binaries/src/jpred/lib/Jpred.pm

   1 package Jpred;
   2
   3 =head1 NAME
   4
   5 jpred.pm -- Jpred module to define all necessary global and environment variables
   6
   7 =cut
   8
   9 use warnings;
  10 use strict;
  11
  12 BEGIN {
  13   use Exporter;
  14   our @ISA = ('Exporter');
  15   our @EXPORT =
  16     qw($WEBSERVER $WEBSERVERCGI $SERVERROOT $SRSSERVER $CHKLOG $RESULTS $PDBLNK $CSS $IMAGES $JNET $TIMEOUT $BATCHLIM $DUNDEE $JPREDUSER $JPREDEMAIL $MAILHOST $JPREDROOT $BINDIR $LIBDIR $JOBDIR $PREFIX $RESOURCE $BLASTDB $SWALL $SWALLFILT $PDB $PDB_DAT $JPREDHEAD $JPREDFOOT &xsystem);
  17   our @EXPORT_OK = @EXPORT;
  18 }
  19
  20 # library path for Mail::CheckUser dependency for jpred_form.
  21 # for some reason doesn't work if in PERL5LIB
  22 use lib '/sw/lib/perl5.10.1/lib/perl5';
  23
  24 # URIs
  25 #our $WEBSERVER    = 'http://www.compbio.dundee.ac.uk/www-jpred';
  26 our $WEBSERVER    = 'http://webserv1.cluster.lifesci.dundee.ac.uk:3209';
  27 our $WEBSERVERCGI = "$WEBSERVER/cgi-bin";
  28
  29 #$SERVERROOT = "$WEBSERVER/~www-jpred";
  30 our $SERVERROOT = "$WEBSERVER";
  31 our $SRSSERVER  = 'http://srs.ebi.ac.uk/srs6bin/cgi-bin';
  32 our $CHKLOG     = "$WEBSERVERCGI/chklog?";
  33 our $RESULTS    = "$SERVERROOT/results";
  34 our $PDBLNK     = "http://www.ebi.ac.uk/pdbsum/";
  35 our $CSS        = "$SERVERROOT/jpred.css";
  36 our $IMAGES     = "$SERVERROOT/images";
  37 our $JNET       = "$SERVERROOT/about.html#jnet";
  38
  39 # This is the time (in seconds) the job is allowed to take
  40 our $TIMEOUT  = 60 * 60;    # now is 60mins
  41 our $BATCHLIM = 200;
  42
  43 our $DUNDEE = "http://www.dundee.ac.uk";
  44
  45 # e-mail details
  46 our $JPREDUSER  = 'www-jpred';
  47 our $JPREDEMAIL = 'www-jpred@compbio.dundee.ac.uk';
  48 our $MAILHOST   = 'smtp.lifesci.dundee.ac.uk';        # CC 19/05/06 - updated to current smtp host from weevil
  49
  50 # Server paths
  51 #our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/live';
  52 #our $JPREDROOT = '/homes/www-jpred/devel';
  53 our $JPREDROOT = '/home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable';
  54
  55 # Directory for binaries either on the cluster or on the www server
  56 our $BINDIR = "$JPREDROOT/bin";
  57
  58 # path to perl modules
  59 our $LIBDIR = "$JPREDROOT/lib";
  60
  61 # Cluster paths
  62 our $JOBDIR = "$JPREDROOT/public_html/results";       # directory for output
  63
  64 # Cluster names
  65 our $PREFIX   = "jp_";                                # Prefix for job submissions (qstat will only display 10 chars of job name)
  66 our $RESOURCE = "www_service2";                       # Resource for the submission to use
  67
  68 # Variables for external programs
  69 # psiblast
  70 $ENV{BLASTMAT} = "$JPREDROOT/data/blast";
  71 our $BLASTDB = $JPREDROOT . "/databases";
  72 $ENV{BLASTDB} = $BLASTDB;
  73 our $SWALL     = "$BLASTDB/uniref90";
  74 our $SWALLFILT = "$SWALL.filt";
  75 our $PDB       = '/db/blastdb/pdb';
  76 our $PDB_DAT   = '/db/blastdb/DB.dat';
  77
  78 # ncoils matrix location
  79 $ENV{COILSDIR} = "$JPREDROOT/data/coils";
  80
  81 # Error checking system call
  82 sub xsystem {
  83   my ($command) = @_;
  84   my $rc = 0xffff & system $command;
  85   if ( $rc == 0 ) {
  86     return;
  87   } elsif ( $rc == 0xff00 ) {
  88     print "'$command' failed!\n";
  89     die "Jpred failed\n";
  90   } elsif ( ( $rc & 0xff ) == 0 ) {
  91     $rc >>= 8;
  92     die "'$command' did something else! (exited $rc)\n";
  93   } else {
  94     if ( $rc & 0x80 ) {
  95       $rc &= ~0x80;
  96       print "'$command' dumped core!\n";
  97       die "Jpred failed\n";
  98     }
  99   }
 100 }
 101
 102 # The header and footer for any HTML produced dynamically
 103 our $JPREDHEAD = "      <div id=\"header\">
 104
 105          <a href=\"$DUNDEE\">
 106          <img class=\"uod\" src=\"$IMAGES/logo_white_small.gif\" height=\"100\" width=\"108\" title=\"University of Dundee\" alt=\"University of Dundee Logo\" />
 107          </a>
 108         <a href=\"$SERVERROOT/index.html\">
 109         <img src=\"$IMAGES/jpred3.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"520\" title=\"Jpred Logo\" alt=\"Jpred Logo\" />
 110         </a>
 111          <a href=\"http://www.compbio.dundee.ac.uk\">
 112             <img src=\"$IMAGES/group.png\" border=\"0\" height=\"102\" width=\"70\" title=\"Group Link\" alt=\"The Barton Group\" />
 113          </a>
 114
 115          <div id=\"navigation\">
 116             <table border=\"0\" cellpadding=\"0\" width=\"100%\">
 117                <tr>
 118                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/index.html\">Home</a></td>
 119
 120                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/about.html\">About</a></td>
 121                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/new.html\">News</a></td>
 122                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/faq.html\">FAQ</a></td>
 123                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/help.html\">Help</a></td>
 124                   <td class=\"nav_table\"><a class=\"nav\" href=\"$SERVERROOT/contact.html\">Contact</a></td>
 125                </tr>
 126
 127              </table>
 128          </div> <!-- End #navigation -->
 129       </div> <!-- End #header -->
 130 ";
 131
 132 our $JPREDFOOT = '
 133       <script type="text/javascript">
 134          var gaJsHost = (("https:" == document.location.protocol) ? "https://ssl." : "http://www.");
 135          document.write(unescape("%3Cscript src=\'" + gaJsHost + "google-analytics.com/ga.js\' type=\'text/javascript\'%3E%3C/script%3E"));
 136       </script>
 137       <script type="text/javascript">
 138          try{
 139             var pageTracker = _gat._getTracker("UA-5356328-1");
 140             pageTracker._trackPageview();
 141          } catch(err) {}
 142       </script>
 143 ';
 144 1;
 145
 146 =head1 DESCRIPTION
 147
 148 This module defines all the global and envirnmental variables required by the Jpred server scripts and binaries.
 149
 150 =head1 AUTHOR
 151
 152 I'm not sure who originally wrote this module, but I guess all of the following contributed:
 153
 154 James Cuff
 155 Jon Barber
 156 Chris Cole <christian@cole.name> (current maintainer)
 157
 158 =cut