binaries/src/ViennaRNA/doc/latex/viennarna.bib

   1 @article{zuker:1981,
   2   title={Optimal computer folding of large {RNA} sequences using thermodynamics and auxiliary information},
   3   author={Zuker, M. and Stiegler, P.},
   4   journal={Nucleic acids research},
   5   volume={9},
   6   number={1},
   7   pages={133--148},
   8   year={1981},
   9   publisher={Oxford Univ Press}
  10 }
  11 @article{mccaskill:1990,
  12   title={The equilibrium partition function and base pair binding probabilities for {RNA} secondary structure},
  13   author={McCaskill, J.S.},
  14   journal={Biopolymers},
  15   volume={29},
  16   number={6-7},
  17   pages={1105--1119},
  18   year={1990},
  19   publisher={Wiley Online Library}
  20 }
  21
  22 @article{mathews:2004,
  23   title={Incorporating chemical modification constraints into a dynamic programming algorithm for prediction of {RNA} secondary structure},
  24   author={Mathews, D.H. and Disney, M.D. and Childs, J.L. and Schroeder, S.J. and Zuker, M. and Turner, D.H.},
  25   journal={Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America},
  26   volume={101},
  27   number={19},
  28   pages={7287},
  29   year={2004},
  30   publisher={National Acad Sciences}
  31 }
  32
  33 @article{mathews:1999,
  34   title={Expanded sequence dependence of thermodynamic parameters improves prediction of {RNA} secondary structure},
  35   author={Mathews, D.H. and Sabina, J. and Zuker, M. and Turner, D.H. and others},
  36   journal={Journal of molecular biology},
  37   volume={288},
  38   number={5},
  39   pages={911--940},
  40   year={1999},
  41   publisher={Elsevier Science}
  42 }
  43
  44 @article{turner:2010  ,
  45   title={{NNDB}: The nearest neighbor parameter database for predicting stability of nucleic acid secondary structure},
  46   author={Turner, D.H. and Mathews, D.H.},
  47   journal={Nucleic Acids Research},
  48   volume={38},
  49   number={suppl 1},
  50   pages={D280--D282},
  51   year={2010},
  52   publisher={Oxford Univ Press}
  53 }
  54
  55 @article{turner:1988,
  56   title={{RNA} structure prediction},
  57   author={Turner, D.H. and Sugimoto, N. and Freier, S.M.},
  58   journal={Annual review of biophysics and biophysical chemistry},
  59   volume={17},
  60   number={1},
  61   pages={167--192},
  62   year={1988},
  63   publisher={Annual Reviews 4139 El Camino Way, PO Box 10139, Palo Alto, CA 94303-0139, USA}
  64 }
  65
  66 @article{jaeger:1989,
  67   title={Improved predictions of secondary structures for {RNA}},
  68   author={Jaeger, J.A. and Turner, D.H. and Zuker, M.},
  69   journal={Proceedings of the National Academy of Sciences},
  70   volume={86},
  71   number={20},
  72   pages={7706},
  73   year={1989},
  74   publisher={National Acad Sciences}
  75 }
  76 @article{he:1991,
  77   title={Nearest-neighbor parameters for {G-U} mismatches: {5'GU3'}/{3'UG5'} is destabilizing in the contexts {CGUG/GUGC}, {UGUA/AUGU}, and {AGUU/UUGA} but stabilizing in {GGUC/CUGG}},
  78   author={He, L. and Kierzek, R. and SantaLucia Jr, J. and Walter, A.E. and Turner, D.H.},
  79   journal={Biochemistry},
  80   volume={30},
  81   number={46},
  82   pages={11124--11132},
  83   year={1991},
  84   publisher={ACS Publications}
  85 }
  86 @article{peritz:1991,
  87   title={Thermodynamic study of internal loops in oligoribonucleotides: symmetric loops are more stable than asymmetric loops},
  88   author={Peritz, A.E. and Kierzek, R. and Sugimoto, N. and Turner, D.H.},
  89   journal={Biochemistry},
  90   volume={30},
  91   number={26},
  92   pages={6428--6436},
  93   year={1991},
  94   publisher={ACS Publications}
  95 }
  96 @article{walter:1994,
  97   title={Coaxial stacking of helixes enhances binding of oligoribonucleotides and improves predictions of {RNA} folding},
  98   author={Walter, A.E. and Turner, D.H. and Kim, J. and Lyttle, M.H. and M{\"u}ller, P. and Mathews, D.H. and Zuker, M.},
  99   journal={Proceedings of the National Academy of Sciences},
 100   volume={91},
 101   number={20},
 102   pages={9218},
 103   year={1994},
 104   publisher={National Acad Sciences}
 105 }
 106 @article{bruccoleri:1988,
 107   title={An improved algorithm for nucleic acid secondary structure display},
 108   author={Bruccoleri, R.E. and Heinrich, G.},
 109   journal={Computer applications in the biosciences: CABIOS},
 110   volume={4},
 111   number={1},
 112   pages={167--173},
 113   year={1988},
 114   publisher={Oxford Univ Press}
 115 }
 116 @article{hofacker:1994a,
 117   title={The rules of the evolutionary game for {RNA}: {A} statistical characterization of the sequence to structure mapping in {RNA}},
 118   author={Hofacker, I.L. and Organisiert, C.F.},
 119   year={1994},
 120   publisher={Citeseer}
 121 }
 122 @book{adams:1979,
 123     title = {{T}he {H}itchhikers {Guide} to the {G}alaxy},
 124     author = {Douglas Adams},
 125     year = {1979},
 126 }
 127
 128 @article{dimitrov:2004,
 129   title={Prediction of hybridization and melting for double-stranded nucleic acids},
 130   author={Dimitrov, R.A. and Zuker, M.},
 131   journal={Biophysical Journal},
 132   volume={87},
 133   number={1},
 134   pages={215--226},
 135   year={2004},
 136   publisher={Elsevier}
 137 }
 138
 139 @article{hofacker:1994,
 140   title={Fast folding and comparison of {RNA} secondary structures},
 141   author={Hofacker, I.L. and Fontana, W. and Stadler, P.F. and Bonhoeffer, L.S. and Tacker, M. and Schuster, P.},
 142   journal={Monatshefte f{\"u}r Chemie/Chemical Monthly},
 143   volume={125},
 144   number={2},
 145   pages={167--188},
 146   year={1994},
 147   publisher={Springer}
 148 }
 149
 150 @article{hofacker:2002,
 151   title={Secondary structure prediction for aligned {RNA} sequences},
 152   author={Hofacker, I.L. and Fekete, M. and Stadler, P.F.},
 153   journal={Journal of molecular biology},
 154   volume={319},
 155   number={5},
 156   pages={1059--1066},
 157   year={2002},
 158   publisher={Elsevier}
 159 }
 160 @article{hofacker:2006,
 161   title={Memory efficient folding algorithms for circular {RNA} secondary structures},
 162   author={Hofacker, I.L. and Stadler, P.F.},
 163   journal={Bioinformatics},
 164   volume={22},
 165   number={10},
 166   pages={1172--1176},
 167   year={2006},
 168   publisher={Oxford Univ Press}
 169 }
 170 @article{bernhart:2008,
 171   title={{RNAalifold}: Improved consensus structure prediction for {RNA} alignments},
 172   author={Bernhart, S.H. and Hofacker, I.L. and Will, S. and Gruber, A.R. and Stadler, P.F.},
 173   journal={BMC bioinformatics},
 174   volume={9},
 175   number={1},
 176   pages={474},
 177   year={2008},
 178   publisher={BioMed Central Ltd}
 179 }
 180 @article{bernhart:2006,
 181   title={Partition function and base pairing probabilities of {RNA} heterodimers},
 182   author={Bernhart, S.H. and Tafer, H. and M{\"u}ckstein, U. and Flamm, C. and Stadler, P.F. and Hofacker, I.L.},
 183   journal={Algorithms for Molecular Biology},
 184   volume={1},
 185   number={1},
 186   pages={3},
 187   year={2006},
 188   publisher={BioMed Central Ltd}
 189 }
 190 @article{fontana:1993a,
 191   title={Statistics of {RNA} secondary structures},
 192   author={Fontana, W. and Konings, D.A.M. and Stadler, P.F. and Schuster, P.},
 193   journal={Biopolymers},
 194   volume={33},
 195   number={9},
 196   pages={1389--1404},
 197   year={1993},
 198   publisher={Wiley Online Library}
 199 }
 200 @article{fontana:1993b,
 201   title={{RNA} folding and combinatory landscapes},
 202   author={Fontana, W. and Stadler, P.F. and Bornberg-Bauer, E.G. and Griesmacher, T. and Hofacker, I.L. and Tacker, M. and Tarazona, P. and Weinberger, E.D. and Schuster, P.},
 203   journal={Physical review E},
 204   volume={47},
 205   number={3},
 206   pages={2083},
 207   year={1993},
 208   publisher={APS}
 209 }
 210 @article{shapiro:1990,
 211   title={Comparing multiple {RNA} secondary structures using tree comparisons},
 212   author={Shapiro, B.A. and Zhang, K.},
 213   journal={Computer applications in the biosciences: CABIOS},
 214   volume={6},
 215   number={4},
 216   pages={309--318},
 217   year={1990},
 218   publisher={Oxford Univ Press}
 219 }
 220 @article{shapiro:1988,
 221   title={An algorithm for comparing multiple {RNA} secondary structures},
 222   author={Shapiro, B.A.},
 223   journal={Computer applications in the biosciences: CABIOS},
 224   volume={4},
 225   number={3},
 226   pages={387--393},
 227   year={1988},
 228   publisher={Oxford Univ Press}
 229 }
 230
 231 @article{lorenz:2012,
 232   title = {{RNA} Folding Algorithms with {G-Quadruplexes}},
 233   author = {Lorenz, Ronny and Bernhart, Stephan H. and Externbrink, Fabian and Qin, Jing and H{\"{o}}ner zu Siederdissen, Christian and Amman, Fabian and Hofacker, Ivo L. and Stadler, Peter F.},
 234   year = {2012},
 235   note = {submitted},
 236   abstract = {G-quadruplexes are abundant locally stable structural elements in nucleic acids. The combinatorial theory of RNA structures and the dynamic programming algorithms for RNA secondary structure prediction are extended here to incorporate G-quadruplexes. Using a simple but plausible energy model for quadruplexes, we find that the overwhelming majority of putative quadruplex-forming sequences in the human genome are likely to fold into canonical secondary structures instead.}
 237 }
 238
 239 @article{lorenz:2011,
 240   title={{ViennaRNA} Package 2.0},
 241   author={Lorenz, Ronny and Bernhart, Stephan H. and H{\"o}ner zu Siederdissen, Christian and Tafer, Hakim and Flamm, Christoph and Stadler, Peter F. and Hofacker, Ivo L.},
 242   journal={Algorithms for Molecular Biology},
 243   volume={6},
 244   number={1},
 245   pages={26},
 246   year={2011},
 247   publisher={BioMed Central Ltd},
 248   doi={10.1186/1748-7188-6-26},
 249   abstract={BACKGROUND: Secondary structure forms an important intermediate level of description of nucleic acids that encapsulates the dominating part of the folding energy, is often well conserved in evolution, and is routinely used as a basis to explain experimental findings. Based on carefully measured thermodynamic parameters exact dynamic programming algorithms can be used to compute ground states, base pairing probabilities, as well as thermodynamic properties.\\
 250             RESULTS: The ViennaRNA Package has been a widely used compilation of RNA secondary structure related computer programs for nearly two decades. Major changes in the structure of the standard energy model, the Turner 2004 parameters, the pervasive use of multi-core CPUs, and an increasing number of algorithmic variants prompted a major technical overhaul of both the underlying RNAlib and the interactive user programs. New features include an expanded repertoire of tools to assess RNA-RNA interactions and restricted ensembles of structures, additional output information such as centroid structures and maximum expected accuracy structures derived from base pairing probabilities, or z-scores for locally stable secondary structures, and support for input in fasta format. Updates were implemented without compromising the computational efficiency of the core algorithms and ensuring compatibility with earlier versions.\\
 251             CONCLUSIONS: The ViennaRNA Package 2.0, supporting concurrent computations via OpenMP, can be downloaded from www.tbi.univie.ac.at/RNA }
 252 }
 253
 254 @InProceedings{lorenz:2009,
 255   editor    = {Grosse, Ivo and Neumann, Steffen and Posch, Stefan
 256                   and Schreiber, Falk and Stadler, Peter F.},
 257   author    = {Lorenz, Ronny and Flamm, Christoph and Hofacker, Ivo L.},
 258   title     = {2D Projections of {RNA} folding Landscapes},
 259   booktitle = {German Conference on Bioinformatics 2009},
 260   volume    = {157},
 261   month     = {September},
 262   year      = {2009},
 263   pages     = {11--20},
 264   isbn      = {978-3-88579-251-2},
 265   publisher = {Gesellschaft f.\ Informatik},
 266   address   = {Bonn},
 267   series    = {Lecture Notes in Informatics},
 268   abstract  = {The analysis of RNA folding landscapes yields insights into the kinetic folding
 269 behavior not available from classical structure prediction methods. This is especially
 270 important for multi-stable RNAs whose function is related to structural changes,
 271 as in the case of riboswitches. However, exact methods such as barrier tree analysis
 272 scale exponentially with sequence length. Here we present an algorithm that computes
 273 a projection of the energy landscape into two dimensions, namely the distances
 274 to two reference structures. This yields an abstraction of the high-dimensional energy
 275 landscape that can be conveniently visualized, and can serve as the basis for estimating
 276 energy barriers and refolding pathways. With an asymptotic time complexity of O(n^7)
 277 the algorithm is computationally demanding. However, by exploiting the sparsity of
 278 the dynamic programming matrices and parallelization for multi-core processors, our
 279 implementation is practical for sequences of up to 400 nt, which includes most RNAs
 280 of biological interest.}
 281 }