binaries/src/compilebin.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 echo ""
   4 echo "Compiling Clustalw..."
   5 cd clustalw
   6 chmod +x ./configure
   7 ./configure
   8 make clean
   9 make
  10 chmod +x src/clustalw2
  11 cd ..
  12
  13 echo "Compiling Mafft..."
  14 cd mafft/core
  15 make clean
  16 make
  17 cd ../..
  18
  19 echo "Compiling Mafft dependency fasta34..."
  20 cd fasta34
  21 rm *.o
  22 make
  23 chmod +x fasta34
  24 cd ..
  25
  26
  27 echo "Compiling Muscle..."
  28 cd muscle
  29 rm -f *.o
  30 make
  31 chmod +x muscle
  32 cd ..
  33
  34 echo "Compiling Probcons..."
  35 cd probcons
  36 make clean
  37 make
  38 chmod +x probcons
  39 cd ..
  40
  41 echo "Compiling T-Coffee..."
  42 cd tcoffee
  43 chmod +x install
  44 ./install clean
  45 ./install t_coffee -force
  46 chmod +x t_coffee_source/t_coffee
  47 cd ..
  48
  49 echo "Compiling DisEMBL..."
  50 cd disembl
  51 gcc -O3 disembl.c -o disembl
  52 echo "DONE"
  53 chmod +x disembl DisEMBL.py
  54
  55 echo "Compiling DisEMBL dependancy Tisean... "
  56 cd Tisean_3.0.1
  57 ./configure
  58 make
  59 cp source_c/sav_gol ../
  60 cd ..
  61 echo "DONE"
  62 chmod +x sav_gol
  63 cd ..
  64
  65 # TODO copy sav_gol other from disembl
  66 echo "Compiling GlobPlot..."
  67 cd globplot
  68 echo "DONE"
  69 # TODO deal with the links
  70 chmod +x GlobPlot.py
  71 cd ..
  72
  73 echo "Compiling IUPred..."
  74 cd iupred
  75 make clean
  76 make
  77 echo "DONE"
  78 cd ..
  79