binaries/src/jpred/lib/Pairwise.pm

   1 package Pairwise;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use File::Temp;
   7 use base qw(Root Common);
   8
   9 use Run qw(check);
  10
  11 sub path {
  12   my ( $self, $path ) = @_;
  13   if ( defined $path ) {
  14     $self->{path} = $path;
  15   } else {
  16     if ( defined $self->{path} ) {
  17       return $self->{path};
  18     } else {
  19       croak "Pairwise::run: path to pairwise not defined";
  20     }
  21   }
  22 }
  23
  24 sub run {
  25   my ( $self, $fasta ) = @_;
  26
  27   local $/ = undef;
  28   local $? = 0;
  29
  30   my $f1 = File::Temp->new->filename;
  31   my $f2 = File::Temp->new->filename;
  32   $fasta->write_file($f1);
  33   my $pairwise = $self->path;
  34   system("$pairwise $f1 > $f2");
  35   check( $pairwise, $? ) or croak "Pairwise::run: $pairwise was naughty\n";
  36   open( my $fh, "<", $f2 );
  37   my @output = join "\n", split "\n", <$fh>;
  38   close $fh;
  39   unlink $f1;
  40   unlink $f2;
  41
  42   return @output;
  43 }
  44
  45 sub old_run {
  46   my ( $self, $fasta ) = @_;
  47
  48   local ( $/, $? ) = ( undef, 0 );
  49
  50   my $f = File::Temp->new->filename;
  51   $fasta->write_file($f);
  52
  53   my $pid = open my $fh, $self->path . " $f |" or die $!;
  54
  55   my @output = join "\n", split "\n", <$fh>;
  56
  57   waitpid $pid, 0;
  58   check( $self->path, $? ) or die "Pairwise was naughty\n";
  59
  60   return @output;
  61 }
  62
  63 1;