binaries/src/clustalo/src/hhalign/general.h

   1 /* -*- mode: c; tab-width: 4; c-basic-offset: 4; indent-tabs-mode: nil -*- */
   2
   3 /*********************************************************************
   4  * Clustal Omega - Multiple sequence alignment
   5  *
   6  * Copyright (C) 2010 University College Dublin
   7  *
   8  * Clustal-Omega is free software; you can redistribute it and/or
   9  * modify it under the terms of the GNU General Public License as
  10  * published by the Free Software Foundation; either version 2 of the
  11  * License, or (at your option) any later version.
  12  *
  13  * This file is part of Clustal-Omega.
  14  *
  15  ********************************************************************/
  16
  17 /*
  18  * RCS $Id: general.h 247 2011-06-16 11:41:15Z fabian $
  19  */
  20
  21
  22 #ifndef GENERAL_H
  23 #define GENERAL_H
  24
  25
  26 #include "../clustal/log.h"
  27
  28 /*
  29 ***** Omega definitions************************************
  30  FS, 2010-02-19
  31 */
  32 enum {NO = 0, YES};
  33 enum {BASE10 = 10};
  34 enum {AMINOACIDS = 20, STATE_TRANSITIONS = 7};
  35 enum {MAXWORD = 100, MAXLEN = 10000};
  36 enum {OVER_ALLOCATE = 2};
  37 enum {FAILURE = -1, OK};
  38 enum {RETURN_OK = 0, RETURN_FROM_MAC, RETURN_FROM_VITERBI, RETURN_FROM_PRINT_ALI, RETURN_FROM_RNP, RETURN_UNKNOWN};
  39 enum {REALLY_BIG_MEMORY_MB = 64000};
  40 enum {F_OFFSET = 1};
  41 enum {INTERN_ALN_2_HMM = 0, READ_ALN_2_HMM, READ_HMM_2_HMM, INTERN_HMM_2_HMM};
  42 #define UNITY 1.00
  43
  44 /*#define MIN(a,b) ((a)<(b)?(a):(b))*/
  45
  46
  47 /* parameters passed from Clustal-Omega to hhalign; FS, r240 -> */
  48 typedef struct {
  49
  50     int iMacRamMB; /* dedicated amount of RAM for Maximum Accuracy (in MB) */
  51
  52 } hhalign_para;
  53
  54 typedef struct {
  55   /***public***/
  56   int n_display;
  57   char **sname;
  58   char **seq;
  59   int ncons;
  60   int nfirst;
  61   int nss_dssp;
  62   int nsa_dssp;
  63   int nss_pred;
  64   int nss_conf;
  65   int L;
  66   int N_in;
  67   int N_filtered;
  68   float *Neff_M;
  69   float *Neff_I;
  70   float *Neff_D;
  71   float Neff_HMM;
  72   char *longname;
  73   char name[511];
  74   char file[511];
  75   char fam[511];
  76   char sfam[511];
  77   char fold[511];
  78   char cl[511];
  79   float lamda;
  80   float mu;
  81   /***private***/
  82   float **f;
  83   float **g;
  84   float **p;
  85   float **tr;
  86   float **linTr;
  87   char trans_lin;
  88   char *ss_dssp;
  89   char *sa_dssp;
  90   char *ss_pred;
  91   char *ss_conf;
  92   char *Xcons;
  93   float pav[20];
  94   float pnul[20];
  95   int *l;
  96
  97 } hmm_light;
  98
  99
 100 #endif
 101