binaries/src/jpred/lib/Profile/Jnet.pm

   1 package Profile::Jnet;
   2
   3 use strict;
   4 use warnings;
   5 use Carp;
   6 use UNIVERSAL qw(isa);
   7
   8 use base qw(Profile);
   9 use lib '..';
  10 use Utils qw(profile);
  11
  12 sub read {
  13         my ($self, $fh) = @_;
  14
  15         local $/ = "\n";
  16
  17         while (<$fh>) {
  18                 chomp;
  19                 $self->add_pos(split);
  20         }
  21 }
  22
  23 =head2 $prof->jpred_profile(@Sequence)
  24
  25 Creates a PSIBLAST like profile for Jpred.
  26
  27 =cut
  28
  29 sub jpred_profile {
  30         my ($self, @seqs) = @_;
  31         croak "Not passed Sequence objects" if grep { not isa $_, 'Sequence' } @seqs;
  32         $self->_check_seq_length(@seqs) or croak "Not passed sequences of equal length\n";
  33
  34         my @profile = profile( map { join "", $_->seqs } @seqs );
  35
  36         for (@profile) {
  37                 $self->add_pos(@{$_});
  38         }
  39 }
  40
  41 =for private
  42
  43 =head2 _check_seq_length(@Sequence);
  44
  45 Checks that we've been passed PSISEQ objects and that they are the same length. Returns undef if their not and warns, otherwise returns the length of the sequence.
  46
  47 =cut
  48
  49 sub _check_seq_length {
  50         undef = shift @_;
  51
  52         my %lengths;
  53         for (@_) {
  54                 $lengths{ $_->seq } = 1;
  55         }
  56
  57         if (keys %lengths != 1) {
  58                 warn "The sequences are of different lengths";
  59                 return undef;
  60         }
  61
  62         return (keys %lengths)[0];
  63 }
  64
  65 1;