Reference `aln__util_8h' on page 15 undefined on input line 8.
1438
1439
1440 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 10--10
1441  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1442 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]convert-_-
1443  []
1444
1445
1446 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--11
1447  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1448 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
1449  []
1450
1451
1452 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 12--12
1453  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1454 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]dist-_-vars.-
1455  []
1456
1457
1458 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 14--14
1459  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1460 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]edit-_-
1461  []
1462
1463
1464 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--15
1465  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1466 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]energy-_-
1467  []
1468
1469
1470 LaTeX Warning: Reference `energy__par_8h' on page 15 undefined on input line 16
1471 .
1472
1473
1474 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
1475  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1476 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 energy-_-
1477  []
1478
1479
1480 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--19
1481  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1482 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]fold-_-
1483  []
1484
1485
1486 Underfull \vbox (badness 3250) has occurred while \output is active []
1487
1488 [15
1489
1490 ]
1491 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--23
1492  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1493 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]loop-_-
1494  []
1495
1496
1497 LaTeX Warning: Reference `move__set_8h' on page 16 undefined on input line 27.
1498
1499
1500 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 27--27
1501  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1502 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 move-_-
1503  []
1504
1505
1506 LaTeX Warning: Reference `pair__mat_8h' on page 16 undefined on input line 29.
1507
1508
1509 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--29
1510  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1511 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 pair-_-
1512  []
1513
1514
1515 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 31--31
1516  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1517 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-
1518  []
1519
1520
1521 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 32--32
1522  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1523 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-func-
1524  []
1525
1526
1527 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
1528  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1529 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]part-_-func-
1530  []
1531
1532
1533 LaTeX Warning: Reference `PKplex_8h' on page 16 undefined on input line 34.
1534
1535
1536 LaTeX Warning: Reference `plex_8h' on page 16 undefined on input line 35.
1537
1538
1539 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 36--36
1540  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1541 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]plot-_-
1542  []
1543
1544
1545 LaTeX Warning: Reference `ProfileAln_8h' on page 16 undefined on input line 37.
1546
1547
1548
1549 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
1550  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1551 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 Profile-
1552  []
1553
1554
1555 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
1556  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1557 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]read-_-
1558  []
1559
1560
1561 LaTeX Warning: Reference `ribo_8h' on page 16 undefined on input line 41.
1562
1563
1564 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 42--42
1565  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1566 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]R-N-
1567  []
1568
1569
1570 LaTeX Warning: Reference `snofold_8h' on page 16 undefined on input line 43.
1571
1572
1573 LaTeX Warning: Reference `snoop_8h' on page 16 undefined on input line 44.
1574
1575
1576 LaTeX Warning: Reference `svm__utils_8h' on page 16 undefined on input line 47.
1577
1578
1579
1580 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 47--47
1581  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1582 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/\T1/phv/b/n/10 svm-_-
1583  []
1584
1585
1586 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
1587  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1588 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/[][]1.-8.-4-_-
1589  []
1590
1591 [16]
1592 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--51
1593  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1594 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/[][]1.-8.-4-_-
1595  []
1596
1597
1598 LaTeX Warning: Reference `intl11_8h' on page 17 undefined on input line 52.
1599
1600
1601 LaTeX Warning: Reference `intl11dH_8h' on page 17 undefined on input line 53.
1602
1603
1604 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--53
1605  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1606 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl11d-
1607  []
1608
1609
1610 LaTeX Warning: Reference `intl21_8h' on page 17 undefined on input line 54.
1611
1612
1613 LaTeX Warning: Reference `intl21dH_8h' on page 17 undefined on input line 55.
1614
1615
1616 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
1617  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1618 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl21d-
1619  []
1620
1621
1622 LaTeX Warning: Reference `intl22_8h' on page 17 undefined on input line 56.
1623
1624
1625 LaTeX Warning: Reference `intl22dH_8h' on page 17 undefined on input line 57.
1626
1627
1628 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--57
1629  [][] \T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-g
1630 it/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/\T1/phv/b/n/10 intl22d-
1631  []
1632
1633
1634 LaTeX Warning: Reference `list_8h' on page 17 undefined on input line 58.
1635
1636 ) [17] [18
1637
1638 ]
1639 Chapter 9.
1640 (./group__folding__routines.tex <group__folding__routines.pdf, id=3335, 399.492
1641 5pt x 588.1975pt>
1642 File: group__folding__routines.pdf Graphic file (type pdf)
1643 <use group__folding__routines.pdf>
1644 Package pdftex.def Info: group__folding__routines.pdf used on input line 14.
1645 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 515.35365pt.
1646
1647 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
1648
1649 [19]
1650 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/it' in size <9> not available
1651 (Font)              Font shape `T1/phv/m/sl' tried instead on input line 21.
1652 LaTeX Font Info:    Font shape `T1/phv/m/sl' will be
1653 (Font)              scaled to size 8.09995pt on input line 21.
1654 [20 <./group__folding__routines.pdf>]) [21]
1655 \openout2 = `group__mfe__fold.aux'.
1656
1657 (./group__mfe__fold.tex <group__mfe__fold.pdf, id=3386, 584.1825pt x 262.9825pt
1658 >
1659 File: group__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1660 <use group__mfe__fold.pdf>
1661 Package pdftex.def Info: group__mfe__fold.pdf used on input line 14.
1662 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 157.566pt.
1663 [22
1664
1665  <./group__mfe__fold.pdf>]
1666 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/it' in size <10> not available
1667 (Font)              Font shape `OT1/phv/bc/sl' tried instead on input line 67.
1668 LaTeX Font Info:    Font shape `OT1/phv/bc/sl' will be
1669 (Font)              scaled to size 8.99994pt on input line 67.
1670
1671 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 104
1672  []
1673
1674 [23]
1675 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 133
1676  []
1677
1678
1679 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 162
1680  []
1681
1682 ) [24]
1683 \openout2 = `group__pf__fold.aux'.
1684
1685 (./group__pf__fold.tex <group__pf__fold.pdf, id=3473, 570.13pt x 497.86pt>
1686 File: group__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1687 <use group__pf__fold.pdf>
1688 Package pdftex.def Info: group__pf__fold.pdf used on input line 14.
1689 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 305.63132pt.
1690 [25
1691
1692
1693  <./group__pf__fold.pdf>] [26]
1694 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 114
1695  []
1696
1697 [27]
1698 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 152
1699  []
1700
1701
1702 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 188
1703  []
1704
1705
1706 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
1707
1708 [28] [29]
1709 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 286
1710  []
1711
1712
1713 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 326
1714  []
1715
1716 [30]
1717 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 351
1718  []
1719
1720
1721 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 382
1722  []
1723
1724 ) [31]
1725 \openout2 = `group__mea__fold.aux'.
1726
1727 (./group__mea__fold.tex <group__mea__fold.pdf, id=3624, 393.47pt x 124.465pt>
1728 File: group__mea__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1729 <use group__mea__fold.pdf>
1730 Package pdftex.def Info: group__mea__fold.pdf used on input line 9.
1731 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 110.71272pt.
1732 ) [32
1733
1734
1735  <./group__mea__fold.pdf>]
1736 \openout2 = `group__centroid__fold.aux'.
1737
1738 (./group__centroid__fold.tex <group__centroid__fold.pdf, id=3637, 379.4175pt x
1739 112.42pt>
1740 File: group__centroid__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1741 <use group__centroid__fold.pdf>
1742 Package pdftex.def Info: group__centroid__fold.pdf used on input line 9.
1743 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 103.70554pt.
1744
1745 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 52
1746  []
1747
1748 [33
1749
1750
1751  <./group__centroid__fold.pdf>]
1752 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
1753  []
1754
1755 ) [34]
1756 \openout2 = `group__subopt__fold.aux'.
1757
1758 (./group__subopt__fold.tex <group__subopt__fold.pdf, id=3666, 523.9575pt x 236.
1759 885pt>
1760 File: group__subopt__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1761 <use group__subopt__fold.pdf>
1762 Package pdftex.def Info: group__subopt__fold.pdf used on input line 9.
1763 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 158.24222pt.
1764 ) [35
1765
1766
1767  <./group__subopt__fold.pdf>]
1768 \openout2 = `group__subopt__zuker.aux'.
1769
1770 (./group__subopt__zuker.tex <group__subopt__zuker.pdf, id=3688, 349.305pt x 124
1771 .465pt>
1772 File: group__subopt__zuker.pdf Graphic file (type pdf)
1773 <use group__subopt__zuker.pdf>
1774 Package pdftex.def Info: group__subopt__zuker.pdf used on input line 9.
1775 (pdftex.def)             Requested size: 348.0pt x 124.00699pt.
1776
1777 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 43
1778  []
1779
1780 ) [36
1781
1782
1783  <./group__subopt__zuker.pdf>]
1784 \openout2 = `group__subopt__wuchty.aux'.
1785
1786 (./group__subopt__wuchty.tex <group__subopt__wuchty.pdf, id=3710, 349.305pt x 1
1787 24.465pt>
1788 File: group__subopt__wuchty.pdf Graphic file (type pdf)
1789 <use group__subopt__wuchty.pdf>
1790 Package pdftex.def Info: group__subopt__wuchty.pdf used on input line 9.
1791 (pdftex.def)             Requested size: 348.0pt x 124.00699pt.
1792
1793 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
1794  []
1795
1796 [37
1797
1798
1799  <./group__subopt__wuchty.pdf>]
1800 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 93
1801  []
1802
1803 ) [38]
1804 \openout2 = `group__subopt__stochbt.aux'.
1805
1806 (./group__subopt__stochbt.tex <group__subopt__stochbt.pdf, id=3749, 536.0025pt
1807 x 186.6975pt>
1808 File: group__subopt__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
1809 <use group__subopt__stochbt.pdf>
1810 Package pdftex.def Info: group__subopt__stochbt.pdf used on input line 9.
1811 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 121.91028pt.
1812
1813 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 57
1814  []
1815
1816 [39
1817
1818
1819  <./group__subopt__stochbt.pdf>]
1820 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 81
1821  []
1822
1823 ) [40]
1824 \openout2 = `group__cofold.aux'.
1825
1826 (./group__cofold.tex <group__cofold.pdf, id=3788, 525.965pt x 248.93pt>
1827 File: group__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
1828 <use group__cofold.pdf>
1829 Package pdftex.def Info: group__cofold.pdf used on input line 14.
1830 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 165.65411pt.
1831 ) [41
1832
1833
1834  <./group__cofold.pdf>]
1835 \openout2 = `group__mfe__cofold.aux'.
1836
1837 (./group__mfe__cofold.tex <group__mfe__cofold.pdf, id=3816, 375.4025pt x 174.65
1838 25pt>
1839 File: group__mfe__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
1840 <use group__mfe__cofold.pdf>
1841 Package pdftex.def Info: group__mfe__cofold.pdf used on input line 9.
1842 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 162.84354pt.
1843
1844 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 61
1845  []
1846
1847
1848 Overfull \vbox (18.034pt too high) has occurred while \output is active []
1849
1850 [42
1851
1852
1853  <./group__mfe__cofold.pdf>]
1854 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 103
1855  []
1856
1857
1858 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 139
1859  []
1860
1861 ) [43]
1862 \openout2 = `group__pf__cofold.aux'.
1863
1864 (./group__pf__cofold.tex <group__pf__cofold.pdf, id=3857, 363.3575pt x 174.6525
1865 pt>
1866 File: group__pf__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
1867 <use group__pf__cofold.pdf>
1868 Package pdftex.def Info: group__pf__cofold.pdf used on input line 14.
1869 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 168.23746pt.
1870 [44
1871
1872
1873  <./group__pf__cofold.pdf>]
1874 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
1875  []
1876
1877
1878 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 119
1879  []
1880
1881 [45]
1882 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 166
1883  []
1884
1885 [46]
1886 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 190
1887  []
1888
1889
1890 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 226
1891  []
1892
1893
1894 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 259
1895  []
1896
1897 ) [47]
1898 \openout2 = `group__up__cofold.aux'.
1899
1900 (./group__up__cofold.tex <group__up__cofold.pdf, id=3951, 397.485pt x 174.6525p
1901 t>
1902 File: group__up__cofold.pdf Graphic file (type pdf)
1903 <use group__up__cofold.pdf>
1904 Package pdftex.def Info: group__up__cofold.pdf used on input line 14.
1905 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 153.79327pt.
1906 [48
1907
1908
1909  <./group__up__cofold.pdf>]
1910 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
1911  []
1912
1913
1914 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 109
1915  []
1916
1917 ) [49]
1918 \openout2 = `group__consensus__fold.aux'.
1919
1920 (./group__consensus__fold.tex <group__consensus__fold.pdf, id=4005, 564.1075pt
1921 x 299.1175pt>
1922 File: group__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1923 <use group__consensus__fold.pdf>
1924 Package pdftex.def Info: group__consensus__fold.pdf used on input line 14.
1925 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.58784pt.
1926 [50
1927
1928
1929  <./group__consensus__fold.pdf>]
1930 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 88
1931  []
1932
1933
1934 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 116
1935  []
1936
1937 [51]
1938 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 155
1939  []
1940
1941
1942 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 194
1943  []
1944
1945
1946 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 230
1947  []
1948
1949
1950 Overfull \vbox (15.12947pt too high) has occurred while \output is active []
1951
1952 [52]
1953 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 277
1954  []
1955
1956 ) [53]
1957 \openout2 = `group__consensus__mfe__fold.aux'.
1958
1959 (./group__consensus__mfe__fold.tex <group__consensus__mfe__fold.pdf, id=4078, 3
1960 95.4775pt x 162.6075pt>
1961 File: group__consensus__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1962 <use group__consensus__mfe__fold.pdf>
1963 Package pdftex.def Info: group__consensus__mfe__fold.pdf used on input line 9.
1964 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 143.91135pt.
1965
1966 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 50
1967  []
1968
1969 [54
1970
1971
1972  <./group__consensus__mfe__fold.pdf>]
1973 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
1974  []
1975
1976 ) [55]
1977 \openout2 = `group__consensus__pf__fold.aux'.
1978
1979 (./group__consensus__pf__fold.tex <group__consensus__pf__fold.pdf, id=4106, 405
1980 .515pt x 162.6075pt>
1981 File: group__consensus__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
1982 <use group__consensus__pf__fold.pdf>
1983 Package pdftex.def Info: group__consensus__pf__fold.pdf used on input line 9.
1984 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 140.35085pt.
1985
1986 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 58
1987  []
1988
1989 [56
1990
1991
1992  <./group__consensus__pf__fold.pdf>]
1993 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 83
1994  []
1995
1996
1997 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 104
1998  []
1999
2000 ) [57]
2001 \openout2 = `group__consensus__stochbt.aux'.
2002
2003 (./group__consensus__stochbt.tex <group__consensus__stochbt.pdf, id=4146, 399.4
2004 925pt x 162.6075pt>
2005 File: group__consensus__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
2006 <use group__consensus__stochbt.pdf>
2007 Package pdftex.def Info: group__consensus__stochbt.pdf used on input line 9.
2008 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 142.46977pt.
2009
2010 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 40
2011  []
2012
2013 ) [58
2014
2015
2016  <./group__consensus__stochbt.pdf>]
2017 \openout2 = `group__local__fold.aux'.
2018
2019 (./group__local__fold.tex <group__local__fold.pdf, id=4163, 501.875pt x 236.885
2020 pt>
2021 File: group__local__fold.pdf Graphic file (type pdf)
2022 <use group__local__fold.pdf>
2023 Package pdftex.def Info: group__local__fold.pdf used on input line 9.
2024 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 165.2075pt.
2025 ) [59
2026
2027
2028  <./group__local__fold.pdf>]
2029 \openout2 = `group__local__mfe__fold.aux'.
2030
2031 (./group__local__mfe__fold.tex <group__local__mfe__fold.pdf, id=4183, 383.4325p
2032 t x 174.6525pt>
2033 File: group__local__mfe__fold.pdf Graphic file (type pdf)
2034 <use group__local__mfe__fold.pdf>
2035 Package pdftex.def Info: group__local__mfe__fold.pdf used on input line 9.
2036 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 159.43237pt.
2037
2038 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 48
2039  []
2040
2041
2042 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
2043  []
2044
2045 ) [60
2046
2047
2048  <./group__local__mfe__fold.pdf>]
2049 \openout2 = `group__local__pf__fold.aux'.
2050
2051 (./group__local__pf__fold.tex <group__local__pf__fold.pdf, id=4205, 379.4175pt
2052 x 174.6525pt>
2053 File: group__local__pf__fold.pdf Graphic file (type pdf)
2054 <use group__local__pf__fold.pdf>
2055 Package pdftex.def Info: group__local__pf__fold.pdf used on input line 9.
2056 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 161.11397pt.
2057
2058 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 48
2059  []
2060
2061 [61
2062
2063
2064  <./group__local__pf__fold.pdf>]
2065 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 91
2066  []
2067
2068
2069 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 124
2070  []
2071
2072
2073 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 154
2074  []
2075
2076 ) [62]
2077 \openout2 = `group__local__consensus__fold.aux'.
2078
2079 (./group__local__consensus__fold.tex <group__local__consensus__fold.pdf, id=424
2080 8, 379.4175pt x 174.6525pt>
2081 File: group__local__consensus__fold.pdf Graphic file (type pdf)
2082 <use group__local__consensus__fold.pdf>
2083 Package pdftex.def Info: group__local__consensus__fold.pdf used on input line 9
2084 .
2085 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 161.11397pt.
2086
2087 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 40
2088  []
2089
2090 ) [63
2091
2092
2093  <./group__local__consensus__fold.pdf>]
2094 \openout2 = `group__energy__parameters.aux'.
2095
2096 (./group__energy__parameters.tex <group__energy__parameters.pdf, id=4265, 540.0
2097 175pt x 124.465pt>
2098 File: group__energy__parameters.pdf Graphic file (type pdf)
2099 <use group__energy__parameters.pdf>
2100 Package pdftex.def Info: group__energy__parameters.pdf used on input line 14.
2101 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 80.67148pt.
2102 [64
2103
2104
2105  <./group__energy__parameters.pdf>]
2106 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 92
2107  []
2108
2109 [65]
2110 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 136
2111  []
2112
2113
2114 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 158
2115  []
2116
2117 ) [66]
2118 \openout2 = `group__energy__parameters__rw.aux'.
2119
2120 (./group__energy__parameters__rw.tex <group__energy__parameters__rw.pdf, id=433
2121 5, 552.0625pt x 124.465pt>
2122 File: group__energy__parameters__rw.pdf Graphic file (type pdf)
2123 <use group__energy__parameters__rw.pdf>
2124 Package pdftex.def Info: group__energy__parameters__rw.pdf used on input line 1
2125 4.
2126 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 78.91284pt.
2127
2128 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 55
2129  []
2130
2131 [67
2132
2133
2134  <./group__energy__parameters__rw.pdf>]
2135 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 71
2136  []
2137
2138 ) [68]
2139 \openout2 = `group__energy__parameters__convert.aux'.
2140
2141 (./group__energy__parameters__convert.tex <group__energy__parameters__convert.p
2142 df, id=4376, 391.4625pt x 112.42pt>
2143 File: group__energy__parameters__convert.pdf Graphic file (type pdf)
2144 <use group__energy__parameters__convert.pdf>
2145 Package pdftex.def Info: group__energy__parameters__convert.pdf used on input l
2146 ine 14.
2147 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 100.51834pt.
2148 [69
2149
2150
2151  <./group__energy__parameters__convert.pdf>] [70] [71]
2152 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 186
2153  []
2154
2155 ) [72]
2156 \openout2 = `group__eval.aux'.
2157
2158 (./group__eval.tex <group__eval.pdf, id=4488, 337.26pt x 112.42pt>
2159 File: group__eval.pdf Graphic file (type pdf)
2160 <use group__eval.pdf>
2161 Package pdftex.def Info: group__eval.pdf used on input line 14.
2162 (pdftex.def)             Requested size: 336.0pt x 112.00288pt.
2163 [73
2164
2165
2166  <./group__eval.pdf>]
2167 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 73
2168  []
2169
2170
2171 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 106
2172  []
2173
2174 [74]
2175 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 139
2176  []
2177
2178
2179 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 172
2180  []
2181
2182
2183 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 211
2184  []
2185
2186 [75]
2187 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 250
2188  []
2189
2190 ) [76]
2191 \openout2 = `group__inverse__fold.aux'.
2192
2193 (./group__inverse__fold.tex <group__inverse__fold.pdf, id=4555, 371.3875pt x 11
2194 2.42pt>
2195 File: group__inverse__fold.pdf Graphic file (type pdf)
2196 <use group__inverse__fold.pdf>
2197 Package pdftex.def Info: group__inverse__fold.pdf used on input line 9.
2198 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 105.94756pt.
2199 [77
2200
2201
2202  <./group__inverse__fold.pdf>]
2203 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 62
2204  []
2205
2206
2207 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 86
2208  []
2209
2210 ) [78]
2211 \openout2 = `group__class__fold.aux'.
2212
2213 (./group__class__fold.tex <group__class__fold.pdf, id=4602, 544.0325pt x 162.60
2214 75pt>
2215 File: group__class__fold.pdf Graphic file (type pdf)
2216 <use group__class__fold.pdf>
2217 Package pdftex.def Info: group__class__fold.pdf used on input line 9.
2218 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 104.61678pt.
2219 ) [79
2220
2221
2222  <./group__class__fold.pdf>]
2223 \openout2 = `group__kl__neighborhood.aux'.
2224
2225 (./group__kl__neighborhood.tex <group__kl__neighborhood.pdf, id=4628, 572.1375p
2226 t x 236.885pt>
2227 File: group__kl__neighborhood.pdf Graphic file (type pdf)
2228 <use group__kl__neighborhood.pdf>
2229 Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood.pdf used on input line 14.
2230 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 144.9117pt.
2231 ) [80
2232
2233
2234  <./group__kl__neighborhood.pdf>]
2235 \openout2 = `group__kl__neighborhood__mfe.aux'.
2236
2237 (./group__kl__neighborhood__mfe.tex <group__kl__neighborhood__mfe.pdf, id=4654,
2238  437.635pt x 162.6075pt>
2239 File: group__kl__neighborhood__mfe.pdf Graphic file (type pdf)
2240 <use group__kl__neighborhood__mfe.pdf>
2241 Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__mfe.pdf used on input line 14
2242 .
2243 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 130.04648pt.
2244 [81
2245
2246
2247  <./group__kl__neighborhood__mfe.pdf>]
2248 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 71
2249  []
2250
2251
2252 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 95
2253  []
2254
2255
2256 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 124
2257  []
2258
2259
2260 Overfull \vbox (6.97314pt too high) has occurred while \output is active []
2261
2262 [82]
2263 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 155
2264  []
2265
2266 ) [83]
2267 \openout2 = `group__kl__neighborhood__pf.aux'.
2268
2269 (./group__kl__neighborhood__pf.tex <group__kl__neighborhood__pf.pdf, id=4716, 4
2270 01.5pt x 162.6075pt>
2271 File: group__kl__neighborhood__pf.pdf Graphic file (type pdf)
2272 <use group__kl__neighborhood__pf.pdf>
2273 Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__pf.pdf used on input line 14.
2274
2275 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 141.76016pt.
2276
2277 Underfull \hbox (badness 963) in paragraph at lines 28--28
2278 []\T1/phv/m/sl/9 Get the datas-truc-ture con-tain-ing all nec-es-sary at-tribut
2279 es and global fold-ing switches from a pre-filled mfe-
2280  []
2281
2282 [84
2283
2284
2285  <./group__kl__neighborhood__pf.pdf>]
2286 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 65
2287  []
2288
2289
2290 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 89
2291  []
2292
2293
2294 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 113
2295  []
2296
2297 [85]
2298 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 140
2299  []
2300
2301 ) [86]
2302 \openout2 = `group__kl__neighborhood__stochbt.aux'.
2303
2304 (./group__kl__neighborhood__stochbt.tex <group__kl__neighborhood__stochbt.pdf,
2305 id=4774, 417.56pt x 162.6075pt>
2306 File: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf Graphic file (type pdf)
2307 <use group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>
2308 Package pdftex.def Info: group__kl__neighborhood__stochbt.pdf used on input lin
2309 e 14.
2310 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 136.3065pt.
2311
2312 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 59
2313  []
2314
2315 [87
2316
2317
2318  <./group__kl__neighborhood__stochbt.pdf>]
2319 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 98
2320  []
2321
2322 ) [88]
2323 \openout2 = `group__dos.aux'.
2324
2325 (./group__dos.tex <group__dos.pdf, id=4806, 321.2pt x 112.42pt>
2326 File: group__dos.pdf Graphic file (type pdf)
2327 <use group__dos.pdf>
2328 Package pdftex.def Info: group__dos.pdf used on input line 9.
2329 (pdftex.def)             Requested size: 320.0pt x 112.00288pt.
2330 ) [89
2331
2332
2333  <./group__dos.pdf>]
2334 \openout2 = `group__parse.aux'.
2335
2336 (./group__parse.tex) [90
2337
2338
2339 ]
2340 Chapter 10.
2341 (./structbondT.tex
2342 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2343 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2344 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2345  []
2346
2347 ) (./structbondTEn.tex
2348 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2349 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2350 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2351  []
2352
2353 ) (./structcofoldF.tex [91
2354
2355
2356 ]
2357 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 26--26
2358 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2359 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2360  []
2361
2362 ) (./structConcEnt.tex
2363 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 20--20
2364 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2365 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2366  []
2367
2368 ) (./structconstrain.tex
2369 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2370 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2371 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2372  []
2373
2374 ) (./structCOORDINATE.tex
2375 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2376 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2377 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2378  []
2379
2380 ) (./structcpair.tex [92]
2381 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2382 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2383 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2384  []
2385
2386 ) (./structduplexT.tex
2387 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
2388 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2389 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2390  []
2391
2392 ) (./structdupVar.tex
2393 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
2394 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2395 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2396  []
2397
2398 ) (./structfolden.tex
2399 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
2400 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2401 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2402  []
2403
2404 ) (./structinteract.tex [93]
2405 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 38--38
2406 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2407 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2408  []
2409
2410 ) (./structintermediate__t.tex <structintermediate__t__coll__graph.pdf, id=4916
2411 , 158.5925pt x 172.645pt>
2412 File: structintermediate__t__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2413 <use structintermediate__t__coll__graph.pdf>
2414 Package pdftex.def Info: structintermediate__t__coll__graph.pdf used on input l
2415 ine 11.
2416 (pdftex.def)             Requested size: 158.0pt x 172.01494pt.
2417
2418 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 33--33
2419 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2420 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2421  []
2422
2423 ) (./structINTERVAL.tex [94 <./structintermediate__t__coll__graph.pdf>]
2424 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2425 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2426 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2427  []
2428
2429 ) (./structLIST.tex <structLIST__coll__graph.pdf, id=4946, 197.73875pt x 196.73
2430 5pt>
2431 File: structLIST__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2432 <use structLIST__coll__graph.pdf>
2433 Package pdftex.def Info: structLIST__coll__graph.pdf used on input line 11.
2434 (pdftex.def)             Requested size: 197.0pt x 196.00201pt.
2435 ) (./structLST__BUCKET.tex <structLST__BUCKET__coll__graph.pdf, id=4947, 197.73
2436 875pt x 102.3825pt>
2437 File: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2438 <use structLST__BUCKET__coll__graph.pdf>
2439 Package pdftex.def Info: structLST__BUCKET__coll__graph.pdf used on input line
2440 11.
2441 (pdftex.def)             Requested size: 197.0pt x 102.00105pt.
2442 ) (./structmodel__detailsT.tex [95 <./structLIST__coll__graph.pdf> <./structLST
2443 __BUCKET__coll__graph.pdf
2444
2445 pdfTeX warning: pdflatex (file ./structLST__BUCKET__coll__graph.pdf): PDF inclu
2446 sion: multiple pdfs with page group included in a single page
2447 >]
2448 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--55
2449 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2450 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2451  []
2452
2453 ) (./structmove__t.tex
2454 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
2455 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2456 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2457  []
2458
2459 ) (./structPAIR.tex [96]
2460 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2461 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2462 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2463  []
2464
2465 ) (./structpair__info.tex
2466 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 48--48
2467 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2468 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2469  []
2470
2471 ) (./structpairpro.tex <structpairpro__coll__graph.pdf, id=5002, 126.4725pt x 2
2472 20.825pt>
2473 File: structpairpro__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2474 <use structpairpro__coll__graph.pdf>
2475 Package pdftex.def Info: structpairpro__coll__graph.pdf used on input line 11.
2476 (pdftex.def)             Requested size: 126.0pt x 220.00565pt.
2477 [97]
2478 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 18--18
2479 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2480 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2481  []
2482
2483 ) (./structparamT.tex <structparamT__coll__graph.pdf, id=5018, 183.68625pt x 17
2484 2.645pt>
2485 File: structparamT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2486 <use structparamT__coll__graph.pdf>
2487 Package pdftex.def Info: structparamT__coll__graph.pdf used on input line 16.
2488 (pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 172.01231pt.
2489 [98 <./structpairpro__coll__graph.pdf> <./structparamT__coll__graph.pdf
2490
2491 pdfTeX warning: pdflatex (file ./structparamT__coll__graph.pdf): PDF inclusion:
2492  multiple pdfs with page group included in a single page
2493 >]
2494 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--35
2495 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2496 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2497  []
2498
2499 ) (./structpath__t.tex
2500 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
2501 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2502 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2503  []
2504
2505 ) (./structpf__paramT.tex <structpf__paramT__coll__graph.pdf, id=5046, 183.6862
2506 5pt x 172.645pt>
2507 File: structpf__paramT__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2508 <use structpf__paramT__coll__graph.pdf>
2509 Package pdftex.def Info: structpf__paramT__coll__graph.pdf used on input line 1
2510 6.
2511 (pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 172.01231pt.
2512 [99 <./structpf__paramT__coll__graph.pdf>]
2513 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 50--50
2514 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2515 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2516  []
2517
2518 ) (./structplist.tex
2519 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2520 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2521 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2522  []
2523
2524 ) (./structPostorder__list.tex) (./structpu__contrib.tex [100]
2525 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
2526 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2527 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2528  []
2529
2530 ) (./structpu__out.tex
2531 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 34--34
2532 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2533 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2534  []
2535
2536 ) (./structsect.tex
2537 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 16--16
2538 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2539 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2540  []
2541
2542 ) (./structsnoopT.tex [101]
2543 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 8--8
2544 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2545 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2546  []
2547
2548 ) (./structSOLUTION.tex
2549 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--25
2550 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2551 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2552  []
2553
2554 ) (./structstruct__en.tex) (./structsvm__model.tex) (./structswString.tex) (./s
2555 tructTree.tex <structTree__coll__graph.pdf, id=5124, 177.66376pt x 172.645pt>
2556 File: structTree__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2557 <use structTree__coll__graph.pdf>
2558 Package pdftex.def Info: structTree__coll__graph.pdf used on input line 11.
2559 (pdftex.def)             Requested size: 177.0pt x 172.00441pt.
2560 [102]) (./structTwoDfold__solution.tex
2561 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 40--40
2562 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2563 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2564  []
2565
2566 [103 <./structTree__coll__graph.pdf>]) (./structTwoDfold__vars.tex <structTwoDf
2567 old__vars__coll__graph.pdf, id=5161, 183.68625pt x 242.9075pt>
2568 File: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2569 <use structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>
2570 Package pdftex.def Info: structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf used on input li
2571 ne 16.
2572 (pdftex.def)             Requested size: 183.0pt x 242.01733pt.
2573 [104 <./structTwoDfold__vars__coll__graph.pdf>]
2574 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--73
2575 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2576 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2577  []
2578
2579 ) (./structTwoDpfold__solution.tex
2580 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--37
2581 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2582 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2583  []
2584
2585 ) (./structTwoDpfold__vars.tex [105] <structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf, i
2586 d=5223, 184.69pt x 242.9075pt>
2587 File: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf Graphic file (type pdf)
2588 <use structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>
2589 Package pdftex.def Info: structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf used on input l
2590 ine 16.
2591 (pdftex.def)             Requested size: 184.0pt x 242.0025pt.
2592 [106 <./structTwoDpfold__vars__coll__graph.pdf>]
2593 Underfull \hbox (badness 6641) in paragraph at lines 64--65
2594 [][][]\T1/phv/m/n/10 get-_--Two-Dpfold-_-variables()[][], [][]get-_--Two-Dpfold
2595 -_-variables-_-from-_--M-F-E()[][], [][]destroy-_--Two-Dpfold-_-variables()[][]
2596 , [][]Two-
2597  []
2598
2599
2600 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 70--70
2601 []\T1/phv/m/n/10 /home/asherstnev/-Projects/-Java.-projects/jabaws/secure-git/d
2602 evelop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/[][]data-_-
2603  []
2604
2605 ) [107] [108
2606
2607 ]
2608 Chapter 11.
2609 (./2Dfold_8h.tex
2610 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2611 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2612 t/develop/binaries/src/-
2613  []
2614
2615 <2Dfold_8h__incl.pdf, id=5277, 250.9375pt x 313.17pt>
2616 File: 2Dfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2617 <use 2Dfold_8h__incl.pdf>
2618 Package pdftex.def Info: 2Dfold_8h__incl.pdf used on input line 9.
2619 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2620 [109 <./2Dfold_8h__incl.pdf>]) (./2Dpfold_8h.tex
2621 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2622 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2623 t/develop/binaries/src/-
2624  []
2625
2626 <2Dpfold_8h__incl.pdf, id=5304, 250.9375pt x 313.17pt>
2627 File: 2Dpfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2628 <use 2Dpfold_8h__incl.pdf>
2629 Package pdftex.def Info: 2Dpfold_8h__incl.pdf used on input line 9.
2630 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2631
2632 Underfull \hbox (badness 963) in paragraph at lines 18--18
2633 []\T1/phv/m/sl/9 Get the datas-truc-ture con-tain-ing all nec-es-sary at-tribut
2634 es and global fold-ing switches from a pre-filled mfe-
2635  []
2636
2637 [110 <./2Dpfold_8h__incl.pdf>]) (./alifold_8h.tex
2638 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2639 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2640 t/develop/binaries/src/-
2641  []
2642
2643 <alifold_8h__incl.pdf, id=5334, 250.9375pt x 313.17pt>
2644 File: alifold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2645 <use alifold_8h__incl.pdf>
2646 Package pdftex.def Info: alifold_8h__incl.pdf used on input line 14.
2647 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2648 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__consen
2649 sus__mfe__fold_ga72095e4554b5d577250ea14c42acc49e}) has been already used, dupl
2650 icate ignored
2651 <to be read again>
2652                    \relax
2653 l.26 ...9e}{free\-\_\-alifold\-\_\-arrays} (void)}
2654                                                   \label{group__consensus__m...
2655 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__consen
2656 sus__fold_ga5e125c9586fcd4e2e1559fe76f7289cc}) has been already used, duplicate
2657  ignored
2658 <to be read again>
2659                    \relax
2660 l.31 ...76f7289cc}{readribosum} (char $\ast$name)}
2661                                                   \label{group__consensus__f...
2662
2663 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2664  Make it at least 33.97194pt.
2665  We now make it that large for the rest of the document.
2666  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2667
2668 [111 <./alifold_8h__incl.pdf>]) (./cofold_8h.tex
2669 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2670 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2671 t/develop/binaries/src/-
2672  []
2673
2674 <cofold_8h__incl.pdf, id=5377, 250.9375pt x 313.17pt>
2675 File: cofold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2676 <use cofold_8h__incl.pdf>
2677 Package pdftex.def Info: cofold_8h__incl.pdf used on input line 14.
2678 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2679 [112]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__m
2680 fe__cofold_gafe430060533f14b11fc611f60b3f1f6f}) has been already used, duplicat
2681 e ignored
2682 <to be read again>
2683                    \relax
2684 l.22 ...\ast$parameters, int is\-\_\-constrained)}
2685                                                   \label{group__mfe__cofold_...
2686 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__mfe__c
2687 ofold_gaafb33d7473eb9af9d1b168ca8761c41a}) has been already used, duplicate ign
2688 ored
2689 <to be read again>
2690                    \relax
2691 l.25 ...761c41a}{free\-\_\-co\-\_\-arrays} (void)}
2692                                                   \label{group__mfe__cofold_...
2693 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__mfe__c
2694 ofold_ga4fcbf34e77b99bfbb2333d2ab0c41a57}) has been already used, duplicate ign
2695 ored
2696 <to be read again>
2697                    \relax
2698 l.28 ...7}{update\-\_\-cofold\-\_\-params} (void)}
2699                                                   \label{group__mfe__cofold_...
2700 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
2701 __zuker_ga6d98a9450d1affadf144ac79f543da8c}) has been already used, duplicate i
2702 gnored
2703 <to be read again>
2704                    \relax
2705 l.37 ...structparamT}{param\-T} $\ast$parameters)}
2706                                                   \label{group__subopt__zuke...
2707
2708 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2709  Make it at least 33.97194pt.
2710  We now make it that large for the rest of the document.
2711  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2712
2713 [113 <./cofold_8h__incl.pdf>]
2714 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 70
2715  []
2716
2717 ) (./convert__epars_8h.tex
2718 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2719 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2720 t/develop/binaries/src/-
2721  []
2722
2723 [114]) (./data__structures_8h.tex
2724 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2725 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2726 t/develop/binaries/src/-
2727  []
2728
2729 <data__structures_8h__incl.pdf, id=5443, 250.9375pt x 254.9525pt>
2730 File: data__structures_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2731 <use data__structures_8h__incl.pdf>
2732 Package pdftex.def Info: data__structures_8h__incl.pdf used on input line 14.
2733 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 254.0143pt.
2734 <data__structures_8h__dep__incl.pdf, id=5444, 4442.5975pt x 327.2225pt>
2735 File: data__structures_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2736 <use data__structures_8h__dep__incl.pdf>
2737 Package pdftex.def Info: data__structures_8h__dep__incl.pdf used on input line
2738 22.
2739 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 25.77888pt.
2740
2741 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2742  Make it at least 34.16548pt.
2743  We now make it that large for the rest of the document.
2744  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2745
2746 [115 <./data__structures_8h__incl.pdf> <./data__structures_8h__dep__incl.pdf
2747
2748 pdfTeX warning: pdflatex (file ./data__structures_8h__dep__incl.pdf): PDF inclu
2749 sion: multiple pdfs with page group included in a single page
2750 >] [116]) (./dist__vars_8h.tex
2751 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2752 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2753 t/develop/binaries/src/-
2754  []
2755
2756 <dist__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5514, 439.6425pt x 232.87pt>
2757 File: dist__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2758 <use dist__vars_8h__dep__incl.pdf>
2759 Package pdftex.def Info: dist__vars_8h__dep__incl.pdf used on input line 14.
2760 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.39369pt.
2761
2762 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2763  Make it at least 33.97194pt.
2764  We now make it that large for the rest of the document.
2765  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2766
2767 [117 <./dist__vars_8h__dep__incl.pdf>]) (./duplex_8h.tex
2768 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2769 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2770 t/develop/binaries/src/-
2771  []
2772
2773 <duplex_8h__incl.pdf, id=5540, 250.9375pt x 313.17pt>
2774 File: duplex_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2775 <use duplex_8h__incl.pdf>
2776 Package pdftex.def Info: duplex_8h__incl.pdf used on input line 14.
2777 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2778 ) (./edit__cost_8h.tex [118 <./duplex_8h__incl.pdf>]
2779 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2780 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2781 t/develop/binaries/src/-
2782  []
2783
2784 ) (./energy__const_8h.tex
2785 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2786 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2787 t/develop/binaries/src/-
2788  []
2789
2790 <energy__const_8h__incl.pdf, id=5553, 250.9375pt x 196.735pt>
2791 File: energy__const_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2792 <use energy__const_8h__incl.pdf>
2793 Package pdftex.def Info: energy__const_8h__incl.pdf used on input line 9.
2794 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
2795 <energy__const_8h__dep__incl.pdf, id=5554, 4556.02126pt x 421.575pt>
2796 File: energy__const_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2797 <use energy__const_8h__dep__incl.pdf>
2798 Package pdftex.def Info: energy__const_8h__dep__incl.pdf used on input line 17.
2799
2800 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 32.38225pt.
2801
2802 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2803  Make it at least 33.97194pt.
2804  We now make it that large for the rest of the document.
2805  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2806
2807 [119 <./energy__const_8h__incl.pdf> <./energy__const_8h__dep__incl.pdf
2808
2809 pdfTeX warning: pdflatex (file ./energy__const_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusio
2810 n: multiple pdfs with page group included in a single page
2811 >]) (./findpath_8h.tex
2812 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2813 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2814 t/develop/binaries/src/-
2815  []
2816
2817 <findpath_8h__incl.pdf, id=5596, 250.9375pt x 313.17pt>
2818 File: findpath_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2819 <use findpath_8h__incl.pdf>
2820 Package pdftex.def Info: findpath_8h__incl.pdf used on input line 14.
2821 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2822 [120]
2823 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 56
2824  []
2825
2826
2827 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2828  Make it at least 33.97194pt.
2829  We now make it that large for the rest of the document.
2830  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2831
2832 [121 <./findpath_8h__incl.pdf>]
2833 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 84
2834  []
2835
2836
2837 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 103
2838  []
2839
2840 ) (./fold_8h.tex
2841 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2842 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2843 t/develop/binaries/src/-
2844  []
2845
2846 <fold_8h__incl.pdf, id=5635, 250.9375pt x 313.17pt>
2847 File: fold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2848 <use fold_8h__incl.pdf>
2849 Package pdftex.def Info: fold_8h__incl.pdf used on input line 14.
2850 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2851
2852 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
2853
2854 [122]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__m
2855 fe__fold_ga107fdfe5fd641868156bfd849f6866c7}) has been already used, duplicate
2856 ignored
2857 <to be read again>
2858                    \relax
2859 l.38 ...56bfd849f6866c7}{free\-\_\-arrays} (void)}
2860                                                   \label{group__mfe__fold_ga...
2861
2862 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2863  Make it at least 22.16548pt.
2864  We now make it that large for the rest of the document.
2865  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2866
2867 [123 <./fold_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the same ide
2868 ntifier (name{group__mfe__fold_ga41bf8f6fa15b94471f7095cad9f0ccf3}) has been al
2869 ready used, duplicate ignored
2870 <to be read again>
2871                    \relax
2872 l.45 ...cf3}{update\-\_\-fold\-\_\-params} (void)}
2873                                                   \label{group__mfe__fold_ga...
2874 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__eval_g
2875 a567530678f6260a1a649a5beca5da4c5}) has been already used, duplicate ignored
2876 <to be read again>
2877                    \relax
2878 l.80 ...8f6260a1a649a5beca5da4c5}{eos\-\_\-debug}}
2879                                                   \label{group__eval_ga56753...
2880 [124]
2881 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 150
2882  []
2883
2884
2885 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 186
2886  []
2887
2888
2889 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2890  Make it at least 22.16548pt.
2891  We now make it that large for the rest of the document.
2892  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2893
2894 [125]
2895 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 214
2896  []
2897
2898
2899 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 245
2900  []
2901
2902 [126]
2903 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 312
2904  []
2905
2906
2907 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 349
2908  []
2909
2910
2911 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2912  Make it at least 22.16548pt.
2913  We now make it that large for the rest of the document.
2914  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2915
2916 [127]
2917 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 380
2918  []
2919
2920 ) (./fold__vars_8h.tex
2921 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2922 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2923 t/develop/binaries/src/-
2924  []
2925
2926 <fold__vars_8h__incl.pdf, id=5751, 250.9375pt x 313.17pt>
2927 File: fold__vars_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2928 <use fold__vars_8h__incl.pdf>
2929 Package pdftex.def Info: fold__vars_8h__incl.pdf used on input line 14.
2930 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2931 <fold__vars_8h__dep__incl.pdf, id=5752, 439.6425pt x 232.87pt>
2932 File: fold__vars_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2933 <use fold__vars_8h__dep__incl.pdf>
2934 Package pdftex.def Info: fold__vars_8h__dep__incl.pdf used on input line 22.
2935 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 185.39369pt.
2936
2937 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
2938
2939 [128 <./fold__vars_8h__incl.pdf>]
2940
2941 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2942  Make it at least 33.97194pt.
2943  We now make it that large for the rest of the document.
2944  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2945
2946 [129 <./fold__vars_8h__dep__incl.pdf>]
2947 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 113
2948  []
2949
2950 [130]
2951
2952 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2953  Make it at least 33.97194pt.
2954  We now make it that large for the rest of the document.
2955  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2956
2957 [131]) (./gquad_8h.tex [132]
2958 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2959 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2960 t/develop/binaries/src/-
2961  []
2962
2963 <gquad_8h__incl.pdf, id=5852, 250.9375pt x 313.17pt>
2964 File: gquad_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
2965 <use gquad_8h__incl.pdf>
2966 Package pdftex.def Info: gquad_8h__incl.pdf used on input line 14.
2967 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
2968
2969 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
2970  Make it at least 33.97194pt.
2971  We now make it that large for the rest of the document.
2972  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
2973
2974 [133 <./gquad_8h__incl.pdf>]
2975 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 57
2976  []
2977
2978
2979 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 110
2980  []
2981
2982 [134]
2983 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 152
2984  []
2985
2986 ) (./inverse_8h.tex
2987 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
2988 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
2989 t/develop/binaries/src/-
2990  []
2991
2992 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__invers
2993 e__fold_ga8f791e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}) has been already used, duplicate i
2994 gnored
2995 <to be read again>
2996                    \relax
2997 l.19 ...91e7740a5a28b9f6fafb4e60301d9}{symbolset}}
2998                                                   \label{group__inverse__fol...
2999 ) (./Lfold_8h.tex
3000 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3001 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3002 t/develop/binaries/src/-
3003  []
3004
3005
3006 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3007  Make it at least 33.97194pt.
3008  We now make it that large for the rest of the document.
3009  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3010
3011 [135]) (./loop__energies_8h.tex
3012 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3013 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3014 t/develop/binaries/src/-
3015  []
3016
3017 <loop__energies_8h__incl.pdf, id=5901, 625.33624pt x 371.3875pt>
3018 File: loop__energies_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3019 <use loop__energies_8h__incl.pdf>
3020 Package pdftex.def Info: loop__energies_8h__incl.pdf used on input line 14.
3021 (pdftex.def)             Requested size: 350.0pt x 207.8679pt.
3022 [136 <./loop__energies_8h__incl.pdf>]
3023 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 110
3024  []
3025
3026
3027 Overfull \vbox (40.56966pt too high) has occurred while \output is active []
3028
3029
3030 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3031  Make it at least 34.16548pt.
3032  We now make it that large for the rest of the document.
3033  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3034
3035 [137]
3036 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 165
3037  []
3038
3039 [138]
3040 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 215
3041  []
3042
3043
3044 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3045  Make it at least 34.16548pt.
3046  We now make it that large for the rest of the document.
3047  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3048
3049 [139]
3050 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 280
3051  []
3052
3053 [140]
3054 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 331
3055  []
3056
3057 ) (./LPfold_8h.tex
3058 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3059 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3060 t/develop/binaries/src/-
3061  []
3062
3063 <LPfold_8h__incl.pdf, id=5974, 250.9375pt x 313.17pt>
3064 File: LPfold_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3065 <use LPfold_8h__incl.pdf>
3066 Package pdftex.def Info: LPfold_8h__incl.pdf used on input line 14.
3067 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3068 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__local_
3069 _pf__fold_gab354507e8028f3e1c52ef96bb1eb9df8}) has been already used, duplicate
3070  ignored
3071 <to be read again>
3072                    \relax
3073 l.24 ...ramT}{pf\-\_\-param\-T} $\ast$parameters)}
3074                                                   \label{group__local__pf__f...
3075
3076 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3077  Make it at least 33.97194pt.
3078  We now make it that large for the rest of the document.
3079  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3080
3081 [141 <./LPfold_8h__incl.pdf>]) (./MEA_8h.tex
3082 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3083 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3084 t/develop/binaries/src/-
3085  []
3086
3087 <MEA_8h__incl.pdf, id=6000, 252.945pt x 313.17pt>
3088 File: MEA_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3089 <use MEA_8h__incl.pdf>
3090 Package pdftex.def Info: MEA_8h__incl.pdf used on input line 14.
3091 (pdftex.def)             Requested size: 252.0pt x 312.00801pt.
3092
3093 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3094
3095 [142]) (./mm_8h.tex
3096 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3097 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3098 t/develop/binaries/src/-
3099  []
3100
3101
3102 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3103  Make it at least 33.97194pt.
3104  We now make it that large for the rest of the document.
3105  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3106
3107 [143 <./MEA_8h__incl.pdf>]) (./naview_8h.tex
3108 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3109 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3110 t/develop/binaries/src/-
3111  []
3112
3113 <naview_8h__dep__incl.pdf, id=6023, 250.9375pt x 327.2225pt>
3114 File: naview_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3115 <use naview_8h__dep__incl.pdf>
3116 Package pdftex.def Info: naview_8h__dep__incl.pdf used on input line 9.
3117 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 326.01837pt.
3118 ) (./params_8h.tex
3119 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3120 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3121 t/develop/binaries/src/-
3122  []
3123
3124 <params_8h__incl.pdf, id=6024, 250.9375pt x 313.17pt>
3125 File: params_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3126 <use params_8h__incl.pdf>
3127 Package pdftex.def Info: params_8h__incl.pdf used on input line 9.
3128 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3129
3130 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3131
3132 [144 <./naview_8h__dep__incl.pdf>] <params_8h__dep__incl.pdf, id=6037, 250.9375
3133 pt x 232.87pt>
3134 File: params_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3135 <use params_8h__dep__incl.pdf>
3136 Package pdftex.def Info: params_8h__dep__incl.pdf used on input line 17.
3137 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
3138
3139 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3140  Make it at least 33.97194pt.
3141  We now make it that large for the rest of the document.
3142  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3143
3144 [145 <./params_8h__incl.pdf> <./params_8h__dep__incl.pdf
3145
3146 pdfTeX warning: pdflatex (file ./params_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusion: mult
3147 iple pdfs with page group included in a single page
3148 >]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__ener
3149 gy__parameters_gaa6a4297a2b91d6f7ae47dd61ca1862a0}) has been already used, dupl
3150 icate ignored
3151 <to be read again>
3152                    \relax
3153 l.33 ...\_\-parameters} (unsigned int n\-\_\-seq)}
3154                                                   \label{group__energy__para...
3155 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__energy
3156 __parameters_gaaa049a8c9f1c2ed4398cb1b5a3d65a66}) has been already used, duplic
3157 ate ignored
3158 <to be read again>
3159                    \relax
3160 l.36 ...065acc6dee0af68931b52cfd}{pf\-\_\-scale})}
3161                                                   \label{group__energy__para...
3162 ) (./part__func_8h.tex
3163 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3164 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3165 t/develop/binaries/src/-
3166  []
3167
3168 <part__func_8h__incl.pdf, id=6081, 250.9375pt x 313.17pt>
3169 File: part__func_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3170 <use part__func_8h__incl.pdf>
3171 Package pdftex.def Info: part__func_8h__incl.pdf used on input line 14.
3172 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3173 [146 <./part__func_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with the sa
3174 me identifier (name{group__pf__fold_ga0733527a94de3b79eee3c3c03c99c1bc}) has be
3175 en already used, duplicate ignored
3176 <to be read again>
3177                    \relax
3178 l.35 ...ramT}{pf\-\_\-param\-T} $\ast$parameters)}
3179                                                   \label{group__pf__fold_ga0...
3180
3181 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3182  Make it at least 33.97194pt.
3183  We now make it that large for the rest of the document.
3184  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3185
3186 [147]) (./part__func__co_8h.tex
3187 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3188 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3189 t/develop/binaries/src/-
3190  []
3191
3192 <part__func__co_8h__incl.pdf, id=6149, 250.9375pt x 313.17pt>
3193 File: part__func__co_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3194 <use part__func__co_8h__incl.pdf>
3195 Package pdftex.def Info: part__func__co_8h__incl.pdf used on input line 14.
3196 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3197 [148]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__p
3198 f__cofold_gade3ce34ae8214811374b1d28a40dc247}) has been already used, duplicate
3199  ignored
3200 <to be read again>
3201                    \relax
3202 l.26 ...{free\-\_\-co\-\_\-pf\-\_\-arrays} (void)}
3203                                                   \label{group__pf__cofold_g...
3204 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__pf__co
3205 fold_gaff27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}) has been already used, duplicate igno
3206 red
3207 <to be read again>
3208                    \relax
3209 l.44 ...27888c4088cc1f60fd59cbd589474c}{mirnatog}}
3210                                                   \label{group__pf__cofold_g...
3211
3212 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3213  Make it at least 34.16548pt.
3214  We now make it that large for the rest of the document.
3215  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3216
3217 [149 <./part__func__co_8h__incl.pdf>]pdfTeX warning (ext4): destination with th
3218 e same identifier (name{group__pf__cofold_gac2d1851a710a8561390861155ca988fe})
3219 has been already used, duplicate ignored
3220 <to be read again>
3221                    \relax
3222 l.47 ...a988fe}{F\-\_\-monomer} \mbox{[}2\mbox{]}}
3223                                                   \label{group__pf__cofold_g...
3224 ) (./part__func__up_8h.tex
3225 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3226 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3227 t/develop/binaries/src/-
3228  []
3229
3230 <part__func__up_8h__incl.pdf, id=6195, 250.9375pt x 313.17pt>
3231 File: part__func__up_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3232 <use part__func__up_8h__incl.pdf>
3233 Package pdftex.def Info: part__func__up_8h__incl.pdf used on input line 14.
3234 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3235
3236 Underfull \vbox (badness 3815) has occurred while \output is active []
3237
3238 [150]pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__u
3239 p__cofold_gadde308fd5f696dc271b1532aa96fd12f}) has been already used, duplicate
3240  ignored
3241 <to be read again>
3242                    \relax
3243 l.24 ...link{structinteract}{interact} $\ast$pin)}
3244                                                   \label{group__up__cofold_g...
3245 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__up__co
3246 fold_gac20bd61824981d45ce0dc9934aa56df8}) has been already used, duplicate igno
3247 red
3248 <to be read again>
3249                    \relax
3250 l.27 ...ctpu__contrib}{pu\-\_\-contrib} $\ast$pu)}
3251                                                   \label{group__up__cofold_g...
3252 ) (./plot__layouts_8h.tex
3253 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3254 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3255 t/develop/binaries/src/-
3256  []
3257
3258
3259 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3260  Make it at least 34.16548pt.
3261  We now make it that large for the rest of the document.
3262  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3263
3264 [151 <./part__func__up_8h__incl.pdf>] <plot__layouts_8h__incl.pdf, id=6228, 254
3265 .9525pt x 313.17pt>
3266 File: plot__layouts_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3267 <use plot__layouts_8h__incl.pdf>
3268 Package pdftex.def Info: plot__layouts_8h__incl.pdf used on input line 14.
3269 (pdftex.def)             Requested size: 254.0pt x 312.0128pt.
3270 <plot__layouts_8h__dep__incl.pdf, id=6229, 250.9375pt x 232.87pt>
3271 File: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3272 <use plot__layouts_8h__dep__incl.pdf>
3273 Package pdftex.def Info: plot__layouts_8h__dep__incl.pdf used on input line 22.
3274
3275 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
3276 [152 <./plot__layouts_8h__incl.pdf> <./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf
3277
3278 pdfTeX warning: pdflatex (file ./plot__layouts_8h__dep__incl.pdf): PDF inclusio
3279 n: multiple pdfs with page group included in a single page
3280 >]
3281
3282 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3283  Make it at least 34.16548pt.
3284  We now make it that large for the rest of the document.
3285  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3286
3287 [153]
3288 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 115
3289  []
3290
3291
3292 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 148
3293  []
3294
3295 [154]) (./profiledist_8h.tex
3296 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3297 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3298 t/develop/binaries/src/-
3299  []
3300
3301 <profiledist_8h__incl.pdf, id=6317, 250.9375pt x 313.17pt>
3302 File: profiledist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3303 <use profiledist_8h__incl.pdf>
3304 Package pdftex.def Info: profiledist_8h__incl.pdf used on input line 9.
3305 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3306
3307 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3308  Make it at least 33.97194pt.
3309  We now make it that large for the rest of the document.
3310  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3311
3312 [155 <./profiledist_8h__incl.pdf>]
3313 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 63
3314  []
3315
3316 ) (./PS__dot_8h.tex [156]
3317 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3318 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3319 t/develop/binaries/src/-
3320  []
3321
3322 <PS__dot_8h__incl.pdf, id=6352, 250.9375pt x 371.3875pt>
3323 File: PS__dot_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3324 <use PS__dot_8h__incl.pdf>
3325 Package pdftex.def Info: PS__dot_8h__incl.pdf used on input line 14.
3326 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 370.02084pt.
3327
3328 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3329  Make it at least 33.97194pt.
3330  We now make it that large for the rest of the document.
3331  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3332
3333 [157 <./PS__dot_8h__incl.pdf>]
3334 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 67
3335  []
3336
3337
3338 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 100
3339  []
3340
3341 [158]
3342 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 130
3343  []
3344
3345
3346 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 157
3347  []
3348
3349
3350 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 182
3351  []
3352
3353
3354 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 207
3355  []
3356
3357
3358 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3359  Make it at least 33.97194pt.
3360  We now make it that large for the rest of the document.
3361  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3362
3363 [159]
3364 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 244
3365  []
3366
3367 ) (./read__epars_8h.tex
3368 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3369 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3370 t/develop/binaries/src/-
3371  []
3372
3373 ) (./RNAstruct_8h.tex [160]
3374 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3375 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3376 t/develop/binaries/src/-
3377  []
3378
3379
3380 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3381  Make it at least 34.16548pt.
3382  We now make it that large for the rest of the document.
3383  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3384
3385 [161]
3386 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 88
3387  []
3388
3389
3390 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 107
3391  []
3392
3393
3394 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 126
3395  []
3396
3397 [162]
3398 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 145
3399  []
3400
3401
3402 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 164
3403  []
3404
3405
3406 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 183
3407  []
3408
3409
3410 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 202
3411  []
3412
3413
3414 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3415  Make it at least 34.16548pt.
3416  We now make it that large for the rest of the document.
3417  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3418
3419 [163]
3420 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 221
3421  []
3422
3423
3424 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 242
3425  []
3426
3427
3428 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 260
3429  []
3430
3431 ) (./stringdist_8h.tex
3432 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3433 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3434 t/develop/binaries/src/-
3435  []
3436
3437 <stringdist_8h__incl.pdf, id=6475, 250.9375pt x 196.735pt>
3438 File: stringdist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3439 <use stringdist_8h__incl.pdf>
3440 Package pdftex.def Info: stringdist_8h__incl.pdf used on input line 14.
3441 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
3442
3443 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3444
3445 [164]
3446 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 45
3447  []
3448
3449
3450 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 67
3451  []
3452
3453
3454 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3455  Make it at least 33.97194pt.
3456  We now make it that large for the rest of the document.
3457  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3458
3459 [165 <./stringdist_8h__incl.pdf>]) (./subopt_8h.tex
3460 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3461 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3462 t/develop/binaries/src/-
3463  []
3464
3465 <subopt_8h__incl.pdf, id=6506, 250.9375pt x 313.17pt>
3466 File: subopt_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3467 <use subopt_8h__incl.pdf>
3468 Package pdftex.def Info: subopt_8h__incl.pdf used on input line 14.
3469 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 312.01758pt.
3470 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
3471 __wuchty_ga554dedfcdb249fdf151caade58666e4d}) has been already used, duplicate
3472 ignored
3473 <to be read again>
3474                    \relax
3475 l.22 ...nt is\-\_\-circular, F\-I\-L\-E $\ast$fp)}
3476                                                   \label{group__subopt__wuch...
3477 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
3478 __wuchty_ga873cf8ed69e0437f8efa8b1fec854a0e}) has been already used, duplicate
3479 ignored
3480 <to be read again>
3481                    \relax
3482 l.30 ...437f8efa8b1fec854a0e}{subopt\-\_\-sorted}}
3483                                                   \label{group__subopt__wuch...
3484 pdfTeX warning (ext4): destination with the same identifier (name{group__subopt
3485 __wuchty_ga5e57d914bcb5feeecdf520e25313fcfe}) has been already used, duplicate
3486 ignored
3487 <to be read again>
3488                    \relax
3489 l.33 ...5feeecdf520e25313fcfe}{print\-\_\-energy}}
3490                                                   \label{group__subopt__wuch...
3491 [166 <./subopt_8h__incl.pdf>]) (./treedist_8h.tex
3492 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3493 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3494 t/develop/binaries/src/-
3495  []
3496
3497 <treedist_8h__incl.pdf, id=6533, 250.9375pt x 196.735pt>
3498 File: treedist_8h__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3499 <use treedist_8h__incl.pdf>
3500 Package pdftex.def Info: treedist_8h__incl.pdf used on input line 14.
3501 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 196.01102pt.
3502
3503 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3504  Make it at least 33.97194pt.
3505  We now make it that large for the rest of the document.
3506  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3507
3508 [167 <./treedist_8h__incl.pdf>]
3509 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 50
3510  []
3511
3512
3513 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 72
3514  []
3515
3516
3517 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 91
3518  []
3519
3520 ) (./utils_8h.tex
3521 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3522 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3523 t/develop/binaries/src/-
3524  []
3525
3526 <utils_8h__dep__incl.pdf, id=6564, 250.9375pt x 232.87pt>
3527 File: utils_8h__dep__incl.pdf Graphic file (type pdf)
3528 <use utils_8h__dep__incl.pdf>
3529 Package pdftex.def Info: utils_8h__dep__incl.pdf used on input line 14.
3530 (pdftex.def)             Requested size: 250.0pt x 232.01306pt.
3531
3532 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3533
3534 [168]
3535
3536 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3537  Make it at least 22.16548pt.
3538  We now make it that large for the rest of the document.
3539  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3540
3541 [169 <./utils_8h__dep__incl.pdf>] [170]
3542
3543 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3544  Make it at least 22.16548pt.
3545  We now make it that large for the rest of the document.
3546  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3547
3548 [171] [172]
3549
3550 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3551  Make it at least 22.16548pt.
3552  We now make it that large for the rest of the document.
3553  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3554
3555 [173]
3556 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 317
3557  []
3558
3559
3560 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 339
3561  []
3562
3563
3564 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 361
3565  []
3566
3567
3568 Overfull \vbox (11.92694pt too high) has occurred while \output is active []
3569
3570 [174]
3571 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 379
3572  []
3573
3574
3575 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 415
3576  []
3577
3578
3579 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 454
3580  []
3581
3582
3583 Overfull \vbox (9.90102pt too high) has occurred while \output is active []
3584
3585
3586 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3587  Make it at least 22.16548pt.
3588  We now make it that large for the rest of the document.
3589  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3590
3591 [175]
3592 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 476
3593  []
3594
3595
3596 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 499
3597  []
3598
3599
3600 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 520
3601  []
3602
3603 [176]
3604 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 548
3605  []
3606
3607
3608 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3609  Make it at least 22.16548pt.
3610  We now make it that large for the rest of the document.
3611  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3612
3613 [177]
3614 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 611
3615  []
3616
3617
3618 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 632
3619  []
3620
3621
3622 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 653
3623  []
3624
3625 [178]
3626 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 674
3627  []
3628
3629
3630 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 693
3631  []
3632
3633
3634 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 730
3635  []
3636
3637
3638 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3639  Make it at least 22.16548pt.
3640  We now make it that large for the rest of the document.
3641  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3642
3643 [179]
3644 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 762
3645  []
3646
3647
3648 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 789
3649  []
3650
3651
3652 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 807
3653  []
3654
3655
3656 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 823
3657  []
3658
3659 [180]
3660 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 847
3661  []
3662
3663
3664 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 874
3665  []
3666
3667
3668 Underfull \vbox (badness 10000) detected at line 909
3669  []
3670
3671
3672 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3673
3674
3675 Package Fancyhdr Warning: \headheight is too small (12.0pt):
3676  Make it at least 22.16548pt.
3677  We now make it that large for the rest of the document.
3678  This may cause the page layout to be inconsistent, however.
3679
3680 [181]) (./1_88_84__epars_8h.tex
3681 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3682 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3683 t/develop/binaries/src/-
3684  []
3685
3686 ) (./1_88_84__intloops_8h.tex
3687 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--3
3688 []\OT1/phv/bc/n/14.4 /home/asherstnev/-Projects/-Java.projects/jabaws/secure-gi
3689 t/develop/binaries/src/-
3690  []
3691
3692 ) [182] (./refman.bbl (./refman.brf)
3693 \tf@brf=\write6
3694 \openout6 = `refman.brf'.
3695
3696 ) (./refman.ind [183
3697
3698 ]
3699 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 3--5
3700 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
3701  []
3702
3703
3704 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 5--7
3705 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/2-
3706  []
3707
3708
3709 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 7--9
3710 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-L-
3711  []
3712
3713
3714 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 9--11
3715 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-Lfold.-h,
3716  []
3717
3718
3719 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 11--13
3720 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-M-E-A.-h,
3721  []
3722
3723
3724 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 13--15
3725 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-P-S-_-
3726  []
3727
3728
3729 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 15--17
3730 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/-R-N-
3731  []
3732
3733
3734 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 17--19
3735 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/alifold.-
3736  []
3737
3738
3739 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 19--21
3740 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/cofold.-
3741  []
3742
3743
3744 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 23--25
3745 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/data-_-
3746  []
3747
3748
3749 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 25--27
3750 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/dist-_-
3751  []
3752
3753
3754 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 29--31
3755 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/edit-_-
3756  []
3757
3758
3759 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 35--37
3760 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold.-h,
3761  []
3762
3763
3764 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3765
3766
3767 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 37--39
3768 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/fold-_-
3769  []
3770
3771
3772 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 43--45
3773 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/loop-_-
3774  []
3775
3776
3777 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 45--47
3778 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/mm.-h,
3779  []
3780
3781
3782 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 51--53
3783 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
3784  []
3785
3786
3787 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 53--55
3788 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
3789  []
3790
3791
3792 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 55--57
3793 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/part-_-
3794  []
3795
3796
3797 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 57--59
3798 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/plot-_-
3799  []
3800
3801
3802 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 61--63
3803 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/read-_-
3804  []
3805
3806
3807 Underfull \vbox (badness 10000) has occurred while \output is active []
3808
3809 [184
3810
3811 ]
3812 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 69--71
3813 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/-H/utils.-h,
3814  []
3815
3816
3817 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 71--73
3818 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/1.-8.-4-
3819  []
3820
3821
3822 Underfull \hbox (badness 10000) in paragraph at lines 73--75
3823 \T1/phv/m/n/10 git/develop/binaries/src/-Vienna-R-N-A/lib/1.-8.-4-
3824  []
3825
3826
3827 Underfull \hbox (badness 1014) in paragraph at lines 82--84
3828 []| \T1/phv/m/n/10 Lo-cal M-F-E con-sen-sus struc-tures for Se-quence
3829  []
3830
3831
3832 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 108--110
3833 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3834  []
3835
3836
3837 Underfull \hbox (badness 1231) in paragraph at lines 161--163
3838 []\T1/phv/m/n/10 Calculate Sec-ondary Struc-tures of two R-N-As upon
3839  []
3840
3841 [185]
3842 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 270--272
3843 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3844  []
3845
3846
3847 Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 283--285
3848 []| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
3849  []
3850
3851
3852 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 316--318
3853 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3854  []
3855
3856
3857 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 348--350
3858 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3859  []
3860
3861 [186]
3862 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 504--506
3863 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3864  []
3865
3866
3867 Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 515--517
3868 []| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
3869  []
3870
3871
3872 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 524--526
3873 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3874  []
3875
3876 [187]
3877 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 552--554
3878 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3879  []
3880
3881 [188]
3882 Underfull \hbox (badness 7704) in paragraph at lines 751--753
3883 []| \T1/phv/m/n/10 Pre-dict-ing Con-sen-sus Struc-tures from Align-
3884  []
3885
3886 [189]
3887 Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 905--907
3888 []| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
3889  []
3890
3891
3892 Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 962--964
3893 []| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
3894  []
3895
3896
3897 Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 965--967
3898 []| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
3899  []
3900
3901
3902 Underfull \hbox (badness 1748) in paragraph at lines 993--995
3903 []| \T1/phv/m/n/10 Reading/-Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets from/to
3904  []
3905
3906 [190]
3907 Underfull \hbox (badness 954) in paragraph at lines 1060--1062
3908 []\T1/phv/m/n/10 Stochastic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-tance
3909  []
3910
3911
3912 Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 1124--1126
3913 []| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
3914  []
3915
3916
3917 Underfull \hbox (badness 1348) in paragraph at lines 1131--1133
3918 []| \T1/phv/m/n/10 Cal-cu-lat-ing M-F-E rep-re-sen-ta-tives of a Dis-tance
3919  []
3920
3921
3922 Underfull \hbox (badness 787) in paragraph at lines 1134--1136
3923 []| \T1/phv/m/n/10 Stochas-tic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-
3924  []
3925
3926
3927 Underfull \hbox (badness 787) in paragraph at lines 1137--1139
3928 []| \T1/phv/m/n/10 Stochas-tic Back-track-ing of Struc-tures from Dis-
3929  []
3930
3931
3932 Underfull \hbox (badness 1983) in paragraph at lines 1172--1174
3933 []| \T1/phv/m/n/10 Par-ti-tion func-tions for lo-cally sta-ble sec-ondary
3934  []
3935
3936 [191]
3937 Underfull \hbox (badness 1748) in paragraph at lines 1300--1302
3938 []| \T1/phv/m/n/10 Reading/-Writing en-ergy pa-ram-e-ter sets from/to
3939  []
3940
3941 [192])
3942 Package atveryend Info: Empty hook `BeforeClearDocument' on input line 205.
3943 Package atveryend Info: Empty hook `AfterLastShipout' on input line 205.
3944 (./refman.aux (./group__mfe__fold.aux) (./group__pf__fold.aux) (./group__mea__f
3945 old.aux) (./group__centroid__fold.aux) (./group__subopt__fold.aux) (./group__su
3946 bopt__zuker.aux) (./group__subopt__wuchty.aux) (./group__subopt__stochbt.aux) (
3947 ./group__cofold.aux) (./group__mfe__cofold.aux) (./group__pf__cofold.aux) (./gr
3948 oup__up__cofold.aux) (./group__consensus__fold.aux) (./group__consensus__mfe__f
3949 old.aux) (./group__consensus__pf__fold.aux) (./group__consensus__stochbt.aux) (
3950 ./group__local__fold.aux) (./group__local__mfe__fold.aux) (./group__local__pf__
3951 fold.aux) (./group__local__consensus__fold.aux) (./group__energy__parameters.au
3952 x) (./group__energy__parameters__rw.aux) (./group__energy__parameters__convert.
3953 aux) (./group__eval.aux) (./group__inverse__fold.aux) (./group__class__fold.aux
3954 ) (./group__kl__neighborhood.aux) (./group__kl__neighborhood__mfe.aux) (./group
3955 __kl__neighborhood__pf.aux) (./group__kl__neighborhood__stochbt.aux) (./group__
3956 dos.aux) (./group__parse.aux))
3957 Package atveryend Info: Executing hook `AtVeryEndDocument' on input line 205.
3958 Package atveryend Info: Executing hook `AtEndAfterFileList' on input line 205.
3959 Package rerunfilecheck Info: File `refman.out' has not changed.
3960 (rerunfilecheck)             Checksum: 4FC7D86BF1840749A49B270F992064F3;109726.
3961
3962
3963 Package rerunfilecheck Warning: File `refman.brf' has changed.
3964 (rerunfilecheck)                Rerun to get bibliographical references right.
3965
3966 Package rerunfilecheck Info: Checksums for `refman.brf':
3967 (rerunfilecheck)             Before: D41D8CD98F00B204E9800998ECF8427E;0
3968 (rerunfilecheck)             After:  A9C978DDBACF9DACF639239F0A1C99B3;705.
3969
3970 LaTeX Warning: There were undefined references.
3971
3972
3973 LaTeX Warning: There were multiply-defined labels.
3974
3975 Package atveryend Info: Empty hook `AtVeryVeryEnd' on input line 205.
3976  )
3977 Here is how much of TeX's memory you used:
3978  15087 strings out of 495059
3979  251611 string characters out of 3182031
3980  353442 words of memory out of 3000000
3981  16035 multiletter control sequences out of 15000+200000
3982  91895 words of font info for 147 fonts, out of 3000000 for 9000
3983  14 hyphenation exceptions out of 8191
3984  41i,13n,58p,1533b,579s stack positions out of 5000i,500n,10000p,200000b,50000s
3985 pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_misc} has been referenced but does
3986  not exist, replaced by a fixed one
3987
3988 pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_struc} has been referenced but does
3989 not exist, replaced by a fixed one
3990
3991 pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_seq} has been referenced but does no
3992 t exist, replaced by a fixed one
3993
3994 pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_aln} has been referenced but does no
3995 t exist, replaced by a fixed one
3996
3997 pdfTeX warning (dest): name{mp_utils_utils_dot} has been referenced but does no
3998 t exist, replaced by a fixed one
3999
4000 {/usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/enc/dvips/base/8r.enc}</usr/share/texlive/
4001 texmf-dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmmi10.pfb></usr/share/texlive/texmf-
4002 dist/fonts/type1/public/amsfonts/cm/cmr10.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fo
4003 nts/type1/public/amsfonts/cm/cmsy10.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/ty
4004 pe1/urw/courier/ucrr8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helve
4005 tic/uhvb8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvb8ac.
4006 pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvbo8ac.pfb></usr/
4007 share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvr8a.pfb></usr/share/texliv
4008 e/texmf-dist/fonts/type1/urw/helvetic/uhvro8a.pfb></usr/share/texlive/texmf-dis
4009 t/fonts/type1/urw/symbol/usyr.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/ur
4010 w/symbol/usyr.pfb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/times/utmr8a.p
4011 fb></usr/share/texlive/texmf-dist/fonts/type1/urw/times/utmri8a.pfb>
4012 Output written on refman.pdf (210 pages, 1151473 bytes).
4013 PDF statistics:
4014  7830 PDF objects out of 8907 (max. 8388607)
4015  7272 compressed objects within 73 object streams
4016  1544 named destinations out of 1728 (max. 500000)
4017  4606 words of extra memory for PDF output out of 10000 (max. 10000000)
4018