binaries/src/jpred/lib/Paths.pm

   1 package Paths;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use base qw(Exporter);
   6 use Sys::Hostname ();
   7
   8 =head1 NAME
   9
  10 Paths - Sets paths for executable programs
  11
  12 =head1 DESCRIPTION
  13
  14 This module gathers together all of the little pieces of information that would other wise be
  15 floating around in all of the other modules that run external programs. Namely, the path to
  16 the executable and nessecery environment variables.
  17
  18 Putting it all here should mean that this is the only file that needs updating when their
  19 location changes, or it's redeployed. Plus some degree of automagic can be used to try
  20 and detect changes.
  21
  22 =cut
  23
  24 our @EXPORT_OK = qw(
  25   $ff_bignet
  26   $analyze
  27   $batchman
  28   $sov
  29   $pairwise
  30   $oc
  31   $jnet
  32   $fastacmd
  33   $hmmbuild
  34   $hmmconvert
  35   $psiblastbin
  36   check_OS
  37   setup_env
  38 );
  39
  40 my $HOME = $ENV{HOME};
  41 #
  42 # main production path
  43 #my $SOFTDIR = '/homes/www-jpred/live/jpred/bin';
  44 #my $platform_dir = "x86_64";
  45 #
  46 # development path
  47 #my $SOFTDIR = '/homes/www-jpred/devel/jpred/bin';
  48 #my $platform_dir = "x86_64";
  49 #
  50 # my laptop test path
  51 my $SOFTDIR       = '/home/asherstnev/Projects/Jpred.project/jpred/branches/portable';
  52 my $platform_name = "x86_64";
  53
  54 our $pairwise    = "$SOFTDIR/$platform_name/pairwise";
  55 our $oc          = "$SOFTDIR/$platform_name/oc";
  56 our $jnet        = "$SOFTDIR/$platform_name/jnet";
  57 our $fastacmd    = "$SOFTDIR/$platform_name/fastacmd";
  58 our $hmmbuild    = "$SOFTDIR/$platform_name/hmmbuild";
  59 our $hmmconvert  = "$SOFTDIR/$platform_name/hmmconvert";
  60 our $psiblastbin = "$SOFTDIR/$platform_name/blastpgp";
  61
  62 # required for training with SNNS, but unused currently
  63 our $ff_bignet = "$HOME/projects/Jnet/bin/snns/ff_bignet";    # CC modified for new path (SNNS app)
  64 our $analyze   = "$HOME/projects/Jnet/bin/snns/analyze";      # CC modified for new path (SNNS app)
  65 our $batchman  = "$HOME/projects/Jnet/bin/snns/batchman";     # CC modified for new path (SNNS app)
  66 our $sov       = "$HOME/projects/Jnet/bin/sov";
  67
  68 sub setup_env {
  69   my $newsoftdir       = shift;
  70   my $newplatform_name = shift;
  71
  72   if ( defined $newsoftdir ) {
  73     if ( -d $newsoftdir ) {
  74       $SOFTDIR = $newsoftdir;
  75     } else {
  76       warn "setup_env: directory with Jpred software $newsoftdir does not exist. The default directory is used...\n";
  77     }
  78   }
  79   if ( defined $newplatform_name ) {
  80     $platform_name = $newplatform_name;
  81   }
  82
  83   $oc          = "$SOFTDIR/$platform_name/oc";
  84   $jnet        = "$SOFTDIR/$platform_name/jnet";
  85   $fastacmd    = "$SOFTDIR/$platform_name/fastacmd";
  86   $pairwise    = "$SOFTDIR/$platform_name/pairwise";
  87   $hmmbuild    = "$SOFTDIR/$platform_name/hmmbuild";
  88   $psiblastbin = "$SOFTDIR/$platform_name/blastpgp";
  89   $hmmconvert  = "$SOFTDIR/$platform_name/hmmconvert";
  90 }
  91
  92 sub check_OS {
  93   if ( "linux" eq $^O or "Linux" eq $^O ) {
  94     my $status = system "uname -m > .platform";
  95     open my $PLH, "<", ".platform" or die "can't check platform information";
  96     my $plt = <$PLH>;
  97     close $PLH;
  98     chop $plt;
  99     $platform_name = "i686" if ( $plt =~ /i[3-6]86/ );
 100   } elsif ( "MSWin32" eq $^O ) {
 101     $platform_name = "win";
 102   } else {
 103     warn "check_OS: unknown platform, I'll try to use x86_64 binaries....";
 104   }
 105
 106 #  print "\n\ncheck_OS: SOFTDIR -> $SOFTDIR\n\n";
 107
 108   $oc          = "$SOFTDIR/$platform_name/oc";
 109   $jnet        = "$SOFTDIR/$platform_name/jnet";
 110   $fastacmd    = "$SOFTDIR/$platform_name/fastacmd";
 111   $pairwise    = "$SOFTDIR/$platform_name/pairwise";
 112   $hmmbuild    = "$SOFTDIR/$platform_name/hmmbuild";
 113   $psiblastbin = "$SOFTDIR/$platform_name/blastpgp";
 114   $hmmconvert  = "$SOFTDIR/$platform_name/hmmconvert";
 115
 116   return $platform_name;
 117 }
 118
 119 =head1 AUTOMATED CHANGES
 120
 121 Currently the paths are altered on the basis of per host rules.
 122
 123 =cut
 124
 125 1;