binaries/src/mafft/core/defs.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include "dp.h"
   3 #include "mltaln.h"
   4
   5 int TLS commonAlloc1 = 0;
   6 int TLS commonAlloc2 = 0;
   7 int TLS **commonIP = NULL;
   8 int TLS **commonJP = NULL;
   9 int nthread = 1;
  10 int randomseed = 0;
  11 int parallelizationstrategy = BAATARI1;
  12
  13
  14 char modelname[500];
  15 int njob, nlenmax;
  16 int amino_n[0x100];
  17 char amino_grp[0x100];
  18 //int amino_dis[0x100][0x100];
  19 int **amino_dis = NULL;
  20 double **n_disLN = NULL;
  21 //double amino_dis_consweight_multi[0x100][0x100];
  22 double **amino_dis_consweight_multi = NULL;
  23 int **n_dis = NULL;
  24 int **n_disFFT = NULL;
  25 double **n_dis_consweight_multi = NULL;
  26 unsigned char amino[0x100];
  27 double polarity[0x100];
  28 double volume[0x100];
  29 int ribosumdis[37][37];
  30
  31 int ppid;
  32 double thrinter;
  33 double fastathreshold;
  34 int pslocal, ppslocal;
  35 int constraint;
  36 int divpairscore;
  37 int fmodel; // 1-> fmodel 0->default -1->raw
  38 int nblosum; // 45, 50, 62, 80
  39 int kobetsubunkatsu;
  40 int bunkatsu;
  41 int dorp = NOTSPECIFIED; // arguments de shitei suruto, tbfast -> pairlocalalign no yobidashi de futsugou
  42 int niter;
  43 int contin;
  44 int calledByXced;
  45 int devide;
  46 int scmtd;
  47 int weight;
  48 int utree;
  49 int tbutree;
  50 int refine;
  51 int check;
  52 double cut;
  53 int cooling;
  54 int trywarp = 0;
  55 int penalty, ppenalty, penaltyLN;
  56 int penalty_dist, ppenalty_dist;
  57 int RNApenalty, RNAppenalty;
  58 int RNApenalty_ex, RNAppenalty_ex;
  59 int penalty_ex, ppenalty_ex, penalty_exLN;
  60 int penalty_EX, ppenalty_EX;
  61 int penalty_OP, ppenalty_OP;
  62 int penalty_shift, ppenalty_shift;
  63 double penalty_shift_factor = 100.0;
  64 int RNAthr, RNApthr;
  65 int offset, poffset, offsetLN, offsetFFT;
  66 int scoremtx;
  67 int TMorJTT;
  68 char use_fft;
  69 char force_fft;
  70 int nevermemsave;
  71 int fftscore;
  72 int fftWinSize;
  73 int fftThreshold;
  74 int fftRepeatStop;
  75 int fftNoAnchStop;
  76 int divWinSize;
  77 int divThreshold;
  78 int disp;
  79 int outgap = 1;
  80 char alg;
  81 int cnst;
  82 int mix;
  83 int tbitr;
  84 int tbweight;
  85 int tbrweight;
  86 int disopt;
  87 int pamN;
  88 int checkC;
  89 double geta2;
  90 int treemethod;
  91 int kimuraR;
  92 char *swopt;
  93 int fftkeika;
  94 int score_check;
  95 int makedistmtx;
  96 char *inputfile;
  97 char *addfile;
  98 int addprofile = 1;
  99 int rnakozo;
 100 char rnaprediction;
 101 int scoreout = 0;
 102 int spscoreout = 0;
 103 int outnumber = 0;
 104 int legacygapcost = 0;
 105 double minimumweight = 0.0005;
 106 int nwildcard = 0;
 107
 108 char *signalSM;
 109 FILE *prep_g;
 110 FILE *trap_g;
 111 char **seq_g;
 112 char **res_g;
 113
 114 double consweight_multi = 1.0;
 115 double consweight_rna = 0.0;
 116 char RNAscoremtx = 'n';
 117
 118 char TLS *newgapstr = "-";
 119
 120 int nalphabets = 26;
 121 int nscoredalphabets = 20;
 122
 123 double specificityconsideration = 0.0;
 124 int ndistclass = 10;
 125 int maxdistclass = -1;
 126
 127 int gmsg = 0;
 128
 129 double sueff_global = SUEFF;
 130
 131 double lenfaca, lenfacb, lenfacc, lenfacd;
 132 int maxl, tsize;
 133
 134 void initglobalvariables()
 135 {
 136         commonAlloc1 = 0;
 137         commonAlloc2 = 0;
 138         commonIP = NULL;
 139         commonJP = NULL;
 140         nthread = 1;
 141         randomseed = 0;
 142         parallelizationstrategy = BAATARI1;
 143
 144         trywarp = 0;
 145         penalty_shift_factor = 100.0;
 146         outgap = 1;
 147         addprofile = 1;
 148         scoreout = 0;
 149         outnumber = 0;
 150         legacygapcost = 0;
 151         consweight_multi = 1.0;
 152         consweight_rna = 0.0;
 153         RNAscoremtx = 'n';
 154
 155         newgapstr = "-";
 156
 157         nalphabets = 26;
 158         nscoredalphabets = 20;
 159
 160         specificityconsideration = 0.0;
 161         ndistclass = 10;
 162         maxdistclass = -1;
 163
 164         gmsg = 0;
 165 }