binaries/src/mafft/core/DNA.h

   1 #define DEFAULTGOP_N -1530
   2 #define DEFAULTGEP_N  0
   3 #define DEFAULTOFS_N -123
   4 #define DEFAULTPAMN  200
   5
   6 #define DEFAULTRNAGOP_N -1530
   7 #define DEFAULTRNAGEP_N 0
   8 #define DEFAULTRNATHR_N 0
   9
  10 //  -h 0.11150 -> all positive
  11
  12 double ribosum4[4][4] =
  13 {
  14 //   a       g       c       t
  15 {    2.22,  -1.46,  -1.86,  -1.39, }, // a
  16 {   -1.46,   1.03,  -2.48,  -1.74, }, // g
  17 {   -1.86,  -2.48,   1.16,  -1.05, }, // c
  18 {   -1.39,  -1.74,  -1.05,   1.65, }, // t
  19 };
  20
  21 double ribosum16[16][16] =
  22 {
  23 //   aa      ag      ac      at      ga      gg      gc      gt      ca      cg      cc      ct      ta      tg      tc      tt
  24 {   -2.49,  -8.24,  -7.04,  -4.32,  -6.86,  -8.39,  -5.03,  -5.84,  -8.84,  -4.68, -14.37, -12.64,  -4.01,  -6.16, -11.32,  -9.05, }, // aa
  25 {   -8.24,  -0.80,  -8.89,  -5.13,  -8.61,  -5.38,  -5.77,  -6.60, -10.41,  -4.57, -14.53, -10.14,  -5.43,  -5.94,  -8.87, -11.07, }, // ag
  26 {   -7.04,  -8.89,  -2.11,  -2.04,  -9.73, -11.05,  -3.81,  -4.72,  -9.37,  -5.86,  -9.08, -10.45,  -5.33,  -6.93,  -8.67,  -7.83, }, // ac
  27 {   -4.32,  -5.13,  -2.04,   4.49,  -5.33,  -5.61,   2.70,   0.59,  -5.56,   1.67,  -6.71,  -5.17,   1.61,  -0.51,  -4.81,  -2.98, }, // at
  28 {   -6.86,  -8.61,  -9.73,  -5.33,  -1.05,  -8.67,  -4.88,  -6.10,  -7.98,  -6.00, -12.43,  -7.71,  -5.85,  -7.55,  -6.63, -11.54, }, // ga
  29 {   -8.39,  -5.38, -11.05,  -5.61,  -8.67,  -1.98,  -4.13,  -5.77, -11.36,  -4.66, -12.58, -13.69,  -5.75,  -4.27, -12.01, -10.79, }, // gg
  30 {   -5.03,  -5.77,  -3.81,   2.70,  -4.88,  -4.13,   5.62,   1.21,  -5.95,   2.11,  -3.70,  -5.84,   1.60,  -0.08,  -4.49,  -3.90, }, // gc
  31 {   -5.84,  -6.60,  -4.72,   0.59,  -6.10,  -5.77,   1.21,   3.47,  -7.93,  -0.27,  -7.88,  -5.61,  -0.57,  -2.09,  -5.30,  -4.45, }, // gt
  32 {   -8.84, -10.41,  -9.37,  -5.56,  -7.98, -11.36,  -5.95,  -7.93,  -5.13,  -3.57, -10.45,  -8.49,  -2.42,  -5.63,  -7.08,  -8.39, }, // ca
  33 {   -4.68,  -4.57,  -5.86,   1.67,  -6.00,  -4.66,   2.11,  -0.27,  -3.57,   5.36,  -5.71,  -4.96,   2.75,   1.32,  -4.91,  -3.67, }, // cg
  34 {  -14.37, -14.53,  -9.08,  -6.71, -12.43, -12.58,  -3.70,  -7.88, -10.45,  -5.71,  -3.59,  -5.77,  -6.88,  -8.41,  -7.40,  -5.41, }, // cc
  35 {  -12.64, -10.14, -10.45,  -5.17,  -7.71, -13.69,  -5.84,  -5.61,  -8.49,  -4.96,  -5.77,  -2.28,  -4.72,  -7.36,  -3.83,  -5.21, }, // ct
  36 {   -4.01,  -5.43,  -5.33,   1.61,  -5.85,  -5.75,   1.60,  -0.57,  -2.42,   2.75,  -6.88,  -4.72,   4.97,   1.14,  -2.98,  -3.39, }, // ta
  37 {   -6.16,  -5.94,  -6.93,  -0.51,  -7.55,  -4.27,  -0.08,  -2.09,  -5.63,   1.32,  -8.41,  -7.36,   1.14,   3.36,  -4.76,  -4.28, }, // tg
  38 {  -11.32,  -8.87,  -8.67,  -4.81,  -6.63, -12.01,  -4.49,  -5.30,  -7.08,  -4.91,  -7.40,  -3.83,  -2.98,  -4.76,  -3.21,  -5.97, }, // tc
  39 {   -9.05, -11.07,  -7.83,  -2.98, -11.54, -10.79,  -3.90,  -4.45,  -8.39,  -3.67,  -5.41,  -5.21,  -3.39,  -4.28,  -5.97,  -0.02, }, // tt
  40 };
  41
  42 int locpenaltyn = -1750;
  43 char locaminon[] = "agctuAGCTUnNbdhkmnrsvwyx-O";
  44 char locgrpn[] =
  45 {
  46         0, 1, 2, 3, 3, 0, 1, 2, 3, 3,
  47         4, 4, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5, 5,
  48         5, 5, 5, 5, 5, 5
  49 };
  50 int exgpn = +00;
  51 int locn_disn[26][26] =
  52 /* u ha constants.c no nakade shori */
  53 /* 0 - 4 dake yomareru.             */
  54         {
  55                 {
  56   1000,   600,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  57      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  58      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  59                 },
  60
  61                 {
  62    600,  1000,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  63      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  64      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  65                 },
  66
  67                 {
  68      0,     0,  1000,   600,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  69      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  70      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  71                 },
  72
  73                 {
  74      0,     0,   600,  1000,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  75      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  76      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  77                 },
  78
  79                 {
  80      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  81      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  82      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  83                 },
  84
  85                 {
  86      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  87      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  88      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  89                 },
  90
  91                 {
  92      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  93      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
  94      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
  95                 },
  96
  97                 {
  98      0,   500,   500,     0,     0,     0,   500,   500,     0,     0,
  99      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 100      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 101                 },
 102
 103                 {
 104      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 105      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 106      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 107                 },
 108
 109                 {
 110      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 111      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 112      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 113                 },
 114
 115                 {
 116      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 117      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 118      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 119                 },
 120
 121                 {
 122      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 123      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 124      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 125                 },
 126
 127                 {
 128      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 129      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 130      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 131                 },
 132
 133                 {
 134      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 135      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 136      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 137                 },
 138
 139                 {
 140      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 141      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 142      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 143                 },
 144
 145                 {
 146      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 147      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 148      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 149                 },
 150
 151                 {
 152      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 153      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 154      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 155                 },
 156
 157                 {
 158      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 159      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 160      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 161                 },
 162
 163                 {
 164      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 165      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 166      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 167                 },
 168
 169                 {
 170      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 171      0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,     0,
 172      0,     0,     0,     0,     0,  -500,
 173                 },
 174
 175                 {
 176     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 177     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 178     0,    0,    0,    0,    0, -500,
 179                 },
 180
 181                 {
 182     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 183     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 184     0,    0,    0,    0,    0, -500,
 185                 },
 186
 187                 {
 188     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 189     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 190     0,    0,    0,    0,    0, -500,
 191                 },
 192
 193                 {
 194     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 195     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 196     0,    0,    0,    0,    0, -500,
 197                 },
 198
 199                 {
 200     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 201     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 202     0,    0,    0,    0,    0,    0,
 203                 },
 204
 205                 {
 206  -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500,
 207  -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500, -500,
 208  -500, -500, -500, -500,    0,  500,
 209                 },
 210      };