binaries/src/mafft/core/miyata5.h

   1 int locpenaltym = -1440;
   2 int exgpm = +0;  /* != 0 nisuruto kowareru. exgp ha constants.c de kurikomu */
   3 char locaminom[] = "ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX.-J";
   4 char locgrpm[] =
   5 {
   6         0, 3, 2, 2, 5, 2, 2, 0, 3, 1, 1, 3, 1, 4, 0, 0, 0, 4, 4, 1, 2, 2,
   7         6, 6, 6, 1,
   8 };
   9 int locn_dism[26][26] =
  10     {
  11         {
  12   600, -235,   91,  -78,  202,   51, -103,  340,  -21, -169,
  13  -189, -246,  -92, -323,  582,  454,  342, -400, -309,   71,
  14     7,  -26,  -15, -400,    0,-1400,
  15         },
  16
  17         {
  18  -235,  600,   17,  -69, -275,  277,  185, -400,  365, -112,
  19  -149,  485,  -55, -106, -229, -183,   20, -178,   22,  -95,
  20   -26,  231,  -15, -400,    0,-1400,
  21         },
  22
  23         {
  24    91,   17,  600,  414, -209,  317,  357,   39,  231, -363,
  25  -398,   74, -280, -400,   85,  225,  200, -400, -378, -189,
  26   507,  337,  -15, -400,    0,-1400,
  27         },
  28
  29         {
  30   -78,  -69,  414,  600, -395,  179,  342,  -78,  108, -400,
  31  -400,   14, -400, -400,  -86,   65,   14, -400, -400, -372,
  32   507,  261,  -15, -400,    0,-1400,
  33         },
  34
  35         {
  36   202, -275, -209, -395,  600, -109, -332,  -35, -132,  134,
  37   128, -335,  182,  -40,  220,   74,  185, -355,  -81,  354,
  38  -302, -220,  -15, -400,    0,-1400,
  39         },
  40
  41         {
  42    51,  277,  317,  179, -109,  600,  360, -109,  508, -135,
  43  -172,  297,  -58, -203,   51,  128,  280, -378, -109,   -9,
  44   248,  480,  -15, -400,    0,-1400,
  45         },
  46
  47         {
  48  -103,  185,  357,  342, -332,  360,  600, -195,  325, -369,
  49  -400,  274, -295, -400, -109,   11,   77, -400, -321, -249,
  50   350,  480,  -15, -400,    0,-1400,
  51         },
  52
  53         {
  54   340, -400,   39,  -78,  -35, -109, -195,  600, -195, -400,
  55  -400, -400, -355, -400,  322,  357,  114, -400, -400, -189,
  56   -19, -152,  -15, -400,    0,-1400,
  57         },
  58
  59         {
  60   -21,  365,  231,  108, -132,  508,  325, -195,  600, -100,
  61  -141,  374,  -26, -152,  -15,   45,  222, -303,  -49,   -3,
  62   169,  417,  -15, -400,    0,-1400,
  63         },
  64
  65         {
  66  -169, -112, -363, -400,  134, -135, -369, -400, -100,  600,
  67   560, -212,  517,  425, -149, -243,  -12,  108,  354,  357,
  68  -400, -252,  -15, -400,    0,-1400,
  69         },
  70
  71         {
  72  -189, -149, -398, -400,  128, -172, -400, -400, -141,  560,
  73   600, -252,  482,  420, -172, -269,  -43,  105,  331,  340,
  74  -400, -290,  -15, -400,    0,-1400,
  75         },
  76
  77         {
  78  -246,  485,   74,   14, -335,  297,  274, -400,  374, -212,
  79  -252,  600, -152, -215, -240, -175,   -1, -289,  -92, -172,
  80    44,  285,  -15, -400,    0,-1400,
  81         },
  82
  83         {
  84   -92,  -55, -280, -400,  182,  -58, -295, -355,  -26,  517,
  85   482, -152,  600,  365,  -75, -163,   68,   59,  334,  422,
  86  -368, -176,  -15, -400,    0,-1400,
  87         },
  88
  89         {
  90  -323, -106, -400, -400,  -40, -203, -400, -400, -152,  425,
  91   420, -215,  365,  600, -306, -386, -143,  282,  462,  191,
  92  -400, -315,  -15, -400,    0,-1400,
  93         },
  94
  95         {
  96   582, -229,   85,  -86,  220,   51, -109,  322,  -15, -149,
  97  -172, -240,  -75, -306,  600,  440,  351, -400, -292,   88,
  98     0,  -29,  -15, -400,    0,-1400,
  99         },
 100
 101         {
 102   454, -183,  225,   65,   74,  128,   11,  357,   45, -243,
 103  -269, -175, -163, -386,  440,  600,  345, -400, -352,  -15,
 104   145,   70,  -15, -400,    0,-1400,
 105         },
 106
 107         {
 108   342,   20,  200,   14,  185,  280,   77,  114,  222,  -12,
 109   -43,   -1,   68, -143,  351,  345,  600, -400, -100,  194,
 110   107,  178,  -15, -400,    0,-1400,
 111         },
 112
 113         {
 114  -400, -178, -400, -400, -355, -378, -400, -400, -303,  108,
 115   105, -289,   59,  282, -400, -400, -400,  600,  297, -118,
 116  -400, -400,  -15, -400,    0,-1400,
 117         },
 118
 119         {
 120  -309,   22, -378, -400,  -81, -109, -321, -400,  -49,  354,
 121   331,  -92,  334,  462, -292, -352, -100,  297,  600,  165,
 122  -400, -215,  -15, -400,    0,-1400,
 123         },
 124
 125         {
 126    71,  -95, -189, -372,  354,   -9, -249, -189,   -3,  357,
 127   340, -172,  422,  191,   88,  -15,  194, -118,  165,  600,
 128  -280, -129,  -15, -400,    0,-1400,
 129         },
 130
 131         {
 132     7,  -26,  507,  507, -302,  248,  350,  -19,  169, -400,
 133  -400,   44, -368, -400,    0,  145,  107, -400, -400, -280,
 134   507,  299, -400, -400,    0,-1400,
 135         },
 136
 137         {
 138   -26,  231,  337,  261, -220,  480,  480, -152,  417, -252,
 139  -290,  285, -176, -315,  -29,   70,  178, -400, -215, -129,
 140   299,  480, -400, -400,    0,-1400,
 141         },
 142
 143         {
 144   -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,
 145   -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,  -15,
 146  -400, -400, -400, -400,    0,-1400,
 147         },
 148
 149         {
 150  -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400,
 151  -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400, -400,
 152  -400, -400, -400, -400,    0,-1400,
 153         },
 154
 155         {
 156     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 157     0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,    0,
 158     0,    0,    0,    0,    0,    0,
 159         },
 160
 161         {
 162 -1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,
 163 -1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,-1400,
 164 -1400,-1400,-1400,-1400,    0, 1600,
 165         },
 166     };