binaries/src/jpred/lib/Index/EMBOSS.pm

   1 package Index::EMBOSS;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6
   7 use POSIX qw(WIFEXITED WEXITSTATUS WIFSIGNALED WTERMSIG);
   8 use IPC::Open3;
   9
  10 use base qw(Root);
  11
  12 use FASTA::File;
  13
  14 sub read_index { 1 }
  15
  16 sub get_sequence {
  17   my ( $self, $key ) = @_;
  18   croak "No value for get_sequence" unless $key;
  19
  20   my @cmd = split / /, "seqret -filter $key";
  21
  22   my $pid = open3( undef, \*RD, \*ERR, @cmd );
  23
  24   my $seqs = FASTA::File->new( read => \*RD );
  25   my @err = <ERR>;
  26
  27   pop @err;
  28   pop @err;
  29
  30   close RD;
  31   close ERR;
  32   waitpid $pid, 0;
  33
  34   # Everything was okay...
  35   if ( WIFEXITED($?) and not WEXITSTATUS($?) ) { return $seqs }
  36
  37   # Non-zero exit
  38   elsif ( WIFEXITED($?) and WEXITSTATUS($?) ) {
  39     carp "seqret had a problem: $?; $!";
  40     carp @err;
  41   }
  42
  43   # Was it stopped by an external program
  44   elsif ( WIFSIGNALED($?) ) {
  45     carp "seqret halted by external signal " . WTERMSIG($?);
  46   } else {
  47     carp "seqret suffered from a random pantwetting event";
  48   }
  49
  50   return undef;
  51 }
  52
  53 1;