binaries/src/clustalo/config.log

   1 This file contains any messages produced by compilers while
   2 running configure, to aid debugging if configure makes a mistake.
   3
   4 It was created by Clustal Omega configure 1.2.4, which was
   5 generated by GNU Autoconf 2.63.  Invocation command line was
   6
   7   $ ./configure
   8
   9 ## --------- ##
  10 ## Platform. ##
  11 ## --------- ##
  12
  13 hostname = ningal.cluster.lifesci.dundee.ac.uk
  14 uname -m = x86_64
  15 uname -r = 2.6.32-642.6.1.el6.x86_64
  16 uname -s = Linux
  17 uname -v = #1 SMP Wed Oct 5 00:36:12 UTC 2016
  18
  19 /usr/bin/uname -p = unknown
  20 /bin/uname -X     = unknown
  21
  22 /bin/arch              = x86_64
  23 /usr/bin/arch -k       = unknown
  24 /usr/convex/getsysinfo = unknown
  25 /usr/bin/hostinfo      = unknown
  26 /bin/machine           = unknown
  27 /usr/bin/oslevel       = unknown
  28 /bin/universe          = unknown
  29
  30 PATH: /gridware/sge/bin/lx-amd64
  31 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/anaconda/envs/python3/bin
  32 PATH: /gridware/sge/bin/lx-amd64
  33 PATH: /usr/lib64/qt-3.3/bin
  34 PATH: /usr/local/bin
  35 PATH: /bin
  36 PATH: /usr/bin
  37 PATH: /usr/local/sbin
  38 PATH: /usr/sbin
  39 PATH: /sbin
  40 PATH: /opt/dell/srvadmin/bin
  41 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/anaconda/bin
  42 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/bin/stamp4.4.2/bin/linux
  43 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/bin/mustang3.2.2/bin
  44 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/bin/mafft7.273/bin
  45 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/bin/foldx_Linux/bin
  46 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/NOBACK/lib/oxbench_1_3//bin
  47 PATH: /homes/fmmarquesmadeira/.local/bin/Intellij/bin
  48
  49
  50 ## ----------- ##
  51 ## Core tests. ##
  52 ## ----------- ##
  53
  54 configure:2083:
  55
  56     Welcome to Clustal Omega - version 1.2.4 (AndreaGiacomo)
  57
  58                        +NMMMMMMMMMS=
  59                     MMMMM?      :MMMMM8
  60                   IMMMMS           MMMMM,
  61                 ~MMMMN              ,MMMMM
  62                =MMMMM                 MMMMM
  63               ?MMMMM                  +MMMMM
  64               MMMMMS                   MMMMM
  65               MMMMM                    MMMMM:
  66               MMMMM                    MMMMM+
  67               MMMMM                    MMMMM~
  68               MMMMM                    MMMMM
  69               MMMMMZ                   MMMMM
  70                MMMMM                  ,MMMMZ
  71                 MMMM8                 MMMM+
  72                  MMMMS               MMMM,
  73                    MMMMO           MMMM
  74             ,N       SMMM        MMM8       +8
  75             ,M7         M+       M+        :M8
  76             ,MMMMMMMMMMMMI       MMMMMMMMMMMM8
  77             ,MMMMMMMMMMMM8       MMMMMMMMMMMM8
  78             ,MMMMMMMMMMMMN       MMMMMMMMMMMM8
  79
  80
  81 configure:2194: checking for a BSD-compatible install
  82 configure:2262: result: /usr/bin/install -c
  83 configure:2273: checking whether build environment is sane
  84 configure:2316: result: yes
  85 configure:2341: checking for a thread-safe mkdir -p
  86 configure:2380: result: /bin/mkdir -p
  87 configure:2393: checking for gawk
  88 configure:2409: found /bin/gawk
  89 configure:2420: result: gawk
  90 configure:2431: checking whether make sets $(MAKE)
  91 configure:2453: result: yes
  92 configure:2669: checking for style of include used by make
  93 configure:2697: result: GNU
  94 configure:2767: checking for gcc
  95 configure:2783: found /usr/bin/gcc
  96 configure:2794: result: gcc
  97 configure:3026: checking for C compiler version
  98 configure:3034: gcc --version >&5
  99 gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17)
 100 Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
 101 This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
 102 warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
 103
 104 configure:3038: $? = 0
 105 configure:3045: gcc -v >&5
 106 Using built-in specs.
 107 Target: x86_64-redhat-linux
 108 Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada --enable-java-awt=gtk --disable-dssi --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-1.5.0.0/jre --enable-libgcj-multifile --enable-java-maintainer-mode --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --disable-libjava-multilib --with-ppl --with-cloog --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linux
 109 Thread model: posix
 110 gcc version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17) (GCC)
 111 configure:3049: $? = 0
 112 configure:3056: gcc -V >&5
 113 gcc: '-V' option must have argument
 114 configure:3060: $? = 1
 115 configure:3083: checking for C compiler default output file name
 116 configure:3105: gcc    conftest.c  >&5
 117 configure:3109: $? = 0
 118 configure:3147: result: a.out
 119 configure:3166: checking whether the C compiler works
 120 configure:3176: ./a.out
 121 configure:3180: $? = 0
 122 configure:3199: result: yes
 123 configure:3206: checking whether we are cross compiling
 124 configure:3208: result: no
 125 configure:3211: checking for suffix of executables
 126 configure:3218: gcc -o conftest    conftest.c  >&5
 127 configure:3222: $? = 0
 128 configure:3248: result:
 129 configure:3254: checking for suffix of object files
 130 configure:3280: gcc -c   conftest.c >&5
 131 configure:3284: $? = 0
 132 configure:3309: result: o
 133 configure:3313: checking whether we are using the GNU C compiler
 134 configure:3342: gcc -c   conftest.c >&5
 135 configure:3349: $? = 0
 136 configure:3366: result: yes
 137 configure:3375: checking whether gcc accepts -g
 138 configure:3405: gcc -c -g  conftest.c >&5
 139 configure:3412: $? = 0
 140 configure:3513: result: yes
 141 configure:3530: checking for gcc option to accept ISO C89
 142 configure:3604: gcc  -c -g -O2  conftest.c >&5
 143 configure:3611: $? = 0
 144 configure:3634: result: none needed
 145 configure:3654: checking dependency style of gcc
 146 configure:3745: result: gcc3
 147 configure:3766: checking how to run the C preprocessor
 148 configure:3806: gcc -E  conftest.c
 149 configure:3813: $? = 0
 150 configure:3844: gcc -E  conftest.c
 151 conftest.c:10:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory
 152 configure:3851: $? = 1
 153 configure: failed program was:
 154 | /* confdefs.h.  */
 155 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 156 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 157 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 158 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 159 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 160 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 161 | #define VERSION "1.2.4"
 162 | /* end confdefs.h.  */
 163 | #include <ac_nonexistent.h>
 164 configure:3884: result: gcc -E
 165 configure:3913: gcc -E  conftest.c
 166 configure:3920: $? = 0
 167 configure:3951: gcc -E  conftest.c
 168 conftest.c:10:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory
 169 configure:3958: $? = 1
 170 configure: failed program was:
 171 | /* confdefs.h.  */
 172 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 173 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 174 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 175 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 176 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 177 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 178 | #define VERSION "1.2.4"
 179 | /* end confdefs.h.  */
 180 | #include <ac_nonexistent.h>
 181 configure:3998: checking for grep that handles long lines and -e
 182 configure:4058: result: /bin/grep
 183 configure:4063: checking for egrep
 184 configure:4127: result: /bin/grep -E
 185 configure:4132: checking for ANSI C header files
 186 configure:4162: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 187 configure:4169: $? = 0
 188 configure:4268: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c  >&5
 189 configure:4272: $? = 0
 190 configure:4278: ./conftest
 191 configure:4282: $? = 0
 192 configure:4300: result: yes
 193 configure:4324: checking for sys/types.h
 194 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 195 configure:4352: $? = 0
 196 configure:4369: result: yes
 197 configure:4324: checking for sys/stat.h
 198 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 199 configure:4352: $? = 0
 200 configure:4369: result: yes
 201 configure:4324: checking for stdlib.h
 202 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 203 configure:4352: $? = 0
 204 configure:4369: result: yes
 205 configure:4324: checking for string.h
 206 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 207 configure:4352: $? = 0
 208 configure:4369: result: yes
 209 configure:4324: checking for memory.h
 210 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 211 configure:4352: $? = 0
 212 configure:4369: result: yes
 213 configure:4324: checking for strings.h
 214 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 215 configure:4352: $? = 0
 216 configure:4369: result: yes
 217 configure:4324: checking for inttypes.h
 218 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 219 configure:4352: $? = 0
 220 configure:4369: result: yes
 221 configure:4324: checking for stdint.h
 222 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 223 configure:4352: $? = 0
 224 configure:4369: result: yes
 225 configure:4324: checking for unistd.h
 226 configure:4345: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 227 configure:4352: $? = 0
 228 configure:4369: result: yes
 229 configure:4394: checking minix/config.h usability
 230 configure:4411: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 231 conftest.c:53:26: error: minix/config.h: No such file or directory
 232 configure:4418: $? = 1
 233 configure: failed program was:
 234 | /* confdefs.h.  */
 235 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 236 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 237 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 238 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 239 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 240 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 241 | #define VERSION "1.2.4"
 242 | #define STDC_HEADERS 1
 243 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 244 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 245 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 246 | #define HAVE_STRING_H 1
 247 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 248 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 249 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 250 | #define HAVE_STDINT_H 1
 251 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 252 | /* end confdefs.h.  */
 253 | #include <stdio.h>
 254 | #ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
 255 | # include <sys/types.h>
 256 | #endif
 257 | #ifdef HAVE_SYS_STAT_H
 258 | # include <sys/stat.h>
 259 | #endif
 260 | #ifdef STDC_HEADERS
 261 | # include <stdlib.h>
 262 | # include <stddef.h>
 263 | #else
 264 | # ifdef HAVE_STDLIB_H
 265 | #  include <stdlib.h>
 266 | # endif
 267 | #endif
 268 | #ifdef HAVE_STRING_H
 269 | # if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
 270 | #  include <memory.h>
 271 | # endif
 272 | # include <string.h>
 273 | #endif
 274 | #ifdef HAVE_STRINGS_H
 275 | # include <strings.h>
 276 | #endif
 277 | #ifdef HAVE_INTTYPES_H
 278 | # include <inttypes.h>
 279 | #endif
 280 | #ifdef HAVE_STDINT_H
 281 | # include <stdint.h>
 282 | #endif
 283 | #ifdef HAVE_UNISTD_H
 284 | # include <unistd.h>
 285 | #endif
 286 | #include <minix/config.h>
 287 configure:4432: result: no
 288 configure:4436: checking minix/config.h presence
 289 configure:4451: gcc -E  conftest.c
 290 conftest.c:20:26: error: minix/config.h: No such file or directory
 291 configure:4458: $? = 1
 292 configure: failed program was:
 293 | /* confdefs.h.  */
 294 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 295 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 296 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 297 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 298 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 299 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 300 | #define VERSION "1.2.4"
 301 | #define STDC_HEADERS 1
 302 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 303 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 304 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 305 | #define HAVE_STRING_H 1
 306 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 307 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 308 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 309 | #define HAVE_STDINT_H 1
 310 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 311 | /* end confdefs.h.  */
 312 | #include <minix/config.h>
 313 configure:4472: result: no
 314 configure:4505: checking for minix/config.h
 315 configure:4512: result: no
 316 configure:4543: checking whether it is safe to define __EXTENSIONS__
 317 configure:4571: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 318 configure:4578: $? = 0
 319 configure:4593: result: yes
 320 configure:4627: checking build system type
 321 configure:4645: result: x86_64-unknown-linux-gnu
 322 configure:4667: checking host system type
 323 configure:4682: result: x86_64-unknown-linux-gnu
 324 configure:4708: checking whether make sets $(MAKE)
 325 configure:4730: result: yes
 326 configure:4770: checking for a sed that does not truncate output
 327 configure:4836: result: /bin/sed
 328 configure:4854: checking for fgrep
 329 configure:4918: result: /bin/grep -F
 330 configure:4953: checking for ld used by gcc
 331 configure:5020: result: /usr/bin/ld
 332 configure:5029: checking if the linker (/usr/bin/ld) is GNU ld
 333 configure:5044: result: yes
 334 configure:5056: checking for BSD- or MS-compatible name lister (nm)
 335 configure:5105: result: /usr/bin/nm -B
 336 configure:5223: checking the name lister (/usr/bin/nm -B) interface
 337 configure:5230: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 338 configure:5233: /usr/bin/nm -B "conftest.o"
 339 configure:5236: output
 340 0000000000000000 B some_variable
 341 configure:5243: result: BSD nm
 342 configure:5246: checking whether ln -s works
 343 configure:5250: result: yes
 344 configure:5258: checking the maximum length of command line arguments
 345 configure:5378: result: 1966080
 346 configure:5395: checking whether the shell understands some XSI constructs
 347 configure:5405: result: yes
 348 configure:5409: checking whether the shell understands "+="
 349 configure:5415: result: yes
 350 configure:5450: checking for /usr/bin/ld option to reload object files
 351 configure:5457: result: -r
 352 configure:5526: checking for objdump
 353 configure:5542: found /usr/bin/objdump
 354 configure:5553: result: objdump
 355 configure:5585: checking how to recognize dependent libraries
 356 configure:5781: result: pass_all
 357 configure:5841: checking for ar
 358 configure:5857: found /usr/bin/ar
 359 configure:5868: result: ar
 360 configure:5946: checking for strip
 361 configure:5962: found /usr/bin/strip
 362 configure:5973: result: strip
 363 configure:6045: checking for ranlib
 364 configure:6061: found /usr/bin/ranlib
 365 configure:6072: result: ranlib
 366 configure:6162: checking command to parse /usr/bin/nm -B output from gcc object
 367 configure:6280: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 368 configure:6283: $? = 0
 369 configure:6287: /usr/bin/nm -B conftest.o \| sed -n -e 's/^.*[   ]\([ABCDGIRSTW][ABCDGIRSTW]*\)[         ][      ]*\([_A-Za-z][_A-Za-z0-9]*\)$/\1 \2 \2/p' \> conftest.nm
 370 configure:6290: $? = 0
 371 configure:6344: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c conftstm.o >&5
 372 configure:6347: $? = 0
 373 configure:6385: result: ok
 374 configure:6480: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 375 configure:6483: $? = 0
 376 configure:7250: checking for dlfcn.h
 377 configure:7271: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 378 configure:7278: $? = 0
 379 configure:7295: result: yes
 380 configure:7481: checking for objdir
 381 configure:7496: result: .libs
 382 configure:7792: checking if gcc supports -fno-rtti -fno-exceptions
 383 configure:7810: gcc -c -g -O2  -fno-rtti -fno-exceptions conftest.c >&5
 384 cc1: warning: command line option "-fno-rtti" is valid for C++/ObjC++ but not for C
 385 configure:7814: $? = 0
 386 configure:7827: result: no
 387 configure:7847: checking for gcc option to produce PIC
 388 configure:8119: result: -fPIC -DPIC
 389 configure:8131: checking if gcc PIC flag -fPIC -DPIC works
 390 configure:8149: gcc -c -g -O2  -fPIC -DPIC -DPIC conftest.c >&5
 391 configure:8153: $? = 0
 392 configure:8166: result: yes
 393 configure:8190: checking if gcc static flag -static works
 394 configure:8218: result: yes
 395 configure:8233: checking if gcc supports -c -o file.o
 396 configure:8254: gcc -c -g -O2  -o out/conftest2.o conftest.c >&5
 397 configure:8258: $? = 0
 398 configure:8280: result: yes
 399 configure:8288: checking if gcc supports -c -o file.o
 400 configure:8335: result: yes
 401 configure:8368: checking whether the gcc linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries
 402 configure:9443: result: yes
 403 configure:9480: checking whether -lc should be explicitly linked in
 404 configure:9485: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 405 configure:9488: $? = 0
 406 configure:9503: gcc -shared conftest.o  -v -Wl,-soname -Wl,conftest -o conftest 2\>\&1 \| /bin/grep  -lc  \>/dev/null 2\>\&1
 407 configure:9506: $? = 0
 408 configure:9518: result: no
 409 configure:9682: checking dynamic linker characteristics
 410 configure:10125: gcc -o conftest -g -O2   -Wl,-rpath -Wl,/foo conftest.c  >&5
 411 configure:10132: $? = 0
 412 configure:10377: result: GNU/Linux ld.so
 413 configure:10479: checking how to hardcode library paths into programs
 414 configure:10504: result: immediate
 415 configure:11337: checking whether stripping libraries is possible
 416 configure:11342: result: yes
 417 configure:11377: checking if libtool supports shared libraries
 418 configure:11379: result: yes
 419 configure:11382: checking whether to build shared libraries
 420 configure:11403: result: yes
 421 configure:11406: checking whether to build static libraries
 422 configure:11410: result: yes
 423 configure:11462: checking for a BSD-compatible install
 424 configure:11530: result: /usr/bin/install -c
 425 configure:11598: checking for gcc
 426 configure:11625: result: gcc
 427 configure:11857: checking for C compiler version
 428 configure:11865: gcc --version >&5
 429 gcc (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17)
 430 Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
 431 This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
 432 warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
 433
 434 configure:11869: $? = 0
 435 configure:11876: gcc -v >&5
 436 Using built-in specs.
 437 Target: x86_64-redhat-linux
 438 Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada --enable-java-awt=gtk --disable-dssi --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-1.5.0.0/jre --enable-libgcj-multifile --enable-java-maintainer-mode --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --disable-libjava-multilib --with-ppl --with-cloog --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linux
 439 Thread model: posix
 440 gcc version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17) (GCC)
 441 configure:11880: $? = 0
 442 configure:11887: gcc -V >&5
 443 gcc: '-V' option must have argument
 444 configure:11891: $? = 1
 445 configure:11894: checking whether we are using the GNU C compiler
 446 configure:11947: result: yes
 447 configure:11956: checking whether gcc accepts -g
 448 configure:12094: result: yes
 449 configure:12111: checking for gcc option to accept ISO C89
 450 configure:12215: result: none needed
 451 configure:12235: checking dependency style of gcc
 452 configure:12326: result: gcc3
 453 configure:12347: checking how to run the C preprocessor
 454 configure:12465: result: gcc -E
 455 configure:12494: gcc -E  conftest.c
 456 configure:12501: $? = 0
 457 configure:12532: gcc -E  conftest.c
 458 conftest.c:27:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory
 459 configure:12539: $? = 1
 460 configure: failed program was:
 461 | /* confdefs.h.  */
 462 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 463 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 464 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 465 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 466 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 467 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 468 | #define VERSION "1.2.4"
 469 | #define STDC_HEADERS 1
 470 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 471 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 472 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 473 | #define HAVE_STRING_H 1
 474 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 475 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 476 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 477 | #define HAVE_STDINT_H 1
 478 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 479 | #define __EXTENSIONS__ 1
 480 | #define _ALL_SOURCE 1
 481 | #define _GNU_SOURCE 1
 482 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 483 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 484 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 485 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 486 | /* end confdefs.h.  */
 487 | #include <ac_nonexistent.h>
 488 configure:12641: checking for g++
 489 configure:12657: found /usr/bin/g++
 490 configure:12668: result: g++
 491 configure:12695: checking for C++ compiler version
 492 configure:12703: g++ --version >&5
 493 g++ (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17)
 494 Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
 495 This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
 496 warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
 497
 498 configure:12707: $? = 0
 499 configure:12714: g++ -v >&5
 500 Using built-in specs.
 501 Target: x86_64-redhat-linux
 502 Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada --enable-java-awt=gtk --disable-dssi --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-1.5.0.0/jre --enable-libgcj-multifile --enable-java-maintainer-mode --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --disable-libjava-multilib --with-ppl --with-cloog --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linux
 503 Thread model: posix
 504 gcc version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17) (GCC)
 505 configure:12718: $? = 0
 506 configure:12725: g++ -V >&5
 507 g++: '-V' option must have argument
 508 configure:12729: $? = 1
 509 configure:12732: checking whether we are using the GNU C++ compiler
 510 configure:12761: g++ -c   conftest.cpp >&5
 511 configure:12768: $? = 0
 512 configure:12785: result: yes
 513 configure:12794: checking whether g++ accepts -g
 514 configure:12824: g++ -c -g  conftest.cpp >&5
 515 configure:12831: $? = 0
 516 configure:12932: result: yes
 517 configure:12957: checking dependency style of g++
 518 configure:13048: result: gcc3
 519 configure:13176: checking for C++ compiler version
 520 configure:13184: g++ --version >&5
 521 g++ (GCC) 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17)
 522 Copyright (C) 2010 Free Software Foundation, Inc.
 523 This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
 524 warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.
 525
 526 configure:13188: $? = 0
 527 configure:13195: g++ -v >&5
 528 Using built-in specs.
 529 Target: x86_64-redhat-linux
 530 Configured with: ../configure --prefix=/usr --mandir=/usr/share/man --infodir=/usr/share/info --with-bugurl=http://bugzilla.redhat.com/bugzilla --enable-bootstrap --enable-shared --enable-threads=posix --enable-checking=release --with-system-zlib --enable-__cxa_atexit --disable-libunwind-exceptions --enable-gnu-unique-object --enable-languages=c,c++,objc,obj-c++,java,fortran,ada --enable-java-awt=gtk --disable-dssi --with-java-home=/usr/lib/jvm/java-1.5.0-gcj-1.5.0.0/jre --enable-libgcj-multifile --enable-java-maintainer-mode --with-ecj-jar=/usr/share/java/eclipse-ecj.jar --disable-libjava-multilib --with-ppl --with-cloog --with-tune=generic --with-arch_32=i686 --build=x86_64-redhat-linux
 531 Thread model: posix
 532 gcc version 4.4.7 20120313 (Red Hat 4.4.7-17) (GCC)
 533 configure:13199: $? = 0
 534 configure:13206: g++ -V >&5
 535 g++: '-V' option must have argument
 536 configure:13210: $? = 1
 537 configure:13213: checking whether we are using the GNU C++ compiler
 538 configure:13266: result: yes
 539 configure:13275: checking whether g++ accepts -g
 540 configure:13413: result: yes
 541 configure:13438: checking dependency style of g++
 542 configure:13529: result: gcc3
 543 configure:13552: checking how to run the C++ preprocessor
 544 configure:13588: g++ -E  conftest.cpp
 545 configure:13595: $? = 0
 546 configure:13626: g++ -E  conftest.cpp
 547 conftest.cpp:27:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory
 548 configure:13633: $? = 1
 549 configure: failed program was:
 550 | /* confdefs.h.  */
 551 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 552 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 553 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 554 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 555 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 556 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 557 | #define VERSION "1.2.4"
 558 | #define STDC_HEADERS 1
 559 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 560 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 561 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 562 | #define HAVE_STRING_H 1
 563 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 564 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 565 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 566 | #define HAVE_STDINT_H 1
 567 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 568 | #define __EXTENSIONS__ 1
 569 | #define _ALL_SOURCE 1
 570 | #define _GNU_SOURCE 1
 571 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 572 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 573 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 574 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 575 | /* end confdefs.h.  */
 576 | #include <ac_nonexistent.h>
 577 configure:13666: result: g++ -E
 578 configure:13695: g++ -E  conftest.cpp
 579 configure:13702: $? = 0
 580 configure:13733: g++ -E  conftest.cpp
 581 conftest.cpp:27:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory
 582 configure:13740: $? = 1
 583 configure: failed program was:
 584 | /* confdefs.h.  */
 585 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 586 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 587 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 588 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 589 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 590 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 591 | #define VERSION "1.2.4"
 592 | #define STDC_HEADERS 1
 593 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 594 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 595 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 596 | #define HAVE_STRING_H 1
 597 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 598 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 599 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 600 | #define HAVE_STDINT_H 1
 601 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 602 | #define __EXTENSIONS__ 1
 603 | #define _ALL_SOURCE 1
 604 | #define _GNU_SOURCE 1
 605 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 606 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 607 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 608 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 609 | /* end confdefs.h.  */
 610 | #include <ac_nonexistent.h>
 611 configure:13916: checking for ld used by g++
 612 configure:13983: result: /usr/bin/ld -m elf_x86_64
 613 configure:13992: checking if the linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) is GNU ld
 614 configure:14007: result: yes
 615 configure:14062: checking whether the g++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries
 616 configure:15037: result: yes
 617 configure:15065: g++ -c -g -O2  conftest.cpp >&5
 618 configure:15068: $? = 0
 619 configure:15250: checking for g++ option to produce PIC
 620 configure:15567: result: -fPIC -DPIC
 621 configure:15576: checking if g++ PIC flag -fPIC -DPIC works
 622 configure:15594: g++ -c -g -O2  -fPIC -DPIC -DPIC conftest.cpp >&5
 623 configure:15598: $? = 0
 624 configure:15611: result: yes
 625 configure:15632: checking if g++ static flag -static works
 626 configure:15660: result: yes
 627 configure:15672: checking if g++ supports -c -o file.o
 628 configure:15693: g++ -c -g -O2  -o out/conftest2.o conftest.cpp >&5
 629 configure:15697: $? = 0
 630 configure:15719: result: yes
 631 configure:15724: checking if g++ supports -c -o file.o
 632 configure:15771: result: yes
 633 configure:15801: checking whether the g++ linker (/usr/bin/ld -m elf_x86_64) supports shared libraries
 634 configure:15830: result: yes
 635 configure:15967: checking dynamic linker characteristics
 636 configure:16358: g++ -o conftest -g -O2   -Wl,-rpath -Wl,/foo conftest.cpp  >&5
 637 configure:16365: $? = 0
 638 configure:16610: result: GNU/Linux ld.so
 639 configure:16661: checking how to hardcode library paths into programs
 640 configure:16686: result: immediate
 641 configure:16731: checking how to run the C++ preprocessor
 642 configure:16845: result: g++ -E
 643 configure:16874: g++ -E  conftest.cpp
 644 configure:16881: $? = 0
 645 configure:16912: g++ -E  conftest.cpp
 646 conftest.cpp:27:28: error: ac_nonexistent.h: No such file or directory
 647 configure:16919: $? = 1
 648 configure: failed program was:
 649 | /* confdefs.h.  */
 650 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 651 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 652 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 653 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 654 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 655 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 656 | #define VERSION "1.2.4"
 657 | #define STDC_HEADERS 1
 658 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 659 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 660 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 661 | #define HAVE_STRING_H 1
 662 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 663 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 664 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 665 | #define HAVE_STDINT_H 1
 666 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 667 | #define __EXTENSIONS__ 1
 668 | #define _ALL_SOURCE 1
 669 | #define _GNU_SOURCE 1
 670 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 671 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 672 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 673 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 674 | /* end confdefs.h.  */
 675 | #include <ac_nonexistent.h>
 676 configure:17113: checking for ANSI C header files
 677 configure:17281: result: yes
 678 configure:17319: checking assert.h usability
 679 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 680 configure:17343: $? = 0
 681 configure:17357: result: yes
 682 configure:17361: checking assert.h presence
 683 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 684 configure:17383: $? = 0
 685 configure:17397: result: yes
 686 configure:17430: checking for assert.h
 687 configure:17439: result: yes
 688 configure:17319: checking ctype.h usability
 689 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 690 configure:17343: $? = 0
 691 configure:17357: result: yes
 692 configure:17361: checking ctype.h presence
 693 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 694 configure:17383: $? = 0
 695 configure:17397: result: yes
 696 configure:17430: checking for ctype.h
 697 configure:17439: result: yes
 698 configure:17319: checking float.h usability
 699 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 700 configure:17343: $? = 0
 701 configure:17357: result: yes
 702 configure:17361: checking float.h presence
 703 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 704 configure:17383: $? = 0
 705 configure:17397: result: yes
 706 configure:17430: checking for float.h
 707 configure:17439: result: yes
 708 configure:17319: checking limits.h usability
 709 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 710 configure:17343: $? = 0
 711 configure:17357: result: yes
 712 configure:17361: checking limits.h presence
 713 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 714 configure:17383: $? = 0
 715 configure:17397: result: yes
 716 configure:17430: checking for limits.h
 717 configure:17439: result: yes
 718 configure:17319: checking math.h usability
 719 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 720 configure:17343: $? = 0
 721 configure:17357: result: yes
 722 configure:17361: checking math.h presence
 723 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 724 configure:17383: $? = 0
 725 configure:17397: result: yes
 726 configure:17430: checking for math.h
 727 configure:17439: result: yes
 728 configure:17308: checking for memory.h
 729 configure:17315: result: yes
 730 configure:17319: checking stdarg.h usability
 731 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 732 configure:17343: $? = 0
 733 configure:17357: result: yes
 734 configure:17361: checking stdarg.h presence
 735 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 736 configure:17383: $? = 0
 737 configure:17397: result: yes
 738 configure:17430: checking for stdarg.h
 739 configure:17439: result: yes
 740 configure:17319: checking stdio.h usability
 741 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 742 configure:17343: $? = 0
 743 configure:17357: result: yes
 744 configure:17361: checking stdio.h presence
 745 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 746 configure:17383: $? = 0
 747 configure:17397: result: yes
 748 configure:17430: checking for stdio.h
 749 configure:17439: result: yes
 750 configure:17308: checking for stdlib.h
 751 configure:17315: result: yes
 752 configure:17308: checking for string.h
 753 configure:17315: result: yes
 754 configure:17319: checking time.h usability
 755 configure:17336: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 756 configure:17343: $? = 0
 757 configure:17357: result: yes
 758 configure:17361: checking time.h presence
 759 configure:17376: gcc -E  conftest.c
 760 configure:17383: $? = 0
 761 configure:17397: result: yes
 762 configure:17430: checking for time.h
 763 configure:17439: result: yes
 764 configure:17308: checking for unistd.h
 765 configure:17315: result: yes
 766 configure:17457: checking for an ANSI C-conforming const
 767 configure:17532: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 768 configure:17539: $? = 0
 769 configure:17554: result: yes
 770 configure:17564: checking for size_t
 771 configure:17592: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 772 configure:17599: $? = 0
 773 configure:17626: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 774 conftest.c: In function 'main':
 775 conftest.c:79: error: expected expression before ')' token
 776 configure:17633: $? = 1
 777 configure: failed program was:
 778 | /* confdefs.h.  */
 779 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 780 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 781 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 782 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 783 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 784 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 785 | #define VERSION "1.2.4"
 786 | #define STDC_HEADERS 1
 787 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 788 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 789 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 790 | #define HAVE_STRING_H 1
 791 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 792 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 793 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 794 | #define HAVE_STDINT_H 1
 795 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 796 | #define __EXTENSIONS__ 1
 797 | #define _ALL_SOURCE 1
 798 | #define _GNU_SOURCE 1
 799 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 800 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 801 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 802 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 803 | #define CLUSTALO 1
 804 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
 805 | #define LINUX 1
 806 | #define STDC_HEADERS 1
 807 | #define HAVE_ASSERT_H 1
 808 | #define HAVE_CTYPE_H 1
 809 | #define HAVE_FLOAT_H 1
 810 | #define HAVE_LIMITS_H 1
 811 | #define HAVE_MATH_H 1
 812 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 813 | #define HAVE_STDARG_H 1
 814 | #define HAVE_STDIO_H 1
 815 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 816 | #define HAVE_STRING_H 1
 817 | #define HAVE_TIME_H 1
 818 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 819 | /* end confdefs.h.  */
 820 | #include <stdio.h>
 821 | #ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
 822 | # include <sys/types.h>
 823 | #endif
 824 | #ifdef HAVE_SYS_STAT_H
 825 | # include <sys/stat.h>
 826 | #endif
 827 | #ifdef STDC_HEADERS
 828 | # include <stdlib.h>
 829 | # include <stddef.h>
 830 | #else
 831 | # ifdef HAVE_STDLIB_H
 832 | #  include <stdlib.h>
 833 | # endif
 834 | #endif
 835 | #ifdef HAVE_STRING_H
 836 | # if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
 837 | #  include <memory.h>
 838 | # endif
 839 | # include <string.h>
 840 | #endif
 841 | #ifdef HAVE_STRINGS_H
 842 | # include <strings.h>
 843 | #endif
 844 | #ifdef HAVE_INTTYPES_H
 845 | # include <inttypes.h>
 846 | #endif
 847 | #ifdef HAVE_STDINT_H
 848 | # include <stdint.h>
 849 | #endif
 850 | #ifdef HAVE_UNISTD_H
 851 | # include <unistd.h>
 852 | #endif
 853 | int
 854 | main ()
 855 | {
 856 | if (sizeof ((size_t)))
 857 |         return 0;
 858 |   ;
 859 |   return 0;
 860 | }
 861 configure:17656: result: yes
 862 configure:17668: checking for inline
 863 configure:17694: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 864 configure:17701: $? = 0
 865 configure:17719: result: inline
 866 configure:17746: checking for log in -lm
 867 configure:17781: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -lm   >&5
 868 conftest.c:50: warning: conflicting types for built-in function 'log'
 869 configure:17788: $? = 0
 870 configure:17809: result: yes
 871 configure:17824: checking for log2 in -lm
 872 configure:17859: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -lm  -lm  >&5
 873 conftest.c:51: warning: conflicting types for built-in function 'log2'
 874 configure:17866: $? = 0
 875 configure:17887: result: yes
 876 configure:17918: checking argtable2.h usability
 877 configure:17935: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 878 configure:17942: $? = 0
 879 configure:17956: result: yes
 880 configure:17960: checking argtable2.h presence
 881 configure:17975: gcc -E  conftest.c
 882 configure:17982: $? = 0
 883 configure:17996: result: yes
 884 configure:18029: checking for argtable2.h
 885 configure:18038: result: yes
 886 configure:18058: checking for arg_parse in -largtable2
 887 configure:18093: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2  -lm  >&5
 888 configure:18100: $? = 0
 889 configure:18121: result: yes
 890 configure:18274: checking for OpenMP flag of C compiler
 891 configure:18320: gcc -o conftest -g -O2 -fopenmp   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
 892 configure:18327: $? = 0
 893 configure:18350: result: -fopenmp
 894 configure:18399: checking whether byte ordering is bigendian
 895 configure:18424: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 896 conftest.c:49: error: expected '=', ',', ';', 'asm' or '__attribute__' before 'a'
 897 configure:18431: $? = 1
 898 configure: failed program was:
 899 | /* confdefs.h.  */
 900 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 901 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 902 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 903 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 904 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 905 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 906 | #define VERSION "1.2.4"
 907 | #define STDC_HEADERS 1
 908 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 909 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 910 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 911 | #define HAVE_STRING_H 1
 912 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 913 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 914 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 915 | #define HAVE_STDINT_H 1
 916 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 917 | #define __EXTENSIONS__ 1
 918 | #define _ALL_SOURCE 1
 919 | #define _GNU_SOURCE 1
 920 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 921 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 922 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 923 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 924 | #define CLUSTALO 1
 925 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
 926 | #define LINUX 1
 927 | #define STDC_HEADERS 1
 928 | #define HAVE_ASSERT_H 1
 929 | #define HAVE_CTYPE_H 1
 930 | #define HAVE_FLOAT_H 1
 931 | #define HAVE_LIMITS_H 1
 932 | #define HAVE_MATH_H 1
 933 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 934 | #define HAVE_STDARG_H 1
 935 | #define HAVE_STDIO_H 1
 936 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 937 | #define HAVE_STRING_H 1
 938 | #define HAVE_TIME_H 1
 939 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 940 | #define HAVE_LIBM 1
 941 | #define HAVE_LOG2 1
 942 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
 943 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
 944 | #define HAVE_OPENMP 1
 945 | /* end confdefs.h.  */
 946 | #ifndef __APPLE_CC__
 947 |              not a universal capable compiler
 948 |            #endif
 949 |            typedef int dummy;
 950 |
 951 configure:18481: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 952 configure:18488: $? = 0
 953 configure:18520: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
 954 conftest.c: In function 'main':
 955 conftest.c:55: error: 'not' undeclared (first use in this function)
 956 conftest.c:55: error: (Each undeclared identifier is reported only once
 957 conftest.c:55: error: for each function it appears in.)
 958 conftest.c:55: error: expected ';' before 'big'
 959 configure:18527: $? = 1
 960 configure: failed program was:
 961 | /* confdefs.h.  */
 962 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
 963 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
 964 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
 965 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
 966 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
 967 | #define PACKAGE "clustal-omega"
 968 | #define VERSION "1.2.4"
 969 | #define STDC_HEADERS 1
 970 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
 971 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
 972 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 973 | #define HAVE_STRING_H 1
 974 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 975 | #define HAVE_STRINGS_H 1
 976 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
 977 | #define HAVE_STDINT_H 1
 978 | #define HAVE_UNISTD_H 1
 979 | #define __EXTENSIONS__ 1
 980 | #define _ALL_SOURCE 1
 981 | #define _GNU_SOURCE 1
 982 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
 983 | #define _TANDEM_SOURCE 1
 984 | #define HAVE_DLFCN_H 1
 985 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
 986 | #define CLUSTALO 1
 987 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
 988 | #define LINUX 1
 989 | #define STDC_HEADERS 1
 990 | #define HAVE_ASSERT_H 1
 991 | #define HAVE_CTYPE_H 1
 992 | #define HAVE_FLOAT_H 1
 993 | #define HAVE_LIMITS_H 1
 994 | #define HAVE_MATH_H 1
 995 | #define HAVE_MEMORY_H 1
 996 | #define HAVE_STDARG_H 1
 997 | #define HAVE_STDIO_H 1
 998 | #define HAVE_STDLIB_H 1
 999 | #define HAVE_STRING_H 1
1000 | #define HAVE_TIME_H 1
1001 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1002 | #define HAVE_LIBM 1
1003 | #define HAVE_LOG2 1
1004 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1005 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1006 | #define HAVE_OPENMP 1
1007 | /* end confdefs.h.  */
1008 | #include <sys/types.h>
1009 |               #include <sys/param.h>
1010 |
1011 | int
1012 | main ()
1013 | {
1014 | #if BYTE_ORDER != BIG_ENDIAN
1015 |                not big endian
1016 |               #endif
1017 |
1018 |   ;
1019 |   return 0;
1020 | }
1021 configure:18779: result: no
1022 configure:18809: checking for ntohs
1023 configure:18865: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1024 configure:18872: $? = 0
1025 configure:18894: result: yes
1026 configure:18809: checking for ntohl
1027 configure:18865: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1028 configure:18872: $? = 0
1029 configure:18894: result: yes
1030 configure:18809: checking for ntons
1031 configure:18865: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1032 /tmp/ccMjUguw.o: In function `main':
1033 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/conftest.c:84: undefined reference to `ntons'
1034 collect2: ld returned 1 exit status
1035 configure:18872: $? = 1
1036 configure: failed program was:
1037 | /* confdefs.h.  */
1038 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1039 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1040 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1041 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1042 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1043 | #define PACKAGE "clustal-omega"
1044 | #define VERSION "1.2.4"
1045 | #define STDC_HEADERS 1
1046 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1047 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1048 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1049 | #define HAVE_STRING_H 1
1050 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1051 | #define HAVE_STRINGS_H 1
1052 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
1053 | #define HAVE_STDINT_H 1
1054 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1055 | #define __EXTENSIONS__ 1
1056 | #define _ALL_SOURCE 1
1057 | #define _GNU_SOURCE 1
1058 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1059 | #define _TANDEM_SOURCE 1
1060 | #define HAVE_DLFCN_H 1
1061 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
1062 | #define CLUSTALO 1
1063 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
1064 | #define LINUX 1
1065 | #define STDC_HEADERS 1
1066 | #define HAVE_ASSERT_H 1
1067 | #define HAVE_CTYPE_H 1
1068 | #define HAVE_FLOAT_H 1
1069 | #define HAVE_LIMITS_H 1
1070 | #define HAVE_MATH_H 1
1071 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1072 | #define HAVE_STDARG_H 1
1073 | #define HAVE_STDIO_H 1
1074 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1075 | #define HAVE_STRING_H 1
1076 | #define HAVE_TIME_H 1
1077 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1078 | #define HAVE_LIBM 1
1079 | #define HAVE_LOG2 1
1080 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1081 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1082 | #define HAVE_OPENMP 1
1083 | #define HAVE_NTOHS 1
1084 | #define HAVE_NTOHL 1
1085 | /* end confdefs.h.  */
1086 | /* Define ntons to an innocuous variant, in case <limits.h> declares ntons.
1087 |    For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
1088 | #define ntons innocuous_ntons
1089 |
1090 | /* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
1091 |     which can conflict with char ntons (); below.
1092 |     Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
1093 |     <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
1094 |
1095 | #ifdef __STDC__
1096 | # include <limits.h>
1097 | #else
1098 | # include <assert.h>
1099 | #endif
1100 |
1101 | #undef ntons
1102 |
1103 | /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
1104 |    Use char because int might match the return type of a GCC
1105 |    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
1106 | #ifdef __cplusplus
1107 | extern "C"
1108 | #endif
1109 | char ntons ();
1110 | /* The GNU C library defines this for functions which it implements
1111 |     to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
1112 |     something starting with __ and the normal name is an alias.  */
1113 | #if defined __stub_ntons || defined __stub___ntons
1114 | choke me
1115 | #endif
1116 |
1117 | int
1118 | main ()
1119 | {
1120 | return ntons ();
1121 |   ;
1122 |   return 0;
1123 | }
1124 configure:18894: result: no
1125 configure:18809: checking for ntonl
1126 configure:18865: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1127 /tmp/ccc48aZC.o: In function `main':
1128 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/conftest.c:84: undefined reference to `ntonl'
1129 collect2: ld returned 1 exit status
1130 configure:18872: $? = 1
1131 configure: failed program was:
1132 | /* confdefs.h.  */
1133 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1134 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1135 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1136 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1137 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1138 | #define PACKAGE "clustal-omega"
1139 | #define VERSION "1.2.4"
1140 | #define STDC_HEADERS 1
1141 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1142 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1143 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1144 | #define HAVE_STRING_H 1
1145 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1146 | #define HAVE_STRINGS_H 1
1147 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
1148 | #define HAVE_STDINT_H 1
1149 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1150 | #define __EXTENSIONS__ 1
1151 | #define _ALL_SOURCE 1
1152 | #define _GNU_SOURCE 1
1153 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1154 | #define _TANDEM_SOURCE 1
1155 | #define HAVE_DLFCN_H 1
1156 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
1157 | #define CLUSTALO 1
1158 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
1159 | #define LINUX 1
1160 | #define STDC_HEADERS 1
1161 | #define HAVE_ASSERT_H 1
1162 | #define HAVE_CTYPE_H 1
1163 | #define HAVE_FLOAT_H 1
1164 | #define HAVE_LIMITS_H 1
1165 | #define HAVE_MATH_H 1
1166 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1167 | #define HAVE_STDARG_H 1
1168 | #define HAVE_STDIO_H 1
1169 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1170 | #define HAVE_STRING_H 1
1171 | #define HAVE_TIME_H 1
1172 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1173 | #define HAVE_LIBM 1
1174 | #define HAVE_LOG2 1
1175 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1176 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1177 | #define HAVE_OPENMP 1
1178 | #define HAVE_NTOHS 1
1179 | #define HAVE_NTOHL 1
1180 | /* end confdefs.h.  */
1181 | /* Define ntonl to an innocuous variant, in case <limits.h> declares ntonl.
1182 |    For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
1183 | #define ntonl innocuous_ntonl
1184 |
1185 | /* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
1186 |     which can conflict with char ntonl (); below.
1187 |     Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
1188 |     <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
1189 |
1190 | #ifdef __STDC__
1191 | # include <limits.h>
1192 | #else
1193 | # include <assert.h>
1194 | #endif
1195 |
1196 | #undef ntonl
1197 |
1198 | /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
1199 |    Use char because int might match the return type of a GCC
1200 |    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
1201 | #ifdef __cplusplus
1202 | extern "C"
1203 | #endif
1204 | char ntonl ();
1205 | /* The GNU C library defines this for functions which it implements
1206 |     to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
1207 |     something starting with __ and the normal name is an alias.  */
1208 | #if defined __stub_ntonl || defined __stub___ntonl
1209 | choke me
1210 | #endif
1211 |
1212 | int
1213 | main ()
1214 | {
1215 | return ntonl ();
1216 |   ;
1217 |   return 0;
1218 | }
1219 configure:18894: result: no
1220 configure:18911: checking size of unsigned short
1221 configure:19216: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1222 configure:19220: $? = 0
1223 configure:19226: ./conftest
1224 configure:19230: $? = 0
1225 configure:19256: result: 2
1226 configure:19270: checking size of unsigned int
1227 configure:19575: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1228 configure:19579: $? = 0
1229 configure:19585: ./conftest
1230 configure:19589: $? = 0
1231 configure:19615: result: 4
1232 configure:19629: checking size of unsigned long
1233 configure:19934: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1234 configure:19938: $? = 0
1235 configure:19944: ./conftest
1236 configure:19948: $? = 0
1237 configure:19974: result: 8
1238 configure:19988: checking size of unsigned long long
1239 configure:20293: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1240 configure:20297: $? = 0
1241 configure:20303: ./conftest
1242 configure:20307: $? = 0
1243 configure:20333: result: 8
1244 configure:20349: checking for stroul
1245 configure:20405: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1246 /tmp/ccLKPuKy.o: In function `main':
1247 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/conftest.c:88: undefined reference to `stroul'
1248 collect2: ld returned 1 exit status
1249 configure:20412: $? = 1
1250 configure: failed program was:
1251 | /* confdefs.h.  */
1252 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1253 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1254 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1255 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1256 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1257 | #define PACKAGE "clustal-omega"
1258 | #define VERSION "1.2.4"
1259 | #define STDC_HEADERS 1
1260 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1261 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1262 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1263 | #define HAVE_STRING_H 1
1264 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1265 | #define HAVE_STRINGS_H 1
1266 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
1267 | #define HAVE_STDINT_H 1
1268 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1269 | #define __EXTENSIONS__ 1
1270 | #define _ALL_SOURCE 1
1271 | #define _GNU_SOURCE 1
1272 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1273 | #define _TANDEM_SOURCE 1
1274 | #define HAVE_DLFCN_H 1
1275 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
1276 | #define CLUSTALO 1
1277 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
1278 | #define LINUX 1
1279 | #define STDC_HEADERS 1
1280 | #define HAVE_ASSERT_H 1
1281 | #define HAVE_CTYPE_H 1
1282 | #define HAVE_FLOAT_H 1
1283 | #define HAVE_LIMITS_H 1
1284 | #define HAVE_MATH_H 1
1285 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1286 | #define HAVE_STDARG_H 1
1287 | #define HAVE_STDIO_H 1
1288 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1289 | #define HAVE_STRING_H 1
1290 | #define HAVE_TIME_H 1
1291 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1292 | #define HAVE_LIBM 1
1293 | #define HAVE_LOG2 1
1294 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1295 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1296 | #define HAVE_OPENMP 1
1297 | #define HAVE_NTOHS 1
1298 | #define HAVE_NTOHL 1
1299 | #define SIZEOF_UNSIGNED_SHORT 2
1300 | #define SIZEOF_UNSIGNED_INT 4
1301 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG 8
1302 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG 8
1303 | /* end confdefs.h.  */
1304 | /* Define stroul to an innocuous variant, in case <limits.h> declares stroul.
1305 |    For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
1306 | #define stroul innocuous_stroul
1307 |
1308 | /* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
1309 |     which can conflict with char stroul (); below.
1310 |     Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
1311 |     <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
1312 |
1313 | #ifdef __STDC__
1314 | # include <limits.h>
1315 | #else
1316 | # include <assert.h>
1317 | #endif
1318 |
1319 | #undef stroul
1320 |
1321 | /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
1322 |    Use char because int might match the return type of a GCC
1323 |    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
1324 | #ifdef __cplusplus
1325 | extern "C"
1326 | #endif
1327 | char stroul ();
1328 | /* The GNU C library defines this for functions which it implements
1329 |     to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
1330 |     something starting with __ and the normal name is an alias.  */
1331 | #if defined __stub_stroul || defined __stub___stroul
1332 | choke me
1333 | #endif
1334 |
1335 | int
1336 | main ()
1337 | {
1338 | return stroul ();
1339 |   ;
1340 |   return 0;
1341 | }
1342 configure:20434: result: no
1343 configure:20349: checking for strtoull
1344 configure:20405: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1345 configure:20412: $? = 0
1346 configure:20434: result: yes
1347 configure:20451: checking for ftello
1348 configure:20507: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1349 configure:20514: $? = 0
1350 configure:20536: result: yes
1351 configure:20451: checking for fseeko
1352 configure:20507: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1353 configure:20514: $? = 0
1354 configure:20536: result: yes
1355 configure:20553: checking for ftello64
1356 configure:20609: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1357 configure:20616: $? = 0
1358 configure:20638: result: yes
1359 configure:20553: checking for fseeko64
1360 configure:20609: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1361 configure:20616: $? = 0
1362 configure:20638: result: yes
1363 configure:20655: checking for ftell64
1364 configure:20711: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1365 /tmp/ccIKIivi.o: In function `main':
1366 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/conftest.c:93: undefined reference to `ftell64'
1367 collect2: ld returned 1 exit status
1368 configure:20718: $? = 1
1369 configure: failed program was:
1370 | /* confdefs.h.  */
1371 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1372 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1373 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1374 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1375 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1376 | #define PACKAGE "clustal-omega"
1377 | #define VERSION "1.2.4"
1378 | #define STDC_HEADERS 1
1379 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1380 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1381 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1382 | #define HAVE_STRING_H 1
1383 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1384 | #define HAVE_STRINGS_H 1
1385 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
1386 | #define HAVE_STDINT_H 1
1387 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1388 | #define __EXTENSIONS__ 1
1389 | #define _ALL_SOURCE 1
1390 | #define _GNU_SOURCE 1
1391 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1392 | #define _TANDEM_SOURCE 1
1393 | #define HAVE_DLFCN_H 1
1394 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
1395 | #define CLUSTALO 1
1396 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
1397 | #define LINUX 1
1398 | #define STDC_HEADERS 1
1399 | #define HAVE_ASSERT_H 1
1400 | #define HAVE_CTYPE_H 1
1401 | #define HAVE_FLOAT_H 1
1402 | #define HAVE_LIMITS_H 1
1403 | #define HAVE_MATH_H 1
1404 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1405 | #define HAVE_STDARG_H 1
1406 | #define HAVE_STDIO_H 1
1407 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1408 | #define HAVE_STRING_H 1
1409 | #define HAVE_TIME_H 1
1410 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1411 | #define HAVE_LIBM 1
1412 | #define HAVE_LOG2 1
1413 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1414 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1415 | #define HAVE_OPENMP 1
1416 | #define HAVE_NTOHS 1
1417 | #define HAVE_NTOHL 1
1418 | #define SIZEOF_UNSIGNED_SHORT 2
1419 | #define SIZEOF_UNSIGNED_INT 4
1420 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG 8
1421 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG 8
1422 | #define HAVE_STRTOULL 1
1423 | #define HAVE_FTELLO 1
1424 | #define HAVE_FSEEKO 1
1425 | #define HAVE_FTELLO64 1
1426 | #define HAVE_FSEEKO64 1
1427 | /* end confdefs.h.  */
1428 | /* Define ftell64 to an innocuous variant, in case <limits.h> declares ftell64.
1429 |    For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
1430 | #define ftell64 innocuous_ftell64
1431 |
1432 | /* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
1433 |     which can conflict with char ftell64 (); below.
1434 |     Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
1435 |     <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
1436 |
1437 | #ifdef __STDC__
1438 | # include <limits.h>
1439 | #else
1440 | # include <assert.h>
1441 | #endif
1442 |
1443 | #undef ftell64
1444 |
1445 | /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
1446 |    Use char because int might match the return type of a GCC
1447 |    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
1448 | #ifdef __cplusplus
1449 | extern "C"
1450 | #endif
1451 | char ftell64 ();
1452 | /* The GNU C library defines this for functions which it implements
1453 |     to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
1454 |     something starting with __ and the normal name is an alias.  */
1455 | #if defined __stub_ftell64 || defined __stub___ftell64
1456 | choke me
1457 | #endif
1458 |
1459 | int
1460 | main ()
1461 | {
1462 | return ftell64 ();
1463 |   ;
1464 |   return 0;
1465 | }
1466 configure:20740: result: no
1467 configure:20655: checking for fseek64
1468 configure:20711: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1469 /tmp/cc95kpLo.o: In function `main':
1470 /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/conftest.c:93: undefined reference to `fseek64'
1471 collect2: ld returned 1 exit status
1472 configure:20718: $? = 1
1473 configure: failed program was:
1474 | /* confdefs.h.  */
1475 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1476 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1477 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1478 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1479 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1480 | #define PACKAGE "clustal-omega"
1481 | #define VERSION "1.2.4"
1482 | #define STDC_HEADERS 1
1483 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1484 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1485 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1486 | #define HAVE_STRING_H 1
1487 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1488 | #define HAVE_STRINGS_H 1
1489 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
1490 | #define HAVE_STDINT_H 1
1491 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1492 | #define __EXTENSIONS__ 1
1493 | #define _ALL_SOURCE 1
1494 | #define _GNU_SOURCE 1
1495 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1496 | #define _TANDEM_SOURCE 1
1497 | #define HAVE_DLFCN_H 1
1498 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
1499 | #define CLUSTALO 1
1500 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
1501 | #define LINUX 1
1502 | #define STDC_HEADERS 1
1503 | #define HAVE_ASSERT_H 1
1504 | #define HAVE_CTYPE_H 1
1505 | #define HAVE_FLOAT_H 1
1506 | #define HAVE_LIMITS_H 1
1507 | #define HAVE_MATH_H 1
1508 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1509 | #define HAVE_STDARG_H 1
1510 | #define HAVE_STDIO_H 1
1511 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1512 | #define HAVE_STRING_H 1
1513 | #define HAVE_TIME_H 1
1514 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1515 | #define HAVE_LIBM 1
1516 | #define HAVE_LOG2 1
1517 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1518 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1519 | #define HAVE_OPENMP 1
1520 | #define HAVE_NTOHS 1
1521 | #define HAVE_NTOHL 1
1522 | #define SIZEOF_UNSIGNED_SHORT 2
1523 | #define SIZEOF_UNSIGNED_INT 4
1524 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG 8
1525 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG 8
1526 | #define HAVE_STRTOULL 1
1527 | #define HAVE_FTELLO 1
1528 | #define HAVE_FSEEKO 1
1529 | #define HAVE_FTELLO64 1
1530 | #define HAVE_FSEEKO64 1
1531 | /* end confdefs.h.  */
1532 | /* Define fseek64 to an innocuous variant, in case <limits.h> declares fseek64.
1533 |    For example, HP-UX 11i <limits.h> declares gettimeofday.  */
1534 | #define fseek64 innocuous_fseek64
1535 |
1536 | /* System header to define __stub macros and hopefully few prototypes,
1537 |     which can conflict with char fseek64 (); below.
1538 |     Prefer <limits.h> to <assert.h> if __STDC__ is defined, since
1539 |     <limits.h> exists even on freestanding compilers.  */
1540 |
1541 | #ifdef __STDC__
1542 | # include <limits.h>
1543 | #else
1544 | # include <assert.h>
1545 | #endif
1546 |
1547 | #undef fseek64
1548 |
1549 | /* Override any GCC internal prototype to avoid an error.
1550 |    Use char because int might match the return type of a GCC
1551 |    builtin and then its argument prototype would still apply.  */
1552 | #ifdef __cplusplus
1553 | extern "C"
1554 | #endif
1555 | char fseek64 ();
1556 | /* The GNU C library defines this for functions which it implements
1557 |     to always fail with ENOSYS.  Some functions are actually named
1558 |     something starting with __ and the normal name is an alias.  */
1559 | #if defined __stub_fseek64 || defined __stub___fseek64
1560 | choke me
1561 | #endif
1562 |
1563 | int
1564 | main ()
1565 | {
1566 | return fseek64 ();
1567 |   ;
1568 |   return 0;
1569 | }
1570 configure:20740: result: no
1571 configure:20753: checking for off_t
1572 configure:20781: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
1573 configure:20788: $? = 0
1574 configure:20815: gcc -c -g -O2  conftest.c >&5
1575 conftest.c: In function 'main':
1576 conftest.c:95: error: expected expression before ')' token
1577 configure:20822: $? = 1
1578 configure: failed program was:
1579 | /* confdefs.h.  */
1580 | #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1581 | #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1582 | #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1583 | #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1584 | #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1585 | #define PACKAGE "clustal-omega"
1586 | #define VERSION "1.2.4"
1587 | #define STDC_HEADERS 1
1588 | #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1589 | #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1590 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1591 | #define HAVE_STRING_H 1
1592 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1593 | #define HAVE_STRINGS_H 1
1594 | #define HAVE_INTTYPES_H 1
1595 | #define HAVE_STDINT_H 1
1596 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1597 | #define __EXTENSIONS__ 1
1598 | #define _ALL_SOURCE 1
1599 | #define _GNU_SOURCE 1
1600 | #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1601 | #define _TANDEM_SOURCE 1
1602 | #define HAVE_DLFCN_H 1
1603 | #define LT_OBJDIR ".libs/"
1604 | #define CLUSTALO 1
1605 | #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
1606 | #define LINUX 1
1607 | #define STDC_HEADERS 1
1608 | #define HAVE_ASSERT_H 1
1609 | #define HAVE_CTYPE_H 1
1610 | #define HAVE_FLOAT_H 1
1611 | #define HAVE_LIMITS_H 1
1612 | #define HAVE_MATH_H 1
1613 | #define HAVE_MEMORY_H 1
1614 | #define HAVE_STDARG_H 1
1615 | #define HAVE_STDIO_H 1
1616 | #define HAVE_STDLIB_H 1
1617 | #define HAVE_STRING_H 1
1618 | #define HAVE_TIME_H 1
1619 | #define HAVE_UNISTD_H 1
1620 | #define HAVE_LIBM 1
1621 | #define HAVE_LOG2 1
1622 | #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
1623 | #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
1624 | #define HAVE_OPENMP 1
1625 | #define HAVE_NTOHS 1
1626 | #define HAVE_NTOHL 1
1627 | #define SIZEOF_UNSIGNED_SHORT 2
1628 | #define SIZEOF_UNSIGNED_INT 4
1629 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG 8
1630 | #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG 8
1631 | #define HAVE_STRTOULL 1
1632 | #define HAVE_FTELLO 1
1633 | #define HAVE_FSEEKO 1
1634 | #define HAVE_FTELLO64 1
1635 | #define HAVE_FSEEKO64 1
1636 | /* end confdefs.h.  */
1637 | #include <stdio.h>
1638 | #ifdef HAVE_SYS_TYPES_H
1639 | # include <sys/types.h>
1640 | #endif
1641 | #ifdef HAVE_SYS_STAT_H
1642 | # include <sys/stat.h>
1643 | #endif
1644 | #ifdef STDC_HEADERS
1645 | # include <stdlib.h>
1646 | # include <stddef.h>
1647 | #else
1648 | # ifdef HAVE_STDLIB_H
1649 | #  include <stdlib.h>
1650 | # endif
1651 | #endif
1652 | #ifdef HAVE_STRING_H
1653 | # if !defined STDC_HEADERS && defined HAVE_MEMORY_H
1654 | #  include <memory.h>
1655 | # endif
1656 | # include <string.h>
1657 | #endif
1658 | #ifdef HAVE_STRINGS_H
1659 | # include <strings.h>
1660 | #endif
1661 | #ifdef HAVE_INTTYPES_H
1662 | # include <inttypes.h>
1663 | #endif
1664 | #ifdef HAVE_STDINT_H
1665 | # include <stdint.h>
1666 | #endif
1667 | #ifdef HAVE_UNISTD_H
1668 | # include <unistd.h>
1669 | #endif
1670 | int
1671 | main ()
1672 | {
1673 | if (sizeof ((off_t)))
1674 |         return 0;
1675 |   ;
1676 |   return 0;
1677 | }
1678 configure:20845: result: yes
1679 configure:20861: checking size of fpos_t
1680 configure:21166: gcc -o conftest -g -O2   conftest.c -largtable2 -lm  >&5
1681 configure:21170: $? = 0
1682 configure:21176: ./conftest
1683 configure:21180: $? = 0
1684 configure:21206: result: 16
1685 configure:21249: checking if malloc debugging is wanted
1686 configure:21269: result: no
1687 configure:21293: checking whether to build with debug information
1688 configure:21302: result: no
1689 configure:21476: creating ./config.status
1690
1691 ## ---------------------- ##
1692 ## Running config.status. ##
1693 ## ---------------------- ##
1694
1695 This file was extended by Clustal Omega config.status 1.2.4, which was
1696 generated by GNU Autoconf 2.63.  Invocation command line was
1697
1698   CONFIG_FILES    =
1699   CONFIG_HEADERS  =
1700   CONFIG_LINKS    =
1701   CONFIG_COMMANDS =
1702   $ ./config.status
1703
1704 on ningal.cluster.lifesci.dundee.ac.uk
1705
1706 config.status:1097: creating Makefile
1707 config.status:1097: creating src/Makefile
1708 config.status:1097: creating clustalo.pc
1709 config.status:1097: creating Doxyfile
1710 config.status:1097: creating src/clustal/Makefile
1711 config.status:1097: creating src/hhalign/Makefile
1712 config.status:1097: creating src/kmpp/Makefile
1713 config.status:1097: creating src/squid/Makefile
1714 config.status:1097: creating src/config.h
1715 config.status:1319: src/config.h is unchanged
1716 config.status:1371: executing src/clustal-omega-config.h commands
1717 config.status:1411: creating src/clustal-omega-config.h - prefix CLUSTAL_OMEGA for src/config.h defines
1718 config.status:1433: src/clustal-omega-config.h is unchanged
1719 config.status:1371: executing depfiles commands
1720 config.status:1371: executing libtool commands
1721
1722 ## ---------------- ##
1723 ## Cache variables. ##
1724 ## ---------------- ##
1725
1726 ac_cv_build=x86_64-unknown-linux-gnu
1727 ac_cv_c_bigendian=no
1728 ac_cv_c_compiler_gnu=yes
1729 ac_cv_c_const=yes
1730 ac_cv_c_inline=inline
1731 ac_cv_cxx_compiler_gnu=yes
1732 ac_cv_env_CCC_set=
1733 ac_cv_env_CCC_value=
1734 ac_cv_env_CC_set=
1735 ac_cv_env_CC_value=
1736 ac_cv_env_CFLAGS_set=
1737 ac_cv_env_CFLAGS_value=
1738 ac_cv_env_CPPFLAGS_set=
1739 ac_cv_env_CPPFLAGS_value=
1740 ac_cv_env_CPP_set=
1741 ac_cv_env_CPP_value=
1742 ac_cv_env_CXXCPP_set=
1743 ac_cv_env_CXXCPP_value=
1744 ac_cv_env_CXXFLAGS_set=
1745 ac_cv_env_CXXFLAGS_value=
1746 ac_cv_env_CXX_set=
1747 ac_cv_env_CXX_value=
1748 ac_cv_env_LDFLAGS_set=
1749 ac_cv_env_LDFLAGS_value=
1750 ac_cv_env_LIBS_set=
1751 ac_cv_env_LIBS_value=
1752 ac_cv_env_build_alias_set=
1753 ac_cv_env_build_alias_value=
1754 ac_cv_env_host_alias_set=
1755 ac_cv_env_host_alias_value=
1756 ac_cv_env_target_alias_set=
1757 ac_cv_env_target_alias_value=
1758 ac_cv_func_fseek64=no
1759 ac_cv_func_fseeko64=yes
1760 ac_cv_func_fseeko=yes
1761 ac_cv_func_ftell64=no
1762 ac_cv_func_ftello64=yes
1763 ac_cv_func_ftello=yes
1764 ac_cv_func_ntohl=yes
1765 ac_cv_func_ntohs=yes
1766 ac_cv_func_ntonl=no
1767 ac_cv_func_ntons=no
1768 ac_cv_func_stroul=no
1769 ac_cv_func_strtoull=yes
1770 ac_cv_header_argtable2_h=yes
1771 ac_cv_header_assert_h=yes
1772 ac_cv_header_ctype_h=yes
1773 ac_cv_header_dlfcn_h=yes
1774 ac_cv_header_float_h=yes
1775 ac_cv_header_inttypes_h=yes
1776 ac_cv_header_limits_h=yes
1777 ac_cv_header_math_h=yes
1778 ac_cv_header_memory_h=yes
1779 ac_cv_header_minix_config_h=no
1780 ac_cv_header_stdarg_h=yes
1781 ac_cv_header_stdc=yes
1782 ac_cv_header_stdint_h=yes
1783 ac_cv_header_stdio_h=yes
1784 ac_cv_header_stdlib_h=yes
1785 ac_cv_header_string_h=yes
1786 ac_cv_header_strings_h=yes
1787 ac_cv_header_sys_stat_h=yes
1788 ac_cv_header_sys_types_h=yes
1789 ac_cv_header_time_h=yes
1790 ac_cv_header_unistd_h=yes
1791 ac_cv_host=x86_64-unknown-linux-gnu
1792 ac_cv_lib_argtable2_arg_parse=yes
1793 ac_cv_lib_m_log2=yes
1794 ac_cv_lib_m_log=yes
1795 ac_cv_objext=o
1796 ac_cv_path_EGREP='/bin/grep -E'
1797 ac_cv_path_FGREP='/bin/grep -F'
1798 ac_cv_path_GREP=/bin/grep
1799 ac_cv_path_SED=/bin/sed
1800 ac_cv_path_install='/usr/bin/install -c'
1801 ac_cv_path_mkdir=/bin/mkdir
1802 ac_cv_prog_AWK=gawk
1803 ac_cv_prog_CPP='gcc -E'
1804 ac_cv_prog_CXXCPP='g++ -E'
1805 ac_cv_prog_ac_ct_AR=ar
1806 ac_cv_prog_ac_ct_CC=gcc
1807 ac_cv_prog_ac_ct_CXX=g++
1808 ac_cv_prog_ac_ct_OBJDUMP=objdump
1809 ac_cv_prog_ac_ct_RANLIB=ranlib
1810 ac_cv_prog_ac_ct_STRIP=strip
1811 ac_cv_prog_cc_c89=
1812 ac_cv_prog_cc_g=yes
1813 ac_cv_prog_cxx_g=yes
1814 ac_cv_prog_make_make_set=yes
1815 ac_cv_safe_to_define___extensions__=yes
1816 ac_cv_sizeof_fpos_t=16
1817 ac_cv_sizeof_unsigned_int=4
1818 ac_cv_sizeof_unsigned_long=8
1819 ac_cv_sizeof_unsigned_long_long=8
1820 ac_cv_sizeof_unsigned_short=2
1821 ac_cv_type_off_t=yes
1822 ac_cv_type_size_t=yes
1823 am_cv_CC_dependencies_compiler_type=gcc3
1824 am_cv_CXX_dependencies_compiler_type=gcc3
1825 ax_cv_c_openmp=-fopenmp
1826 lt_cv_deplibs_check_method=pass_all
1827 lt_cv_file_magic_cmd='$MAGIC_CMD'
1828 lt_cv_file_magic_test_file=
1829 lt_cv_ld_reload_flag=-r
1830 lt_cv_nm_interface='BSD nm'
1831 lt_cv_objdir=.libs
1832 lt_cv_path_LD=/usr/bin/ld
1833 lt_cv_path_LDCXX='/usr/bin/ld -m elf_x86_64'
1834 lt_cv_path_NM='/usr/bin/nm -B'
1835 lt_cv_prog_compiler_c_o=yes
1836 lt_cv_prog_compiler_c_o_CXX=yes
1837 lt_cv_prog_compiler_pic_works=yes
1838 lt_cv_prog_compiler_pic_works_CXX=yes
1839 lt_cv_prog_compiler_rtti_exceptions=no
1840 lt_cv_prog_compiler_static_works=yes
1841 lt_cv_prog_compiler_static_works_CXX=yes
1842 lt_cv_prog_gnu_ld=yes
1843 lt_cv_prog_gnu_ldcxx=yes
1844 lt_cv_sys_global_symbol_pipe='sed -n -e '\''s/^.*[       ]\([ABCDGIRSTW][ABCDGIRSTW]*\)[         ][      ]*\([_A-Za-z][_A-Za-z0-9]*\)$/\1 \2 \2/p'\'''
1845 lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address='sed -n -e '\''s/^: \([^ ]*\) $/  {\"\1\", (void *) 0},/p'\'' -e '\''s/^[ABCDGIRSTW]* \([^ ]*\) \([^ ]*\)$/  {"\2", (void *) \&\2},/p'\'''
1846 lt_cv_sys_global_symbol_to_c_name_address_lib_prefix='sed -n -e '\''s/^: \([^ ]*\) $/  {\"\1\", (void *) 0},/p'\'' -e '\''s/^[ABCDGIRSTW]* \([^ ]*\) \(lib[^ ]*\)$/  {"\2", (void *) \&\2},/p'\'' -e '\''s/^[ABCDGIRSTW]* \([^ ]*\) \([^ ]*\)$/  {"lib\2", (void *) \&\2},/p'\'''
1847 lt_cv_sys_global_symbol_to_cdecl='sed -n -e '\''s/^T .* \(.*\)$/extern int \1();/p'\'' -e '\''s/^[ABCDGIRSTW]* .* \(.*\)$/extern char \1;/p'\'''
1848 lt_cv_sys_max_cmd_len=1966080
1849
1850 ## ----------------- ##
1851 ## Output variables. ##
1852 ## ----------------- ##
1853
1854 ACLOCAL='${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/missing --run aclocal-1.10'
1855 AMDEPBACKSLASH='\'
1856 AMDEP_FALSE='#'
1857 AMDEP_TRUE=''
1858 AMTAR='${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/missing --run tar'
1859 AM_CFLAGS=' -O3'
1860 AM_CXXFLAGS=' -O3'
1861 AM_LDFLAGS=''
1862 AR='ar'
1863 AUTOCONF='${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/missing --run autoconf'
1864 AUTOHEADER='${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/missing --run autoheader'
1865 AUTOMAKE='${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/missing --run automake-1.10'
1866 AWK='gawk'
1867 CC='gcc'
1868 CCDEPMODE='depmode=gcc3'
1869 CFLAGS='-g -O2'
1870 CPP='gcc -E'
1871 CPPFLAGS=''
1872 CXX='g++'
1873 CXXCPP='g++ -E'
1874 CXXDEPMODE='depmode=gcc3'
1875 CXXFLAGS='-g -O2'
1876 CYGPATH_W='echo'
1877 DEFS='-DHAVE_CONFIG_H'
1878 DEPDIR='.deps'
1879 DSYMUTIL=''
1880 DUMPBIN=''
1881 ECHO_C=''
1882 ECHO_N='-n'
1883 ECHO_T=''
1884 EGREP='/bin/grep -E'
1885 EXEEXT=''
1886 FGREP='/bin/grep -F'
1887 GREP='/bin/grep'
1888 INSTALL_DATA='${INSTALL} -m 644'
1889 INSTALL_PROGRAM='${INSTALL}'
1890 INSTALL_SCRIPT='${INSTALL}'
1891 INSTALL_STRIP_PROGRAM='$(install_sh) -c -s'
1892 LD='/usr/bin/ld -m elf_x86_64'
1893 LDFLAGS=''
1894 LIBOBJS=''
1895 LIBS='-largtable2 -lm '
1896 LIBTOOL='$(SHELL) $(top_builddir)/libtool'
1897 LIPO=''
1898 LN_S='ln -s'
1899 LTLIBOBJS=''
1900 MAKEINFO='${SHELL} /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/missing --run makeinfo'
1901 MKDIR_P='/bin/mkdir -p'
1902 NM='/usr/bin/nm -B'
1903 NMEDIT=''
1904 OBJDUMP='objdump'
1905 OBJEXT='o'
1906 OPENMP_CFLAGS='-fopenmp'
1907 OPENMP_CXXFLAGS='-fopenmp'
1908 OTOOL64=''
1909 OTOOL=''
1910 PACKAGE='clustal-omega'
1911 PACKAGE_BUGREPORT='clustalw@ucd.ie'
1912 PACKAGE_CODENAME='AndreaGiacomo'
1913 PACKAGE_NAME='Clustal Omega'
1914 PACKAGE_STRING='Clustal Omega 1.2.4'
1915 PACKAGE_TARNAME='clustal-omega'
1916 PACKAGE_VERSION='1.2.4'
1917 PATH_SEPARATOR=':'
1918 RANLIB='ranlib'
1919 SED='/bin/sed'
1920 SET_MAKE=''
1921 SHELL='/bin/sh'
1922 STRIP='strip'
1923 VERSION='1.2.4'
1924 ac_ct_CC='gcc'
1925 ac_ct_CXX='g++'
1926 ac_ct_DUMPBIN=''
1927 am__fastdepCC_FALSE='#'
1928 am__fastdepCC_TRUE=''
1929 am__fastdepCXX_FALSE='#'
1930 am__fastdepCXX_TRUE=''
1931 am__include='include'
1932 am__isrc=''
1933 am__leading_dot='.'
1934 am__quote=''
1935 am__tar='${AMTAR} chof - "$$tardir"'
1936 am__untar='${AMTAR} xf -'
1937 bindir='${exec_prefix}/bin'
1938 build='x86_64-unknown-linux-gnu'
1939 build_alias=''
1940 build_cpu='x86_64'
1941 build_os='linux-gnu'
1942 build_vendor='unknown'
1943 datadir='${datarootdir}'
1944 datarootdir='${prefix}/share'
1945 docdir='${datarootdir}/doc/${PACKAGE_TARNAME}'
1946 dvidir='${docdir}'
1947 exec_prefix='${prefix}'
1948 host='x86_64-unknown-linux-gnu'
1949 host_alias=''
1950 host_cpu='x86_64'
1951 host_os='linux-gnu'
1952 host_vendor='unknown'
1953 htmldir='${docdir}'
1954 includedir='${prefix}/include'
1955 infodir='${datarootdir}/info'
1956 install_sh='$(SHELL) /homes/fmmarquesmadeira/Projects/jabaws/binaries/src/clustalo/install-sh'
1957 libdir='${exec_prefix}/lib'
1958 libexecdir='${exec_prefix}/libexec'
1959 localedir='${datarootdir}/locale'
1960 localstatedir='${prefix}/var'
1961 lt_ECHO='echo'
1962 mandir='${datarootdir}/man'
1963 mkdir_p='/bin/mkdir -p'
1964 oldincludedir='/usr/include'
1965 pdfdir='${docdir}'
1966 prefix='/usr/local'
1967 program_transform_name='s,x,x,'
1968 psdir='${docdir}'
1969 sbindir='${exec_prefix}/sbin'
1970 sharedstatedir='${prefix}/com'
1971 sysconfdir='${prefix}/etc'
1972 target_alias=''
1973
1974 ## ----------- ##
1975 ## confdefs.h. ##
1976 ## ----------- ##
1977
1978 #define PACKAGE_NAME "Clustal Omega"
1979 #define PACKAGE_TARNAME "clustal-omega"
1980 #define PACKAGE_VERSION "1.2.4"
1981 #define PACKAGE_STRING "Clustal Omega 1.2.4"
1982 #define PACKAGE_BUGREPORT "clustalw@ucd.ie"
1983 #define PACKAGE "clustal-omega"
1984 #define VERSION "1.2.4"
1985 #define STDC_HEADERS 1
1986 #define HAVE_SYS_TYPES_H 1
1987 #define HAVE_SYS_STAT_H 1
1988 #define HAVE_STDLIB_H 1
1989 #define HAVE_STRING_H 1
1990 #define HAVE_MEMORY_H 1
1991 #define HAVE_STRINGS_H 1
1992 #define HAVE_INTTYPES_H 1
1993 #define HAVE_STDINT_H 1
1994 #define HAVE_UNISTD_H 1
1995 #define __EXTENSIONS__ 1
1996 #define _ALL_SOURCE 1
1997 #define _GNU_SOURCE 1
1998 #define _POSIX_PTHREAD_SEMANTICS 1
1999 #define _TANDEM_SOURCE 1
2000 #define HAVE_DLFCN_H 1
2001 #define LT_OBJDIR ".libs/"
2002 #define CLUSTALO 1
2003 #define PACKAGE_CODENAME "AndreaGiacomo"
2004 #define LINUX 1
2005 #define STDC_HEADERS 1
2006 #define HAVE_ASSERT_H 1
2007 #define HAVE_CTYPE_H 1
2008 #define HAVE_FLOAT_H 1
2009 #define HAVE_LIMITS_H 1
2010 #define HAVE_MATH_H 1
2011 #define HAVE_MEMORY_H 1
2012 #define HAVE_STDARG_H 1
2013 #define HAVE_STDIO_H 1
2014 #define HAVE_STDLIB_H 1
2015 #define HAVE_STRING_H 1
2016 #define HAVE_TIME_H 1
2017 #define HAVE_UNISTD_H 1
2018 #define HAVE_LIBM 1
2019 #define HAVE_LOG2 1
2020 #define HAVE_ARGTABLE2_H 1
2021 #define HAVE_LIBARGTABLE2 1
2022 #define HAVE_OPENMP 1
2023 #define HAVE_NTOHS 1
2024 #define HAVE_NTOHL 1
2025 #define SIZEOF_UNSIGNED_SHORT 2
2026 #define SIZEOF_UNSIGNED_INT 4
2027 #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG 8
2028 #define SIZEOF_UNSIGNED_LONG_LONG 8
2029 #define HAVE_STRTOULL 1
2030 #define HAVE_FTELLO 1
2031 #define HAVE_FSEEKO 1
2032 #define HAVE_FTELLO64 1
2033 #define HAVE_FSEEKO64 1
2034 #define SIZEOF_FPOS_T 16
2035 #define NDEBUG /**/
2036
2037 configure: exit 0