binaries/src/mafft/core/dndpre_score.c

   1 #include "mltaln.h"
   2
   3 #define TEST 0
   4
   5 int main()
   6 {
   7         int i, j;
   8         char **seq;
   9         static char name[M][B];
  10         static int nlen[M];
  11         double **mtx;
  12         FILE *fp;
  13         int res;
  14
  15         scoremtx = NOTSPECIFIED;
  16
  17 #if 0
  18         PreRead( stdin, &njob, &nlenmax );
  19 #else
  20         getnumlen( stdin );
  21 #endif
  22         rewind( stdin );
  23
  24         seq = AllocateCharMtx( njob, nlenmax+1 );
  25         mtx = AllocateDoubleMtx( njob, njob );
  26
  27 #if 0
  28         FRead( stdin, name, nlen, seq );
  29 #else
  30         readData( stdin, name, nlen, seq );
  31 #endif
  32
  33         for( i=0; i<njob-1; i++ )
  34         {
  35                 fprintf( stderr, "%4d/%4d\r", i+1, njob );
  36                 for( j=i+1; j<njob; j++ )
  37                         mtx[i][j] = (double)substitution_score( seq[i], seq[j] );
  38         }
  39
  40 #if TEST
  41         for( i=0; i<njob-1; i++ ) for( j=i+1; j<njob; j++ )
  42                 fprintf( stdout, "i=%d, j=%d, mtx[][] = %f\n", i, j, mtx[i][j] );
  43 #endif
  44
  45         fp = fopen( "hat2", "w" );
  46         WriteHat2( fp, njob, name, mtx );
  47         fclose( fp );
  48         exit( 0 );
  49 /*
  50         res = system( ALNDIR "/spgsdl < hat2"  );
  51         if( res ) exit( 1 );
  52         else exit( 0 );
  53 */
  54 }