binaries/src/compilebin.sh

   1 #!/bin/bash
   2
   3 echo ""
   4 echo "Compiling Clustalw..."
   5 cd clustalw
   6 chmod +x ./configure
   7 ./configure
   8 make clean
   9 make
  10 chmod +x src/clustalw2
  11 cd ..
  12
  13 echo "Compiling Mafft..."
  14 cd mafft/core
  15 make clean
  16 make
  17 chmod +x mafft
  18 cd ../..
  19 cd mafft/binaries
  20 chmod +x *
  21 cd ../..
  22
  23
  24 echo "Compiling Mafft dependency fasta34..."
  25 cd fasta34
  26 rm *.o
  27 make
  28 chmod +x fasta34
  29 cd ..
  30
  31
  32 echo "Compiling Muscle..."
  33 cd muscle
  34 rm -f *.o
  35 make
  36 chmod +x muscle
  37 cd ..
  38
  39 echo "Compiling Probcons..."
  40 cd probcons
  41 make clean
  42 make
  43 chmod +x probcons
  44 cd ..
  45
  46 echo "Compiling T-Coffee..."
  47 cd tcoffee
  48 chmod +x install
  49 ./install clean
  50 ./install t_coffee -force
  51 chmod +x t_coffee_source/t_coffee
  52 cd ..
  53
  54 echo "Compiling DisEMBL..."
  55 cd disembl
  56 gcc -O3 disembl.c -o disembl
  57 echo "DONE"
  58 chmod +x disembl DisEMBL.py
  59
  60 echo "Compiling DisEMBL dependancy Tisean... "
  61 cd Tisean_3.0.1
  62 ./configure
  63 make
  64 cp source_c/sav_gol ../
  65 cd ..
  66 echo "DONE"
  67 chmod +x sav_gol
  68 cd ..
  69
  70 echo "Compiling GlobPlot..."
  71 cd globplot
  72 echo "DONE"
  73 # TODO deal with the links
  74 chmod +x GlobPlot.py
  75 cd ..
  76