binaries/src/clustalo/src/clustal/hhalign_wrapper.h

   1 /*********************************************************************
   2  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   3  *
   4  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   5  *
   6  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9  * License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * This file is part of Clustal-Omega.
  12  *
  13  ********************************************************************/
  14
  15 /*
  16  *  RCS $Id: hhalign_wrapper.h 289 2013-09-17 10:09:37Z fabian $
  17  */
  18
  19 extern void
  20 SetDefaultHhalignPara(hhalign_para *prHhalignPara);
  21
  22 extern int
  23 PosteriorProbabilities(mseq_t *prMSeq, hmm_light rHMMalignment, hhalign_para rHhalignPara, char *pcPosteriorfile);
  24
  25 extern double
  26 PileUp(mseq_t *prMSeq, hhalign_para rHhalignPara, int iClustersize);
  27
  28 extern double
  29 HHalignWrapper(mseq_t *mseq, int *piOrderLR,
  30                double *pdSeqWeights, int iNodeCount,
  31                hmm_light *prHMMList, int iHMMCount,
  32                int iProfProfSeparator, hhalign_para rHhalignPara);
  33 void
  34 SanitiseUnknown(mseq_t *mseq);