binaries/src/clustalo/src/clustal/pair_dist.h

   1 /*********************************************************************
   2  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   3  *
   4  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   5  *
   6  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   7  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
   8  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
   9  * License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * This file is part of Clustal-Omega.
  12  *
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  14
  15 /*
  16  *  RCS $Id: pair_dist.h 302 2016-06-13 13:35:50Z fabian $
  17  */
  18
  19
  20 #ifndef CLUSTALO_PAIR_DIST_H
  21 #define CLUSTALO_PAIR_DIST_H
  22
  23 #define PAIRDIST_UNKNOWN 0
  24 /* k-tuple distances: Wilbur and Lipman (1983) */
  25 #define PAIRDIST_KTUPLE 1
  26 /* fractional identity between aligned sequences. denominator is
  27  * minimum seq len (see squid:aligneval.c) */
  28 #define PAIRDIST_SQUIDID 2
  29 /* SQUIDID + Kimura correction */
  30 #define PAIRDIST_SQUIDID_KIMURA 3
  31
  32 #include "seq.h"
  33 #include "symmatrix.h"
  34
  35 extern int
  36 PairDistances(symmatrix_t **distmat, mseq_t *mseq, const int pairdist_type, bool bPercID,
  37               const int istart, const unsigned long int iend,
  38               const int jstart, const unsigned long int jend,
  39               char *fdist_in, char *fdist_out);
  40
  41 #endif
  42